巨大的压力，来势凶猛的批评，终于使林纾顶不住了，这位自称有“顽皮憨力”的“老廉颇”终于感到力不从心，寡不敌众，终于公开在报纸上认错道歉，承认自己在这一系列问题处理上失当，有过错。他在回复蔡元培的信中说：“弟辞大学九年矣，然甚盼大学之得人。公来主持甚善，顾比年以来，恶声盈耳，至使人难忍，因于答书中孟浪进言。至于传闻失实，弟施以为言，不无过听，幸公恕之。然尚有关白者：弟近著《蠡叟丛谈》，近亦编白话新乐府，专以抨击人之有禽兽行者，与大学讲师无涉，公不必怀疑。”在承认自己孟浪进言的同时，也表示自己对于那些“叛圣逆伦”的言论，依然会拼我残年，竭力卫道，必使反舍无声，瘈狗不吠然后已。
不过，没过多久，林纾的态度差不多根本改变。他在致包世杰书中显得痛心疾首，表示承君自《神州日报》中指摘我的短处，且责老朽之不慎于论说，中有过激骂詈之言，吾知过矣。当敬听尊谕，以平和出之，不复谩骂。只是在文言白话之争问题上，林纾的态度似乎变化不大，依然坚信文言白话并行不悖，各有优点，不必一味使用白话而舍弃文言：故冬烘先生言字须有根柢，及谓古文者白话之根柢，无古文安有白话？近人创白话一门自炫其特见，不知林白水、汪叔明固已较各位捷足先登。即如《红楼梦》一书，口吻之犀利，文字之讲究，恐怕都不是只懂白话不懂文言者所能成就。须知贾母之言趣而得要，凤姐之言辣而有权，宝钗之言驯而含伪，黛玉之言酸而带刻，探春之言言简而理当，袭人之言贴而藏奸，晴雯之言憨而无理，赵姨娘之言贱而多怨，唯宝玉之言纯出天真。可见《红楼梦》作者守住定盘针，四面八方眼力都到，才能随地熨帖，今使尽以白话道之，恐怕就很难有这样的效果。所以，真正优秀的文学作品固然应该以白话为主体，但根据人物性格、文化氛围，适度使用一些文言，可能比纯粹使用大白话还要好一些。
林纾“适度保守的文学改良”主张在当时并没有获得应有的尊重，尤其是没有得到新文学倡导者的重视，自然非常遗憾。好在这个讨论并没有结束，只是由于政治环境的变化，暂时转变了方向。
学潮另一边
进入1919年之后，北京的知识界就处在不安宁的状态，一些在政治上对政府有看法的知识界领袖，正在酝酿着利用第一次世界大战结束带给中国的机会向政府发难，学生也被以爱国的名义调动了起来。政府当然对这种情形很不满意，他们把矛头对准了北大校长蔡元培，以为蔡元培的办学理念和他的南方革命党人背景，导致了北京学界的不安，因此政府在寻找机会进行解决，只是一直找不到下手的契机而已。因此，从这个大背景上说，林纾在1919年五四大游行之前发表的那两篇影射小说和致蔡元培的公开信，可能就有某种政治势力利用的意思，即便不是被利用，也迎合或者说赶上了政府对北大对蔡元培不满这个契机。
政府对北大对蔡元培的不满，林纾是知道的，所以他在给蔡元培的公开信中说：“大学为全国师表，五常之所系属。近者外间谣诼纷集，我公必有所闻，即弟亦不无疑信。”
蔡元培何止“必有所闻”，而且正为此事而烦恼。1919年初开始，关于北大的谣传就不断，这些谣传有的是捕风捉影，有的是道听途说，有的是刻意造谣。要之，北大确实进入一个动荡岁月，多事之春。3月4日，在上海出版的《神州日报》“学海要闻”栏刊载“半谷通讯”，说北京大学文科学长陈独秀近有辞职之说。记者为此往访北大校长蔡元培，询以此事，蔡校长对于陈学长辞职之说并无否认之表示。且谓该校评议会议决，文科自下学期或暑假后与理科合并，设一教授会主任，统辖文理两科教务。学长一席，即当裁去。
