清王朝为了巩固边防，防止策旺阿拉布坦再惹事端，决心增兵吐鲁番，屯田备边。这一举措乃与清廷派兵驻藏是相一致的。康熙六十年八、九月间，清廷先后派副都统庄图、穆克登各率兵2000人进驻叶鲁番，由阿喇纳统一指挥。阿喇纳军在途中与旺军相遇，清军分三路突入准噶尔阵内，策旺阿拉布坦败入林中，弃马步战，边战边退。清军以火器射击，杀死杀伤准噶尔军百余人，准噶尔军溃不成军，清军乘胜追击数10里，俘获了众多的叛军。
准噶尔军民的抗俄斗争准噶尔人民在与沙俄的长期“交往”中，早已识破沙俄口蜜腹剑的伎俩。十七至十八世纪之交，俄国正是野心勃勃的彼得一世在位时期，在与欧洲列强争霸的同时，沙俄也在东方极力推行侵略扩张政策，屡次派军侵犯、骚扰我东北和西北的边疆，为此清政府进行了强硬的反击，准噶尔人民也坚决反抗沙俄入侵，亚梅什湖之战就说明了准噶尔人民不容外敌侵犯，保家为国的决心。
但沙俄侵略者贼心不死，在亚梅什湖战败之后，又组成了400多人的一支侵略军。试图侵入斋桑湖，在湖边修筑城池要塞，以伺进侵略我国西北。但这支侵略军又遭到噶尔军民2万人的截击，不得不灰溜溜地退回老巢托波尔斯克。
到了1721至1722年，策旺阿拉布坦的势力被清军逐出西藏之后，处境十分狼狈，为摆脱困难而表示愿意向沙俄让步。沙俄政府以为有机可剩，立即把侵略魔爪伸向准噶尔部，劝诱策旺臣属于俄国以求得到俄的庇护。然而在准噶尔人民面前，策旺拒绝了俄的威胁利诱，坚持了严正的立场，“拒绝转入俄罗斯国籍，并且没有接受翁科夫斯基所提出的关于在汗国领土上修筑要塞并派俄军驻防其中的建议”，这说明准噶尔人民是爱国的，因此沙俄翁科夫斯基使团在准噶尔活动的两年内，处处碰壁，一事无成。
铲除青海叛乱1723年（雍正元年），准噶尔汗策旺阿拉布坦支持青海和硕特蒙古贵族罗卜藏丹津乘抚远大将军胤回京奔丧之机，公开发动了武装叛乱。
罗卜藏丹津是顾实汗之孙，于1714年继承了其父的和硕亲王爵位并于1720年（康熙五十九年）作为青海和硕特代表“率所属兵”，参加了清军护送达赖喇嘛入藏的队伍，但在顾实汗死后（顺治十三年，即1656年），青海和硕特便失去了统一各部的凝聚力和约束力，出现了王公贵族相互纷争，成为清政府西北地区的“边患”。直到清政府平定噶尔丹叛乱后，才与和硕特部建立了松散的联系，和硕特部地方割据势力仍十分强大。清军进藏后，加强了对西藏政府的管辖和控制，从此结束了和硕特蒙古对西藏的统治。由此罗卜藏丹津怀恨在心，因他一直怀有“阴觊先人霸业，总长诸部”的政治野心。罗卜藏丹津本是青海和硕特蒙古贵族中唯一的亲王，爵高位崇，在他看来他理应接替拉藏汗而统治西藏，然而事实都恰恰相反，罗卜藏丹津不仅没在西藏获得任何权势，反而受到了清政府的抑制与削弱。因此，罗卜藏丹津对清廷产生了强烈的不满，代表青海割据势力，与策旺相勾结，悍然发动了反清的武装叛乱。
1723年（雍正元年）8月，罗卜藏丹津胁迫青海各台吉（即首领）于巴尔巴罗海会盟，自称为达赖珲台吉，强令诸台吉“呼旧名号，一律不许呼王、贝勒、贝子、公封号”，拒绝者则遭攻击，于是如亲王察罕丹津等，率妻子及所属百40余人，至河州老鸦关外，向清朝求援。
