由于三藩之乱，清军无力南顾和耿精忠主力北上浙江，郑经乘机出兵福建，攻占了原属清朝、后已归附耿精忠的闽南粤东全部沿海，占有泉州、漳州、潮州、惠州、汀州、郡武，兴化等7府，从而与耿精忠失和交战。1676年（康熙十五年）10月，清康亲王杰节率清军入闽，耿精忠降清，联合清军向郑经反击，在众寡悬殊、孤立无援的形势下，郑军屡战屡败，7府全失，被迫退守厦门、金门。尽管郑经屡次出台骚扰大陆，但清廷仍将他与三藩作乱区别对待。康熙帝曾向福建总督郎廷佐指出，对耿精忠“宜用剿”，而对郑经则“宜用抚”。这样清廷对郑经又采用了诱降方针。郑经却得寸进尺，提出了“边所海岛悉为我有，赏给粮饷，则罢兵息民”的新条件，拒绝了清廷于1677年（康熙十六年）5月和8月两度派员到厦门的“招抚”。清廷对郑经在坚持招抚的同时，已经作出了重大让步，甚至同意台湾郑氏按“朝鲜故事”处理，但郑氏集团却执迷不悟。
1678年（康熙十七年）7月，郑军发动反攻，陷海澄、围泉州，不久又被清军逐出沿海。于是，郑经以海澄、金门、厦门为据点，与清军隔海对峙。清康亲王杰书、闽浙总督姚启圣等又先后4次派员劝郑经退回台湾，同意以澎湖为双方通商之地。然而郑经得寸进尺，坚持以海澄为双方往来公所，于是清郑谈判又告破裂。清廷的诱降一再失败，但康熙帝仍令属下继续招抚，并把重点转向郑经的部属。于是，在闽浙总督姚启圣的策划和主持下，清廷从三个方面对郑军展开了攻势：军事方面，调在洞庭湖大破吴三桂水师的万正包任福建水师提督，加紧建造船舰，训练水军，准备渡海攻击金门和厦门，给郑经以血的教训；经济方面，在福建沿海重新执行“迁界”措施，强迫沿海居民迁入内地10至20里，并遍筑“界墙”守望，即“展界诸岛”，断绝内地与沿海的内外交通，对郑军实施全面封锁；政府方面，对郑氏集团的大小将官以至士兵和平民，展开大规模的招降活动，计有“招抚条例十款”；在漳州设“修来馆”，对投降官兵及其家属实行优待政策，“文官投诚，即以原衔题请，准照职推补，武官投诚，一面提请换扎，一面保题现任；……愿入伍者，立拔在营，给以战饷；愿归农者，立送回籍，场尉县安插，不许强豪职凌，宿怨报仇”；下令保护沿海各地与郑军有乡邻戚党关系之人，不许挟嫌陷害，开展反间活动，派人四处离间郑氏集团上下关系，以引起郑军内部互相疑猜，同时对郑经派来的奸细诱以厚利，收为己用。种种花样，不一而足。足可见清廷对郑氏集团的宽大政策。
由于清廷善于用“高位厚禄，买散人心”，所以投诚者接踵而至。仅十七年六至干十一月，清廷就接纳官员1237人，士兵1．1639万名。在清廷全面的政治攻势和经济封锁之下，郑氏集团人心涣散，离心离德，先后有五镇犬将廖碘、黄靖、赖祖、金福、廖兴，水师五镇蔡中碉、折冲左镇吕韬、征夷将军江机、杨一豹等率所部10余万人降清。在经过长达5年的拉锯战之后，郑军土地日蹙，财源枯竭，兵力锐减。而连年在台湾和大陆沿海厉行重税摊派和强抽乡勇当兵，又激起群众的不满和反抗。郑经集团面临着严重的内忧外患。1680年（康熙十九年）2月，清水师提督万正色攻占海坛（今平潭），乘胜率舟师南下攻打金门和厦门，郑军斗志全无，厦门守将陈昌、海澄守将苏湛、洒州守将康腾龙相继不败而降，献城归清。水师精锐朱天贵率部2万余人和300余只船舰归降，郑经仅带着千余人狼狈逃回台湾，沿海诸岛重又归清朝控制。
正是由于清廷采取了攻心的招抚政策和武力上的收复沿海诸岛的政策，才使得郑氏集团人心瓦解，又失去了进攻大陆的前沿基地，清廷从而争得了统一台湾的战略主动权。
