§§§第三节 郑氏顽抗施琅专征台湾
软硬兼施清兵攻克金厦郑成功收复台湾之后，立刻在岛上建立政权，以台湾城（或称热兰遮城）为安平镇，改名王城。以赤嵌城为承天府，或称东都明京，设一府二县。天兴县管北路，万年县管南路，分别设官置守。郑成功还颁布了垦荒条例，允许文武各官圈占土地，鼓励各镇官兵开荒垦田，自给自足，寓兵于农。郑成功指出：“故善为将者不得不行屯兵之法，如充国之屯羌中，诸葛之屯斜谷，姜维之屯汉中，杜预之屯襄阳，而后战无乏粮，守无饥色。……今台湾为新创之地，虽僻处海滨，安敢忘战。故行屯田之法，仅留勇卫、侍卫二旅以守安平、承天，余镇各按分地，分赴南北开垦，使野无旷土，而军有余粮。……”当时，台湾土地新辟，瘴疠流行，“病有十之七八，死者甚众”，又有长达数10丈的巨蟒为患，开荒垦田异常艰苦。如果没有郑军官兵披荆斩棘的耕作，又哪里会有日后台湾农业的迅速发展？针对清廷“五省迁界”的暴政，郑成功又积极鼓励沿海各族人民移居台湾，“闽浙居民附舟师来归，烟火相接，开辟芜土，尽为膏腴”。
郑成功积极开发，加紧巩固台湾的方针，遭到了军队内部两种力量的抑制和反对，一种是以张煌言为代表的南明遗老。他们认为郑成功不继续反清而移师台湾，是不忠于明室的叛逆行为。但郑成功不为所动，一心一意加强台湾的建设和防守。果然，荷兰殖民者不甘心就这样失去台湾，荷兰东印度公司派出了空前强大的舰队三次东来：1662年6月10月和1664年10月，企图联合清军，重占台湾，均由于郑军戒备严密而未能得逞。历史证明，郑成功的决策是完全正确的。另一种阻力来自留守后方的郑军高级将领。早在1661年初郑成功决策收复台湾的军事会议上，就有许多人“俱不敢违，然颇有难色”。郑成功收复台湾期间，先后有驻守东山的宣毅左镇万义，右冲镇万禄和其它一些将领叛逃降清。
由于郑成功突然病逝，留台的诸将拥立随军入台的郑成功之弟郑世袭，与留守厦门的郑成功之子郑经相对抗，双方势同水火，郑氏政权一时陷于分裂状态。清廷得到郑成功死讯，以为郑军群龙无首，有机可乘。自从清军于1659年攻入云南迫使南明永历帝流亡缅甸之后。清廷便把注意力集中到对付郑成功军队的身上。1660年7月，清廷命靖南王耿继茂移师福建，又命罗托为安南将军，会同兵部尚书车克率大军讨伐郑成功。当清军一举剿灭郑成功大军的企图未能得逞后，清廷转而采取了消极的防御政策，将山东、江苏、浙江、福建、广东沿海五省居民迁入内地，并严禁渔船，商船出海，以此来断绝沿海人民与郑成功的联系，“如此半载，海贼船兵无可修葺，自然朽烂；贼众许多，粮草不继，自然瓦解”。迁界、禁海虽然给郑军带来了一定的困难，但清廷本身所蒙受的损失更大，清廷此举可谓得不偿失。
郑成功之死，使台湾的局势发生了变化。郑氏集团内部争权夺利，矛盾加深而出现分裂，许多将领和士兵感到前途暗淡，渡海归降了清廷。清廷趁机数次派使臣到厦门“招抚”郑经。清廷的目的是在派人招抚郑经的同时，又“按兵相机，密布间谍，”对其部将“用反谍计间之，使自相猜疑，然后剿抚兼用。”对郑经来说，他驻守在厦门和金门西岛，其叔郑世袭在台湾，双方针锋相对，互不相让。郑经对于清廷欲其“叔侄相争，势已动摇”之机，一举攻占厦门、金门的企图早有防备。为避免自己内外受困，也为了解除后顾之忧，以便集中兵力解决内乱，郑经将计就计，密令郑泰、洪旭等与清廷谈判招抚条件，并上缴明朝所赐敕令、印信和“海上军民土地清册”等以取信清臣，拖延时间。此间，荷兰东印度公司派兵第一次远征。抵达闽江口外，欲与清军联合攻郑军。清朝靖南王耿继茂和福建总督李率泰正设计降服郑经，于是对荷兰人未加理会，荷兰舰队只好望洋兴叹，失望而去。
