不过，洪秀全的拜上帝教从一开始在学说上就存在一个重大的漏洞：既然是人人平等，那么为什么是洪秀全作为上帝的次子，具有领导的作用？如果他有错误，有过失，谁来监督，谁来裁判？这个问题一直没有得到解决，在后来，虽然杨秀清和萧朝贵都曾经假托自己是“天父”、“天兄”，在教义的基础上起到了制衡洪秀全的作用，但是在太平天国的学说上和政权的制度上，洪秀全本人一直是逍遥法外的，没有得到任何的约束。
金田起义之后，洪秀全率领太平军一路征讨，在短短的几年之间就占领了南方的广大地区，和清政府分庭抗礼。
作为一个军事政权，太平天国确实已经形成了规模，但是，这个由拜上帝教的学说支撑起来的国度，却存在着无数的缺陷：洪秀全个人行为的不受约束、洪秀全和太平天国其他领导人之间的关系平衡、太平天国的发展大计应该如何制定，等等。
出走的先知
太平天国的失败，其重大转折就在于“天京事变”。而这一事件之后，太平天国基本上处于半瓦解状态，也正是因为洪秀全个人的权力没有受到制度约束的关系。
因为杨秀清和洪秀全之间的矛盾，促生了天京事变。韦昌辉杀了杨秀清及其部下二万余人，又对石达开动手，石达开逃出京城后投书天王，强烈要求杀韦昌辉。于是洪秀全除掉了韦昌辉，迎接石达开回京辅政。石达开回京不到半年，就医治了由于天京事变而造成的严重创伤。
洪，杨矛盾以杨秀清被杀而结束，但洪石矛盾也随之而来。石达开离京出走后说：洪秀全把韦昌辉杀了，又疑心自己，有一并谋害之意，他才逃出天京（南京）。其实，这关键在于洪秀全不体察他对天国的忠贞。洪秀全之所以产生疑忌，出于他愈来愈浓重的封建帝王思想，这与他先前容不得杨秀清是一样的。
而矛盾的开端，则在于石达开回京对洪、韦杀杨持反对态度。矛盾的发展激化，则在于洪秀全不用功臣，封自己两个兄长为安王福王，以挟制石达开。石达开的出走是经过半年时间的观察与深思熟虑后而作出的决定。
在当时，石达开是联系着十几万，几十万人心的人物，如果天王对他个人有不公正的对待，这十几万，几十万人能否容忍？他们亲眼看到杨秀清被杀后部众及亲属的悲惨命运，不会坐视石达开被害而无动于衷。从当时太平天国全局来看，石达开自1856年离京出走到安庆等地，重新聚集部队数万人到数十万人，转战于赣、浙、闽、粤、湘、桂、川、黔诸省，直到1863年6月在大渡河被俘、在成都被清军杀害，期间，他高举太平天国大旗，对反动腐败的清王朝进行不屈不挠的斗争，推动与壮大了各地农民反清斗争的声势和力量。
在全国范围来说，石达开的远征是开辟了第二战场，为太平天国扬威张势，开疆拓土至九省之多，牵制了敌人大量的军队，有力地配合与支援了太平军在江南保卫天京的斗争。这是客观存在的历史事实，谁也抹杀不了。石达开这次远征的意义，不论对当时或后来的影响都是非常巨大的。
石达开离京后，洪秀全先是派人追捕，但追捕的人有去无回。敌人却乘机反攻，各地守将纷纷告急，李秀成还向洪秀全提出革安、福二王之职，重新迎接石达开回京主政的要求，洪不但不接受，反而将李秀成革职，这当然也是对石达开的一种打击。在局势危急的情况下，洪秀全被迫改变态度，将安、福二王封号削去，恢复李秀成职务，另镌“义王”金牌一面，派人将合朝文武大小官员求援的表章送到安庆，求石回京。但石达开不为所动，没有接受。
