运用马克思列宁主义、毛泽东思想，研究解决国际共产主义运动和中国革命与建设中的重大理论问题和实际问题，在胡乔木毕生的科学研究中占有重要地位。他在毛泽东、邓小平指导下写了不少文章。这里简要评介其中最为重要的几篇。
一篇重要文章是《再论无产阶级专政的历史经验》（简称《再论》）。这是毛泽东亲自主持、经中共中央政治局多次讨论修改、于1956年12月29日发表的《人民日报》编辑部文章。胡乔木是文章的起草人。《再论》是4月发表的《论无产阶级专政的历史经验》（简称《一论》）的续篇，针对从那以后全世界反苏反共浪潮继续发展，接连发生波兰事件和匈牙利事件，国际共产主义队伍思想严重混乱，回答了当时迫切需要解决的重要问题。
文章肯定苏联革命和建设的基本经验，指出十月革命的道路是各国革命和建设必须走的共同的康庄大道，同时每个国家又有它自己的具体的发展道路；文章进一步评价斯大林的功过，在指出他后期所犯的严重错误、分析其产生的原因的同时，肯定他的功绩，论定“他的一生乃是伟大的马克思列宁主义革命家的一生”；文章在系统批判教条主义错误的同时，又深刻地揭露和批判了修正主义，指出他们借口反对教条主义、借口发展社会主义民主，否定无产阶级革命和无产阶级专政，否定民主集中制，否定共产党的领导；文章联系历史和现实，批评了大国主义的错误和危害，要求克服大国主义和民族主义的倾向，加强无产阶级的国际团结。文章第一次提出毛泽东的区分两类性质不同的矛盾——敌我之间的矛盾和人民内部的矛盾——的思想，并明确指出以此作为讨论问题的根本立场。通篇文章都运用毛泽东关于两类不同性质矛盾的思想来分析问题、解决问题，这就使这篇政论闪烁着哲学的光辉。这篇论文是中国共产党在苏共二十大后在国际共运中发挥中流砥柱作用的代表作。
胡乔木另一篇论述科学社会主义的文章，是写于1990年4月的通信《对社会主义的新认识》。此文篇幅短小而视野开阔、思想深远。胡乔木概括一百年关于社会主义概念的发展变化，从方法论的高度指出，科学社会主义理论“不可能是一次完成的，现在也没有完成，只是已有很大进步”；这很大进步，用一句话来概括，就是对社会主义的认识“过去的想法离不开共产主义的初级阶段”。离开“共产主义初级阶段”的传统看法来认识社会主义，就看到了关于共产主义的目标由近变远，社会主义阶段的时间由短变长、成熟程度由高变低（主要表现在对商品经济的认识），革命形势由高潮转入低潮，“这从形式上说可以看成后退……而实质上却是真正的前进，使经济活力和人民生活大大前进了。”胡乔木从实事求是地认识社会主义这一根本点上，有力地论证了“改革开放对于社会主义国家来说确是从理论到实践上的一场深刻的革命”。受通信的限制，胡乔木对新认识没有展开论述，进行论证，但就是从他提出的观点和思路来看，不能不说胡乔木在他的晚年又一次站到了对科学社会主义认识的前列。
在党的十一届三中全会前几个月召开的国务院务虚会上，胡乔木于1978年7月6日作了题为“按经济规律办事”的重要发言。国务院当即将此文印发各部委办学习。邓小平、李先念对此文非常赞赏，指示用胡乔木署名公开发表。1978年10月6日，此文以《按照经济规律办事，加快实现四个现代化》为题，在《人民日报》显着位置一次登完。在1978年兴起的思想解放运动中，这是最重要的经济论文之一。
胡乔木科学地总结“大跃进”和“文化大革命”的经验教训，特别是“唯意志论”盛行所造成的惨痛损失，强调经济工作必须按客观经济规律办事，不能按违反经济规律的长官意志办事。尤其重要的是，他指出，社会主义制度不能自动地保证经济有计划和高速度发展，“只有把社会主义制度的优越性同发达资本主义国家的先进科学技术和先进管理经验结合起来，把外国经验中一切有用的东西和我们自己的具体情况、成功经验结合起来，我们才能够迅速提高按照客观经济规律办事的能力，才能够加快实现四个现代化的步伐。”这段话对改革开放作了强有力的理论论证，为加快实现四个现代化指明了途径。
对怎样按照经济规律办事，胡乔木提出了一系列重要的指导思想、方针政策和改革措施，很多是长期视为禁区、人们噤若寒蝉的。他强调按经济规律办事就是要遵守价值规律，按供求规律办事。他提出不但要重视研究马克思主义的经济学，而且要重视资产阶级学者所写的经济学，还要学习计量经济学，研究经济活动要将定性研究和定量研究结合起来进行。他十分重视企业和个人的作用，提出要把国家、集体、个人的利益直接地结合起来，使企业中的每个人都能从物质利益上关心国家计划的完成，关心企业经营的成果；要坚决贯彻按劳分配原则，处理好有关个人物质利益的问题；要发挥中央、地方、企业和个人四个积极性。他提出要逐步建立起一套适应现代化需要的科学的管理制度和管理方法，达到精简、统一、效能、节约、反对官僚主义的目的。他要求扩大经济组织和经济手段的作用，提出推广合同制，发展专业公司（托拉斯），加强银行的作用，发展经济立法和司法等四方面的重要改革建议。这些建议为改革开放制造了舆论，设计了径路，对社会主义现代化建设发挥了积极作用。
