既然世间诸法之实相就是性空，也就是无生无灭、涅盘寂静，因此，世间与出世间就没有什么分别，也不必脱离世间去追求超世间的涅盘，关键只在于掌握中道的立场破除各种执着。这种理论为大乘佛教深入世俗社会进行宗教活动提供了重要的依据。
龙树、提婆以后，继续有大乘经典出现，其中最流行的就是《大般涅盘经》，主要内容是说佛身常在和一切众生皆有佛性、皆可成佛。一般认为，该经的前后两分，并非一时所出，而且也是分别流行的，因而在思想上也有一定的差异。
经的前分在肯定一切众生皆可成佛的同时，强调“一阐提”（即断了善根的人）应当除外，实际上否定了这类人有佛性。经的后分在解释佛性时有了新的说法，例如把“佛性”说成“法性”，把能了解空性的智慧也包括在佛性之中，甚至以非有非无的空来说佛性，认为“佛性者，名第一义空，第一义空名为智慧……中道者名为佛性”，“是故佛性非有非无亦有亦无”，同时经中还肯定了“一阐提”也可以成佛。《涅盘经》还与当时其他一些经典，如《如来藏经》、《大法鼓经》等一样，提出了“如来藏”的概念。如来藏的“藏”是胎藏的意思，如来藏，即如来在胎藏中，它作为佛性的别名，更突出了“如来即在众生身内”，是一切众生成佛的根据。同时，它也有“我”的含义，《大般涅盘经》卷七中明确提出“我者，即是如来藏义”。随之出现的《胜鬘经》、《不增不减经》等，又进一步把“如来藏”与真如法性或自性清净心联系起来，使佛性-如来藏更具有精神实体的意义而趋向于与外道“神我”合流。这些思想显然都是与早期佛教的“无我说”相违背的。因此，大乘佛性-如来藏思想在印度并没有得到广泛流传或产生很大的影响，相反，它很快就被无着、世亲的唯识学所代替。然而，这种思想传到中国后却受到了中土人士的欢迎，经晋末时着名佛教思想家竺道生等人的倡导，这种思想经过不断改造与发挥而成为中国化佛学的主流，这是由中印两种不同的社会文化背景所决定的。
继中观学派之后，又有瑜伽行派出现。瑜伽行派与中观学派并称为印度大乘佛教的两大派别，它的实际创始人是无着（约３９５-４７０年）和世亲（约４００-４８０年）。大乘瑜伽行派因强调瑜伽的修行方法而得名，又因其在理论上主张“万法唯识”、“识有境无”而被称之为“大乘有宗”。该派尊弥勒菩萨为始祖，相传无着曾上天受弥勒口授，回来后诵出了《瑜伽师地论》作为创立学派的主要依据。瑜伽行派的主要经典，除《瑜伽师地论》之外，还有《解深密经》。
此外，无着的《摄大乘论》，世亲的《唯识二十论》、《唯识三十颂》、《大乘百法明门论》等也在创立学派中起了极大的作用。
瑜伽行派的主要理论是“万法唯识”。他们反对中观学派一切皆空的观点，认为那会导致否定佛教本身的存在，对佛教是十分不利的。他们提出了境无识有的观点，认为世界上一切现象都是由众生的“识”变现出来的：“内识生时，似外境现”，离识无境。能够变现万法的“识”有八种，即眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识、末那识、阿赖耶识，它们分别有能缘与所缘两个方面，即能见的“见分”与所见的“相分”，认识活动就是“见分”取“相分”，实际上也就是“识”自己认识自己，由此证明了“实无外法，唯有内识”。八识中阿赖耶识是最根本的，它是万法的总根源。
为了说明“万法唯识”，瑜伽行派提出了“种子说”，认为阿赖耶识中含藏着产生世界万法的各种种子。种子是产生万法的潜能，种子发生作用，显现万法，叫做“现行”。这就是说，所谓的万法只不过是阿赖耶识中种子的外现，因此，万法的存在离不开阿赖耶识。瑜伽行派还通过种子与现行的互熏来说明众生由“识”的转变而实现解脱的途径，即把佛教修习的全部目的归结为阿赖耶识种子的转依。
瑜伽行派还根据万法唯识的道理，用“遍计所执性”、“依他起性”和“圆成实性”，即所谓的“三自性”，来解释一切认识现象的有无和真假，认为只有在“依他起性”上远离“遍计所执性”的谬误，体认到一切现象既无“人我”又无“法我”，唯有识性，才能获得对一切现象最完备、最真实的认识，这种对三性的认识也就是对诸法实相的认识，这种认识是无偏见的认识，也称之为“中道观”。
