1918年5月20日，北京政府任命张怀芝为援粤总司令，吴佩孚为援粤副司令，调集北方各省军队组成援粤军，拟分三路攻粤。段祺瑞野心勃勃，企图一口吞并粤省。但是，吴佩孚对任共为援粤副司令一事不予理睬，张怀芝则在湘东作战时吓破了胆，已无攻粤的勇气，各省“援粤”军也相互观望，迟迟不动，只有东线李厚基，处在粤军进攻正面，为保住地盘，不得不拚力作战。
5月底，童葆暄率浙军第一师赶到前线后，北洋政府任命李厚基为闽浙援粤军总司令，童葆暄为副司令。6月4日，闽浙联军分兵三路，向粤军发动全线反攻：以臧致平旅为左路，拟突破诏安、黄冈粤军阵地，进窥潮汕，童葆暄师为中路，从平和进攻柏嵩关，然后进取高陵，控扼韩江，威胁粤军总指挥部所在地三河坝，唐国谟旅为右路，收拢被许崇智部击散之溃兵，拟先取龙岩、上抗，永定，然后改取守势，牵制粤军左翼兵力。闽浙联军投入反攻之总兵力约一万五千人，基本企图是左攻右守，首先进占潮汕，同时袭取大埔、三河坝，将粤军南北割裂，进而各个击破。
此时，陈炯明与方声涛之间已出现隔阂，滇军隔岸观火，消极怠战。粤军右路兵少力弱，饷弹不继，在闽军减致平旅的反击下，放弃黄冈，退守汕头。陈炯明急调许崇智之左路军一部增援，企图趁臧旅立足未稳之际，收复黄冈。不料闽军右路又乘虚而人，攻占永定，许崇智部退守岩前；粤军中路防线也被浙军突破。激战日余，粤军在初期攻取的闽西南要地又全部丧失。接着，闽军左翼前锋深入到汕头一带，其中路已突破峰市，进逼大埔。粤军被动挨打，形势岌岌可危。
这时，已经离开广东护法军政府的孙中山，鉴于闽粤战场形势恶化，极为焦虑，于6月27日致电陈炯明，指出：粤省北面，张怀芝已组织军队屯集赣南，南面，北军已由海路运兵二千至汕头，东面，李厚基、童葆暄大兵压境。攻闽粤军已处于三面包围之中，“此时敢冒险进攻则生，不冒险则必致坐困。以攻为守，则士气壮，响应多，敌胆寒，一进必收奇效。否则士气日丧，响应日微，敌胆日壮，而我以可胜不可败之兵，据能战而不能退之地，必无幸免也”。然而，陈炯明此时对北洋政府已有“内附之意”，因此，一面消极防御，节节退守，一面暗向北军传递函电，以示妥协。
但是，这时北军在军事上迭获胜利，气焰正盛，对陈炯明“内附”之表示置之不理，拟乘共斗志动摇之机，“一击破之”。于是闽浙军队继续穷追猛打，并以主力从左翼楔人粤境，于7月18日攻占大埔，威胁粤军总指挥部驻地三河坝。
在此危急时刻，孙中山再次写信给陈炯时，向共分析敌我形势后指出：“兄身当敌冲，后援难恃，强敌在前，所部又饷械俱乏，处此局势，万难操全胜之算，若审慎求全，则我之兵力有限，敌之增援无穷。为兄今日计，惟有奋力前进，冒险求胜，规取闽中”。孙中山一面反复劝导陈炯明，面派广东军政府参谋部长吕公望（原浙江督军）往前线策动浙军倒戈起义，分化瓦解北军。
（四）粤军转败为胜