而且，石达开从天京出走后，也并非是完全脱离关系，而是想要互相救援的，他还曾上奏章给天王洪秀全，说他已命令李秀成会合张洛行部共数十万人开往长江下游。又说已调陈玉成，洪仁常，洪春元，韦志俊，杨来清等各率部数万，或五六千不等以救天京之急。又告知天王，他将亲率一支军队，驰赴江西，进军浙江。只可惜原件为德兴阿截获，报送给清廷。后来，石达开在远征过程中受到清军的围剿，而洪秀全却不派兵救援，最终导致了石达开在大渡河的全军覆没。
从总的情况看，1856年天京内讧前，洪秀全基本上能够正确处理他和杨、石的关系，后来洪杨矛盾激化，洪秀全不能正视现实，作出适当让步来解决，而采用杀害杨秀清的办法来解决矛盾，这是极不明智的。由于洪秀全皇权思想严重，又不能信任石达开，致使石达开出走，这也是错误的。
我们认真对比一下，如果杨秀清和石达开继续掌权，肯定比洪秀全掌权好得多，太平天国前期向上发展，后期走下坡路，历史已经作出了无情的见证。洪秀全下密令杀死杨秀清是他思想上倒退到最独裁最专制的地步，他既不能处理好与杨秀清的矛盾，也不能处理好与石达开的关系。后来石达开因洪秀全的疑忌而出走，这也是对洪秀全提出新的要求。石达开不能容忍洪秀全走向专制的道路，“出走远征”是一条新的道路，这也应该肯定。洪秀全虽然思想向封建帝王转变，但在敌人强大的压力下，为了团结对敌，他给杨秀清平了反，承认石达开的远征，继续保持封号，这又是他的明智之处。
失去制衡的荒淫
太平天国从兴起到衰亡，其速度之快和时间的短促，是历史上罕见的。这场狂飙式的运动，潮起潮落，与洪秀全对妇女运动从提倡到摧残，有很大关系。
太平天国的领袖人物洪秀全，从1843年6月创立拜上帝教起，即以“天下多男子全是兄弟之辈，天下多女子尽是姊妹之群”的平等思想作号召，广泛发动农村妇女参加起义，广西桂平县鹏隘山区曾经涌现出了以杨云娇为首的许多妇女积极分子，与启蒙者冯云山并肩活动，当时流传有“男学冯云山，女学杨云娇”的民谣。金田起义时有一首民谣形容妇女参加运动的盛况：“姊妹亲，同个房睡共根针，如今姐随洪杨去，妹也跟随一路行！”
在起义初期，太平军有妇女单独组成的女军，与男军一起雄赳赳、气昂昂地走上前线，遵从天王洪秀全“男将女将尽持刀，同心放胆同杀妖”的旨令，奋勇作战。直到武汉仍然男女同职同官，攻克南京以后东征时，女军仍充前锋，女将苏三娘率领赤脚女军首先攀登占领镇江城。天朝举行第一次考试时，有史以来特为妇女参加考试设立女科，拔取了女状元、女进士等，把妇女地位推上了顶峰。
在胜利中，以天王洪秀全为首的领导集团满足于半壁江山到手，认为大局已定，要关门当太平天子，把同打江山的妇女转为供自己淫乐的工具。在攻克南京前17天，天王即从芜湖江面龙舟上突然颁发一道严分男女界限的诏令：“女理内事，外事非宜所闻”。并用四个“斩不赦”限制身边妇女与外界联系。攻克南京后入城时，跟随天王的妇女都纱巾蒙面，进入天王府即被禁锢，与外界完全隔绝。
洪秀全早就梦寐以求后妃成群的帝王宫廷生活。金田起义时选美纳妃15人；一年后在广西永安围城中，“洪秀全耽于女色，有36个女人。”进入天京小天堂后又征选更多美女。
据史载，天京天王府“其中约有妇女千百”，至于具体人数，《江南春梦笔记》中分类评列，讲王后娘娘下辖爱娘、嬉娘、妙女、姣女等16个名位208人；24个王妃名下辖姹女、元女等7个名位共960人，两类共计1168人属妃嫔；另有服役的女官，以二品掌率60人，各辖女司20人，合计为1200人。各项人数加起来，总计有2300多名妇女在天王府陪侍天王。