在论证万法唯识、离识无境的基础上，瑜伽行派对识所变现的宇宙万法进行了分类，提出了“五位百法”，即五类一百种法，进一步完成了佛教的名相分析系统。在方法论上，瑜伽行派也有一个特点，即运用了佛教逻辑“因明”并加以发展。因明是一种推理证明的学问，起源于古印度正统婆罗门哲学派别关于祭祀的辩论，其中正理派曾以此作为他们学说的中心。大乘佛教中观学派的龙树全盘否定正理派的逻辑学说，瑜伽行派则出于辩论的需要而逐渐吸取并发展了古因明，使之成为驳斥外道、宣传教义的重要工具。
大乘佛教发展到７世纪时，瑜伽行派与中观学派都还有所发展，但随着密教的兴起，大乘各派开始接近且趋于融合，出现了所谓的瑜伽中观派，并逐渐向密教化方向发展。１０世纪以后，大乘佛教名存实亡，完全融合于密教之中，成为密教的附庸。
３．密教及其主要思想
印度佛教发展的最后一个阶段是密教流行时期。一般认为，密教开始于６-７世纪。当时印度政治上处于分裂状态，出现了许多封建小国。曾经一度衰落的印度婆罗门教在４世纪前后吸收了大量的民间信仰，融合了佛教、耆那教甚至希腊、罗马宗教的思想内容而演化成的新婆罗门教即印度教，在印度的广大地区取得了统治地位。佛教在印度教的影响下，逐渐出现了密教派别。８世纪以后，密教在印度佛教中取得了主导地位。密教在唐代时传入我国，成为中国佛教宗派之一，并由中国传至日本，称“真言宗”。密教也由印度直接传到了我国的西藏地区，形成了所谓的“藏密”。
密教是大乘佛教、印度教和民间信仰相结合的产物，它以高度组织化的咒术、仪礼、民间信仰为主要特征。它的主要经典有“六经三论”之称，而最主要的是《大日经》与《金刚顶经》。
印度的咒术密法源远流长，可以追溯到吠陀时代。佛陀在创立佛教时对这种民间信仰采取了排斥的态度，弟子若有实行咒术密法，被认为是违反戒律。但在原始佛教、部派佛教和大乘佛教中，都仍然可以见到咒术密法的采用，不过它们只是一种附属品，与根本教义尚无直接的关联。组织化、系统化的密教思想与实践的出现开始于《大日经》。我国一般将《大日经》与《金刚顶经》的出现作为“纯密”独立的标志，在此之前的称为“杂密”。《大日经》约产生于７世纪上半叶的西南印度，经中崇奉大日如来，视其为一切智慧中的智慧，并建立了一套繁琐的密修仪规、行法。７世纪末，在东南印度又出现了《金刚顶经》，该经以大日如来为受用身，渲染人们在心作观想时依次出现的“五相”可以成正觉，由“金刚三昧”生种种智慧，破一切烦恼。它是以瑜伽秘仪为中心的一大体系。以《大日经》为主的思想和实践常常被称为“右道密教”，而《金刚顶经》的实践中由于吸收了印度教的性力崇拜等思想，因而被称为“左道密教”，它们为“纯密”的两大支柱。
密教认为，世界万物，佛与众生，都是由地、水、火、风、空、识“六大”所造，佛与众生体性不二，众生如果依法修“三密加持”，即手结印契（“身密”，特定的手势）、口诵真言咒语（“语密”）、心观佛尊（“意密”），就能使自己身、口、意“三业”清净，与佛的身、口、意相应，从而“即身成佛”。密教的仪规行法极为复杂，对设坛、供养、诵咒、灌顶（入教或传法仪式）等，都有严格的规定，需要导师（阿阇梨）秘密传授。
约在８世纪后半叶，密教开始出现分化并俗化，以《金刚顶经》为中心形成的以实修为主的金刚乘中又分化出一个支派，称俱生乘或易行乘，这一派以超行寺为活动中心，进一步与印度教性力派结合，提倡以男女性行为为解脱之道，行女性崇拜，宣扬纵欲，其末流趋于淫秽不堪，遭到了许多人的反对。后佛教徒与印度教徒为了共同抵抗伊斯兰教的入侵而创立了时轮教，佛教实际上完全融入印度教之中。
佛教在印度流传了一千五百多年，从１０世纪开始急剧衰落，至１３世纪初而在印度绝迹。直到六百多年以后的１９世纪，佛教才由斯里兰卡重新传入印度。