随着2008年北京奥运会筹办工作全面展开，北京市政府拨出3.3亿资金，启动人文奥运文物保护规划。2002年时任北京市文物局局长孔繁峙带队到恭王府进行调研，从“3.3亿工程”中拨款40万元人民币，重新修缮恭王府南边缺损的围墙。有关人员先后向国务院、文化部、北京市领导反映情况，希望协调解决恭王府腾退工作中遇到困难。此后，这项工作由副市长张茅亲自负责，由规划局、文物局提出搬迁意见。经时任市长刘淇批示，将中国音乐学院附中迁出恭王府，另择新址。
2002年9月，国务院再次召开专门会议，研究恭王府全部腾退和向社会开放问题。由于2008年北京奥运会筹备工作时间紧迫，文化部承诺要想尽办法，克服困难，完成搬迁任务。2004年1月居住在王府花园的最后6户居民搬离，4月中国音乐学院附中向文化部恭王府管理中心移交房屋及管理权。至此，腾退工作宣告完成。恭王府腾退前后历时28年。在恭王府大修工程开始时，年近九旬的谷牧专门发来贺信称：“遵照周恩来总理生前的指示和嘱托，我对恭王府的保护修复工作也一直极为关注。”
恭王府修缮工程由清华大学建筑学院教授、博士生导师郭黛姮教授及其团队担任规划设计，郭黛姮是建筑大师梁思成先生的学生，此次由着名古建专家罗哲文先生力荐担任此项工作。当时清华大学建筑设计研究院、建筑学院建筑历史及文物保护研究所师生共十多人参与工作。清华团队遇到的最大困难是手头上关于恭王府原貌资料不多。
由于时代变迁，恭王府几经易主，殿堂被改他用且破损现象严重。他们手上只有从档案中找到的两份工程图纸，一份是由负责清朝负责皇家建筑园林设计“样式雷”档案中保存的《恭王府平面图》；另一份为1937年以梁思成为首的中国营造学社恭王府实测图，包括16张草图和若干张室内装修草图。专家们经过努力，收集相关历史文献、资料，其中许多资料来自国外，一些图纸要花钱购买。根据这些资料和文物修复“修旧如旧”原则，专家们竭力使修缮后的恭王府最大程度接近原貌。
恭王府府邸正殿称银安殿（俗称“银銮殿”），其建筑规制仅次于紫禁城太和殿（亦称“金銮殿”），在20世纪初在一场大火中被焚毁。在是否修复这座建筑问题上，郭黛姮等古建筑专家与文物专家意见不同。郭教授等建筑专家认为，应该复建这座体现恭王府地位的标志性建筑，“国家花了那么大力气腾退了王府，将游客请进了府，却看不见王府最精华的正殿，这太遗憾了。”文物专家从文物价值角度认为，复建后的银安殿只是“假古董”，失去了文物价值。于是，郭黛姮教授致函国家文物局，言辞恳切地提出，希望复建这座建筑，使其切合恭王府历史肌理，不留下任何遗憾。2004年冬，北京市考古研究所对银安殿及其配殿废墟遗址进行挖掘，找到刻有“王府足制”字样的墙砖，根据回填土痕迹范围确定磉墩位置，推测出殿堂面积、结构，为复建工程找到依据，终于说服了国家文物局以及相关部门领导，同意复建银安殿，从而使恭王府恢复清朝同治光绪年间鼎盛时期的恢宏气势。
2005年12月5日恭王府管理中心对外宣布，恭王府历史上首次大规模维修工程修缮面积26620平方米，其中古建筑修缮面积约9800平方米，复建面积约2200平方米，新建仿古建筑面积约600平方米，拆除违章建筑约12000平方米，绿化面积约520平方米。国家财政计划斥资4亿元，其中1.83亿元用于王府复原与修缮，预计将于2008年北京奥运会开幕前对社会开放。
三、什刹海整治工程与重建汇通祠
1983年10月西城区人民政府出台什刹海风景区整治方案，计划半年后完成第一期整治工程，内容包括拆除违章建筑、腾退绿地、破冰清淤，打通环海道路，亮出水面，改善周边环境。当时，有关方面组织动员部队、中央及北京市机关、区属单位共8.6万人参加劳动，动用机械、车辆5000多台班，其中解放军驻京部队投入了大量人力、物力，承担了最艰巨的任务，共出动6.2万人次，派出机械、车辆4691台班。工程结束后，在什刹海沿岸开展军民共建活动，组织中小学生、居民开展知海、爱海、护海、建海活动。这次整治行动为什刹海有史以来规模最大的一次，基本消除“文革”期间随处可见私搭乱建现象，腾出占地2.65万平方米，恢复大片绿地，打通环湖道路并连为一体。有一组数据：在为时3个月整治工程中，共破冰清淤约21万立方米；翻修土地8万多立方米；整修环湖道路及甬道1.816万平方米；种植乔灌木、竹子13万多株；铺草坪2.9万平方米；前海与西海种植莲藕25亩。