洪秀全从41岁进南京城至52岁自尽，在美女丛中生活了11年，从未走出天京城门一步，既不上马杀敌，也不过问朝政。这时他正值壮盛之年，并且体格健壮，但11年仅颁布过25篇诏书，而且1854年至1858年是空白，5年竟然未发一诏。连曾国藩也感到奇怪：“洪逆深居简出，从无出令之事。”
生活在千百个美女丛中的天王洪秀全，嫌那些从广西跟来征尘未净的老姊妹们粗鲁、脏污。听见有人高声说话，他便写诗斥责：“娇娥美女娇声贵，因何似狗吠城边？”看见有人缩手缩脚，他训斥：“耕田婆有耕田样，天堂人物好威仪，尔们想做真月亮，到今还不晓提理！”见有人不会刷牙、敷粉、洒香水，他用刻薄的语言讽刺挖苦：“跟主不上永不上，永远不得见太阳！面突乌骚身腥臭，嘴饿臭化烧硫磺！”
洪秀全毫不掩饰喜新厌旧的情绪：“一眼看见心花开，大福娘娘天上来；一眼看见心火起，薄福娘娘该打死！”他为那些可怜的薄福娘娘们规定了几项杖责戒律：“服事不虔诚一该打，硬颈不听教二该打，起眼看夫主三该打，问王不虔诚四该打，躁气不纯静五该打，说话极大声六该打，有嘴不应声七该打，面情不欢喜八该打，眼左望右望九该打，讲话不悠然十该打！”还有一项特别奇怪的规定：“看主单准看到肩，最好道理看胸前，一个大胆看眼上，怠慢尔王怠慢天！”
后宫妇女失掉了所有人格尊严，一言一行随时都有招致责罚的可能。由于天王宣布过：“只有人错无天错，只有臣错无主错。”所以妇女们受到责罚时，即使冤枉也不得辩解，只许认错领打，否则便会受到加罪处罚：“打开知错是单重，打不知错是双重，单重打过罪消融，双重雪下罪难容！”“雪下”是太平军“刀下”的代称，至少有3个女人因为挨打时喊冤不认错而被杀。
被杀的人当中，有人至死不认错并且顶撞了天王，受到五马分尸的酷刑。
天京事变后，洪秀全依然生活在娇娘美女中，生活更加颓废。在1861年太平军进取苏浙的时候，洪秀全又从李秀成选送到天京的3000美女中挑出180人收入天王府，当时即有人写诗讽刺：“三千怨女如花貌，百八佳人堕溷愁。”
洪秀全从1856年天京事变到1864年自杀，由于深居宫中，消沉丧志，脱离群众、脱离实际，他的诏书都像李秀成所说“言天说地”的梦话，诸如《赐英国全权特使额尔金诏》，说什么“万国扶朕在天台”；听到太平军克复苏州的捷报后，他竟降诏说：“朕睡觉都做得王，坐得江山；”在《打死六兽梦兆诏》中，他并不脸红地说，他拐引着两个陌生女子，又打死四只黄虎、两只黑狗，是“天朝江山万万年”的兆征，等等。后来，他连这种虚无缥缈的诏书也懒得写，于1861年7月颁发了最后一道“朕命幼主写诏书”的诏旨，索性把权力交给他的年方13岁、且已学会荒淫的儿子幼主，自己当起了太上皇。
洪秀全在小天堂美女群中享受了11年的帝王生活。1864年6月，他活到52岁，在曾国藩湘军的隆隆炮声和后宫女子的嗟怨声中，不得不丢下他那千百个娇娘粉黛，自尽身亡。他死后48天，天京沦陷，天国灭亡，他的宝贝儿子也当了俘虏上了断头台。那座由天王亲自监工和千万妇女用血泪建造了十年、周围十余里的巍峨天王府宫殿，在清军挖出来焚烧的天王尸体的烟焰中，化作“十年壮丽天王府，空余荒蒿野鸽飞”的废墟。