皇帝朱厚照把批答奏疏的权力交给了刘瑾，使他成为皇帝的代言人，当时人戏称刘瑾为没有龙椅可坐的“立地皇帝”。为了维护既得权位，刘瑾醉心于特务政治。有一天，早朝结束以后，宦官在丹墀下捡到一份匿名文书——“告刘瑾不法状”。刘瑾大怒，假传圣旨，命文武百官跪在奉天门下，逐一审问。无论是大臣，还是翰林院官、言官，都不承认是自己写的。于是不分青红皂白，逮捕三百多名朝官，押入锦衣卫诏狱，继续审讯。
刘瑾的党羽控制了锦衣卫、东厂、西厂，四处骚扰，形成一片恐怖气氛，正如《明史纪事本末》所说：“偏邑下州，见华衣怒马，京师语音，辄相惊告，官司密赂之，人不贴席矣。”他仍不满意，另外设立一个由他直接控制的特务机构——“内厂”。《明史·宦官传》写成“内行厂”，并不确切。刘瑾把宦官系统的惜薪司改为“外办事厂”，简称外厂；把荣府旧仓地改为“内办事厂”，简称“内厂”。对于这个“内厂”，《明史纪事本末》称“比东西厂尤酷烈”，《明通鉴》称“屡起大狱，冤号相属”。
刘瑾满以为如此这般，他的地位就坚如磐石了，其实不然。帝制时代，天无二日，国无二帝，胆敢与皇帝平起平坐，就是僭越，就是犯上作乱，理当满门抄斩。刘瑾心知肚明，他的地位与权力是皇帝赏赐的，只要皇帝认可，谁也扳不倒他；能扳倒他的，只有皇帝本人。一旦皇帝震怒，弃之如敝屣，他就什么也不是了。
果然，在横行了多年以后，一个偶发事件导致了他的垮台。正德四年（1509）八月，宁夏的安化王寘鐇谋反，打出反对刘瑾的旗号。正德五年四月，安化王寘鐇起兵，皇帝派遣都察院右都御使杨一清与神机营总督太监张永，率领兵马前往平叛。
杨一清虽是进士出身，却与一般文官不同，性警敏，善权变，治理西北边境颇有成效。因为不满于刘瑾专权，遭到刘瑾诬陷，被投入锦衣卫诏狱。幸亏大学士李东阳、王鏊大力营救，得以无罪致仕。安化王寘起兵，皇帝想起了在西北治理有方的杨一清，将他恢复原官，出任平叛总指挥。
叛乱平定后，出现了一般人难以预料的一幕：杨一清策反张永。要知道，张永是皇帝派来的监军，而且是“八虎”之一，也就是说，他是刘瑾的党羽，要他向刘瑾反戈一击，岂非白日做梦！如果张永向刘瑾告密，那么杨一清便死无葬身之地了。权衡利弊得失，杨一清走了一步险棋，他知道张永与刘瑾之间嫌隙之深，已成水火之势。就在几个月之前，张刘二人在皇帝面前发生了正面冲突。
起因是，张对刘的胡作非为久已不满，刘也发觉张的离心离德，试图怂恿皇上，把他发配到南京去。张永向皇上控诉，这是刘瑾对自己的陷害。皇帝让两人当面对质，刘瑾油嘴滑舌，张永逐渐落于下风，心有不甘，挥起老拳向刘瑾打去，演出了一场全武行。皇帝不得不叫来“八虎”之一的谷大用，摆了一桌酒席，为两人和解。由此可见，在皇帝心目中，张永的地位并不在刘瑾之下。杨一清对此一清二楚，策反是有把握的。两人之间开诚布公的一席谈，对正德年间的政治走势影响巨大，所以《玉堂丛语》、《明史》、《明史纪事本末》、《明通鉴》等文献中都有详细的记录。
杨一清说：仰赖公公，使得叛乱得以平定，然而国家内乱不可测，无可奈何。
张永反问：什么意思？
杨一清解释道：公公哪里会不知道，只是没有人为公公出谋划策而已。随即靠近他的身边，写了一个“瑾”字。
张永心领神会，叹息道：刘瑾白天黑夜都在皇上身边，皇上一天不见他就闷闷不乐，如今羽翼丰满，耳目众多，怎么下手呢？
杨一清说：公公也是天子宠信的幸臣，此次平叛，不派别人而派公公，皇上的心意已经十分明白。班师回朝时，面见皇上，汇报寘鐇叛乱檄文提及请诛刘瑾以清君侧，强调海内愁怨，天下将要大乱。皇上聪明英武，必定领悟，一怒之下杀了刘瑾，把宫内大权交到你的手上，这真是千载难逢的机会。
张永颇有顾虑地说：假如不成功，怎么办？
杨一清说：这些话由公公讲出来，必定成功。不过你在讲的时候，必须思路清晰、措辞委婉。假如皇上不信，公公立即叩头请死，痛哭流涕请求皇上严惩刘瑾，只要皇上松口，立即采取行动，以免泄露事机，招来杀身之祸。
张永终于下定决心，奋臂喊道：我不惜用余生报答主公！
正如杨一清所料，张永押解安化王一行班师回朝，抵达涿州时，刘瑾果然派人宣布张永一行不得进城，“听行勘处”。张永有所准备，连夜由小路直奔京城，觐见皇帝，秘密奏报刘瑾“浊乱天下，阴图不轨”。