1986年什刹海公园管理处成立，全面负责什刹海风景区的管护工作，聘请侯仁之、单士元、吴良镛、张开济、郑孝燮、罗哲文等知名文物、古建专家、学者为景区顾问，对景区内文物、景点、庙宇、名人故居等展开调查，并按历史原貌进行复原。有关部门意识到，恢复什刹海风景区历史原貌，不仅在于周边环境的治理、整顿，更为重要的是恢复了什刹海的历史文化特色。据亲历者回忆，20世纪80年代时，市规划委一度计划在前海沿岸兴建一个大型停车场，招商工作已经准备就绪。研究会经过反复考察和分析、研究，对此项目表示反对。当时研究会提出三个理由：第一，停车场的建立将破坏什刹海地区的整体人文景观；第二，汽车的噪声和尾气会造成不同程度污染；第三，该项目占地面积极大，往来的车流会对文物和自然景观造成威胁。研究会将相关建议向西城区人民政府呈报，并多次向相关区领导当面汇报，引起区政府高度重视。时任西城区副区长隋振江组织相关部门实地调研，反复分析、权衡，最终决定采纳研究会专家建议，叫停这一项目。
1984年，清华大学受西城区人民政府委托制定开发什刹海地区总体规划，为此西城区多次邀请在京的一些知名专家、学者举行研讨座谈会，集思广益。专家们提出，什刹海及其流经地区与古都北京的城市建设、政治、经济、文化密切相关，这一规划区域范围内深厚的历史文化积淀，在保护古都风貌中占有重要地位。规划应“继承优良传统，充实活动内容；保护文物古迹，展现古都风貌；坚持市井民俗，再现城市园林；近期现实可行，远期理想美好；全面综合规划，讲求实际效益。”根据这一原则，制定《什刹海风景旅游区总体规划方案》，对什刹海区域的市政建设、道路系统、商业服务业布局、传统四合院住宅的保护、完善与改造，以及水系保护、功能分区、文物古迹景点、园林绿化各方面进行总体规划。这一方案于1992年获市政府批准施行。这一年经北京市人民政府批准，什刹海及周边地区被定名为“什刹海历史文化旅游风景区”。
汇通祠成为最早恢复的一批什刹海标志性景观。
始建于明永乐年间的汇通祠，旧称法华寺，又称镇水观音庵，据说是根据明朝名士姚广孝建议而规划设计的。清乾隆二十六年（1761年）重修，改称汇通祠。当年乾隆皇帝写了一首御诗：“潴蓄长流济大通，澄潭积水映遥空。为关溯涧应垂制，因葺崇祠喜毕工。海寺月桥率难考，灯船歌馆漫教同。纪吟权当留碑记，殷鉴恒深惕若衷。”
这首诗镌刻在祠内树立的诗碑碑阳，在诗碑碑阴则为乾隆登临汇通祠观赏湖光胜景时写下的三首即景诗：其一：“积水苍池蓄众流，节宣形胜巩皇州。疏淤导顺植桃柳，三里长溪可进舟。”其二：“一座湖亭倚大堤，两边水自别高低。片时济胜浮烟舫，春树人家望转迷。”
其三：“烟中遥见庙垣红，瞬息灵祠抵汇通。雨意溟檬犹未止，出郊即看麦苗芃。”乾隆五十一年（1784年），乾隆皇帝来到汇通祠祈雨，又留下一首《瞻礼一律》：“辛已疏通潭积水，逮今廿五阅流年。不无淤壅应濬沼，有籍蓄潴应运用。广陌纡临视工毕，灵祠礼谒意祈雯。行云施雨青神惠，愿溥甘膏沃大田。”由于这一带环境幽静，许多游人和情侣来此观景、互诉衷肠。
20世纪50年代初期，人民政府整修什西海和汇通祠进行改造，疏浚湖中淤泥，砌岸固堤，安装栏杆和座椅等。“文革”期间，因修建二环路地铁工程，位于地铁涵洞经过处的汇通祠被全部拆毁，全岛被夷平。20世纪80年代，许多专家、学者呼吁恢复什刹海文化历史风貌，汇通祠是什刹海重要地标之一，被列入首批重建项目。
