东路起义军战败后，李文茂北路起义军失去了左翼屏障，便由进攻转入防御，并采取如下防御措施：加强各据点间的联系，主动配合作战；在主要据点周围挖壕筑垒，配置火炮、抬枪，在山坡、田埂、交通要道插上竹签，撒布蒺藜；在有树林的山坡上暗设火炮，布置伏击阵地。
叶名琛在取得东路作战胜利后，即集中东，北两个方向的部队，进攻北路。鉴于北路起义军数量多，据点密布，他决定采取“先分其势，复截其援”，“逐一剿洗”的方针，即首先围攻靠近省城的几个较小的据点，然后进攻主要据点。9月22日至10月1日，清军先后攻占了棠夏、沙涌、三家店、瑶台等起义军据点。10月11日，清军向义勇祠进攻时，突遭分散在附近各乡的起义军截击，被迫后撤。为此，决定首先分路“清剿”东北、西北各乡小股起义军。至10月21日，十三乡的起义军均被击溃。这时，北路起义军尚有佛岭市、萧冈、龙潭观、牛栏冈等重要据点，彼此呼应，互为犄角。迨至11月3日，上述据点也逐一被清军攻占，起义军伤亡重大，余部退向石井，石门等处。
清军攻占北路起义军主要据点后，即采取水陆夹击战术，进攻西路起义军。至1855年1月中旬，石井、石门以及附近各乡的起义军均被击败。起义军首领何六、周春、甘先等率部北上，参加围攻韶州的战斗，后又退入湖南；李文茂则率部转移至南海县的九江。
正当清军疯狂进攻北路起义军之际，英国侵略者接受叶名琛的请求，于12月13日公开派道舰队，闯入珠江，充当清军镇压起义军的后援。叶名琛有恃无恐，便立即进攻省河以南的起义军。但由于省河港汊纷歧，东连狮子洋，西连佛山镇，起义军水军出没无常，曾于大黄滘、新造等处大败清军水师，使清军的“堵剿倍形吃紧”。这时，候补道沈棣辉提出了先破佛山的建议，他认为佛山是起义军的重要据点，是辎重和精锐的集结地，佛山一破，其余便可一战而定。叶冬琛接受了这一建议，命沈棣辉统一指挥陆路兵勇近万人，战船百余只、水勇三千人，连同原驻佛山附近的兵勇四千七百余名，向佛山进攻。
当李文茂、陈显良等起义军勇猛攻打省城之际，佛山陈开起义军竟被南海县的大沥、梯云、扶南、太平四堡九十六乡的团练阴止了北进的道路，以致数万起义军偏处佛山，无所作为。沈棣辉在进攻佛山前，察看了各处地形，决定先破与大沥团练对峙的桥头、谢遥村等据点。1854年12月25日至1855年1月14日，清军将佛山外围的据点全部攻占。沈棣辉鉴于佛山道路盘旋，街巷纷歧，事先绘制地图，分发各营，使部队熟悉进攻的街道，明确各自的攻击目标。1月27日，清军分十三路同时进攻佛山镇，起义军首尾不能相顾，纷纷突围。陈开率部向南海县的九江退却，后与李文茂部会攻三水县城不克，遂一齐西进肇庆，与伍百吉部及由广西东下至肇庆的梁培友部会师，进行休整。2月下旬，南路起义军的主要据点也全部失守。至此，长达半年多的围攻广州之战，以起义军失败而告终。
广州解围后，叶名琛下令“凡昔通匪者，吏民格杀勿论”，对广东人民进行血腥镇压。全省被害者约在百万以上，仅广州一地就有十万余人惨遭屠杀。英国军舰也参与围捕退到海上的起义军，几乎把所有北里湾和石浦港的起义军船只击沉，并伙同清军成批地捕杀起义军战士。
广州城墙高厚，四周炮台环列，构成坚固的防御体系。刚刚兴超的天地会起义军，虽然人数众多，但组织松散，武器装备差，战斗力不强，而且没有城内居民的响应，在这种情况下，强攻坚城，显然是不明智的。广州城虽然处于起义军四面包围之中，实际上是围而未死。叶名琛等仍能通过水路，在英、美、法殖民主义者的帮助下，将军需民用物资运进城内，支持其持久作战，并最终挫败了起义军的进攻。半年多的围攻广州之战，起义军不仅消耗了很大力量，而且丧失了向敌人统治薄弱地区发展革命势力的有利时机。