正德五年八月，张永押着寘鐇及其亲属十八人抵达京师，皇帝在东安门举行献俘与受俘仪式。仪式完毕以后，皇帝设宴慰劳张永，刘瑾、马永成陪坐。待到刘瑾告退，张永向皇帝揭发刘瑾谋反，从袖子里拿出奏疏，列举十七件不法事。已经有些醉意的皇帝问道：这个奴才果然负我？张永回应道：此事不可耽误事机，否则的话，奴才粉身碎骨，陛下也无处安身了。马永成在一旁敲边鼓，支持张永。皇帝终于下定决心，逮捕刘瑾。
当天夜间，刘瑾留宿在宫中内值班室，听到外面人声喧哗，喝问：谁？外面应声：皇上有旨。刘瑾披着青色蟒衣出来，立即被士兵捆绑，押往东华门外的菜厂。皇帝念于旧情，不想杀他，只是宣布：刘瑾前往凤阳闲住。鉴于朝野盛传刘瑾贪赃枉法，富可敌国，皇帝下令“籍没”——没收其全部财产。
刘瑾的家产令人震惊。王世贞在他的著作中说，刘瑾有黄金1200万两、白银25958万两。《宪章录》、《皇明通纪》沿用了这一说法。《明史纪事本末》大概也是这种说法，具体为：金元宝24万锭（一锭50两），零碎黄金57800两；银元宝500万锭，零碎白银1583600两。夏燮在《明通鉴》中对此作了考证，认为金银数字过于夸张，并不可信：“恐当时传闻如此，未必真有此数。”所以他采用比较含糊的说法：“金银累数百万。”这还不包括无法计算的珍珠、玉器、文物、字画。皇帝最为关注的不是这些财产，而是从他家里查抄的衮衣、玉带、甲仗、弓弩之类的违禁物品，特别是刘瑾从不离手的扇子内竟暗藏两把锋利的匕首。皇帝朱厚照勃然大怒，想不到成天在他身边转悠的奴才，竟然挟带凶器，显然心怀叵测，不由得吐出三个字：“奴果反！”——这个奴才果然有反叛之心，下旨把刘瑾关进监狱。
一时间，舆论风起云涌。以谢讷为首的六科给事中、以贺泰为首的十三道御史，联名揭发刘瑾十九条罪状，请求皇帝立即明正典刑。皇帝批准了这一请求，命令三法司（刑部、大理寺、都察院）与锦衣卫会同有关部门官员，在午门外审讯刘瑾。主持审讯的刑部尚书刘璟，面对昔日的“立地皇帝”，紧张得不敢发声。刘瑾气势汹汹地大声喊道：满朝公卿多出于我的门下，谁敢审问我？审问官们一个个都避开他的凶狠目光，噤若寒蝉。此时，驸马都尉蔡震挺身而出：我是皇亲国戚，不出于你的门下，敢于审问你。蔡震追问他为何私藏兵器，刘瑾辩解：为了保卫皇上。蔡震追问：为何藏在自己家里？刘瑾无言以对。
以“反逆”罪定案后，皇帝下旨：不必覆奏，凌迟处死，三日后割其首级，并把审问笔录与处决图像，向全国公布。
刘瑾罪有应得，死有余辜，然而定为“反逆”罪，似乎有点牵强。野史传闻，他竟有“篡位”的图谋。说得最为活灵活现的，是刘瑾与张綵的密谋。话说有一天，刘瑾与他的亲信、吏部尚书张綵聊天，竟然痛哭流涕地说：先前，谷大用、张永等人，担心遭到外廷大臣攻击，推我为首。我以身徇天下，摧折大批正人君子，天下怨仇都集中于我，不知道今后下场如何？张綵屏退左右悄声对他说：如今皇上没有儿子，势必册立宗室子弟，如果是一个年长又贤能的人，公公必将受祸，不如援手拥立年幼的弱者，公公可保富贵无忧。刘瑾表示赞赏。过了几天，他突然变卦，对张綵说：不必拥立宗室子弟，我自立为帝。张綵期期以为不可。刘瑾大怒，拿起茶碗向张綵掷去，张綵不敢再劝阻。
刘瑾处死后，张綵作为同谋被捕入狱，却大喊冤枉：“皇天后土，太祖太宗，可鉴其心。”明眼人一看便知，此类“天知地知，你知我知”的事情，随着张綵死于狱中，已经死无对证，其可信度究竟如何是颇值得怀疑的。
主犯虽死，横行政坛五年的流毒，却难以消除。皇帝朱厚照只想除掉一个“反逆”太监，并不想改弦更张。张永也不想打击面过于扩大，以免使自己陷于难堪境地。言官们纷纷上疏弹劾为刘瑾摇旗呐喊的文武大臣，张永拿了奏疏到左顺门，向言官打招呼说：刘瑾专权时，我辈都不敢讲话，何况文武两班官员！如今只追究刘瑾一人之罪，以后不要再写这样的奏疏了。
先前为虎作伥的佞臣，如内阁大学士焦芳、刘宇、曹元，户部尚书刘璣，兵部侍郎陈震等，不过是“削籍为民”了事。相对于张綵瘐死狱中之后，再“磔尸于市”（在街头对尸体千刀万剐），罪大恶极的焦芳父子竟然得以寿终正寝，反差极大，却不足为奇。
刘瑾倒下，张永取而代之，太监专权的局面没有改变。《明通鉴》说得好：“瑾虽诛，而张永用事，政仍在内，魏斌、马永成等擅窃威柄，阁部仍敛手而已。”正德朝的腐败政局并没有根本的变化。