“夺门之变”是石亨、曹吉祥、徐有贞等人一手策划的宫廷政变，它的结果是，以太上皇身份被幽禁于南宫的英宗朱祁镇重新登上皇位，所以史家称为“英宗复辟”或“南宫复辟”。既然称之为复辟，那么新旧势力在朝廷的较量势不可免。英宗重登宝座的天顺元年（1457），剧烈的政治纷争始终不曾间断，封赏与整肃同时展开，朝廷最高权力班子大幅度变动。景帝时的阁部大臣，即使在土木之变后支撑危局、力挽狂澜的有功之臣，都遭到整肃，处死的处死，流放的流放。在这种腥风血雨的衬托下，复辟功臣一个个加官晋爵。
英宗对于拥戴他再度登上皇位的有功之臣，毫不吝啬他的封赏。即位当天就宣布：徐有贞以原官（都察院副都御史）兼学士的身份，进入内阁，参与机务，次日又给他加上兵部尚书头衔，成为内阁的第一把手。他还得到皇帝赏赐的“免死铁券”，上面有这样的字句：“除逆谋不宥，其余杂犯死罪，身免二死，子免一死。仍命尔兼华盖殿大学士，掌文渊阁事。”石亨加封为忠国公，曹吉祥晋升为司礼监太监，养子曹钦晋升为都督同知。
然而，“夺门之变”毕竟是一种政治投机，掌管五军大营的石亨是主谋，掌管京营的曹吉祥是协谋，徐有贞是军师。他们的联手是为了获取功赏，一旦投机成功，功赏到手，互相之间的倾轧是不可避免的。
徐有贞由副都御史一跃而为内阁首辅兼兵部尚书，仍不满足，对石亨的“忠国公”头衔很是羡慕，希望他在皇帝面前美言几句，促成此事。石亨果然为他美言，皇帝加封他为武功伯。这时的徐有贞真是春风得意，不可一世，《明史·徐有贞传》说：“事权尽归有贞，中外咸侧目，而有贞愈益发舒，进见无时，帝亦倾心委任。”
太监兴安见徐有贞如此得意忘形，提醒皇帝注意此人的人品，他说：当年土木之变，京城危急时，徐有贞主张皇帝南迁，当日如果真的南迁了，不知置陛下于何地？哪里还有夺门之功呢？英宗听了，默然无语。
兴安所说是事实。当时监国的郕王召集廷臣询问对策，徐有贞放言：从星象历数上看来，天命已去，只有南迁可以舒解危难。立即遭到太监金英的叱责，礼部尚书胡、内阁大学士陈循也都认为不妥，兵部侍郎于谦语气最为尖锐：主张南迁者，可杀！徐有贞大为沮丧，从此仕途委顿，久久不得升迁，后来因为治理水患有功，才由侍讲晋升为都察院副都御史。此人颇为精通为官之道，为了稳固现在的内阁首辅地位，必须与昔日盟友石亨、曹吉祥划清界限。
石亨、曹吉祥是贪得无厌之辈，京畿地区百姓投诉石亨、曹吉祥霸占民田，横行乡里，御史杨瑄把这些投诉以及石、曹二人“怙宠专权”的劣迹，写了一个奏折呈上。英宗看了，对内阁的徐有贞、李贤说：杨瑄是真御史！当即要他们派官员前往核实，令吏部提升杨瑄。曹吉祥获悉这一情况，十分惊慌。
此时掌道御史张鹏、周斌正在与十三道御史撰写弹劾石亨、曹吉祥的奏折。正巧石亨西征归来，有人把消息透露给他。于是石亨、曹吉祥一起向皇帝哭诉，说张鹏是刚被处死的太监张永的养子，结党诬陷，企图为张永报仇。第二天，英宗看到奏折，大为光火，命张鹏、杨瑄等御史到文华殿，叫御史周斌读他们的奏折。周斌神色自若地读到“冒功滥职”，英宗责问：他们率领将士迎驾，朝廷论功行赏，为何说是“冒滥”？周斌答：此辈是贪天之功据为己有，当时迎驾的不过几百人，如今越级升迁的竟有几千人，不是“冒滥”是什么？皇帝哑口无言，却依然站在石、曹一边，把杨瑄、张鹏等御史投入监狱。
