色目人即外国人，是元朝时中国西部民族的统称，一切非蒙古、汉人、南人的都算是色目人。
在同南宋的作战中，蒙古贵族不断地从中亚一带调来军队。在东来的蒙古军队中，有大批的阿拉伯人和信奉伊斯兰教的波斯等中亚人。其中主要是士兵和工匠，也有商人和社会上层人物。这些人当时统被称之为“回回”，归于“色目人”。这些穆斯林随着蒙古贵族对全中国的征服而散布于东西南北各地，西北、西南、中原、江南尤多。
如果说唐宋两朝中国穆斯林在分布上还只是一个一个孤立的点，那么在元朝，中国穆斯林在分布上不仅连接成了线，而且铺成了面。在云南省，元时穆斯林业已“盈千累万”。元代东来的阿拉伯人和波斯等信仰伊斯兰教的中亚人，是后来回族的骨干成分。元朝时期中国西邻各伊斯兰国家也在蒙古人的统治之下，中国西部边界实际上处于开放状态；同时“色目人”在中国又属于统治阶层，这种情况无疑为伊斯兰教迅速地向东发展提供了方便条件。
明太祖洪武帝姓朱，名元璋，生于安徽凤阳县，古称濠州，其周围各县，如定远、寿县、怀远、临淮等为历史上回民聚居区。凤阳城为一南北长、东西窄的长方形小城，西门直对东门，两门之间为一长街，将风阳城分为南北两部分，称南城与北城，北城居民几乎全部都是汉民；而南城居民全部为回民，其中绝大多数姓朱，有清真寺一所，位于南城中央偏西。朱元璋生于南城朱姓群内，不难看出，朱元璋是属于伊斯兰教的色目人。
公元1344年凤阳蝗灾旱灾，朱元璋的父母哥哥相继去世，均用布包起来安葬。穷人买不起棺木的，一般用芦席掩埋，而布比芦席昂贵，朱家贫穷且连逝几人，不用芦席，而用布匹，说明朱家并非穷得买不起最简单的棺材才用白布，而是按伊斯兰教的规定处理丧事。
《明史》中提到太祖“生活孤苦无着，入皇觉寺为僧”，该寺坐西朝东，于其他寺院不同，证明此寺为清真寺。根据中国传统，凡儒、佛、道教的寺庙、观均坐北向南，而中国的清真寺一律坐西朝东，因为中国穆斯林做礼拜时，须朝向位于中国西方的麦加天房。因为当时佛寺与清真寺统称为寺，寺里的学生也统称为僧，甚至历史上有人把牧师称为大食僧。朱元璋登基后赐名“皇觉寺”，意为皇帝在此觉醒。朱元璋还为皇觉寺写下《百字赞》。
全文如下：“乾坤初始，天藉注名，传教大圣，降生西域，受授天经，三十部册，普代众生，信兆君师，万圣领袖，协助天运，保庇国民，五时祈佑，默祝太平，存心真主，加志穷民，拯救患难，洞彻幽冥，超拔灵魂，脱离晕业，仁覆天下，道贯古今，降邪归一，教名清真，穆罕默德，至圣贵人。”
朱元璋的《百字赞》对伊斯兰教的教义、使命、《古兰经》、穆圣进行了淋漓尽致的描述和精辟的概括。如果对伊斯兰教没有深厚的感情和深刻的认识，很难写出如此之杰作。
波斯旅行家赛义德?阿里?阿克巴尔?哈塔伊于1500游历中国，于公元1516年在当时奥斯曼帝国首都君士坦丁堡，用波斯语写成《中国纪行》一书，作为礼物奉献给土耳其素丹赛利姆一世。该书全面介绍了当时中国社会各方面的状况。作者出于穆斯林的宗教感情，以较多的篇幅着重介绍了明朝王室与伊斯兰教的关系，说：“宫廷内有皇帝专用的清真寺，有宣礼员，主麻日（星期五）皇帝到城外的清真寺做聚礼，以及穆斯林文臣武将对明朝开国的贡献、皇帝对他们的重用等。说：“从皇帝的某些行为看，他已信奉伊斯兰教了，然而由于害怕丧失权力，他不能对此公开宣布。这是因为他的国家风俗和法规所规定的。”阿里?阿克巴尔的描述是他亲眼所见，与中国民间的传说相吻合。
