1652年9月郭怀一起义是台湾人民反荷起义中规模和影响最大的一次。郭怀一本来是郑芝龙留在台湾的旧部之一，担任过多年的土美村长老。当时荷兰人修筑了赤嵌城，背山面海，置巨炮，增加戍卫，对岛上各族群众日夜防范。郭怀一目睹台湾同胞备受荷兰人的种种欺压凌辱，气愤万分。“怀一在台开垦，家富尚义，多结纳．因愤荷人之虐，思歼灭之。九月朔，集其党，醉以酒，激之曰：“诸君为红毛所虐，不久皆相率而死。然死等耳，计不如一战。战而胜，台湾我有也，否则亦一死。唯诸君图之！”原订在阴历中秋节夜宴请荷兰官员的机会把他们一网打尽，后因计划泄露，起义提前发动。郭怀一率起义群众1．6万余人，顺利攻占了赤嵌市街。“初七夜伏兵于外，放火焚市街。居民大扰，屠荷人，乘势迫城”。起义群众挥舞竹竿，棍棒、锄头奋勇抗击，但终敌不过荷兰人的火枪火炮。结果，郭怀一中弹身亡，其余的起义群众在吴化龙等人的带领下，退到了欧汪、大潮一带，与敌军抗争了七、八天而最后失败。事后，荷兰殖民者疯狂搜捕、屠杀起义的汉族人民，血腥恐怖持续了半个月之久，被杀死的居民达1800余人，约占当时赤嵌地区人口的4／5，而荷兰人不过死了2人。血的教训使台湾人民认识到，要驱逐和战胜这帮殖民强盗，除了坚决反抗外，还要争取大陆人民的帮助与配合。从此，台湾人民的抗荷斗争就走上了与大陆人民联合作战的新的胜利阶段。
何廷赋献图与郑成功的决策郑成功在坚持反清斗争的15年中，逐渐形成了一支拥有大小船舰数干艘、水陆精兵二三十万的空前强大的海上武装，控制着长江口以南的广大海域。显然，郑成功大军的存在和发展，不仅对清朝在东南沿海的统治产生影响，并且对荷兰在台湾的殖民统治构成威胁。”海外诸国惟日本最富强，闻郑氏兵精，颇惮之”。多行不义的荷兰殖民者自然把郑成功的大军看作是保持和扩大其侵略活动的巨大障碍。所以，荷兰东印度公司一开始就很注意搜集郑军活动的情报，并不断加强台湾的防御。
郑成功对台湾有着深厚的感情。早在明末天启年间，其父郑芝龙就曾组织福建饥民数万人移居台湾。台湾的汉族人民也普遍认为台湾岛是由郑成功的父亲开发的，是完全属于中国的土地。面对荷兰殖民者对台湾人民的残酷统治和台湾各族人民不屈不挠的反抗斗争，郑成功早就萌发了出兵逐荷收复台湾的思想，在他的一首《复台诗》里，有这样的诗句：“开辟荆榛逐荷夷，十年始之复先基”。
郭怀一起义之后，荷兰殖民者认为是郑成功策划的。于是，当他们残酷镇压了起义之后又害怕郑成功大军的报复，荷兰殖民者除了在岛上增强兵力、建筑城堡和严密监视各族人民之外，还开始在公海海面上肆意劫掠郑成功的商船，任意搜查过往船只，扬言“将采取有效措施来破坏殿下（按：指郑成功）士兵军饷，赖以维持之商业活动”。郑成功面对荷兰殖民者的蛮横挑畔，下令以水师封锁台湾，并禁止所有来往商船开往台湾。封锁令实施近2年间，荷兰东印度公司的损失惨重，他们在台湾的兵力有限无法展开反封锁，对郑成功大军无可奈何，只好采取妥协，派他们认为是台湾最能干的华人长老何廷赋于1657年（顺治十四年）7月携重礼前往厦门，找郑成功谈判。
何廷斌是郑芝龙的旧部，很有爱国心，他趁与郑成功商谈之机，把台湾岛内荷兰人兵力配备及布置等重要情况告诉了郑成功，还有一张有关台湾港道和荷兰兵力分布、炮台设置的地图。何廷斌的这一爱国行动，代表了台湾各族人民的共同心愿和要求。因为早在郭怀一起义被镇压之后，台湾人民中间就盛传郑成功的大军要来收复台湾的种种传说，这说明他们早就把收复台湾的光荣而艰巨的任务付在郑成功身上了。只可惜当时郑成功正全力与清廷较量，准备北伐，一时难以分兵去进攻台湾的荷兰殖民侵略者。