机敏过人的徐有贞意识到，有必要把自己与石亨、曹吉祥的关系加以切割。当初石、曹之流如果不邀请他参与“夺门之变”，就不会有他今日的飞黄腾达，这一点徐有贞早已抛到九霄云外去了。《明史·徐有贞传》说：“（徐）有贞既得志，则思自异于曹吉祥、石亨，窥帝于二人不能无厌色，乃稍稍裁之，且微言其贪横状，帝亦为之动。”说明他已经看到皇上对石、曹二人已经感到厌恶，对石、曹二人贪婪横行，内心有所触动。皇上把徐有贞与李贤召来，听取他们对于杨瑄弹劾石、曹的看法。二人认为杨瑄讲得有理有据。英宗的态度立即大变，不但把杨瑄、张鹏释放，而且予以嘉奖。
消息灵通的石亨、曹吉祥怨恨得咬牙切齿，日日夜夜都在想方设法陷害徐有贞。皇上对徐有贞眷顾有加，经常屏退左右密谈。曹吉祥利用司礼监太监的地位，指使皇上身边的小太监在门外偷听，然后向他报告。曹吉祥又把这些秘密谈话故意泄露给皇上，皇上惊讶地问道：你从哪里听来的？曹吉祥回答：徐有贞亲口对我讲的。还说：某一天谈了某一件事，外间已经无人不晓。英宗大为气愤，徐有贞竟然把君臣两人间的密谈内容透露出去，实属欺君罔上，从此疏远徐有贞。
石亨、曹吉祥乘机向皇上进谗言，说杨瑄、张鹏的幕后指使者正是内阁的徐有贞、李贤；还向皇上大谈“迎驾夺门”的功劳，诉苦说：现今内阁专权，第一步就是先除掉臣等二人。不然，那些御史怎么敢如此胆大妄为？说罢，两人嚎啕大哭，做功实在道地，使得皇上大为感动，随即发动言官弹劾徐有贞、李贤“图擅威权，排斥勋旧”。接着下旨，把徐有贞、李贤关入监狱，御史杨瑄、张鹏等人处死。
几天后，狂风暴雨夹杂雷电冰雹横扫北京，大树拔起，房屋倒塌，宫内奉天门建筑也遭到损毁，石亨、曹吉祥家中大树折断，二人以为是天谴。他们的亲信、钦天监主管向皇上进言：“上天示警，宜恤刑狱。”英宗出于恐惧，接受了这个建议，把徐有贞、李贤释放，宽大处理，分别贬官为广东参政、福建参政。
石亨、曹吉祥对徐有贞的怨恨并未消解，必欲置之死地而后快，指使亲信投寄匿名信，指责朝廷。然后向皇帝揭发：徐有贞心怀怨望，令其门客马士权干出这种勾当。皇帝下旨，把在通州途中的徐有贞逮捕，与马士权一并关入锦衣卫镇抚司诏狱，严刑拷打。马士权四次濒临死亡，始终没有自诬一句。石亨、曹吉祥恐怕皇上再次大赦，造谣中伤说徐有贞自己撰写“武功伯券”，自择封地武功县，是曹操当年的封地，可见他“志图非望”。法司审判时，马士权大声疾呼：岂有自撰“武功伯券”而暴露“逆谋”的道理？刑部官员慑于石、曹的威势，判定徐有贞“窃弄国柄”罪，处以死刑。英宗没有批准，改为流放。
后来英宗仿佛顿悟了，对李贤等大臣说：徐有贞才学难得，哪里有什么大罪？全是石亨辈诬陷的。徐有贞因此得以释归田里，这位昔日的“智多星”，早已看破官场的沉浮，远离政治，放浪于山水之间，安然度过十多年的余生。
徐有贞先前的盟友、后来的潜在对手——石亨、曹吉祥的下场就没有那么美妙了。
就在徐有贞下狱之后不久，李贤以吏部尚书兼翰林学士，再度进入内阁，英宗对他颇为信任，屏退左右对李贤说：石亨、曹吉祥辈干政，四方封疆大吏向朝廷汇报工作，首先登门拜访他们，互通声气，怎么办好呢？李贤说：只要陛下独断，趋附石、曹门下的现象，自然而然会停息。英宗担心地问道：不采纳他们的意见，他们不反感吗？李贤说：陛下的制裁只能慢慢来。因为当时石亨、曹吉祥势头正盛，李贤有所顾忌，不敢畅所欲言。