胡乔木的这篇文章在国内外引起强烈反响。“按经济规律办事”这个口号在国内广泛传开，对拨乱反正起了积极的推动作用。美国、日本等国的着名经济学家认为它在经济理论方面为中国吹响了改革开放的号角。
胡乔木有影响的哲学着作是《关于人道主义和异化问题》。这是继邓小平在1983年10月中共十二届二中全会上讲话批评了有一些同志热衷于谈论人道主义和所谓异化以后，为了以马克思主义理论探讨和说明“人道主义和异化”问题而于1984年1月3日在中央党校作的讲话，经修改补充后在1月27日《人民日报》发表。胡乔木围绕这场争论的核心和实质，讲了四个问题：究竟什么是人类社会进步的动力；依靠什么思想指导我们的社会主义社会继续前进；为什么要宣传和实行社会主义人道主义；能否用“异化”论的说法来解释社会主义社会中的消极现象。
胡乔木指出：围绕人道主义和异化问题展开的争论，其核心和实质是究竟应该用怎样的世界观和历史观，是马克思主义的历史唯物主义还是人道主义的历史唯心主义，作为我们观察人类历史发展、社会主义社会发展和指导自己行动的思想武器。胡乔木此文突出成功之点是区别了人道主义两个方面的含义：一个是作为世界观和历史观，一个是作为伦理原则和道德规范。指出许多宣传人道主义的文章没有区别这两种含义，批评那种用作为世界观和历史观的人道主义来“补充”马克思主义，甚至要把马克思主义归结为或部分归结为人道主义的错误思潮，着重批评了这种错误思潮的典型命题——“人是马克思主义的出发点”，论述了人类社会和人们的社会关系（首先是生产关系）是马克思主义历史观的新出发点，并由此出发建立了马克思主义的科学体系，找到了无产阶级解放和全人类解放的现实的革命的道路，从而对解决人的问题提供了一个科学的答案。
这篇文章的另一个重要内容是批评用“异化”论的说法来解释社会主义社会的消极现象。文章对“异化”一词作了历史的考察，说明成熟时期的马克思已经超越了异化的理论和方法，而创造了科学的马克思主义的理论和方法；把“异化”作为表述某些特定现象的概念来使用，则严格限制在特定的历史时期（阶级对抗的社会，特别是资本主义社会）。把异化说成为马克思说明历史、说明资本主义的一般方法的观点，进而认为异化是一般规律也应该成为分析社会主义社会的一般方法的观点，同马克思使用异化概念的实际情况不相符。文章指出：“资本主义转变为社会主义，是历史发展中的一次根本性飞跃。这是一条极其重要的历史分界线。如果不承认这条历史分界线，把马克思用以表述资本主义对抗社会关系时使用过的异化概念，搬来分析社会主义的社会关系，必然导致严重歪曲我们的社会主义现实”，“这决不可能帮助我们解释和克服社会主义社会中存在的任何消极现象，只能对这些问题的解决以至对社会主义制度本身带来破坏性的影响”。文章批评了认为我国社会主义发展过程中存在所谓“思想异化”、“政治异化”或“权力异化”和经济领域的异化的观点。
胡乔木最后对错误思潮产生的背景和这场思想争论的意义作了总结性的评论，指出：“宣传人道主义世界观、历史观和社会主义异化论的思潮，不是一般的学术理论问题，而是关系到是否坚持马克思主义的基本原理和能否正确认识社会主义实践的有重大现实政治意义的学术理论问题。在这个问题上带有根本性质的错误观点，不仅会引起思想理论的混乱，而且会产生消极的政治后果。”
邓小平充分肯定胡乔木的《关于人道主义和异化问题》。胡乔木在中央党校作了这篇讲话后，邓小平即批示：“这篇讲话写得好，可在《人民日报》发表或转载。由教育部规定大专学生必读。文艺理论界可组织自由参加性质的讨论，允许辩论，不打棍子。”公开发表、展开讨论以后，邓小平在1984年3月14日的一次谈话中指出：过去一段时间，精神污染搞得很厉害。我说过，那是搞资产阶级自由化。二中全会后，整一下精神污染，很有必要，把那股搞精神污染的风刹住了。又说：乔木的讲话是对前一段精神污染问题的总结。但是也有不同意见。邓小平指出，同精神污染的斗争，是长期斗争，要做长期的工作。
胡乔木是组建中国社会科学院的第一任院长，是中国共产党在思想文化、宣传教育战线上的重要领导人。从本文评述的他在涉及马克思主义哲学、政治经济学、科学社会主义三个组成部分的国际、国内重大现实问题的论文来看，从本书论述的他在中共党史、语言文字、文学艺术、新闻事业等领域的实践业绩和理论建树来看，他称得上是一位百科全书式的马克思主义学者。
还应看到，他的主要工作和最重要的贡献，还不在哲学、人文社会科学的研究，而在党和国家许多重要文件（从共同纲领、宪法到各种重要的讲话、章程、决议、决定、公报、宣言）的起草、修改以及领导人着作的整理和编辑。他的一生与党和国家的事业融为一体，鞠躬尽瘁，死而后已。诚然，像所有的大学问家一样，胡乔木的思想理论、学术观点难免有历史和认识的局限，也难免存在着矛盾和偏颇，但他那多方面的卓着成就，那不倦探求真理的精神，实事求是、精益求精的学风，不能不令同辈和后人钦佩，给同辈和后人以启迪。他是中国现代学术之林中不可多得的一株乔木，伟岸挺拔，不可摇撼。