然而，事实上，当代中国的国家治理并不会完全按人们理想化的设想来展开。无产阶级继承下来的、用以完成自己使命的国家仍然是政治国家。社会主义国家治理依然存在着自我异化的因素。所谓国家治理的异化，就是政府在行使政治权力，执行和发挥国家职能时，背离国家的本质和价值根基，而反过来成为与社会和人民相脱离或对立的异己存在。从这个意义上看，国家治理的异化就是国家权力（公共权力）的异化。国家治理的自我异化，首先源于政治权力自身的属性。国家权力具有强烈的强制性、扩张性、工具性等先天属性。权力的强制性极易使主体为追求服从的效果而滥用权力；权力的扩张性常使主体随意突破权力的时空界限而与（私人、公众和社会）权利相对立；权力的工具性诱使主体背离权力的宗旨而私化权力。
第二是权力的主体因素。作为权力的掌管者——政府机构和组织在竞争社会资源时，常常以局部利益僭越社会普遍利益而偏离其权力角色规范；作为权力的行使者——公职人员在缺少内在和外在约束之下，往往会产生“寻租”的动机和行为。第三是权力的机制因素。由于制度的设计（如社会利益分配制度）还不够完善，并且在实行过程中往往会超出公平的原则，这就为权力的异化提供了制度的空间和社会心理前提，一旦权力缺乏有效的制衡和监督机制，就会显现出其任性的本性。所以，国家治理的一切实践活动围绕“合乎规律的社会经济发展”这个价值中轴展开，是防止国家治理自我异化的根本前提。
同时，影响当代中国的国家治理还有其深刻的社会因素。第一是社会利益因素。改革开放和社会主义市场经济，使我国社会利益关系发生了重大变化。社会利益实现形式的多样化、利益差距的不断拉大以及社会利益关系的复杂性、矛盾性，给政府在实际工作中，认识和把握最广大人民的根本利益，重新调整各种社会利益关系带来巨大的困难，从而对国家治理带来了严峻的挑战。第二是社会阶级、阶层因素。社会主义国家仍然是以阶级、阶层的分化、差别和对立为特点。社会利益结构的变迁必然影响社会阶层结构的变化，一方面，以身份为基础的城市与农村、工人与农民、干部与群众的传统“二元式”社会阶级、阶层模式逐渐向以各自利益为核心的社会阶层模式过渡；另一方面，社会阶层日益呈现出群体化、集团化，甚至特殊化的发展趋势，并且缺乏合理性、公平性和开放性。
因此，作为国家政治权力的掌管者和执行者的国家组织及其公职人员，在社会结构变迁的影响下必然会表现出个体的和群体的自利性倾向，在实践中诉求自身的集团利益或小群体的利益，这在很大程度上妨碍或腐蚀了当代中国的国家治理活动，国家治理也在相当的程度上背离了自己的价值根基和实践原则。
因此，对社会主义中国来说，实现国家的有效治理过程就是坚持“合乎规律的社会经济发展”这个基本实践原则，组织和运用国家权力，以理顺和调整社会利益关系，消除阶级剥削与阶级差别、矛盾和冲突的过程，易言之，就是使国家权力和国家治理实践逐渐回归社会的过程。
（三）“社会本位主义”：国家治理历史发展的价值趋向
从国家的起源及其与社会的关系来看，国家自始至终是社会的对立物。马克思主义国家学说的终极使命就是探讨国家的历史命运，探索消除国家与社会之间的矛盾和对立的条件和途径，并把希望寄予未来的无产阶级国家。国家是在人类社会发展到一定历史阶段，随着阶级的产生而产生，但这并不意味着国家自发地走向消亡。国家的消亡需要一系列的社会历史条件，也必然经历一个漫长的历史过程。
所以，国家消亡不仅是一个重大的理论问题，而且更是一个十分关键的实践问题，即国家治理问题。那么，无产阶级民主国家如何在实践中实现这一政治目标呢？马克思主义指出，国家在历史上的演变是由生产力与生产关系、经济基础与上层建筑的矛盾运动所决定的。当生产力发展到一定阶段，必然同生产关系发生矛盾，从而要求对生产关系进行变革，经济基础的变革自然引起上层建筑的变革。在这种变革中，代表先进的生产力发展的新的阶级取代旧的阶级，成为国家政权的统治者，于是新的国家形式就代替了旧的国家形式。换句话说，在马克思看来，国家的历史演变是一个制度变迁的过程。但是，在现实实践中，把握社会主义国家的制度变迁和命运不仅要有生产力与生产关系、经济基础与上层建筑之矛盾运动上的理论理性，更应该有总领经济基础和上层建筑的实践理性。
