因为断食是在打破常规生活习惯的基础上，让身体建立新的生理反应，所以，断食通常有三个阶段，即调整期、适应期、稳定期。
调整期在断食的初期阶段。因为刚开始断食，身体的各种生理反应特别明显，例如断食者感到头晕目眩、异常饥饿、身体明显消瘦等。这个阶段考验人的意志力，此时一定要坚定断食的信心，不能因为痛苦半途而废。
经过了调整期后，身体对断食进入适应期。此时，人体已经开始形成新的生物钟和反应系统，饥饿和疲劳的感觉都比较轻。
经过适应期后，身体完成了对断食的生物钟调整和心理调整，生理系统也完成了调整，此时人体不再感觉到饥饿，断食成为一种极其自然的生理过程。
不过，在断食中，仍然会有一些正常的生理反应。
感觉饥饿、头晕、乏力
刚开始断食时，因为身体还处于调整期，体内糖的储存和脂肪转换跟不上，导致体内的血糖比较低；同时，人体的新陈代谢作用增强，尿酸增多，再加上受血液酸毒症的影响，断食者容易感觉头痛、头晕目眩、关节痛、眼花、全身倦怠乏力、酸软、昏昏欲睡、不想说话，也不想活动。
身体畏寒
在断食期间，断食者的身体可能会发热，或者出现畏寒、心悸等症状。有些人还可能出现感冒症状，感觉手脚发凉、畏寒，经常打喷嚏、流鼻涕。
血压前后发生变化
在断食期间由于停止进食，断食者的血压普遍会降低。但是在复食后，血压又会慢慢上升。但血压的上升幅度不大，基本上不会超过原来的血压。
感官变得更灵敏
一般来说，人体在断食前，视力最多只能看到大约5米以外的地方，但是在断食两周后，视力通常能看见10米以外的地方；断食前，可能连就在跟前的噪声也听不见，可是在断食两周后，听觉也会有所改善。除了听觉和视觉，味觉和嗅觉也会变得灵敏起来。
口腔反应
断食期间，人体可能会出现一些口腔反应。例如，在口腔中和牙齿之间感觉苦涩、发苦、发臭；或者感觉喉咙发干，痰多。这是由于人体在断食中，沉积于体内的废物及毒素会通过肺部以气体的形式排出，因此有口臭现象。有的人还会口腔发炎，这是因为体内的废物和毒素，从肠道和胃部上升到了舌头，所以舌苔会变厚。
身体出现体臭
身体内的一些废物和毒素，会通过皮肤上的毛细小孔排出来，所以断食者可能会出现体臭。
皮肤变化
在刚开始断食时，体内毒素主要通过皮肤毛孔排泄出来，所以在这期间，皮肤可能会感觉油腻，有些人身上还会发痒甚至过敏、发疹。另外，口唇会变粗糙，外皮脱落。不过，人体在断食中血液量并没有减少，所以，并不会变得面色苍白、毫无血色，有的人甚至会红光满面。
排泄反应
在断食期间，人体小便的次数会明显增多。小便短而赤、浊而黄，颜色比平常浓，有时甚至有恶臭。大便又臭又黑，如同稀泥一样。同时，排气量明显增多，体内的废气被大量排出体外。
便秘
断食期间一个很常见的问题就是便秘，很多人或多或少总会有这样的问题，由于断食期摄取极少的食物甚至停止对食物的摄取，因此刚开始难以排出秽物，但会觉得腹胀难忍。遇到这种情况不必过于担心，遵循断食期原则，每天和温水服用20克泻盐，帮助清除体内宿便。便秘严重的人可以准备好开塞露或者灌肠工具，坚持一段时间之后即可排除宿便。但是在服用生理盐的过程中可能会有不适甚至疼痛感，需加以克服并坚持下去。后面提到的断食方法都应每天结合生理盐使用。
患病部位的变化
在断食期间，身体有某些疾病的人，可能会出现一些比较严重的症状，例如，有肝功能障碍的人，通常会在胸椎的第四节和第八节出现疼痛感；副肾有问题的人，通常会在胸椎的第九节出现疼痛。当这些部位疼痛时，可以用手指按压1～3分钟。肝脏有毛病的人，可以在晚上在疼痛部位进行热敷。另外，有牙龈炎的人可能会牙龈出血；有子宫疾病的人可能会子宫出血；肠胃功能弱的人可能会出现肠胃疼痛症状；有脑疾的人可能会头痛。
体重变化
断食期间，体重会下降。一般人断食后，体重会减轻1.5～8.5千克，但是也有的人体重变化不明显。
在断食过程中，出现头痛、发热、畏寒、倦怠等都属于正常的生理反应，也是病愈的前兆，不需要过分担心，只要忍过几天就好了。但是如果情况比较严重，需及时就医，以免拖延发生危险。