1659年1月（顺治十六年）7月，郑成功率大军进攻南京失败后，他看到清朝统一全国之势已经形成是无法扭转的了，而自己则势孤力弱，难以持久。由于敌我力量的悬殊和客观形式的变化，经过反复深入细致考虑之后，郑成功作出了向清朝寻求妥协，集中全力去收复台湾的决定。这是郑成功所率大军在军事战略上的一次根本性转变，是一个英明大胆的决策，对于收复台湾和结束大陆分裂的局面具有极其重大和现实的意义。7月底，郑成功不顾张煌言、罗子木等将领的反对，下令北伐全军退出长江。8月上旬，在崇明岛驻扎时，郑成功派蔡政前往北京与清廷议和。年底，从北京只身逃回的蔡政带来了清朝拒绝和谈并派安达将军达素率大军来“合剿”的消息。郑成功于1660年（顺治十七年）5月，被迫率军应战，打退了清军的进攻，同时派兵“往平台湾，安顿将领官兵家眷”以留后路。郑成功所率大军击溃了清军的围剿之后，仍担心清廷会派大军卷土重来，所以不敢放松戒备，开始调集兵力，赶修船舰，积聚粮食，准备迫不得已时渡海进攻台湾。所以“成功虽喜大胜，经苦弹丸西岛，难以抗天下兵”，1661年（顺治十八年）正月，清帝福临死讯传到厦门，郑成功估计清王朝在所谓“国丧”期间，不可能大举对外用兵。同时，又闻李定国出师失败，永历帝逃往缅甸，深感日后抗清的艰难。于是，权衡之后郑成功认为立刻出兵收复台湾才是上策，这千载难逢的机会绝不能错过。郑成功立刻在厦门召开了军事会议，召集诸将密商出兵台湾的大事，对大家鼓动说：“前年何廷斌所进台湾一图，田园万顷，沃野千里，饷税数10万。造船制器，吾民麟集，所优为者。近为红夷占据，城中夷伙不上千人，攻之可垂手可得者。我欲平克台湾，以为根本之地，安顿将领家眷，然后东征西讨，无内顾之忧，并可生聚教训了。”但众将意见不一，宣报后镇吴豪认为：“豪闻其水路险恶，炮台坚利，纵有奇谋，亦无所用，不如勿取。”建威伯马信则认为进兵台湾是万全之计，“今乘将士闲暇，不如先统一旅，经视其他，可取则取，否则作为后图，亦未为晚。”郑成功力排众异，决定率兵亲征台湾，把筹划多年的复台大计付诸实施，留世子郑经守厦门、金门。
台湾以“澎湖为门户，鹿耳为咽喉，七鲲身毗连环护”。由外海进港有两条航道：一是北线尾岛与一鲲身之间的南航道，道宽水深，航行便利，但荷兰人在此驻兵船舰，且有重炮扼守，郑军水师难以通过；一是北线尾岛北端的北航道，道狭水浅长数10里，一般稍大船舰惟涨潮时方可通航至赤嵌楼北边的禾寮港。这里原来也有荷兰人建立的炮台，可以用炮火封锁北航道。但几年前炮台遭暴风袭击而倒塌，荷兰人于是将被损坏的甲板船沉入航道，使大船难以通过，以为万无一失，故没有再设防。这两条航路的情报和地图是由何廷斌提供的，郑成功决定先收澎湖作为入台湾的门户，等待鹿耳门一带海水涨潮之时，乘机进入北航道，在禾寮港登陆。
收复台湾，驱逐外敌，维护祖国领土主权的独立和完整，反对把我国沦为西方的殖民地，这是完全符合中国人民的利益和要求的。郑成功实践了这一符合海峡两岸人民共同心愿的行动，这是他一生中最光辉的事业，他因此而成为民族英雄。
巧渡鹿耳门登陆台湾岛1661年（顺治十八年）2月，郑成功从厦门移驻金门，将准备攻打台湾的水师舰队分成两路，前后呼应。郑成功亲率首批复台大军1．5万人，分乘大小战舰200余艘，从金门料罗湾启航，乘风破浪驶向台湾。从祖国大陆派出这么强大的海陆大军前往台湾，这在历史上还是第一次，全军将士心潮澎派，斗志昂扬。郑成功大军抵达澎湖之后，曾即刻向台湾方向进发，但由于狂风掀起巨浪，大军又被迫折回澎湖，被迫在澎湖等待了7天，然而天气仍未见好转，全军所储备的粮饷已经告罄。为了不影响全军将士的士气，也为了赶上在潮期来临时进入鹿耳门，郑成功当机立断，令部将陈广等率3000人驻守澎湖，自己率大军顶着狂风巨浪继续前进，终于在四月初抵达鹿耳门港外。
北航道俗称鹿耳门，素有天险之称。港门狭窄，沙石淤浅，航路迂回难行，一向只能通行小舟船，但经过多年溪流和潮汐的冲刷，港内逐渐形成了一条可以航行大船的航道，当地的渔民对此都知道，何廷斌又进一步测绘成图，因此郑成功在准备登上台湾岛之前心中已经有了几分把握。郑成功身先士卒，在漫天浓雾的掩护下，换小船在鹿耳门港附近察看地形，恰好正是每月初的涨潮期，中午，海潮大涨，“何廷斌坐船头，按图纡回”，带着地图和澎湖渔民领航，郑成功的舟师紧随其后，进入鹿耳门航道。由于水位加涨了数尺，船队的大小航舰乘潮鱼贯入港，毫无阻碍。