当代中国国家治理的实践理性可以概括为三个方面：第一，国家（政府）是否能为社会生产力的发展开辟广阔的空间，始终代表中国先进社会生产力的发展要求。第二，社会生产力的发展成果是否能为社会劳动者所掌握和享有，符合社会经济发展的一般精神，也就是说国家（政府）是否能始终代表中国最广大人民的根本利益。第三，“与物质前提相联系的物质生活过程”是否能不断升华出新的社会文化意识形态，并为社会主义国家所占领，代表并引领中国先进文化的前进。
从这三个方面，我们可以看出，“三个代表”是一种“社会本位主义”思想逻辑和价值理念。“社会本位主义”认为：第一，国家来自社会，又要回归社会，二者相比，社会更为根本；第二，国家没有自身特殊的利益要求，政府要切实把自己看作社会公共利益的代表，以服务于社会的态度执行社会管理的职能；第三，判断一切国家治理的活动的价值标准就在于它是否科学地、合理地和有效地服务于社会的发展。可见，“三个代表”揭示了在国家与社会关系上，“国家本位主义”向“社会本位主义”转变的内在逻辑，也揭示了当代中国国家治理历史发展的价值趋向。
社会主义国家的建立和长足发展，使当前我国的国家与社会的关系呈现出新的特点：第一，我国的国家与社会的关系具有新基础。社会主义公有制是国家与社会两者建立良性互动关系的物质基础；国家始终代表社会的普遍利益是社会主义国家的应然本质，也是处理国家与社会关系的思想基础和价值原则；人民民主是国家与社会关系的制度基础。第二，社会主义国家在事实上而不是仅仅形式上，确立了人民当家作主的地位和人民内部平等的政治关系，社会与国家、人民与政府的关系，在本质上是一致的。第三，社会主义国家本身就是一个把国家权力复归于社会的历史过程。
但是，当代中国社会，并不是在自身基础上成熟发展起来的，而是从旧社会脱胎而来的，所以国家仍属于政治国家，其国家治理并不是由社会直接掌握，而是由那些从人民群众中选举出来的职业官僚来掌握，这就不可避免地保留旧国家形态中国家与社会对立的实践形式。这些实践形式包括：第一，我国仍然存在传统国家遗留下来的、把人们被动服从社会自然分工的消极作用制度化和法制化的现实。第二，不完善的市场经济，不断拉大着社会贫富差距，把人们区分为新的阶级和阶层，从而造成社会利益新的差别和对立。第三，国家治理的执行者——职业官员和官僚机构，还未真正做到代表广大劳动人民的普遍利益，存在着严重的自利倾向和腐败行为，这是当前造成社会与国家、人民与政府之间分离、甚至对立的重要根源。第四，国家治理还缺乏严格的制度监督和约束，仍然存在着不必要的延伸和扩张，其可能的结果就是造成国家对社会“权利的限制和侵害与制度的低效和残缺”。
因此，化解国家与社会之间的矛盾和对立是当代中国国家治理的当务之急。而完成这一使命的根本途径就是使国家权力最终回归社会，确立国家治理实践的“社会本位主义”的价值取向。这是因为，首先，大力发展社会主义生产力，不断提高人民生活水平和生活质量，是消除国家与社会差别和对立、国家权力回归社会的物质前提。无产阶级国家只有在强大的物质力量的支持下，才能消除旧国家形态所遗留下来的种种祸害以及导致国家与社会对立的各种因素，也才能真正实现人民民主新秩序，从制度上实现“人民群众把国家政权重新收回”。其次，从文化意识形态上建设国家和社会，是社会主义国家真正回归社会的文化意识条件。国家同社会一样，在概念上除了实体性的向度之外，还有一个理念性的向度。
西方思想家从葛兰西开始，已经揭示出了国家与社会对立的另一个重要因素和领域，即文化意识形态。一般而言，自治原则、法治原则、个人主义、多元主义、公开性、公共性等被人们认为是社会特有的价值旨趣或规范基础。所以，“代表中国先进文化的前进方向”，不断从“社会物质生活过程中”升华出新的社会文化意识形态是国家权力回归社会的文化意识前提。第三，实行人民民主原则是实现国家权力复归于社会、复归于人民的根本途径和基本条件。人民民主原则集中体现了广大劳动人民的利益和要求，是消除现存制度中一切与人民主权相抵触的东西，保证国家制度的实际体现者始终是人民，保护人民主权不受任何侵犯的原则。社会主义国家治理过程就是不断缩小自身的权力，逐步扩大社会的权利，壮大社会的力量，实现民主制度化的过程。
总之，“三个代表”重要思想首先是当代中国的政党建设理论和执政理论，同时，在国家理论的视域中，又是当代中国的国家治理理论，它深刻地阐释了国家治理的本质及其新的价值根基，厘清了国家治理的实践原则，也规定了国家治理历史发展的价值取向。