杨起隆被迫在没有完全准备就绪的情况下，再把时间提前于12月22日仓皇举火起义。起义地点就在鼓楼西街周公直家。当镶黄旗官员鄂克逊走经鼓楼时，看见大火冲天，跑到高处看时，只见起义者披甲露刃，于是就跑到兵部报告了兵部尚书明珠、都统图海、宏烈、与副都统觉罗吉哈礼，随派兵围住周公直的家，起义者纵火、放箭与官兵大战起来。杨起隆在混战之中与同伙张子房等7骑奋勇杀敌，冲破官兵的包围跑了出来，而陈益等人没能冲出官兵的重围，虽在院内坚持战斗，但终因弧立无援，寡不敌众，被鄂克逊首先冲进院内，陈益与杨起隆的妻子马氏和随从都被清兵捕获。接着清政府进行了大逮捕，大屠杀。逮捕首先针对在逃的首领杨起隆。清政府先下令“缉获假称朱三之杨起隆”，并且一度暂闭城门，因为有人举报杨起隆潜伏在京城之内，故行严缉。同时大规模搜捕余党，城上布满了官兵，关闭城门，按册排甲逐一搜捕。凡是被捕的都用黑布蒙住面孔。城中不准升火煮饭三天，可是仍然到处起火，闹得白天昏黑，城中的百姓惶惶不安。由于捕获的起义者过多无地处决，就用车装满送出九门外斩首，城外的尸首堆积如山。这种情形一直持续了8天，清政府才下令，不要杀戮过多，凡是只有红布，无扎付和信件的都不予追究。这样放出来就有几千人。这次大逮捕、大屠杀株连了很多完全无辜的平民。因吴三桂没叛乱之前，京城盛传不久当有大难，凡是头和腰裹红布的就可以免灾。所以暗藏红布的平民颇多，于是虽然不在起义者的名册，但只要搜得有红布的人也被处斩无数。
起义被清政府血腥镇压下去了，只有起义首领杨起隆仍然在逃未获。一直到康熙十九年（1680年）九月，又有人自称朱三太子，广散扎付，活跃在陕西汉中、兴安一带，被清政府逮捕。据《清史列传》中说这个被捕的朱三太子就是杨起隆。但又据《清塑祖实录》一书中讲这个被捕的朱三太子不是杨起隆。不管这个被捕者是否是杨起隆，两种说法都证明，至少杨起隆是起义的参加者，多年后还在坚持反清斗争。
杨起隆起义有它的特点：一、它发生在清朝统治的心脏北京，这是140年后在北京爆发的林清天理教起义的前奏。在帝王京城发动起义是前所未有的，这说明了晚清封建统治的深刻危机；二、杨起隆在起义中自称朱三太子，部众号称“中兴官兵”，这是直接借复明之名以反抗清朝统治，争取旗下的奴仆、佃户参加；三、杨起隆的组织、发动工作做得很深入，“八旗下无家不编”，特别是皇帝直辖的上三旗中的镶黄、正黄旗奴仆，形成了这次起义的主力。这是有重大意义的，因为它充分反映出，八旗内阶级矛盾的尖锐化，已经达到了即使由皇帝亲自控制也会出现裂缝的程度。
湖北麻城农民起义（黄金龙、何士荣起义）清朝康熙十二年（1674年）九月，黄金龙、刘尹孚等聚结民众数千人在湖北麻城起义。清廷麻城知府于成龙，诱骗刘尹孚投降，受骗随刘尹孚投诚的民众1000多人。黄金龙被迫率领余部1000多人和邹君申等人据守山砦。于成龙率领清兵以刘尹孚为响导，进击山砦。黄金龙战败被俘牺牲。余部大部分都加入另外一支农民起义军，继续反抗清廷的斗争。
十月，何士荣占据永宁乡，陈鼎业占据阳逻，刘启业占领石坡，周铁瓜、鲍士庸占领泉畈，各自聚结民众数千人，先后起义，共推何士荣为首领。起义军与湖口、宁州等地的起义军遥相呼应，准备进攻黄州（今湖北黄冈）。此时黄州的清军都已调走征讨三藩去了，城内空虚．城中清延的官吏见势惊慌，提议退守麻城。知府于成龙认为黄州是对三藩作战的补给重镇，一旦失守，势必影响大军作战，所以必须死守。于是，就征集乡勇2000多人，首先命令黄冈知县李径政带领所部乡勇进攻阳逻，来解除起义从四面对黄州的威胁。李径政攻占了阳逻，阵鼎业被俘牺牲。