清廷闻变后，急令川陕总督年羹尧率军前往平叛，一面命侍郎常寿去罗卜藏丹津驻地沙拉图宣布圣偷，令其“罢兵和睦”，遭拒绝，常寿反遭拘禁，罗卜藏丹津与同党阿拉克诺木齐、阿尔布坦温布、藏巴扎布等益肆猖狂。
雍正元年十月，叛军首先在西宁府周围的南川申中堡，西川镇海堡与北川新城等发动进攻，“每处有贼二三千人，以势驱逐附近番子，攻城放火，烧毁民间积聚草谷，抢掠财物”，同时，西宁附近喇嘛寺院的僧人也受到蛊惑而叛乱反清。
年羹尧被封为“抚远大将军”，征调川陕官兵进驻西宁。清廷又命四川提督岳钟琪为“奋威将军”，参赞军务。为防叛军内乱，清军分布于永昌布隆吉河、巴塘、里塘，黄胜关等处，防止与准噶尔部沟通。清军部署就绪后，便分兵进攻西宁周边各处叛军。罗卜藏丹津率军西逃。于是镇南、申中、南川、西川、北川等地尽为清军收复。清军在解决了周围的战斗之后，平叛战争便进入专门讨伐罗卜藏丹津叛军的阶段。年羹尧采取岳钟琪“乘春草未生”“捣其不备”的作战方针，于雍正元年二月八日，分兵三路进剿：总兵吴正安由北路；总兵黄喜林出中路，岳钟琪与侍卫达鼐由南路进剿判军，大败罗卜藏丹津于柴达木，罗卜藏丹津“衣番妇衣，携其妻妾，走噶尔顺”，以后又逃到准噶尔策旺阿拉布坦处。
这次平叛战争用兵神速，大获全胜。据清朝官书记载：“计师行深入，自雍正二年二月八日至二十有二日，仅旬有五日，成功之速，为史册所未有”，雍正皇帝也把这次战役的胜利，看作“十年以来”从所未立的“奇功”。
罗卜藏丹津叛乱被平定之后，清廷对青海蒙古各族加强了管理，共编为29旗，还规定了会盟与朝贡制度；在经济上采取了发展农牧业生产、安定人民生活的措施；清廷将一度作为地方割据势力主要支柱的喇嘛教寺院置于政府控制之下。不久，清廷对青海地区的行政建制作了重大改革，1725年（雍正三年）改西宁卫为西宁府，从此，青海地区完全置于中央政府的直接统治之下。
清军平定西藏阿尔布巴叛乱清军收复青海后，阿拉布坦苏巴泰不肯臣服，经常出兵截饷戕吏，威胁清军安全。年羹尧派兵进讨，追至墨尔，阿拉布坦苏巴泰战败而逃。这时西藏又发生内乱，在准噶尔部的支持下，被封为贝子的阿尔布巴等与清廷册立的贝子康济鼐争权，兵戎相见。
清朝派吏部尚书查郎阿率川、陕、滇兵1．5万人进讨，直捣拉萨。清驻藏大臣马喇、僧格等到布达拉保护达赖，并将叛军首领阿尔布巴擒获，待查郎阿军抵布达拉时，西藏内乱已平定，清兵对首逆及其家属尽行诛戮，维护了西藏地方的和平。
击退廓尔喀入侵清廷于1727年（雍正五年）设立了驻藏大臣，加强了对西藏的管辖。颇罗鼐在平定阿尔布巴叛乱中因功而被升为郡王，“克尽忠诚”管理藏务。但当颇罗鼐死后，其子诛尔墨特那木扎勒在承袭了郡王爵位，企图独揽大权，与达赖喇嘛发生冲突，于1747年（乾隆十二年）发动了叛乱。清廷密令新任驻藏大臣傅清务必诛杀叛乱分子。然而叛军党羽众多，气焰嚣张，傅清被迫自杀。清廷于是急调四川总督策楞与提督岳钟琪率兵入藏平叛。但在西藏，由七世达赖喇嘛和西藏僧俗人员齐心协力，已经镇压了叛乱。清廷于1750——1751年间对西藏的政体进行了改革，废除了西藏郡王的授封，规定西藏地方政府——噶厦由4名噶隆联合组成，并相应提高了驻藏大臣的权力。此后西藏政局维持了近40年的稳定。