清廷决策施琅出兵郑经退回台湾时，兵力不足万人，而且军心散乱，为此，姚启圣向清朝建议“自往台湾攻取”，然而身负前方军事重任的万正色却认为，台湾港口狭浅，舰船“驻泊无所，粮运不继”，“不可轻议进兵”。姚启圣则坚持已见，又上疏力陈：郑经不灭，广东、浙江、福建等省始终不得安宁，请求“亲督水师进取台湾”。于是康熙令诸臣合议具奏，以求解决台湾问题的万全之策。清廷于1680年初大败郑军之后，又于年底彻底平定了三藩之乱，全国大陆基本上统一于大清帝国之下，多民族的中央集权国家日趋巩固，因此，清廷又开始致力于解决台湾问题，渡海进攻台湾，消灭郑氏剿据政权已成为当务之急。但诸臣合议的结果，兵部侍郎温代、刑部尚书介山、福建巡抚吴兴祚等部赞向万正色的意见，认为攻台时机已成熟，但条件尚未俱备，他们特别强调了进攻台湾将会遭遇到的诸如风暴之类的实际困难，因此康熙决定暂缓攻台。
1681年（康熙二十年）4月，郑经病故，年仅39岁，台湾郑氏集团内部再次发生内讧。郑经遗嘱由长子郑克监国。但郑经诸兄弟不满，认为“克非吾骨肉，一旦得志，吾属无遗类矣”，于是设计谋杀克，另立年仅12岁，的克塽为延平郡王，佩招讨大将军印。郑经之弟郑聪虽为辅政公，但实权却操在武平侯刘国轩和忠诚伯冯锡范之手。清廷得知郑经暴死，诸子争立之事，出兵台湾之事又被提上议事日程。
在统一台湾的问题上，清朝政府内部始终存在着两种对立的意见。早在康熙亲政以前，以鳌拜为首的保守势力，压制进取台湾的正确主张，以“海洋险远，风涛莫测，驰驱制胜，计难万全”为借口，把统一台湾的大事搁置了下来。平定三藩之后，康熙就把统一台湾之事正式提了出来，主张“宜乘机规取澎湖、台湾”，以“底定海疆”，并且在福建沿海调兵造舰，同时重用主张统一台湾的姚启圣为福建总督，施琅为福建水师提督，筹划向台湾进兵。姚启圣得各台湾郑氏“主动国虚”，“文武解体，政出多门，各怀观望”的密报后，立即上疏清廷，欲“会合水陆官兵，审机乘便，直岛巢穴”。康熙立即令总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色，与将军喇哈达，侍郎吴努春，“同心合力，将绿旗舟师分领前进，分期剿扶并用，底定海疆。”然尔，清廷内外反对出兵台湾的仍大有人在，有人主张“征台湾宜缓”，且极力反对任用施琅，“举朝大臣以为不可遣，会必叛，康熙力排众议，坚持出兵统一台湾，把认为“台湾难攻且不必攻”的原水师提督万正色调为陆军提督，把反对收复台湾，以台湾“断不能取”的福建将军喇哈达调回北京，于1681年（康熙二十年）命福建总督姚启圣“统辖福建全省兵马，会同提督施琅，进取澎湖、台湾”。
施琅到任之后，主张收复台湾，必先攻取澎湖，“以扼其吭，则形势可见，声息可通”，则台湾兵力可不攻自溃。于是积极筹饷练兵造船制器，准备于来年三四月间南风初发时起兵。但姚启圣、吴兴祚等却认为应等到今冬阴历十月间乘北风渡海。根据以往失利的教训和经验，施琅请求清廷将统兵出征台湾的指挥权交给他一人。姚启圣等则向清廷上奏，并提出在今冬“进攻淡水、夹击台湾”的作战案，特别向清廷强调远征台湾需水兵1．1万余名，陆兵2万余名。前方将领意见不一，给清廷朝野反对进攻台湾的人一个攻击的借口，有人又提出不可信任原郑氏集团的降将施琅。1682年5月至7月，户部尚书梁清标，左都御史徐元文等相继上疏请“暂停台湾进剿”、康熙帝再度动摇，遂下诏“十日进剿台湾，暂行停止”。
