陈玉成、李秀成于三河大捷之后，即乘胜率部南进。时舒城之敌已退守桐城，陈、李两部便共同往攻，于11月24日夺取该城。都兴阿所部清军于太湖与李续宾部分军后，即进逼安庆，10月15日攻占安庆北面门户集贤关，继而配合杨载福部水师，围困安庆。及至李续宾大败于三河镇，接着舒城，桐城又被太平军占领，都兴阿恐太平军从侧后抄袭，遂于11月27日撤安庆之围，经石牌（今怀宁）退驻宿松。太平军随即克复潜山、太湖二城，扩大了占领区，改善了安庆的防御态势。
湘军三河镇之败，主要原因是孤军犯险。李续宾仅率八千余人自湖北东犯，入皖之后，连陷四城，处处分兵驻守，结果，“兵以屡分而单，气以屡胜而泄”。进至三河镇后，仅剩六千人，当太平军大队赶到时，已无阻援之兵可派。加之李续宾刚愎自用，拒不接受部将关于退守桐城的建议，终于全军覆灭。对于湘军的这次惨败，咸丰帝闻之“不觉陨涕”。曾国藩“哀恸填膺，减食数日”。胡林翼则哀叹说：三河败后，“军气已寒，非岁月之间所能复振”。又说：“三河败溃之后，元气尽伤，四年纠合之精锐，覆于一旦，而且敢战之才，明达足智之士，亦凋丧殆尽。”可见此战对清廷和湘军的打击是极为沉重的。
太平军之所以能打这样漂亮的歼灭战，主要由于决心正确果断，兵力集中，战术比较灵活。当湘军进抵舒城、三河时，陈玉成果断地决定兼程回援，并奏调李秀成部同往，形成了兵力对比上的绝对优势。在对敌发起进攻时，太平军采取正面迎战与伏击、抄袭相结合的战法，各部之间密切协同，主动配合，迅速分割包围敌人，打得湘军前后左右不能相救，终将李续宾及其所部彻底歼灭。
通过三河大捷，太平军粉碎了湘军东犯的图谋，保卫了皖中根据地，对鼓舞士气，稳定江北战局，保证天京安全和物资供应，都具有极重要的意义。
二破江南大营与东征苏常沪（1860年2月～8月）
太平军于1858年下半年取得二破江北大营与三河镇大捷两次重大胜利后，战争形势有了较明显的好转。1859年洪仁玕到达天京后进行的某些革新，又使太平天国的政治局面有了某种程度的改进。正是这些条件，促成了1860年太平军二破江南大营与东征苏常等一系列军事行动的胜利。
一、二破江南大营作战方针的提出
1859年6月，当石达开率军围攻湖南宝庆时，清廷为阻止太平军入川，曾命曾国藩亲自统兵前往四川扼守。8月，石部自湖南退入广西后，清廷又命曾国藩暂缓入川，改援安徽。10月，曾国藩与官文、胡林翼等共同制订了一个。四路图皖”的计划，准备再次进攻安徽。同年底，曾国藩自湖北移营安徽宿松，胡林翼移营安徽英山，向皖西太平军根据地步步进逼。
在天京对岸，当1858年冬陈玉成、李秀成会师三河镇之际，留守滁州、全椒的李秀成部将李昭寿（原系捻军，后加入李秀成部）被钦差大臣胜保招抚，于11月1日献城降清。1859年2月底，与李昭寿关系密切的江浦守将薛之元又投降清军。不久，浦口等地也落入敌手。这样，皖北与天京之间的联系又被隔断。为了打通联系，陈玉成、李秀成于1859年3、4月间曾先后两次率军进攻江浦、浦口，但均未得手。其后，陈、李两军转战于六合，仪征、扬州、天长、盱眙、来安、滁州间，企图诱使清军分兵，乘隙夺回浦口，江浦。直到11月间，在击败署湖北提督周天培等部清军后，才占领浦口，并围攻江浦，稍解天京之围。此后，李秀成率军留守浦口一带，陈玉成则率军返回皖西战场，对付东犯之湘军。
1859年4月，洪秀全的族弟洪仁玕由香港抵天京，颇为洪秀全所器重，不久即被封为“开朝精忠军师顶天抚朝纲干王”。洪仁玕总理朝政后，撰写了《资政新篇》等著作，在政治和经济方面提出了一些改革措施，使太平天国的领导力量有了某种程度的加强。但洪仁玕的被重用，引起了一些“老兄弟”的不满。洪秀全便加封前军主将陈玉成为英王，加封李秀成为忠王，使这一矛盾基本上得到了解决。但在同年10月，又发生了右军主将韦志俊于皖南池州（今贵池）降清的事件：幸其部将纷纷反对，被他带走的人马不多。
综观1859年的形势，太平天国既出现了新的希望，也存在不少困难，特别是天京仍处于江南大营清军的包围之下，总的形势依然相当严酷。