不久，郑经平定了台湾的变乱，巩固了自己的地位，回师金厦，并用计杀死暗中支持郑世袭的郑泰，借口“人众登岸，安插难周”，拒绝履行和谈条件，清政府的“招抚”计划完全失败，转而采取武力解决的方针。郑泰被处死之后，郑泰之弟郑鸣骏被迫率领万余名官兵和家属，分乘300余艘船舰从金门驶入泉州港，归附清军，从而使清军水师力量大增。同时，郑经集团执迷不悟，仍以南朝王朝为正统，企图割据台湾，控制金门和厦门。郑氏军队的所作所为已失去了原来抗清斗争的意义和作用，从而成为清廷维护统一的绊脚石。
郑经对于招扶毫无诚意，野心勃勃，清廷担心待其“羽翼丰满、声势肆张之时，则又成一郑成功”，不如“趁其荒乱犹豫之际，神速进兵剿灭之”，恰在此时，荷兰东印度公司又派出了第二次远征舰队（包括战船16艘，士兵2600余名），由海军司令波特率领开抵福建，很快与清廷相勾结并达成了共同进攻郑经军队的协议。郑经闻讯立即商量对策，令大将周全斌率领船20只，防守来自泉州方向的清荷联军，这一路清军是精锐部队，如果击败则海澄各港的清军就会自动退却，为此郑经对周全斌寄于厚望；郑经又令“黄廷带船20只泊南山边，御海澄之海门；林顺领船10只，在高崎一带游场接应，杨样领船10只，在辽罗一带接应”，另派陈开率步兵守高崎陆路，郑经决定采取当年郑成功大败清将达素的战术，“悉空厦门，背城一战”。
从十月十日开始至二十一日，清荷联军与郑经水师之间展开了激烈的海战。两军在金门乌沙港附近相持。周全斌认为荷军战舰板船高大，必须停泊在深海，于是率水师从一侧迂回而上，与清荷军发生了激战。二十日清晨，清军正吃早饭，周全斌忽然率舟师驶进金门口。清荷联军来不及整队，匆忙应战。荷兰舰队仗着船舰高大冲在最前面，后面依次是清军水师小型战舰，清军提督马得功的坐船处在最末尾。周全斌派出先头船队在前方引诱荷军战舰，自己则率数10艘小战舰从中间拦截清军船只，马得功的坐船被郑军的5只战船团团围住，而前面的荷清水师却无法救援。双方从早战到晚，“得功四面受敌，火罐、药矢咸尽，兵士伤死，仅存二三，度不能免，恐遭擒受辱，遂投海死”。金门海战，郑军战船仅20只，且有7只被荷军舰阻于南山根下，仅13只船在周全斌的率领下进入金门口，结果大败清军而不失一船，充分说明了周全斌高超的指挥才能和清军水师的无能。令人可笑的是，靖南王耿继茂为了掩盖这次清军失败的真相，向清臣报告说清军的失利完全是由于“南风突发，贼船扬帆顺风而来，直逼我船之后”所至。
清军的泉州水师虽然失利，但由于郑经派驻高崎陆路的陈开降清，使清军水师在施琅和黄梧率领下，乘落潮之时，从海澄、漳州直逼厦门。郑军将领黄廷率兵迎战结果被打败，清军攻战厦门。这样一来郑军各路将士军心动摇，接着金门也落入清军之手，周全斌带着完好无损的20只战船退泊浯屿，郑经则率兵退守铜山（今福建东山县东北东山镇）。“清军入金、厦，堕两城，弃其地，收宝货妇女而还，两岛之民烂焉”。
清军初占告捷，派水陆两路军直逼铜山，欲一鼓作气攻克铜山。无奈铜山地势险要，加上清军对荷军不加信任，于是清军只好停止了对铜山的进攻。清政府转而展开了大规模的招抚诱降活动，意在乘郑军军心混乱之际瓦解郑军。清廷令兵部、户部各派出满汉郎中两人长驻福建、广东、浙江和江苏四省，专门对郑军中下级将领进行招降，并用高官厚禄加以引诱。于是郑军将士人心浮动；郑经本人躲在铜山却无可奈何。不久，自承天府南北总督周全斌、前提督黄廷、水师统帅忠靖伯陈辉以下的数10名大小镇将总兵、都督相继率所属降清，郑军为此损失了兵力10万多。大小船只900余号。郑军中的精锐将领十去七八，乘余的象周全斌等少数高级将领已无兵可领了。直至康熙三年（1664年）二月，困守铜山的郑经军几乎弹尽粮绝，清军打算等待入春风顺时出兵铜山。情况危急，又面临着全军瓦解的局面，郑经不愿意坐以待毙，不得不放弃沿海诸岛，撤回台湾。三月七日，郑经率残部离开铜山，七日，抵澎湖，十日，至台湾。但郑经万万没料到，奉命断后的周全斌和黄廷两名战将归附了清朝。清军顺利地清除了郑军在沿海五省设立的基地，并相应在沿海各地修筑起界沟、界墙、炮台、营盘等，派兵驻防，以维护沿海各地的安定。