十八世纪末，廓尔喀族统治了尼泊尔之后不断四处扩张，并发动了对西藏的入侵。1788年（乾隆五十三年）廓尔喀族派兵进犯我西藏的聂拉木、宗噶、济咙等地。清廷派巴忠等率兵入藏援助，巴忠办事不力，谎报廓尔喀已退兵以蒙骗清廷，从而使廓尔喀得寸进尺，并与西藏的叛乱分子勾结，派兵侵略日喀则，四处杀掠，使西藏僧俗人民遭受到巨大灾难。而驻藏大臣保泰闻讯不作抗击，却打算将达赖与班弹“移至泰宁”。清廷连派福康安为将军，调兵入藏，得到藏民的欢迎和支持。清军很快驱逐侵略者，廓尔喀统治者向清廷保证，永不再侵犯西藏。清廷决定大力整顿和改革西藏的政治与宗教制度。1793年颁布了著名的《钦定西藏章程》，从而大大加强了清廷对西藏的管辖。
§§§第四节 准部烽烟再起清廷维护统一
科舍图之战青海和硕特首领阿卜藏丹津叛乱失败后逃亡准噶尔，受到策旺阿拉布坦的庇护。清廷多次令其献出叛贼但策旺拒不从命。
雍正五年（1727年），策旺阿拉布坦死，长子噶尔丹策零继位，“狡黠好兵如其父，屡犯边”，继续庇护罗卜藏丹津，并且多次骚扰清兵。雍正帝认为，噶尔丹策零的分裂力量迅速扩大，而且气焰嚣张，“若不迅行扑灭，将来必为蒙古之巨害，贻中国之隐忧”，因此，雍正帝决心继承康熙的未竟事业，力排众议，以武力平定准噶尔以维护统一。
雍正七年（1729）年三月，命傅尔丹内大臣为靖边大将军，率2．6万余人屯驻阿尔泰山地区的科布多（今蒙古吉尔格朗图）出北路；命川陕总督岳钟琪为宁远大将军，率2．9万人进驻巴坦克坤（今属新疆），出西路，准备次年进攻伊犁的准噶尔部。
噶尔丹策零十分狡猾，闻听清廷出兵，立刻向清廷遣使求和，并愿献出罗卜藏丹津，结果雍正帝中了噶尔丹策零的缓兵之计，下令两路军队暂缓进兵，并传傅尔丹和岳钟琪回京议事，两路大军屯驻于哈密至巴里坤之间的科舍图岭，这里有优良的牧场可供清军兵马休整。这样一来，清军丧失了警惕性，四川提督纪成斌和副将巴赛代管西北两路军务也掉以轻心，在科舍图牧场四周并未派重兵防守，而部将们“避寒山谷间，日置酒高会，挟娼妓以为乐”。雍正八年冬（1730年），噶尔丹策零率2万兵马突袭科舍图岭，清兵措手不及，总兵樊廷、副将冶大雄匆忙以2000兵力拒敌，总兵张之佐则在后夹击救援，力战7昼夜，夺回被准噶尔掠走的驼马大半，其中总兵曹勃在仓卒出兵后全军覆没，仅他1人死里逃生。情况紧急，清廷乃命付尔丹、岳钟琪火速返回科布多、巴里坤，迎击噶尔丹策零军，策零军闻讯溃逃。
