1629年（明崇祯二年，后金天聪三年）12月，皇太极亲率大军，避开袁崇焕在宁远和山海关的防区，取道蒙古，以蒙古兵力为先导，兵分三路从喜峰口入关，攻陷遵化，直抵北京城下，明朝上下惊恐万状，袁崇焕、祖大寿从山海关外领兵急行三昼夜入援。皇太极施反间计，假崇祯之手，杀了袁崇焕，祖大寿率军退回关外。当时，明朝各路援军纷纷抵京，皇太极与明军在京郊会战，杀明朝战将满桂。1630年（明崇祯三年，后金天聪四年），皇太极从北京撤兵，挥戈东进，攻掠京师外围各州县，占领水平、滦州、迁安等府县，留兵驻守水平、迁安、滦州、遵化四城，自己率军由冷口出关，返回沈阳。不久，驻守水平四城的阿敏，因孤军深入，又无后援，被明军打败，退回关外。
1634年（明崇祯七年，后金天聪八年），皇太极再次入关，分兵四路进攻明军：一路从尚方堡攻打宣府、大同，一路从龙门口直趋宣府，一路从独石口进攻应州，一路从得胜堡攻打大同。后金八旗兵对各地大肆侵拔破坏，抢掠大批人口和财物，便退回沈阳。
到了1636年，皇太极经过9年的努力，已加强和巩固了后金的统治，基本上消除了来自朝鲜和蒙古的威胁，为夺取明朝中央政权作了准备，是年5月，皇太极称帝，定国号大清，改元崇德。从此，皇太极把主要力量放在进攻明朝上，明清之间的关系进入一个新的时期。
同年秋天，皇太极命阿济格从独石口，入居庸关，直抵北京，然后南下攻打保定，连陷城池10余处，掠夺人畜18万返回盛京。1638年（明崇祯十一年，清崇德三年），皇太极又命多尔衮，岳托率清军分两路攻明，一军从密云北入墙子岭，一军从青山关入通州，两军在京郊通州会师，然后至涿州，分成八路，一路顺太行山，一路沿运河。中间六路，由北向南进侵。然后，清军从临清渡过运河，进入山东，攻占济南，明德王被俘，攻下城池50多处，虏获人口46万，金银百余万两。第二年春天，清军由天津北上，出关回师盛京。
皇太极称帝前后，数次入关侵扰，掠夺大批人畜财物，却不敢立足于内地，除了清军所到之处人民群众纷纷起来反抗外，其重要原因是明军仍然控制着山海关及关外锦州等地，所以清军不敢在内地多停留。山海关是屏蔽北京的要塞，而锦州乃是山海关的门户。清朝为了夺取北京，争夺全国的统治权，就必须先打下锦州和山海关。因此，在明朝灭亡以前的几年内，这里成为明清之间激烈争夺的战场。
1640年（明崇桢十三年，清崇德五年）3月，皇太极采取“由远渐近，围逼锦州以困之”的策略，命郑亲王济尔哈朗为右翼主帅，多罗贝勒多铎为左翼主帅，带领一半清军包围锦州。守将祖大寿顽强抵抗，清军未能得逞。5月，皇太极亲至锦州城外，督促清兵抢割郊外庄稼。6月，派睿亲王多尔衮、肃亲王豪格率另一半清军接济尔哈朗，多铎所统军队，继续围困锦州。并派兵断绝松山、杏山贩明军援路。此后，每三个月轮换一次，以资休整。祖大寿被围日久，兵力不敌，向朝廷紧急求援。这年年底，崇桢帝派蓟辽总督洪承畴率总兵李辅明、王朴、唐通、曹变蛟、白广恩、马科、吴三桂、王廷臣统步骑13万往援。洪承畴吸取了杨镐轻举妄动的教训，采取稳扎稳打，逐步推进的战术。1641年5月，他率领援军精锐进至锦州城南约18里的松山西北立营，同锦州城内的祖大寿呼吸相应。济尔哈朗令右翼清军向明朝援军进攻，不仅被击退。连他自己在山顶设立的营寨和正红旗、镶红旗、镶蓝旗驻营地也被明军占领。由于祖大寿英勇善战，洪承畴老成持重，清军在围攻锦州和袭击明朝援军的战斗中一再失利，梅勤章京硕翁等被击毙，牛录章京佛咯向明军投降。当时，锦州城内的粮食可供守军一二年之用，援军相距不远，人心稳定。洪承畴准备久守，命守军分别驻扎于松山的东、西、北三面，又令总兵曹变蚊在松山以北、乳峰山以西之间，驻扎士营兵力，环以长壕。洪承畴则坐镇松山城，严阵以待。按洪承畴的部署，援军前锋固守松山，待后续部队护送粮草辎重由塔山、宁远抵达松山地区后，再一举突破清军防线，同祖大寿军会师。可是，明朝兵部尚书陈新甲等却迎合崇祯帝速胜心理，力劝下诏促战。兵部职方司郎中张若麟带着崇祯帝的密诏和兵部文书来到松山，强令洪承畴立即同清军决战，以解锦州之围。洪承畴被迫把大批粮储留在塔山一带，全军向松山集中。