荷兰殖民者事先已经作了备战的准备，他们在岛上各个战略要道和南北两处港口修筑炮台，堵塞北航道，并严禁商船和渔民出海，同时荷兰人还抢掠和屯贮了大批粮食。然而当郑成功的大军突然出现在荷兰人眼前时，他们还是难以相信，不胜惊骇，以为“兵自天降”。因为郑成功的大军利用了当天“上午及全夜有浓雾，不能远望”的机会，从敌军认为不能通过的航道，在涨潮进出其不意地绕过荷军的炮台和航道中的淤浅险阻，在北线尾岛和禾寮岛迅速登陆。当时的荷兰人以为郑成功大军真的有什么“天意相助”，在台湾人民闻讯郑成功大军登陆台湾岛的日子里，甚至流传说郑成功是东海大鲸所变，所到之处，潮水随之暴涨等等。其实真正起到相助作用的是人民的意志，是人意而不是什么天意。
赤嵌居民看见盼望多年的祖国军队从天而降，掀喜若狂，奔走相告，纷纷前往帮助大军登陆。台湾的高山族和汉族居民尽其所能，携带着货车、箩框、小舟等运输工具前往海边迎接郑军上岸，不到两小时，已有好几千名士兵顺利登陆。“各近社土番头目俱来迎附”“南北路土社（即高山族人民）闻风归附者接踵而至”，“土民男妇壶桨迎者塞道”。这样，大军很快站住了脚，先头部队立即分头占据了冲要地点，保护市街、房屋和粮食，并包围了荷兰军队在岛内最重要的据点——普罗文查城堡（今台南市赤嵌楼），同时，郑军的水师也基本控制了赤嵌与热兰遮（今安平）之间的海面，把岛上的荷兰守军围困在两个互相隔绝的据点里。
尽管荷兰人眼睁睁地望着大批郑成功的军队在他们的火炮射程之外登陆，尽管他们看到岛上的居民不顾二切地前往迎接登陆的大军，荷兰人还存有侥幸，希望用他们所拥有的坚船和利炮来战胜人多势众但却以弓弩和大刀加木船为主的中国军队，荷兰人相信他们的优越的军事技术和设备。于是，荷兰军队士兵全副武装，荷枪实弹，在火炮的掩护下，急忙从海陆两方面组织反扑。当时，驻台湾的荷兰殖民军长官揆一在台湾城（今台湾台南市西安平港），城内有兵1000多名。未嵌楼的荷兰守军由长官描难实叮统领，不过400多名。水军有海克托号和斯、格拉弗兰号2只战船，以及几艘快艇、帆船、平底船，水兵仅数百人。荷兰人的水陆军队人数有限，但装备精良。
荷兰军舰在2艘主力战舰的带动下，辅以小帆船白鹭号和快艇马利亚号，边开炮边向郑军水师船队冲杀过来。郑成功命宣毅前镇侍卫镇陈广和左虎卫左协陈冲率水师中较大型的船舰60余艘迎战。敌舰队的两支主力舰宛若海面上的两座小山，每舰长约30丈，宽6丈，船板厚2尺多，中国人称为“夹板”船，系用园木制成，极其坚固。甲板上有5个桅杆，帆墙可承受海上八面来风，且不惧逆风，行驶迅速。每舰装有火炮20一30门，而郑成功的水师船舰高大约仅为敌主力舰的1／3，每船仅配有2门火炮，一般情况下遭遇敌舰时．往往抵挡不住对方利用风力和船重而被压沉于海面。由于郑军水师官兵有充分的思想准备。充分发扬了不畏强敌不怕牺牲的精神，利用敌舰笨重在港内转侧不便和易于搁浅的弱点，将几十艘灵活的船舰紧紧围住敌舰的核心——最大、最重的海克托号，从四面八方向敌舰轰击。其中有五六艘轻便的小木船，由几位最勇敢的水兵掌舵，船上满装着已冒出熊熊火焰的燃烧物品冲向敌舰，士兵们冒着敌人的枪林弹雨把这些“火船”钉死在荷舰的船板上，然后跳水泅回。海克托号立刻浓烟滚滚，不久火药舱爆炸，这艘荷军的王牌战舰连同舰上的100多名水兵就此沉入海底。郑军水师使用的是我国古代人民从长期同西方殖民强盗作战的实践中创造出来的著名“火船”战术。其它几艘大型敌舰见势不妙，调转方向逃出港外，郑军水师则紧迫不舍。又有五六艘小船连在了一起，搭成了一座浮桥，钩住了斯格拉弗兰号，几位勇士奋勇地爬上敌舰，采用了肉搏战、火攻战、接舷战，差一点把它俘获。另一艘郑军小火船缠住并烧毁了一艘敌舰。荷兰人的水师受到重创，剩余的几艘大船狼狈逃跑，再也不敢在台湾海面露面了。