和通泊之战清军北路军统帅傅尔丹于四月进屯科布多。雍正九年（1731年），噶尔丹策零欲伏击北路清军，乃派间谍向清军诈降，诡称噶尔丹策零大军未到，仅有小策零敦多布率军“不过1000”，驻于距清营，“止三日程”的察罕哈达，而大策零敦多布因“途中有病，留驻和博克山”。傅尔丹轻信其言，贸然遣兵万余名前去迎击，将大军分为三路，由科布多河西路轻装前进。同时，令都统衮泰、总兵胡杰率兵7300名，留守科布多。令都统陈泰、副都统阿三率满兵2000，驻扎科布河东，扼守通往奇林的要路，与衮泰互为应援。
傅尔丹率军连夜袭击察罕哈达，结果扑空，又掳敌探，供称有驼马10万、兵2000现屯博克托岭。傅尔丹一再受骗仍执迷不悟，先后共派4500兵力前往袭击，准噶尔军以少数兵力及牲畜诱清军深入，而将主力2万兵力埋伏于山谷中，专等清军上钩。
十八日，清军前锋兵在库列图岭与准军遭遇，一经交锋，敌军即丢下400余具尸体，驱驼马越岭而逃。傅尔丹喜不自胜，下令穷追不舍。十九日清军三队会师，共同往山中剿匪，正入敌人的包围圈。准军居高临下，万箭齐发，顿时“笳声远作，毡裘四合，如黑云蔽日”，把傅尔丹前锋400人马紧紧包围在和通泊地方（位于科布多西200里，也称和通淖尔，和通呼尔哈诺尔等，意为大湖泊）。傅尔丹又派6000兵马前往援助，但因天气突变，风雨交加，未能缓解危机局面。二十二日，东、西两队清军突围失败，绝大部分官兵被杀，高级将领定寿、素图，马尔齐等皆战败自杀，二十三日，敌军集中优势兵力，环攻和通泊的清军大营，傅尔丹率军苦战，杀死敌兵500多人。科尔沁王所率的蒙古兵临阵脱逃，于是军心大乱，清军全无斗志，顷刻瓦解，伤亡惨重。傅尔丹勉强拼凑起4000名残兵坚持奋战，且战且退，逃回科布多时仅剩散兵2000余人。
和通泊战役，清军的损失十分惨重，西路清军共3万人，逃回科布多时仅剩余2000人。这次战役所以遭到惨败，是“将帅骄慢”所致。由于轻信噶尔丹策零的诡计，丧失警惕，而且冒然出兵，三队人马缺乏密切配合。相反噶尔丹策零则成功地利用了清军自恃强大的弱点，使用缓兵之计，诱敌深入，设埋伏围歼了清军。
战后，噶尔丹策零进一步滋长了扩展势力的野心。他在西、北两路备兵，“令诸台吉环峙乌鲁木齐”，以伺清军的西路，“又屯田于鄂尔齐斯河”，以窥清军北路，并把主攻方向放在北方的喀尔喀。
清郡王额附策凌重创准噶尔傅尔丹兵败回科布多之后，向雍正上书自请处分，被降为振武将军，而噶尔丹连连取得了科舍图及和通泊两次战役的胜利，洋洋得意，又令大、小策零敦多卜和多尔济丹巴统兵3万东征喀尔喀。准噶尔军探得察罕瘦尔和科布多等地均屯驻了清兵，乃取道阿尔泰山迤南向东进军，大策零的军队直抵克鲁伦，掠夺喀尔喀牧民的牲畜，使鄂尔海、喀喇乌苏等地百姓受到惊扰。喀尔喀亲王额驸策凌与亲王丹津多尔津合兵迎击于鄂登楚勒河。策凌派出600骑夜闯准噶尔兵营诱其出击，准噶尔军不知是当，追击时遭到策凌兵的埋伏，于是准军大败而逃。
鄂登楚勒河的战败并没有改变噶尔丹策零的野心，他又于1732年（雍正十年）派兵6000人，自乌鲁木齐进攻哈密。岳钟琪遣总兵曹勤等在二堡截击，结果因坐失良机而放走了敌军，为此岳钟琪受罚连降三级，撤去统帅之职，清廷令张广泗代理大将军。