8月，清军前线主将多尔衮，豪格向皇太极报告：“敌兵实众，乞遣亲王率兵一半前往，协力拒敌。”即要求改变原先半数兵力进攻，半数休整的部署，全军出战。皇太极知道成败关键在此一举，15日亲统大军赶赴前线，昼夜兼程六日到达锦州。鉴于洪承畴13万大军云集于松山、乳峰山的狭小地区，大批粮草却留在塔山、笔架山和宁远，皇太极当即决定主力进至塔山、松山之间、派阿济格等攻下笔架山，缴获明军积粟12堆。他从情报中行知洪承畴部大军随带粮食不多，饷道切断，势必后撤，就在松山、塔山之间掘壕设障，埋伏重兵，伺机歼敌。洪承畴早已预计到这种危险，陷入绝境后，他力图挽回败局，除留下曹变蛟、王廷臣同自己固守松山地区外，命令吴三桂、王朴、唐通、马科、白广恩、李辅明六总兵回师西南，打开通道。但战略上已完全处于被动地位，无法挽救朝廷决策的错误了。清兵预先在塔山、松山、杏山、小凌河等要道设伏兵，吴三桂等突围途中，不断遭到清军邀击，几乎溃不成军，被清军追杀和逼入海中淹死的多达数万人，只剩下少数兵马脱出重围。洪承畴打通饷道的方案既已破产，自身也象锦州城里的祖大寿一样陷入重围。为了加强松山的防御力量，他命曹变蚊放弃乳峰山，同自己合守松山。曹变蛟奉令带兵杀出重围，无意中冲入了皇太极的御营，清军“大惊”。从9月起，洪承畴、辽东巡抚邱民仰、总兵王廷臣、曹变蛟所统士卒不过1万多人驻守松山，仍一再派兵出城突击，都被清军击败。洪承畴5次组织突围均未成功。清军在松山外围掘起长壕，将松山紧紧围困其中。明廷派出的几路援军均半路受阻，以至松山守兵弹尽粮绝，士气低落。到1624年（明崇祯十五年，清崇德七年），2月18日松山副将夏成德叛变，接应清军入城，邱民仰，王廷臣、曹变蛟等被俘杀，洪承畴被俘后降清。3月，祖大寿投降，清军占领锦州。至此，松山、锦州战役以清方全胜结束，明朝在辽东只剩下宁远至山海关一隅之地，没有力量同清方再决雌雄了。
皇太极取得松锦大捷后，整个形势对满清十分有利，他认为“明国粮兵已尽，我兵四围纵略，彼国势日衰，我兵力日强，从此燕京可得矣”。明朝末帝崇祯幻想与清军议和，以全力对付李自成的起义军，却不料事情泄露，引起朝野不满。为了进一步向明朝施加压力，清兵于1642年11月自墙子岭、青山口等处越过长城入关，突袭蓟州，并深入到畿南。明为保首都而调集各路大军入京，但明军对清军采取了观望自保的政策，结果清军转战到山东，连破海州（江苏连云港）、丰（扛苏丰县）、沛（江苏沛县）等80多个州县。各地明朝官吏闻风而逃，清军如入无人之地。清军杀明宗皇鲁王．俘获人口36万，牲畜55万头，然后大摇大摆自北京地区出塞凯旋。明朝在农民起义和清军进攻的内外夹击之下，摇摇欲坠。
§§§第三节 山海关之战清朝入主中原
1643年（明崇祯十六年，清示德八年）9月，皇太极因病身亡，其年仅6岁的儿子福临继位，改元顺治，由两个叔父多尔衮和济尔哈朗辅政。10月11日，李自成起义军占领西安，平定秦、陇后，于1644年正月初一正式建国，国号大顺，年号永昌，改西安为西京。二月初大顺军兵分两赂，东渡黄河，一路以刘芳亮率领，东经太行，沿黄河北岸攻占怀庆（今河南沁阳）、潞安（今山西长治地区）、卫辉、漳德（今河南安阳）及大名等地，然后北取保定，向北京进攻。李自成亲率大军从西安出发，取道临汾、太原、大同、阳和（今山西阳高）、宣府、居庸关，进占北京。明大同总兵姜壤、宣化总兵王承胤投降，大顺军长驱直进，于3月中占昌平，围攻北京。