面对清王朝众说纷纭、举棋不定的情况，施琅又连续向清廷上疏，明确提出必须使前线军事指挥权统一于一人之手，换言之，施琅想争得出征台湾的指挥权。康熙不允，仍令他与姚启圣共同负责。于是施琅和姚启圣之间在作战计划上的分歧愈来愈严重，甚至在铜山召开的水陆高级将领会议上，二人展开了激烈的争论，众将领们也是莫衷一是。事后姚启圣上报朝廷说，与会众将“皆言不如十月可乘北风分道进兵”。宁海将军喇哈达则直接了当上疏说，“总督、提督称南风不如北风”。施琅面对前线将军、总督依官仗势欺上瞒下的恶劣态度感到深恶痛绝。他不顾一切地再次上疏申辩，明确指出“台湾人心惶惑莫定，内多思叛”，确有“可破可剿之机”。如果一定要等待清廷下旨方可进兵，则一定是“有人借旨意为居奇，迁延岁月，虚糜浩费，……经无可破可剿之日”。接着，施琅又详述了他拟定的作战方略和兵力部署，称由他所统帅的水师就足以完成任务，“可以无用陆师”。施琅向康熙帝表示，“倘荷皇上信臣愚忠，独任臣以讨贼，令督抚二臣催趱粮饷接应，俾臣整搠官兵，时常在海操练，勿限时日，见利可行，臣即督发进取，出其不意，攻其无备，何难一鼓而下。事若不效，治臣之罪”。施琅所言出自实地调查，发自肺腑，终于感动了康熙帝，况且议政王大臣会议和大学士明珠也赞同施琅的建议，认为是切实可行的。于是康熙不再犹豫，下诏由施琅一人独任专征，“相机自行进剿”，姚启圣谨传圣旨。至此，施琅才能够大胆放手地实施渡海攻台的战略计划。
以往清廷对台湾的实际情况缺乏了解，对渡海远征也缺乏信心，所以一直举棋不定以致于错过了不少战机。施琅熟悉海上形势，而且又有专征指挥的大权，他就可以施展所长，相机进取，从而为攻克台湾提供了一个必要的前提。当时的形势对清廷来说，无论是在土地、人口、物力、军务等各方面，与台湾相比，都占有压倒的绝对优势。清王朝平定三藩，大陆基本统刁，全国秩序安定，生产恢复和发展，民族矛盾相对缓和。而局促一隅的台湾郑氏政权，虽也有过数年相对稳定的发展，但毕竟是弹丸之地，人力、物力有限。郑经溃败回台之后，不久就暴死，台湾出现内讧，政治腐败，生产衰蔽，不堪一击。在这一点上，清军以大压小，以众攻寡，以强攻弱，处处占优势。
清军往往以陆战见长，士兵们往往长于骑射而怯于海战，而施琅统领的水师主力主要是由原郑军降众和福建新练水师（其中大部分也是来自郑军）组成，水兵们有多年的海战经验。清军又新造了更加高大坚固的战船，行驶便捷，且配有精良的大炮。所以尽管敌我双方兵力（各约2万人左右）和战船数量（各约200余号）约略相等，但清军的装备略胜一筹，战斗力也强得多。这些又是清军拥有的优势。
当然，清军也有些实际困难，清军要渡过宽达二三百里的风浪险恶的台湾海峡，孤军深入，后援不继。如果遇到守军的顽强抵抗，不仅势难持久，而且会重演1665年中途撤兵之局。为此，施琅反复研究，制定了一套切合实际的作战方略。大致如下：首先，确定采取稳扎稳打、逐步推进的战略方针。以攻取澎湖为第一步，因为澎湖是台湾的门户和咽喉，占据它既可以逼近郑军，控制其通海之路，又可以作为进攻台湾的前沿阵地，便于进取退守。另外，澎湖位于台湾海峡的中途而靠近台湾，东距台湾仅50多公里。清军如果占据澎湖，则已经完成了三分之二左右的渡海航程（澎湖西距厦门约220公里），清军可以在澎湖休整补充，养精蓄锐，相机进取。还有就是澎湖地势低平，比港路险恶、地形复杂的台湾易于攻占，水师可以在澎湖附近许多港湾停泊。一举攻占澎湖，也可以大大激发水师将士们的战斗热情。
第二，在战术上决定采用速战速决、集中力量打歼灭战的方针。施琅在出兵前就准备最多用7天时间攻克台湾，不给敌人以喘息之机。在决战时兵分三路，东西两路负责夹击、牵制，施琅亲率主力大乌船56艘为中路，约定每5艘合攻敌船1艘，利用优势兵力逐个歼灭郑军。
第三，在渡海时间上，施琅一改在东北风季渡海的传统打法，而选择在西南风季进兵。这完全是施琅的切身体会。因为东北风风势猛烈，骤发骤散，难以把握。而且如果一战不胜，船队容易被风吹散，难以集合再战。而西南风比较平稳，船队可以在大洋中抛锚，寻找登陆作战的机会。关于趁东北风还是西南风出兵的问题，曾在前线清军将领中有过激列争论。但施琅坚持自己的观点。事实证明施琅的决策大胆机智而正确。