“半谷通讯”的“斑竹”为北京大学法科政治系四年级学生张厚载，他同时兼任着《神州日报》记者。张厚载或许确实与北大那些新派师长有不同意见，或许与老派师长来往密切，但是不管怎么说，他在1919年初通过《神州日报》的“半谷通讯”栏目一再散布的消息，诸如陈独秀、胡适、陶孟和、刘半农等以思想激进受政府干涉，陈独秀态度消极，准备辞职等，虽然被蔡元培、胡适一再否认，并受到开除学籍的处分，然而我们现在需要反省的一个问题是，张厚载的这些所谓“谣言”，为什么都在后来不幸而言中？
对于张厚载3月4日“半谷通讯”中的说法，显然引起了社会各界的广泛专注，流传甚广，议论纷纷，上海报纸甚至有专电以言此事者，或以为北大将发生大变故。不得已，蔡元培在半个月之后致函《神州日报》提出三点更正：
一是陈独秀并没有辞职的事情，如有以此事见询者，鄙人绝对否定之。“半谷通讯”中所谓并无否认之表示者，误也。
蔡元培信誓旦旦说这番是在3月19日，不幸的是，此后不到一个星期的时间，3月26日，蔡元培就与汤尔和、胡适等关系诸君商量陈独秀事至深夜。
二是关于文理两科合并不设学长，而设一教务长以统辖教务。蔡元培也在声明中否认，以为此事曾由学长及教授会、主任会议议定，当时陈独秀也在场，经评议会通过，定于暑假后实行。“半谷通讯”说自学期实行，显然是不对的。至于设立教务长一人，纯粹为教务进行起见，于陈独秀是否辞职并没有必然关联。
蔡元培的这个解释其实等于否认陈独秀辞职或许是事实，因为文科不再设学长，而归诸教务处，就是“半谷通讯”中说的。而且北大《文理科教务处组织法》确实在3月1日的北大评议会上通过。更为刁诡的是，4月8日，蔡元培召集文理两科各教授会主任及政治经济门主任会议，当场议决将已发表的文理科教务处组织法提前实行。并由各主任投票公推教务长一人，马寅初当选。这里面虽然有许多新知识分子圈内部不易说不便说不忍说的矛盾和阴谋，但也不能一味指责张厚载是造谣生事。
三是至于张厚载在通讯中说陈独秀、胡适、陶孟和、刘半农等四人以思想激烈，受政府干涉，并谓陈独秀已在天津，态度消极，而陶孟和、胡适等三人，则由校长以去就力争，始得不去职云，蔡元培在声明中认为“全是谣言”。
然而，细绎陈独秀等人在此时前后的心迹和活动，也不能说张厚载的说法全无根据，全是谣言。
陈独秀是一个敢作敢当的男子汉，性格率直，不拘小节，他在北大主持文科的时候，确实得罪过不少人，这些被得罪的人在大节上斗不过陈独秀，就只好在小节在私德上做文章，而陈独秀恰恰在这方面上是弱项。
蔡元培有心保护陈独秀，所以在1919年初，他出面发起北大进德会，规定不嫖、不赌、不娶妾，不作官吏，不作议员，不吸烟，不饮酒，不食肉。这简直有点禁欲主义的味道。尽管如此，陈独秀也在这个戒约上签了字，成为会员。
然而入会不久，却有一个流言在北大传播，说是陈独秀逛八大胡同嫖妓，而且被妓女抓破了下身。这可是一个惊天动地的大新闻，终于使那些反对派抓住了把柄。3月18日，林纾在《公言报》发表致蔡元培书，指责北大“覆孔孟，铲伦常”，大概说的就是陈独秀嫖妓这个传闻，“深以外间谣诼纷集为北京大学惜”。
林纾的信件加剧了这些传言的传播，同一天的《公言报》在《请看北京大学思潮变迁之近状》的标题下，以林纾信中所说为据，指责北大教授陈独秀、胡适等人绝对的菲弃旧道德，毁斥伦常，诋排孔孟。批评陈独秀以新派首领自居，教员中与陈独秀沆瀣一气的，主要有胡适、钱玄同、刘半农、沈尹默等，学生闻风而起，服膺师说，夸大其词者，亦不乏人。即前后抒发其议论于《新青年》杂志，近又由其同派之学生组织一种杂志曰《新潮》者，以张皇其学说，更有《每周评论》之印刷发行。顾同时与之对峙者，有旧文学一派，旧派中以刘师培为首，其他如黄侃、马叙伦等，则与刘师培结合，亦组织一种杂志曰《国故》，名义出于学生，而主笔政之健将，教员实居其多数。盖学生中固亦分新旧两派，而各主其师说。两派的杂志《新青年》、《新潮》、《每周评论》与《国故》等旗鼓相当，互相争辩，当亦有裨于文化。然而遗憾的是他们两派总是忘其辩论之范围，纯任意气，各以恶声相报复。