面对上述情况，李秀成一再向洪秀全“强奏”，要求率军离开浦口，设法攻打江南大营，以解京围。这一要求最后得到了洪秀全的应允。关于如何解围问题，李秀成与洪仁玕进行过三次面商。洪仁玕认为：“此时京围难以力攻，必向湖、杭虚处，力攻其背。彼必返救湖、杭，俟其撤兵远去，即行返旆自救，必获捷报也。”李秀成同意这一计谋，便与洪仁玕共同确定了如下作战方案：（一）由李秀成、李世贤率部。伪装缨帽号衣，一路潜入杭、湖二处”，攻敌之所必救，以吸引和调动江南大营清军，当出现上述情况时，立即放弃浙江杭州和湖州（今吴兴），由小路回师天京，围攻江南大营。（二）由英王陈玉成执行“虚援安省”的任务，在皖北实施佯动，以掩护江南之作战行动。整个作战由李秀成负责组织实施。
二、奔袭湖杭与回师天京
1860年1月底，李秀成将镇守浦口的任务交给部将黄子隆，陈赞明后，即前往芜湖，召集将领会议，说明天京被围的危急形势，宣布攻杭救京的计划，明确进军路线和各将领的任务。2月10日，李秀成率陈坤书、谭绍光、陆顺德等部二万余人到达南陵，后经清弋江镇和马头镇，绕过宁国府，于24日攻占广德，留陈坤书，陈炳文率部守城，以备接应，自率谭绍光，陆顺德、吴定彩等部轻装疾进浙江。为掩护李秀成主力的进军，李世贤率部由南陵经泾县，进占旌德、太平（今太平东），留新任右军主将刘官芳在这一带活动，自率大军东入浙江，29日与李秀成部会师于安吉（今安吉北）。3月4日，李秀成、李世贤两军大败清军于长兴西南的虹星桥，并进占长兴。然后分军为二：李世贤率部佯攻湖州，以牵制清军；李秀成则率领精兵六七千人冒充清军，日夜兼程进袭杭州。
3月11日，李秀成所率精兵进至杭州城外。时杭州城除满营外，仅有兵勇二千八百余名。19日太平军轰塌清波门城垣，由一千三百五十人组成的先锋队立即冲入城内，攻占杭州，杀死浙江巡抚罗遵殿等多人。惟杭州将军瑞昌等踞守的满城；未能攻下。
江南大营统帅和春得知太平军入浙，即于3月10日派总兵张玉良等率兵二千由六合往援。咸丰帝深恐失掉浙江这个财赋之区，严令和春增调劲旅赴浙（后又命和春兼办浙江军务）。和春只得遵旨加拨援兵，江南大营“先后调援者不下一万三千人”，统归张玉良率领。太平军攻陷杭州四天之后，即3月23日，张玉良所率援兵才到达杭州城外。
李秀成见调动江南大营清军的目的已经达到，便于3月24日在城内遍插旗帜以为疑兵，连夜撤出杭州，率军疾驰北返。28日过赂安，循天目山走小路北趋孝丰（安吉西南），4月4日抵广德。4月8日，于安徽建平（今郎溪）召开了有辅王杨辅清、侍王李世贤（4月3日率部由湖州撤围西返），右军主将刘官芳、定南主将黄文金、平西主将吴定彩，求天义陈坤书等参加的军事会议，共同商定了解救天京之围的详细计划。会后，即分东西两路进援天京。
西路由杨辅清、黄文金等率领，从安徽宁国府东面的洪林桥一带出发，于4月12日占江苏高淳，18日占溧水（浙江提督郑魁士败走镇江），23日占秣陵关。29日，分兵两支：一 由杨辅清、黄文金率领指向雨花台，一 由刘官芳，陈坤书率领进逼高桥门。
东路又分左右两翼：右翼由李世贤率领，于4月13日占领溧阳，15日攻宜兴，16日迫常州，以牵制东面清军，尔后回师西向，于23日占领句容。左翼由李秀成亲率本部，经溧阳进占赤山（句容西南）。27日，李秀成部自赤山、李世贤部自句容分进合击淳化镇（今江宁东），次日大败帮办江南大营军务、江南提督张国梁郎清军，克复该镇。
当李秀成率军回师天京之际，在皖北执行佯动任务的陈玉成、吴如孝等率军由全椒南下，于4月底渡江，经江宁镇抵板桥、善桥一带。
三、摧毁江南大营
清军江南大营于1858年初重建后，统帅和春设大营于沧波、高桥两门之间。不久，强征数万民夫，于天京城外挖掘深阔各约丈余的长壕，绵亘百余里，经年始成。1860年1月底，李秀成离浦口后，江南大营清军水陆并进，攻陷了浦口沿江一带太平军垒卡二十余座，并于2月1日占领江浦和九湫洲，进一步围困天京。