朱元璋的夫人姓马，不曾缠足，回民女性皆不缠足，穆斯林也禁止与外族通婚。伊斯兰教的婚姻制度，根据《古兰经》规定，穆斯林男子最多只许同时娶四房妻室，如果不能做到公平，就只许娶一房妻室。明朝历代皇帝，连同未登基的太子兴宗和睿宗共十八代，历时276年，帝王后妃无一超过四位，这不可能都是偶然的巧合：显然是出于遵循伊斯兰教律和家庭的民族传统。明朝设回回钦天监，使用伊斯兰历法，一只延续到清康熙年间。
元末农民起义特点是宗教背景。影响最大的白莲教和和明教关系很大。白莲教前期又算佛教又算道教。伊斯兰教和摩尼教因为都是西来宗教本身相似，所以逐渐融合，变成了明教。后来明教又和白莲教融合，并且发动了一系列起义。白莲教教主韩山童死后，他的儿子韩林儿，被立为帝，称小明王。从韩林儿称小明王起，白莲教和和明教便合一了。元末民怨沸腾，韩山童、刘福通等人利用治理黄河民工的不满情绪，，揭开了元末农民大起义的序幕。
跟随朱元璋打天下的明初淮西二十四将，都是朱元璋老家安徽人，这个集团又称为淮西集团。安徽地区有大量色目人，朱元璋手下大多是回民将领，如常遇春、胡大海、冯国勇、冯胜、丁德兴、蓝玉、沐英、华云、李文忠等人。如胡大海就是波斯人的后代，他不是姓胡而是姓胡大，胡大在波斯语里的意思是真主。近年来，穆斯林史学家从他们的出身、思想言论和行为以及他们的后裔中考证出他们的族属和宗教信仰，确定他们是元代来自西域，信仰伊斯兰教的色目人。阿里?阿克巴尔在《中国纪行》中说：“朝廷的七大重臣，自始至终，均是由伊斯兰信士所充任。又宫廷内的伊斯兰重臣，其地位远较非伊斯兰重臣的地位为高。”
回民生活在中国，其宗教信仰、传统习俗，乃至衣食住行，举止言谈等与汉族有所不同，他们是少数民族。又散居在广大汉族民众之间，容易引起一些人的不理解，乃至厌恶、歧视、排挤，甚面发生民族冲突，如得不到国家的保护，难以生存下去。故明朝皇帝曾先后颁发保护回民的敕令，也是维护自己的民族和宗教信仰。
回族人数是在明朝得到发展壮大的，这不能不归功于朱元璋深谋远虑的同化政策。做为明朝的皇帝，首要任务是守住江山，朱元璋吸取了蒙古人的教训，弱化种族，但不弱化信仰，因为他深知回族人的信仰是非常虔诚的，自然不会担心回族人被同化掉。强迫色目人与汉人结婚，不但不会弱化回族人的势力，反会使色目人在民间扎下根基，从而形成世袭民族。
朱元璋登基后，出于政治上的考虑，未公开宣布自己的族属和宗教信仰。但明朝皇帝从朱元璋起，除了致力于维护其政权外，也从思想、言论、行动上竭力维护、拓展本民族及其宗教信仰，并力图改革中国汉族的传统习俗，“回化中华”。但是，在汉文化根深蒂固的中国，明室的种种努力难以实现，力不从心，于是，转而采取“华化伊斯兰”的措施，即在除基本信仰之外的非原则性问题上，接受在中国占绝大多数的百姓——汉族的文化和风俗习惯，使回汉接近，以求回族、伊斯兰教在中国生根、发展。故中国回族使用汉语、汉姓，吸收汉族的许多风俗习惯，从而把伊斯兰文化和部分汉文化融合在一起，逐渐形成独特的回民族正是在明代完成的。