早在19世纪末期，日本就开始与美国争夺亚洲和太平洋地区的霸权。1940年9月27日，日本与德、意结成同盟，妄图东西配合，称霸世界，而日本想要把东南亚这些西方国家固有的殖民地窃为己有，最大的威胁来源就是美国。由于日本对外扩张的速度不断加快，与美国的矛盾也在不断地激化。当美国宣布中止与日本的贸易往来，并对日本实行石油禁运后，为了获得荷属东印度年产量达800万吨石油的油田，南洋占世界年产量78％的橡胶和占世界产量67％的锡矿，以及铁、铝等金属矿资源，还有大米等粮食资源，日本将不惜一战。
日德意结盟之前，山本五十六原是竭力反对日本与美国开战的反战者之一，他心里明白，与强大的美国开战，即使通过偷袭的方式能够在短时间内取得暂时性的优势，但如果战事超过一年到一年半，美国就会以自身强大的资源优势扭转战争的局面。
但是，在日本大本营根据德、意、日三国订立的同盟条约确立了对英美开战的战略方针后，山本五十六一改过去反战初衷，竭尽全力策划了对美国的作战计划。就是以偷袭的方式力求在开战初期歼灭美军太平洋舰队，确立日本军事上的优势，随后不断组织有效进攻，不断打击和削弱美国的军事实力，不给美军积蓄力量的机会，从而赢得战争的胜利。
因此，在这样狂妄的野心驱使下，山本制定了突袭美国太平洋舰队所在地——珍珠港的阴谋计划。
在偷袭发起前十余天，以航空母舰为核心的突击编队从日本出发，在偷袭当日的日出前1～2小时，到达距珍珠港大约200海里的海域，出动舰载机突袭珍珠港内的美军舰艇和岸基航空基地，以突袭手段消灭美军的太平洋舰队，为日本军队的南进扫清障碍。
1941年1月，山本五十六正式向日本海军大臣及川古志郎提交了突袭美国珍珠港的《战备意见书》。意见书中称，要想尽快解决资源上的瓶颈问题，实现南进计划，就不可避免地要与美国发生冲突。一旦开战，美国军队在太平洋的舰队就会立刻从珍珠港出发，从侧翼对日军进行牵制，那么，日军南洋舰队就必定要掉头迎战。因此，日本应该迅速将后顾之忧去掉，先拔掉“珍珠港这颗美国鲨鱼的牙齿”。一旦摧毁了美国太平洋舰队主力，日本就可以在美国恢复元气之前，从容不迫地占领太平洋和印度洋上所有的重要据点，获取那里丰富的资源。取得优势后，迫使美国订立城下之盟。
意见书中对这次突袭的可能性作了这样的评估，即只要美军舰队确实在港内停泊，并且日本军舰在航行途中不被发现，就能取得成功。
应当说，山本五十六的这一海战思想，包括了制海先制空的新观念，这是海战理论的重大变革，代表了当时海战发展的趋势，是一种十分先进的海军战略思想。计划提交大本营后，山本开始着手准备突袭的工作。然而，这个突袭计划却被大本营否决了。
大本营中许多军官都认为这样的计划太具冒险性，如果在攻击前被美军发现，就会有不可想像的灾难；而且一旦联合舰队的主力用于突袭珍珠港，那么势必造成对南方战线的牵制。联合舰队中也有不少军官对这个计划持反对意见，承担作战指挥的第一航空舰队司令南云中将和第十一航空舰队参谋长大西少将表示“不敢苟同”。
山本五十六为了实现这个计划，极力在做高层人士的工作。他不仅说服了前来陈述反对意见的南云和大西两位将军的参谋长，还将此计划交给了日本天皇的弟弟高松亲王，希望他能做通天皇的工作。果然，日本天皇在很短的时间内就“恩准”了山本五十六的偷袭计划。
大本营见天皇已经“恩准”，知道已经回天乏力，只好在1941年10月19日批准了这个计划。
值得一提的是，人们在提到珍珠港事件时，都会指责日本的不宣而战，其实，当时日本内阁在批准这个偷袭的计划时，在时间上作了精心的安排，可以说玩了一个小花招。他们的原意是想尽量不超出合法的限度外，来实现偷袭带来的利益。他们玩的花招是这样的：他们准备给予美国在11月26日提出要求的答复，预定在12月6日夜间送达日本驻美国大使手中，并指定他在第二天的13点正式交给美国政府，这时的夏威夷时间是上午的7：30，这样，日本就只给美国政府半个小时的时间去通知其在夏威夷和其他地区的军事指挥官说日本已经向美国宣战。这样日本就有理由说偷袭并没有违反国际公约。然而，由于日本给美国政府的复电内容太长，日本大使馆在翻译时发生了延误，结果直到华盛顿时间14：20，日本大使才将那份回复送交美国政府，而这时珍珠港偷袭的攻击行动早已经开始了。