这篇文章还说，日前哄传教育部有训令给北京大学，令北大将陈独秀、钱玄同、胡适三人辞退。但知记者详细调查，则知尚无其事。这虽然否认了北大将辞退陈独秀、钱玄同、胡适等人的传言，但无风不起浪，谣言依然在知识界继续流传，人们总是相信这个谣言变成事实也只是个时间问题。
由于《公言报》的这条消息直接牵涉《国故》杂志和刘师培，《国故》和刘师培即便不能认同于陈独秀等人的学术主张，但他们也不愿介入这种人事纠纷，于是《国故》杂志社和刘师培很快发表声明予以驳斥。只是这个声明只涉及《国故》和刘师培自身，至于其他事项，他们当然也不愿表态。
《国故》与刘师培的声明是否受到某种压力，我们不好推测，但蔡元培有恩于刘师培，而刘师培和《国故》且都是北大的人和北大的杂志，则是事实。这个事实当然使他们不希望北大内讧，即便内讧，他们也不希望这些家丑外扬。
刘师培和《国故》杂志社的声明在一定程度上化解了新派教授对老派教授的怀疑，但是这个化解刚刚开始，不料又被张厚载给粉碎。张厚载大约当此时致信蔡元培，表示林纾的小说《荆生》是他转给上海《新申报》的，“半谷通讯”的栏目是他张厚载的，有关北大的那些传闻都是他张厚载发。
张厚载的“投案自首”并没有使蔡元培感到高兴，一向对学生无限宽厚的蔡元培这次终于忍不住发火了。他告诉张厚载：“在兄与林君有师生之谊，宜爱护林君；兄为本校学生，宜爱护母校。林君作此等小说，意在毁坏本校名誉，兄徇林君之意而发布之，于兄爱护母校之心，安乎，否乎？仆生平不喜作谩骂语、轻薄语，以为受者无伤，而施者实为失德。林君詈仆，仆将哀矜之不暇，而又何憾焉。惟兄反诸爱护本师之心，安乎，否乎？”温文尔雅的蔡元培终于一反常态发怒了。
蔡元培的愤怒等于坐实张厚载、林纾所言并非全虚，尽管有的地方可能有夸大，有失实，但其毕竟是无风不起浪，总有蛛丝马迹可寻。于是北大和蔡元培的压力越来越大，于是有3月26日在汤尔和家专门讨论怎样处置陈独秀问题的会议，与会者有蔡元培、沈尹默、马叙伦和汤尔和等。而后面这三个人都是蔡元培最为倚重的浙江帮，也就是傅斯年所说的蔡元培的三个“谋客”。他们在蔡元培背后出主意，原本都是怎样对付北洋政府的，不料今天晚上他们将精力、智慧都用在怎样对付陈独秀和胡适等人身上。
按照胡适后来的说法，蔡元培颇不愿意此时“去”独秀，因为这样一来等于承认外面的谣言是对的。而汤尔和不知什么原因力言陈独秀私德太坏，并根据外间传言添油加醋地渲染陈独秀狎妓事，说陈独秀与北大诸生同暱一妓，因而吃醋，陈独秀将该妓女下体挖伤以泄愤。汤尔和认为此种行为如何可作大学师表。这个说法其实与林纾的攻击一致。
汤尔和滔滔不绝讲了几个小时，劝蔡元培解除陈独秀的聘约，并要制约胡适一下，其理由无非是要保存机关、保存北方读书人一类似是而非之谈。
蔡元培一直不说一句话，直到汤尔和等人说了几个钟头后，方才点到问题的根本。汤尔和说，如果我们一味保护陈独秀，那么北洋政府就不会放过北大，那么我们多年来的辛苦就将付诸东流。这句话真的打动了蔡元培。蔡元培站起来说：“这些事我都不怕，我忍辱至此，皆为学校，但忍辱是有止境的。北京大学一切的事，都在我蔡元培一人身上，与这些人毫不相干。”
而且，那时，蔡元培还是进德会的提倡者，所以当听了汤尔和等人所讲的陈独秀那些“私德”后，也不好再为陈独秀辩护。于是陈独秀从此之后似乎就与北大没有太多关系，尽管蔡元培后来出于私意并没有让陈独秀立马离开北大。