陈炯明见“内附”之意不被北军理睬，当面敌军又步步进逼，因而不得不听从孙中山的劝导，重新组织兵力，从军事上寻找出路。7月23日，他将右路之洪兆麟支队调至中路，增强三河坝一线防御力量。8月初，陈炯明集中中路粤军反攻大埔，以一部兵力从正面仰攻，分兵一部由漳溪下游攻敌侧背。经两昼夜激战，闽军不支，弃城溃逃。这时，驻守饶平的浙军第一团团长陈肇英，在吕公望等人的策动下率部起义，成立“援闽浙军”总司令部。浙军师长童葆暄仓皇率部撤离前线，退往厦门。粤军乘势全线反攻，右翼邓铿部连克诏安、云霄、漳浦等城，直逼漳州。左翼许崇智部乘势向闽西进攻，连占武平、上杭、龙岩等地，与主力部队会攻漳州。8月31日，粤军攻克漳州，继而向厦门推进。李厚基惊慌失措，逃回福州。9月12日，李致电段政府，报告闽军处境危急，请辞闽浙援粤军总司令职。段政府一面电令李厚基坚守待援，一面急调北军从三路援闽：赣省抽调军队开赴上杭，浙省增派军队驰往厦门，海军，派舰队进入厦门海面。
10月3日，军政府任命陈炯明为福建省宜抚使兼攻闽军总司令。11月，粤军与闽浙联军在福建前线划界停战。
三、讨龙之战
龙济光同张勋一样，是反动愚顽的“怪物”之一。在护国战争后期，面对滇桂军的强大军事压力，龙济光走投无路，后由黎元洪出面调解，才得以两广矿务督办名义率残部移驻琼州。龙在琼州招兵买马企图卷土重来，重作广东的土皇帝。
护法战争爆发后，段祺瑞调动北军进攻湖南，龙济光认为时机已到，迭函冯国璋，表示愿充攻粤前驱。他声称，“惟冀钧座排除群论，速定方针，……济光秣马厉兵，敢惮征缮。各将领枕甲请缨，勿灰其气，望钧座有以策厉之。”北洋政府也很赏识龙济光这只鹰犬，于1917年11月8日任命龙为两广巡阅使，令其出兵攻粤。
龙济光受命后，立即以所部二万余人分三路进攻：任李嘉品为第一路司令，拟从阳江登陆，经合山、恩平进图广州，并控扼西江中段，断绝桂粤联系，任段尔源为第二路司令，马存发为第三路司令，拟从海安登陆，先占雷州半岛，尔后向桂粤．边界发展，伺机攻取南宁。
1917年12月14日，李嘉品率部在阳江秘密登陆成功，即以一部兵力驻守阳江，主力向思平和阳春推进。龙济光则亲率第二、三路军从海安登陆，向石城（今廉江）、化州方向发展。
广东督军莫荣新得知龙军大举进犯，急令沿海粤军抗击登陆之敌，以待后援；继令驻粤海军分别开赴闸坡、崖门等地，堵截龙军后继船队。旋于12月16日召开军事会议，商订讨龙作战计划。12月30日，莫荣新任命钦廉镇守使沈鸿英为讨龙军第一军司令，令其率所属十二营在石城至化州一线阻击龙军，以原高雷镇守使林虎为讨龙军第二军司令，令其率警卫军十二营开往恩平方向迎敌。以上两支军队兼程开赴前线，在预定地点展开并完成防御部署，阻止和迟滞向前疾进的龙军。嗣后，莫荣新又分任督军署参谋长刘志陆和粤省警务处长魏邦平为讨龙军第三、四军司令，李根源为讨龙靖国军（由滇军三个团组成）司令。以上讨龙军总数共五十营约二万余人。
东路阳江方向作战非常激烈。林虎所部讨龙军开赴前线后，猛冲猛打，曾一度收复阳江，迫敌前锋退守织。1918年2月初，李嘉晶之后续部队驰赴织，会合退守该地之先头部队并力反扑，于25日复占阳江，东路战局再度恶化。3月7日，粤督莫荣新任命李烈钧为讨龙军总指挥，统一指挥阳江方向之作战。
