自德国实行了“U”计划，美国实行了“曼哈顿工程”以来，两国都为了赶在对方之前制造出原子弹，进而遏制对方，而在自身的保密和干扰对方方面进行了大量的间谍侦察和破坏活动。
然而，德国人对美国人原子弹研制活动进行的间谍活动可谓劳而无功，这主要是由于美国反间谍工作的出色。美国研制原子弹工作规模庞大、人员众多，但他们居然能在长达4年的时间里未被德国间谍机关了解到研制核武器的“曼哈顿工程”行动计划。“曼哈顿工程”有成千上万爱聊天的热情的美国人参与其中，参加这项研制计划的美国人前后达60万之众，任何一个人如果口风不严都可能导致警觉性极高的外国间谍的注意。
“曼哈顿工程”的运作是分散在田纳西州、新墨西哥以及华盛顿等地秘密进行的。在这些人员庞大的研制队伍中，美国人组织了一批尽职合格的保密人员队伍。这些经过训练的青年男女之间谈话用暗语，对核心研制人员的行动进行监控，负责检查每一份文件资料的收发，对散落在办公室里的每一张纸片进行详细检查处理，做到万无一失。而最难的是对参加研制人员的严格控制。这些保密人员恪尽职守，他们对所有接触核心机密的成员都进行了严密的监控，经常用严厉的保密制度来约束这些人员。
在60万参与人员中，他们与所有人员都有严格的保密协定，其中2000多个因口风不严、说话随便的职员受到了处理。在文职人员中，他们特别注意对每一位不适应做这样高度机密工作的人的善后安排，做得周到、完满，使这些人在调离工作岗位后，也不会因为被解雇后产生不满情绪而导致对“曼哈顿工程”工作产生负面影响。
整个保密工作最困难的是参加研究的科学家们的保密工作。许多人在国际上是原子物理学方面的著名人物，德国人只要知道这些人的行踪，自然会尾随其后并容易推测出美国人在何时、何地进行什么样的工作。因此，“曼哈顿工程”的反间谍机构对这些科学家进行了周密的安排。他们给这些科学家每人编上代号，并派专门警卫人员负责他们的行动安全。美国人的保密措施的确是十分出色的，他们不仅成功地使本国科学家的行踪一直不为外人所知，而且还十分成功地将许多国家的科学家带到了美国，在高度保密的状态下参与研制工作。在英国情报机构的帮助下，他们还把世界著名的原子物理学家玻尔从丹麦营救出来，化名贝克在美国秘密地从事了长达2年之久的研究工作。
德国已经注意到，虽然美国从事核领域的研究总的来说是在德国的后面，但是德国并不敢小视。因此，德国人在战争初期曾经派出两名最优秀的科学家来美国进行“交流”，但美国方面成功地阻止了他们的企图，并利用科学家之间的这一“交流”，使德国人产生错误的判断。他们得出的结论是，美国人的研究还停留在初期的阶段。
“曼哈顿工程”的反间谍保密工作不仅仅针对德国人，就连美国二战时最亲密的盟友英国人都难以窥其端倪。
英国物理学家阿兰对美国人的这项研究表现出极大兴趣，曾三次前往参观。美国人立即引起警觉，迅速采取措施加以防范，并协助英国有关部门对其进行调查。结果发现，这位科学家曾向前苏联方面提供过铀标本和美国方面研制的进展情况。英国方面立即将其逮捕，判以重刑。
“曼哈顿工程”的保密工作的确是美国反间谍部门的一项成功大作，真可谓史无前例的奇迹。人们在钦佩之余，也对此产生不解和疑惑，以德国间谍机构的高超水平，何以于对如此易于探出的情报无所作为？其实，这也正是美国反谍报部门出色的工作所致。
“曼哈顿工程”实施期间，美国情报部门不断地制造假象以迷惑德国人，其中最多地是向德国情报部门提供假情报，使德国人误以为美国人的研究仍处于初级阶段。
另一方面，也与德国情报部门的科学家分析失误有极大的关系。日耳曼人愚蠢的优越感使这批科学家自以为是地认为，世界上最优秀的德国科学家都未能在原子弹的研制方面有关键性突破，美国的科学家更是不在话下，他们只能跟在德国人的后面亦步亦趋。相反，美国和英国的情报工作却十分出色，他们不但准确地把握了德国人研制原子弹的进展情况，而且还成功地策划了一次重大的破坏活动，炸毁了德国的重水工厂，阻止了德国人研制工作的进展。