互相争夺拉锯于福建沿海郑经败回台湾岛，清廷决定乘胜追击。康熙三年（1664年）七月，清廷任命福建水师提督施琅为靖海将军，周全斌、杨富为副帅，统帅着郑军的降众，船舰攻取台湾。由于台湾远离大陆，海上气候变化无常，加上清军水师中大多数是刚归降清朝的原郑军的水师，心志不一又缺乏严格训练，所以，康熙三年十一月和四年的三月至四月，施琅统领的水师两出金门但遇风而回，攻台没有成功。清廷于是怀疑这些降将暗中仍与郑氏有联系，如果是内外勾结则为患更大，因此下令将所有郑军的降将都调入北京归旗，其余部众则分散到各省屯垦，并把郑氏的船舰全部焚毁，清臣疑心过重，比举非但不明智而且消弱了自己水师的实力，因此，有关攻取台湾的计划只能拖延下去。
由于强攻台湾难以奏效，在放弃了武力解决方针之后，清廷对台政策再次改为以招扶为主，并两次派使者到台湾去劝诱。第一次在1666年（康熙五年）6月，清延派河南候补道后为招抚总兵的孔元章赴台招抚；第二次是在1669年（康熙八年）8月，康熙帝亲下诏书，由兴化知府慕天颜等送到台湾。在这两次谈判中，郑经不敢轻举妄动，厚待使者。清政府表示承认由郑氏家族世守台湾，并开放沿海各省对台贸易，郑经则表示愿意改奉清廷，称臣纳贡，看来清郑双方颇有诚意，似乎已达成协议。然而郑经坚持说：“倘清朝以海滨为虞，苍生为念，能以外国之礼见待”，他则同意“互市通好，息兵安民”。郑经又举例说，“须援朝鲜倒，不剃发，不易服”，实际上是拒绝清朝的招抚。清廷对郑经的提议坚持不妥协，康熙的招书中指出“朝鲜系从来所有之外国，郑氏乃中国之人”，根本不能把台湾和朝鲜相提并论，双方争论的实质牵涉到台湾究竟是中国的领土还是中国的藩属这个根本性的问题上，清廷的立场和原则是正确的。
施琅等清将认为郑经的态度如此蛮横，应出兵征讨。早在1688年（康熙七年）四月，施琅就曾上疏康熙，全面分析了台湾的局势和清廷招抚的弊端，指出“郑经得驭数万之众，非有威德制服，实赖汪洋大海为之禁锢，如专一意差官往招，则操纵之权，在乎郑经一人，恐无率众归城之日。若用大师压填，则去就之机，在乎贼众，郑经安能自主？”清廷认为施琅的分析言之有理，但鉴于施琅已两次攻台皆败兴而归，仍决定以招抚为上策。这时，清王朝因三藩割据而暂时放下了台湾问题，郑经由此获得了一个较为长期的和平环境，在台湾休养生息，并加强了各处的防御。
在澎湖，郑经采纳了大将洪旭的提议，因为“澎湖为台湾门户，上通江、浙，下达南洋，必须建设重镇，以固海疆，若澎湖有失，则台湾无所措手足”，派军在澎湖修筑了娘妈宫，在其左右各筑炮台，烟火相望，派兵驻守。在台湾岛上，郑经则改东都为东宁，将天兴、万年设为二州，又在四坊设立府治、郑经在台湾奉行的基本上是郑成功的富兵于农的方针，台湾社会逐渐稳定，生产由此得到发展，并且与英国暹罗、吕宋等国互通贸易。台湾人民在植蔗熬糖，煮海为盐，以兴贸易；粮食有余，布帛无缺，民用殷富。郑经又建圣庙，设立学校。故此台湾岛上一片和平景象。然而，郑经死心塌地地追随南明王朝，妄图割据台湾，这种分裂中国领土的行为是不可原谅的。在“三藩”之乱中，郑经不甘寂寞，出兵大陆参与抗清斗争，不过完全是为了独霸台湾，所以郑经的反清斗争性质已发生变化，根本不能与其父郑成功当年的抗清斗争相提并论。
1673年（康熙十二年）底，三藩吴三桂、尚之信、耿精忠等联合判乱反清，郑经以为机不可失。于是应吴三桂和耿精忠之约，率军西渡大陆，积极参加了反对清王朝巩固中央集权、统一国家的叛乱战争。