1986年，重建汇通祠工程项目动工。此项工程由西城区人民政府委托清华大学建筑系吴良镛教授率领设计团队承担工程设计，建设单位为西城区什刹海公园管理处，经有关方面组织文物、民俗、规划专家对设计方案进行论证。按照规划设计，首先需要用人工堆起一座土山，铺路覆草，仿照祠堂原有复式院落格局与古朴庄重式样，踞山临水，坐北朝南，朱墙黛瓦。这项工程经过两年施工，于1988年9月27日竣工交付使用。重建后的汇通祠基本恢复原貌，门额上镌刻乾隆皇帝御笔：“潮音普觉”、“功兼利济”，占地1.1万平方米，建筑面积3549平方米，为仿古二进四合院。有关人员从北京石刻博物馆找回乾隆御制诗碑，将其树立的在祠堂后园专门搭建的亭子内。由于这块诗碑形若剑柄，也称“通剑碑”。此处原为汇通祠“水关”所在处，当年“水势凶猛，响若海潮”，可以控制京城中内城水系水位高低与流速，被水利史专家称为“京城水域咽喉”。相传乾隆皇帝担心水闸法力不够，又加上一柄“宝剑”助力。此外，在“水关”处安卧有一尊镇水石螭，据史籍描述，当年来水丰沛时，石螭可以“迎水倒喷，旁分左右，既噏复吐”，同时发出淙淙声响。在祠前山坡上有一块“鸡狮石”，形状层叠如云，相传为陨石所化，古人视若“神石”，“积水潭”称谓由“鸡狮潭”讹传而来。据说，现在人们所看到石螭与鸡狮石，原物都在“文革”期间遗失，重修汇通祠时，有关方面根据附近老居民回忆描述仿照复原。
根据着名古建专家、北京大学教授侯仁之先生建议，将重修后的汇通祠开辟为郭守敬纪念馆，馆内展示史料文字、示意图，以及水利设施模型，详细介绍这位着名科学家生平和他在天文、历法、水利方面的杰出成就，以及对建立北京城市水系做出贡献。庭院中放置郭守敬研制测量天体位置青铜设备简仪与浑仪仿制品。馆内一副对联：“太史名垂宙宇，都水功在人间。”纪念馆外的山坡上树立郭守敬塑像，俯瞰碧波荡漾的湖面，此像由郭守敬家乡河北省邢台市人民政府和北京市西城区人民政府修建。1988年10月1日纪念馆正式对公众开放。
在汇通祠后楼北墙镶嵌着一块由吴良镛撰文，王东昉书写《重修汇通祠记》，全文如下：元大都建城聚西北诸泉水，流行入都而汇于积水潭。明初改筑京城，在德胜门西置水关，下置石螭。迎水倒喷，并堆土为岛，水从两旁入潭，上置镇水观音庵。乾隆时改建名汇通祠。此处远映西山，南临清波，象征水自山出，归入翰海，水声淙淙，若海潮音，仅此一端，亦可窥都城规划者之匠心。近至五、六十年代，修筑地铁，全岛夷平。十余年后，清华大学建筑系有修复议，得市区政府与专家之积极支持，建筑格局参照旧貌，用为都城规划者郭守敬纪念馆。地面地下建楼房，外覆土石，以广利用，仍置石螭，重兴流水，并寻得旧碑，立亭护之。历数年工将成，蔚为大观，颇为赞赏。北京古都文物因建设发展拆毁不少，无需一一修复，但择其要者，因旧创新，古为今用，虽属新构，略窥文脉。
都市发展日新，此城市历史发展之标志得以永存，辟为景点，以利游憩，亦胜事也，此亦汇通祠修复意义所在，是为记。
四、侯仁之先生
1990年2月10日什刹海研究会成立大会在修复后的恭王府大戏楼举行，研究会主要工作为研究什刹海历史、环境、建筑风格、传统文化以及什刹海景区的保护、建设和持续发展。专家们认为，什刹海地区分布众多名胜古迹，被北京市政府划定为全市40片历史文化保护区之一，其中被列为全国文物保护单位4处、市级文物保护单位13处、区级文物保护单位20处、区级文物暂保单位3处。更为重要的，经过数百年世事变迁，许多在史籍上记载的许多名胜古迹或荡然无存或残破败损、面目全非。在这次大会上，被推选为研究会名誉会长的着名历史地理学家侯仁之先生提议，编修一本《什刹海志》，全面反映什刹海演变和发展的自然、文化脉络。这项提议得到时任西城区区长衣锡群和全体到会专家、学者一致赞同。经过两年准备，编委会成立，侯仁之先生任主编。2003年《什刹海志》正式出版。