何士荣率领起义军从牧马崖出发，分兵两路进黄州。于成龙命令千总罗登云率领乡勇1000人在东路阻止起义军；自已率领乡勇1000多人从西路反击，命令千总吴之兰为左翼，武举张尚圣为右翼，自己在中路指挥。起义军首先猛攻清军的左翼，击毙干总吴之兰，清军败退。清军的干总李茂升组织反击，督率清军拼力奋战，起义军的进攻受阻。张尚至所率领的清军袭击起义军的侧背。起义军腹背受敌，向泉畈（fàn饭）方向撤退，清军追击，何士荣亲自担任后卫，战败被俘牺牲。清军攻占泉畈，起义军首领大部分牺牲。起义军经过24天的激烈战斗，终于失败。
蒙古布尔尼反清之战康熙十二年，满清王朝调遣蒙古察哈尔亲王布尔尼出兵平定三藩，布尔尼拒不接受清延的命令，并且搧动奈曼等部叛清。康熙任命信郡王鄂扎为“抚远大将军”，图海为副将军共同督师征讨。此时清廷的八旗兵劲旅大部分南下进剿三藩，图海以八旗的家奴临时组织成的兵卒从征，并率土默特等部的蒙古兵向察哈进军。到了岐尔哈台，侦探到布尔尼屯兵达禄。清军大将军信郡王鄂扎命令清兵轻装前进，攻击达禄。布尔尼在山谷中设下埋伏，以3000人马诱敌，清军在搜山时遇到了埋伏，致使土默特的兵马初战受到挫折，副将军图海率领主力进击，双方激战多时，布尔尼兵大败。布尔尼仅率领30骑兵突围，中途被科尔沁额附沙津射死。察哈尔遂平。
朱统锠反清贵溪之战明朝的后裔朱统锠举兵起事，先接受耿精忠的封号，耿精忠归降清廷后，自称宜春王，率兵攻占贵溪等地，康熙十六年十月遣派他的尾部陈龙攻占光泽。清廷福建按察使吴兴祚率领轻骑兵进攻光泽，陈龙等投降。吴兴祚派遣投降的士卒伪称逃回，以为内应，派陈龙引军进攻贵溪。朱统昌战败，他的部属将领冯珩缚之投降了清军。
江西杨玉泰起义杨玉泰乘三藩掀起战乱，号召人民起来反抗清廷的统治，他在宜黄、乐安、崇仁等地山区集合了起义的队伍，派蔡仕伯率领一部分起义军进驻宜黄，自己率领起义军主力踞守乐安，以便互相支援。清廷江西总督黄卫国为了巩固对三藩作战的大后方的安全，决心派兵进攻。起义军作战失利，在宜黄、崇仁相继失守后，蔡、沈投降清军，杨玉泰在大岭抗击清军失败后退守乐安。清军攻占乐安，杨玉泰也投降了清军，于是起义失败。
夏逢龙起事康熙二十七年（1688年），三藩战乱平定之后，清王朝大量的裁减士兵，被裁减的兵勇流落在湖南、湖北之间，无生活门路，聚集在一起密谋叛乱。原清军督标兵夏逢龙向来以和解行伍中的争端为大家所信服，被裁减后被推举为首领率领大众围攻巡府的衙门。襄阳总兵许盛奉令亲督清兵抵抗，被夏兵射伤，清军溃散，巡抚永昌投井自杀。于是夏军占领了武昌。众兵勇又推举夏逢龙为总统兵马大元帅。被裁减的清军相继投入夏军的行列。夏军的声势日益壮大，先后攻了嘉鱼、咸宁、武昌、蒲圻、濮阳等县城。夏军很快发展到数万人。夏逢龙留下所设置总兵胡耀乾驻守武昌，自己率领主力大军攻占了汉阳、德安，夏军攻击石城未能攻下，向应城方向转移。清帝康熙派遣瓦岱为振武将军调江宁的满、汉各军水陆兼程前进，增援武昌等地。湖广提督徐治都率领清兵进击，到达应城与夏遭遇，双方经激烈的战斗，夏军稍却，清军进入了应城，夏军1万多人围攻应城，徐治都分兵出击，使夏军腹背受敌，就撤围，转攻德安。夏逢龙自率水师战舰20艘顺流而下，到了龙川矶进攻清军。经过一天一夜的激战，夏军伤亡惨重。夏逢龙率领余众漂泊鲤鱼潦（）。徐治都派郭兴、杨明锦等率部防止起义军登陆；自己率领水师进攻夏军的船队，夏军的船舰多被焚烧，夏军的水兵伤亡很重。夏逢龙率众登陆，又战死700多人，遂单骑逃到武昌。此时他设置的总兵胡耀乾已献武昌投降清军，汉阳也被清军占领，夏逢龙转奔黄州。振威将军都统瓦岱所统领的八旗兵于七月追到黄州，夏逢龙所置设黄州总兵赵得等迎降，夏再逃到黄冈，被清军俘虏斩杀。
吴三桂余部反清起事吴三桂起兵叛乱失败后，其余部窜入山区，等待时机反清起事。康熙三十七年（1698年），满清王朝在茶陵等地方私增摊派粮款，激起民愤。吴三桂的旧部陈丹书等乘机攻击茶陵，黄明等攻击端州（广东高要），都遭到了清军镇压，起事失败。