4月底，各路太平军抵达天京外围，众达十余万人，在扫清清军外围据点后，随即准备总攻江南大营。总攻部署是：李世贤部自北门洪山、燕子矶，李秀成部自尧化门，刘官芳、陈坤书部自高桥门，杨辅清部自雨花台，陈玉成部自善桥方向，五路并进。天京城内的太平军则由城内出击，配合援军夹攻清军。
5月2日，太平军发起总攻。是日天气晴朗，但从当晚开始降雨，连日不止，太平军冒雨连续进攻。
5月4日，陈玉成部于上河镇，毛公渡一带搭造浮桥数道，进攻天京西南清军营垒外墙。城内太平军也纷纷出击。5日，陈玉成部突破敌军在天京西南所筑长壕。当天，城内太平军抛掷的火罐落入清军副将雷安邦营内，引起火药轰发，该部随即外逃。附近清军闻之大惊，也纷纷撤出营外。太平军乘敌人混乱之机，前后夹攻，半日之内，将江南大营西半部的五十余座营垒全行攻破，歼灭清军总兵黄靖以下数千人。张国梁闻西路有变，率兵往援，见营盘已失，只得仓皇退回，破坏上方桥，企图固守小水关以东各营垒。太平军突破敌西南长壕，内外会师，重围已解，士气更高，便连夜乘胜猛攻。清军军营四处火起，江南大营总部所在地小水关大营也被攻破，和春等率残部经石埠桥乘船逃往镇江。江北及九湫洲一带清军也随即逃遁。于是，重建后围困天京两年多的清军江南大营又被摧毁。太平军缴获了大量枪炮、火药、铅子，以及白银十余万两。
二破江南大营，是太平天国战争史上最为“得意之笔”。洪仁玕、李秀成等正确地选择杭州作为“攻敌必救”的目标，调动和分散江南大营清军的兵力，然后回师急攻，内外夹击，使数万清军陷入被动挨打地位，这一着是颇为成功的。
太平军在此次作战中不仅有变内线作战为外线作战的正确方针，而且有周密的计划。在进军浙江和回攻江南大营之先，都召开了作战会议，统一了各将领的认识，明确了各自的任务，因而在作战过程中能做到齐心协力，所向披靡。确如李秀成所说：“如欲奋一战而胜万战，先须联万心而作一心。”
此战成功之处，还在于集中了优势兵力。清军江南大曹，筑有号称真“万里长壕”的坚固工事，即使在分兵援浙之后，仍拥有较为雄厚的兵力。为歼灭这股清军，太平军集中了天京周围可能集中的十余万军队，因而在四五天之内，即彻底摧垮了和春、张国梁苦心经营了两年多的江南大营。
洪仁玕、李秀成等在作战指挥上此较灵活，注意了主攻、助攻、掩护、佯动相结合。进军浙江时，由陈玉成部在皖北佯动，以迷惑和牵制敌军；由皖南进军杭州时，先则由李世贤部分兵活动于旌德，太平一带进行掩护，继则由李世贤率军进攻湖州进行牵制，以保证李秀成部进攻杭州的胜利，由浙江回师天京时，一度派出一支部队进占溧阳，摆出东攻苏常的架势，以迷惑敌人，保障进攻江南大营之战的顺利进行。
在这次作战中，太平军也有不足之处。主要是作战目标只图解围，因而进攻江南大营时，既未注意切断敌军的退路，又未能在敌退却时迅速组织截击和追击，虽然攻破了大营，但仅毙敌三五千人，基本上打了个击溃战。由于太平军只注意迅解京围而没有大量歼灭卧有生力量，因此和春、张国梁等逃至镇江后，又得以收集残兵败将二万余人，防守镇江和丹阳。
四、东征苏常
1860年6月1日，洪仁汗、陈玉成、李秀成、李世贤、杨辅清、刘官芳等在天京庆贺解围作战的胜利，并商议下一步进兵之策。陈玉成主张救援安徽。李世贤主张南取闽浙。洪仁玕和李秀成则主张先取长江下游，他们认为：“为今之计，自天京而论，四（西）距川，陕，西（北）匝长城，南距云、贵、两粤，俱有五六千里之遥。惟东距苏、杭、上海，不及千里之远。厚薄之势既殊，而乘胜下取，其功易成。一俟下路既得，即取百万买置火轮二十个，沿长江上取。另发兵一支，由南进江西，发兵一支，由北进蕲、黄，合取湖北。则长江两岸俱为我有，则根本可久大矣”。洪秀全采纳了洪仁玕、李秀成关于先取苏常、后攻天京上游的主张，命令李秀成率军东征苏常，并限期一个月完成任务。李秀成会同李世贤、杨辅清、黄文金等联合东进。与此同时，陈玉成率部渡江往攻扬州，以牵制江北清军，使其不得南渡救援苏常；刘官芳等则率部拆回皖南，屏障天京西侧。