作为西汉今文经学的创始人、第一儒学大师，董仲舒又被称为“群儒首”、“儒者宗”。他多见博闻，知道许多稀见奇怪之物。再加上，他“言中规，行中伦”的道德修养，“进退容止，非礼不行”的言谈举止，很多有志青年慕名而来，拜在他的门下。
史书上说，因为求学的学生太多，董仲舒讲学都是“下帷讲诵”，即在讲堂里挂上一幅帷帘，他在里面讲，学生在帘外听。只有那些资质优异，学问好的学生才能够登堂入室，得到董仲舒的亲传，其余学生都是董氏门下高足转相传授。
秦焚书坑儒以后，人们的思想被禁锢了将近一个世纪。汉武帝时期，朝廷下诏书征求治国方略。董仲舒认为要维护政治统一，必须在思想上统一，于是他进“天人三策”，建议“诸不在六艺之科、孔子之术者，皆绝其道，勿使并进”。汉武帝采纳了董仲舒的建议，推行“罢黜百家，独尊儒术”的思想政策。从此儒学开始成为官方哲学，为此后两千余年的封建统治者所沿袭。
儒家的伦理思想被董仲舒概括为“三纲五常”。三纲，即君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲；五常，即仁、义、礼、智、信。三纲和五常那是“天”的意志的体现，三纲的主从关系是绝对不可改变的，而五常是用来调整这种关系的一些基本原则。
董仲舒还继承发展了孔子的正名思想，强调深入研究名、号的重要性。他对名号的起源、作用以及名与号的区别作了探讨，并对各种名号如王、君、诸侯、大夫、士、民、人性等进行了正名。
在人性论问题上，董仲舒提出了“性三品”说。他的性三品说借鉴了荀子的性恶论，但基本倾向实质上与孟子性善说一致。
他把人性分为上、中、下三等，即圣人之性、中民之性和斗筲之性。圣人之性是天生的善，斗筲之性是天生的恶，都是不可改变的，不能称之为性。他说：“禾虽出米而禾未可谓米也，性虽出善而性未可谓善也。”他认为人性虽包含了善的素质，但不经过教化还不能成为善，只有中民之性，是可以经过教化成为善性，是人性的典型代表，可以叫做性。
董仲舒上承孔子，下启朱熹，在新的历史条件下，复兴了被扼杀长达百年之久的儒家文化，并融会贯通了先秦其他各家各派的思想，提出一种基于“天人感应”思想基础之上、适应当时封建统治需要的学说。
他根据时代需要提出了以人为本、以德治国、仁义诚信等具有现实意义的观念，这不仅有利于集权统一、安定社会，还形成了他博大精深的理论体系，对儒学的发展起到了承上启下的关键作用。
董仲舒一生著述甚丰，大部分著作汇集在《春秋繁露》一书中。《汉书·董仲舒传》载有《对贤良文学策》，其他作品散见于《史记·儒林传》、《汉书》的《五行志》、《艺文志》、《食货志》、《匈奴传》等。