敦煌历史悠久，古墓葬很多，遍布四周。绿洲之内的古墓葬自清代移民到现在，已陆续辟为耕地，地面影迹全无。但荒滩上的古墓葬却保存比较完好，像大大小小的馒头一样，星罗棋布在戈壁滩上。敦煌地区的古墓群，主要有三处：佛爷庙——新店台墓群；祁家湾墓群；南湖墓群。
佛爷庙——新店台墓群墓葬分布在市区东面安敦公路南侧的戈壁上。西起鸣沙山下的佛爷庙，东至五墩乡的新店台。东西长约22公里，南北宽5公里，总量约一万多座。每座墓葬都堆起墓丘，高者丈余，低者近于平地，墓园墓道都比较清晰。分属汉、晋、唐等朝代。其中有些大家族墓，坟丘高，墓园大，还残留着围墙、土阙等建筑。
年，西北史地考察团夏鼐、阎文儒等曾在佛爷庙发掘墓葬数十座，在翟宗盈墓中发现了晋代早期精美墓葬壁画和随葬品。
年代以来，特别是建敦煌机场时，先后发掘清理了170多座古墓。经考证，所掘之墓尽属魏晋十六国时期，大多规模小，墓主身份低，墓室形制和随葬品，基本与中原地区魏晋墓相似。随葬品多为陶器，主要有罐、盘、碟、碗、多子柄、灯、井、仓、灶等明器，还有一些漆器、铜器、铁器等生活日用品和少量金饰、钱币。钱币主要有剪轮和无廓五铢“太平百钱”。出土的许多五谷瓶上有“永平”、“永嘉”、“永安”、“建兴”、“建元”等纪年，成为断考墓葬年代的可靠依据，为西北史地研究提供了重要资料。
年新发掘两座墓葬，初定名一座为“前凉家族墓”（公元327年），一座为“晋末期墓”（公元300年）。两墓规模较大，有研究价值。
前凉家族墓为三室二龛砖砌墓，共有壁画67幅，墓顶部门楼砖棚，为彩绘；全墓出土文物60余件。晋末朝墓为二室一龛砖砌墓，墓门顶有上下前后两层砖雕彩绘门，绘有伏羲、女娲、力士和其他神异鸟兽，并有墨书题名，墓内出文物40多件，共有壁画42幅，比莫高窟有确切纪年的壁画早一百多年。为省级重点文物保护单位。
祁家湾墓群位于市区西七里镇和孟家桥以西的戈壁滩上。墓地分布广阔，南北长约20公里，东西宽约5公里。因墓群靠近七里镇的祁家湾地境，故名。整个墓地，土阜垒垒，坟堆棋布，其中一些墓葬，有用砂砾石筑成的莹墙，并筑有土阙。80年代初，兴建石油基地时，发掘古墓上百座，出土了灰陶罐、多子盒、石鼓砚等文物。根据器物鉴定，属魏晋时期的古墓。为省级重点文物保护单位。
南湖墓群位于市区南79公里的南湖乡境内，因是古阳关、寿昌城遗迹的所在地，所以古墓葬分布也很广。其主要有三处，即双墩子墓群、山水沟墓群、两头沟墓群。经考证，均属汉墓群。