三、转移广西，开辟以浔州为中心的根据地
（一）占领浔州城，建立大成国
陈开、李文茂率部到达肇庆不久，就面临清军从西江上下游夹击的不利形势。1855年4月13口，广西按察使张敬修郎攻占了德庆城。5月中旬，广东盐运使沈棣辉部攻占了九江、三洲等据点，并于羚羊峡外击败起义军的水军。21日，乘大雾迷漫之际，抢占起义军的羚举峡炮台，战船冲过峡口，直驶肇庆。
面对上述形势，陈开、李文茂等接受对广西情况非常熟悉的梁培友的建议，决定放弃肇庆，向广西转移。在广东各地起义军已遭清军和团练的血腥镇压，武装起义已转入低潮，而广西的天地会起义又仍很活跃的情况下，此种战略性转移自然是正确的。当时，广西比较大股的起义武装，桂西南有以吴凌云为首的起义军，桂东南声以黄鼎凤和范亚音为首的起义军，桂东北有以张高友为首的起义军，永淳（今峦城）、横州（今横县）一带有李文彩为首的起义军，苍梧县有罗华观起义军，湘、桂边有陈永秀、黄金亮起义军。此外，还有活跃在各地的许多小股起义军。至于广西的清军，自太平军兴起并向湘鄂地区转进后，主要用之于对付太平军，留下的部队不多，广西地方当局不得不依靠团练来对付各地起义武装。陈开、李文茂等毅然率领起义军向革命势力比较活跃，反动势力此较薄弱的广西进军，对于保存和发展自己，无疑是十分有利的。
1855年5月下旬，陈开、李文茂、梁培友、区润，梁昌等率战船千余艘，溯西江扬帆直上，在德庆冲破张敬修部水师的堵扼，越过封川，进入广西。在进攻梧州不克后，即西走藤县，过平南，进据大黄（湟）江口，于6月5日直薄浔州府城（今桂平），浔州城三面临水，起义军战船分泊南、北两河，发炮轰城，步军则在东，西两门外扎营安炮，从陆路进攻。浔州知府刘体舒督率清军，团练闭门坚守。起义军在展攻不克的情况下，一面派兵控制交通要隘，一面在城外筑墙设垒，阻击清军的援兵，切断城内的粮饷接济，实行长期围困。7月23日和8月28日，起义军两次采用穴地攻城法轰塌南门城墙，但缺口很快被清军封闭，未能突入城内。
广西巡抚劳崇光因无兵可调，贵县勇练的增援亦为起义军所阻，只得把希望寄托在业已进至梧州的张敬修身上。可是，张敬修所部不仅兵力有限，而且士气低落，并需换乘适应浅水作战的战船，筹措欠发的粮饷，因而进展十分迟缓。叶名琛不得不于8月中下旬先后增派参将尹达章率浅水船八十只、兵勇三千名，已革知县谢效庄率团练千余名，加强张敬修部，令其立刻水陆并进，解浔州之围。9月21日，清军战船驶至石咀时，被扼守大黄江口的起义军击败，纷纷逃回梧州。
浔州城内的清军粮尽援绝，士气更加低落，起义军便于9月27日乘机发起总攻，由南城登梯缘墙，一举攻入城内，俘杀了知府刘体舒和桂平知县李庆福等人。
占领浔州城后，陈开等宣布建立“大成国”，改元“洪德”，改浔州城为“秀京”，并蓄发易服，颁发制度，分官设守，开炉铸钱（称“洪德通宝”），开始进行政权建设。为了防御清军进攻，在城外修筑土城二道，在东门外的三角咀修筑炮台，在沿江两岸筑垒设营。
（二）攻占武宣、乎南
浔州城的攻克和大成国的建立，大大鼓舞了广西各地起义军的士气，陈、李起义军开始成为广西各支起义军的中心，出现了一派大好形势。