3月11日，李烈钧拟定了全线反攻作战的计划，基本企图是；集中主力部队于开平至阳春一线，分兵四路围歼李嘉品所部龙军，收复阳江，再进击石城、化州之敌。具体作战部署是，第四军由那扶进逼阳江东部，负责牵制敌人；第三军由恩平、那龙出合山，进逼阳江东北部；第二军于思平与阳春之间前进，攻击阳江西北部，李根源靖国军由黄泥湾至阳春大道前出，配合第二军进击阳江西北部，并负责警戒高州、雷州方向之敌，沈鸿英之第一军进抵石城一带，袭击龙军之二、三路，阻敌增援阳江。
3月16日，刘志陆指挥第三军克复恩平，为其它各路军眼进展开扫除了障碍。李烈钧当即决定第三军从正面牵制敌人，而以李根源之靖国军作为主攻部队，于24日前插到阳江北部，从翼侧攻击敌人。同时令第二、三、四军均按原计划分别于23日前向阳江推进，掩护李根源部之进攻行动。
讨龙军四路进攻，海军舰队也协力堵剿。李嘉品见难于抵抗，遂于3月25日放弃阳江，逃向电白（今电白东）。讨龙军乘胜追击，于4月12日占领电白。
这时，龙济光主力麇集在高州、化州、石城一带，准备顽抗。讨龙军攻克电白后，立即分兵两路，以左翼部队配合沈鸿英部扼制化州东北部，并向化州、石埔之正面攻击，以步兵一营、工兵一连组成别动支队，在海军掩护下，在雷州半岛南部登陆，攻击龙军侧背，另以军舰载步兵一部，在琼州登陆，袭击龙军老巢。
龙济光部四面被围，已无斗志。讨龙军步步推进，势如破竹，于4月25日收复化州，27日攻克石城，28日下遂溪。与此同时，琼东县（今琼海东北）警卫营长杨锦龙，联络本部及当地黎族人民宣布独立，反对龙济光在琼州的统治。龙济光见所部弹心粮绝，进退失据，只好弃军逃走，赴北京投靠段祺瑞，其部下多缴械投降。
四、南雄之战
1918年4月，江西督军陈光远遵照段祺瑞三路攻粤的命令，派兵攻入东南雄。南雄位于大庚岭南麓，是江西进入广东的通道之一。4月18日，陈光远派赣南镇守使吴鸿昌为攻粤总司令，混成旅长丁效兰为副司令，率兵两旅向南雄进攻。广州护法军政府陆军总长、靖国军第五军军长张开儒，鉴于南雄只有守兵四营，难于抵敌，急调驻韶关，仁化等地的第五旅、第六旅及炮兵一团，向南雄增援。但援军立足未稳，即被赣军击溃，南雄陷落。莫荣新得报，急任李根源为粤赣湘边防军务督办，令率所部滇军由讨龙战场疾速北上。
李根源率靖国军赶到韶关，将所部布置在韶关以北，接替第五军防务。5月初，李烈钧又奉命率讨龙部队增援北线。由于张开儒南雄之败，莫荣新乘机排除异己，撤掉了张的军长职务，将第五军交给李根源统率。李烈钧、李根源整顿部队后，决定分兵三路反攻赣军。命滇军朱培德旅出仁化、扶溪，杨益谦旅出都坑、罗坝，威胁赣军两翼，第五军为中路，从正面进攻南雄。为加强攻击能力，李烈钧从广州调运数门重炮配属部队。
6月3日，靖国军发动全面反攻。激战四昼夜，赣军向赣境败退，靖国军克复南雄。
靖国军反攻获胜后，李烈钧联络在衡、宝以南屯集的湘、桂军，拟相互策应，大举北进：由湘桂军负责攻取衡、宝，滇军负责攻取赣州；另调驻守潮梅的方声涛部由梅县出武夷山，直捣宁都。但此时粤、桂军意见纷歧，俱无战意；陆荣廷则主张“湘边现状，宜取守势，虽有生力军到，亦不必汲汲进攻，但以保守桂边，静待为上”。不久，李烈钧奉调为广州军政府参谋长，其三路反攻计划遂成泡影。此后，滇、赣军相持于大庾岭及信丰，崇义之间，再无大的战事。