莫高窟诸多洞窟中，最为驰名的首推藏经洞——第17窟。当你站在洞窟门前，望着这小小的石室，定会思绪万千，满腹狐疑。
里面曾经堆置的50000卷震惊中外学术界的经卷、遗书，是什么时候、什么人、由于何种原因存放的？何时将洞门封住，轻松地，抹上泥皮，绘上了壁画？为什么要永远保守这个秘密呢？
由于藏经洞封闭了近千年，这个谜便堪称千古之谜。敦煌学专家、学者钻进浩如烟海的敦煌遗书资料中仔细地查阅，从未找到解谜的文字记载，只好另辟途径，根据其他历史资料进行推断，提出了多种假说，试图解开这个千古之谜。主要说法有这样几种：
一、避难说。认为这么多经卷和遗书被藏于石室中被封闭，是莫高窟的僧人为躲避战乱，使经卷遗书免于战火而存放的。这种说法最早，持这种观点的学者较多。但在具体封闭时间上又各不相同。
最有代表性、较普遍的说法是，宋初西夏人占领敦煌之前，千佛洞下寺的僧人为躲避战乱，临走前便把经卷、佛像、杂书等藏入洞内封闭。待战乱过后再回来启用。谁知这些僧人一去不返，杳无音讯，此洞便成为无人知晓的秘密。
又有一种说法把封闭时间定为宋绍圣年间（1094～1098），认为藏经洞的封闭与伊斯兰教的东传有关。当时，信仰伊斯兰教的哈拉汗王朝向宋朝要求出兵攻打西夏。宋朝表示赞同。这一消息传到敦煌，佛教徒们惊慌失措，恐惧万分，便采取保护措施，将千佛洞的经卷、佛像、文书全部集中堆放进石室封闭，免受其害。
还有宋皇佑之后（1049年）说，曹氏封闭说，元初说，元明之际说等，均为逃避战乱说。
二、废弃说。认为这些经卷遗书都是当时敦煌僧众抛弃无用的废品。因佛经众多，为尊重佛法佛典，这些用过的经品既不能丢弃，也不能烧毁，只好用这个石室封存起来。持这种观点的学者认为，逃避战乱的说法自相矛盾，难以自圆其说。这是因为藏经洞内没有整部大藏经和其他珍贵物品，大多是残卷断篇，夹有不少疑伪经，甚至还有不少错抄的废卷和涂鸦之杂写，乃至作废的文书与过时的契约等等。在藏经洞封闭时，即曹宗寿当政时期～1014），敦煌僧侣已向内地请求配齐了大藏经。并向朝廷乞求到一部金银字大藏经，还有锦帙包裹、金字题头的《大般若经》。如果是避难，那么这些珍贵的东西理所当然应该珍藏于石室中。为什么整部大藏经没有被收藏反而收藏的是残经破卷？因此，其真正的原因并不是为了避难，而是这些东西在当时实在没有实用价值被废弃了。
三、书库改造说。持这种说法的学者认为，大约公元1000年左右，折页式的经卷，已从中原传到敦煌。因阅读、携带方便，受到僧侣们的青睐。因此，将藏书室使用不便的卷轴式佛经以及许多杂物一并置于石室封闭。
以上有关藏经洞的封闭时间和原因，众说纷纭，莫衷一是，迄今仍无定论，有待进一步挖掘旁证资料，解开藏经洞封闭之谜。