广西巡抚劳崇光鉴于广西兵单饷竭，只得采取消极防堵的方针，其部署如下：提督惠庆率绿营千人，与右江道黄辅相等所率绿营分驻武宣，蒙墟，防堵起义军北上柳州；新任署浔州知府张鹏万驰赴平南与署知县李载文等招集溃散兵勇、团练，防堵起义军东进；左江镇总兵色克精阿率部驰赴横州，防堵起义军西进。
起义军攻占浔州后，立即发起了攻势作战。10月初，李文茂、梁培友等率军数万，攻占浔州西南的贵县县城，当地起义军首领黄全义、黄鼎凤和活动于横州、永淳一带的李文彩率部参加大成国起义军。不久，李文茂又挥军进攻浔州东北的平南县。由于平南清军防守坚固，以致从1855年10月中旬至翌年2月，久攻不克。清军乘机攻占平南以西的一些沿江据点，并从广东陆续调来援兵，向浔州推进。在此情况下，李、梁等一面以部分兵力在大黄江口一带依托有利地形扼阻广东清军的水陆援兵；一面毅然率部北上，于1856年4月15日夜一举攻陷武宣城，毙浔州协副将福格、守备朱锦兰等多人。起义军袭占武宜，不仅威胁象州、柳州，而且威胁蒙墟清军的安全，打乱了清军进攻浔州的部署。此后，梁培友率水军南返浔州，李文茂率部继续北上，于5月7日攻占象州。李文茂联络荔浦张高友起义军，于7月进攻柳州。劳崇光忙调桂林和浔州附近的清军、团练前往增援。起义军进攻柳州受挫，张高友率部退守象州，李文茂于8月率部返回浔州。
梁培友率水军南下后，准备再攻平南。6月17日至23日，连日大雨，江水猛涨，清军设置于大黄江口下游的拦河铁链被急流冲断，岸边的炮台多被淹没，陆路各营也因洪水阻隔，彼此不能应援。梁培友抓住这一有利时机，于6月26日一面派兵围攻清军陆上营垒，一面集中战船数百只，顺流连樯而下，火攻清军水师。清军广东水师的一百余只战船被烧毁殆尽，张敬修、尹达章以及候选知府谢邦瑞、已革肇庆千总柯维和兵勇四百余名被击毙。起义军打了一次漂亮的水上歼灭战。接着，起义军水陆并进，围攻平南，于8月29日攻克县城，击毙和俘虏李载文等多人。在围城期间，起义军水军还在藤县的白沙击毁由广东水师千总苏海率领的战船三十余只，缴获米船百余只，一度进抵梧州城外。起义军攻占武宜，平南后，又于10月初拔除了威胁浔州的清军据点蒙墟，提督惠庆败退石陇。
起义军进入广西后，经过一年多的作战，占领了浔州府属的广大地区，初步开辟了以浔州为中心的根据地，开始在广西立定了脚跟。这些胜利的取得，客观上由于广西清军兵力薄弱，而起义军能得到广西起义武装的积极配合，主观上则由于李、梁等起义军首领能在作战中注意集中兵力，乘敌之隙，出敌不意。起义军虽然取得了很大胜利，但与广西清军和团练的力量对比，仍然处于劣势，根据地还很不巩固。
（三）夺取柳州、梧州、南宁
1856年10月，陈开召开了起义军将领会议，分封诸王：李文茂为平靖王兼陆路总管，梁培友为平东王兼水路总管，区润为平西王，梁昌为定北王。陈开自称镇南王，不久又改称平浔王。此外，还分封了公、侯、元帅等职官。会议还确定：由李文茂率部北攻柳州，梁培友率部向东发展，区润、梁昌率部向西发展，陈开则坐镇浔州。部署既定，各王便分别率部向北、东、西三个方向发起攻城作战，以便进一步扩大以浔州为中心的根据地。
1.北攻柳州之战
1856年11月，平靖王李文茂率水陆两军由象州北上，再次进攻东、西、南三面临水的柳州城。11月11日，起义军战船直驶城下，步兵则占据了铜鼓、长塘、欧阳等据点。12日，起义军向东门，北门外清军营盘发起进攻，清军不支，退入城内。起义军占据了城外各要隘，完成了对柳州城的包围。