衢州虽然安全了，但以后的形势依然十分严峻，面对数十万之众的太平军，左宗棠兵力实在单薄，而清廷分摊各省的军饷，绝大部分又只是一张空头支票，根本无法落实，尽管左宗棠后来最大限度地扩充浙军，也只能达到三四万人，远逊于曾、李所部的兵力，而这种扩军，已经拖欠浙军大量的军饷。
即便如此，也不能将这三万余人全部投入浙江战场。浙军攻克严州、富阳之后，本来可以较顺利地一鼓作气，乘胜攻克杭州，但此时安徽方面的太平军先后攻克皖南诸多城镇，浙军只能按照曾国藩的命令，抽调刘典、王文瑞一万多人马前往增援，经过数月苦战，将那里的太平军击退。
此时，曾国藩要求这一万多浙军继续深入皖南，长期在安徽境内和曾军进行会剿，这一次，左宗棠拒绝了曾国藩的命令，他只留下由王开琳率领的3300人驻守徽州屯溪镇，将其余8000人全部撤回浙江。事后证明，左宗棠这一决定是非常正确的。
此时，浙军已经开始进攻杭州，可是离杭州六十里的余杭也驻有太平军重兵，如果单攻杭州，余杭的敌军必然会进行支援，将会使攻城部队腹背受敌，处于十分危险的境地，因此，必须在攻打杭州的同时，也攻打余杭。这样，就只好将两万余人分开，同时对杭、余两城发动进攻。本来就严重兵力不足，一分为二之后，就更显单薄了。此时，离杭、余二城不远的湖州，聚集着大批太平军，一旦他们赶来增援，攻城浙军将面临险境，因此，调回8000人阻击援兵，显然十分必要。
李世贤因急于摆脱左宗棠纠缠，以回援天京，于六月中旬以攻为守，调大军分两路直取遂安，奔袭左军后路。于是左宗棠调刘典等九营4000人回援。六月二十日，刘典等部与太平军战于遂安东南。二十七日（7月18日），李世贤退回金华，将兵力集中于金华、兰溪、龙游、武义一线，作坚守打算。左宗棠统兵进入浙江以来，由于太平军将士的英勇奋战，使其进展相当缓慢，入浙八个月始终未能越过衢州一线。直至同治元年八月上旬，新任浙江布政使蒋益澧率广西左江镇总兵高连升、副将熊建益的湘军8000人从广西经湖南开抵衢州，战局才开始发生变化。七月，清军攻陷处州府，闰八月十三日（10月6日），蒋部高连升一军攻陷严州府寿昌。李世贤见一时无法击溃左宗棠的进攻，只好派将分兵扼守金华、汤溪、龙游一带，阻截清军东进。他自己则于是年闰八月（1862年10月上旬）奉洪秀全之命，率精兵7万多人驰救天京。此时，浙江太平军力量顿时薄弱。重点设防的龙游、汤溪等城，真正能作战的留防士兵不过数千人。群龙无首，自然会乱成一团，部队统帅不在，留浙各支太平军没有统一的指挥，士气下降了很多，甚至有些将领选择了投敌变节。而这一切，对左宗棠来说，都是非常好的机会。此后，不到半年时间，清军相继攻陷汤溪、龙游、兰溪、金华、武义、永康、东阳、义乌、浦江、诸暨等地，特别是攻下了严州西北的军事要地桐庐。桐庐位于浙江中游，自桐庐七里泷径下地势渐平，江面渐阔。由于桐庐失守，太平军在杭州上游的重地只有富阳（属杭州府）一城了，浙西防线因而全部溃垮。为指挥各军沿江直取杭州，左宗棠于同治二年正月下旬（1853年3月中旬），将大本营从金华移至严州府治（在浙江上游），派蒋益澧逼攻杭州。
在浙东方面，英法侵略联军于同治元年四月十二日（5月10日）悍然进攻宁波的太平军。当时英国有战舰4艘，水兵330人，由“争胜”号舰长刁乐克统带；法舰两艘，水兵70余人，由“伊台”号舰长耿尼统率。经过激战，太平军戴王黄呈忠、首王范汝增受重伤撤退，法舰长耿尼亦被击毙，由“孔夫子”号舰长勒伯勒东继任统领。此外，刁乐克在宁波当地招募了中国游民1000人，由英军军官训练、统带，组成中英混合军，称“常安军”和“定胜军”，又称“绿头勇”；不久，法国人宁波海关税务司日意格等，也招募了400名士兵，头戴花巾，称“花头勇”，后陆续扩充至1500人，组成中法混合军，取名“常捷军”。中英、中法混合军成立后，就伙同清廷已革道台张景渠，攻占慈澳、余姚，夺得奉化。此后，双方展开了拉锯战。
这时，清廷还应法国公使之请，任命勒伯勒东为署浙江总兵，带“常捷军”1500人防守宁波。宁波作为对外贸易的一个重要口岸，在军事上居于重要地位。通过宁波，既可以输入军火、粮食等重要补给品，又可以取得海关税这笔重要收入。因此，左宗棠对宁波是很重视，他委派史致谔署理宁绍台道，并明确指出：“浙中饷源全在宁波海口，此处无人筹划，终无自立之理，仰面求人，其效已可睹也。”
同治二年正月二十六日（3月15日），清军占领绍兴，而“常捷军”头目法人勒伯勒东被太平军击毙。镇海、台州等地，也先后被地方地主武装和中英、中法混合军所夺占。二月初，张景渠又占领萧山，逼近杭州。这样，浙境太平军的力量更为削弱，“金华、龙游、严郡、温、台等处陆续退守，兵屯富阳”。李秀成的部将听王陈炳文、归王邓光明亦增援富阳，以保杭州。二月，左宗棠水师由副将杨政漠率领在富阳击毁太平军船只数百艘，太平军全局崩溃已不可避免。曾国藩对此十分高兴，致函左宗棠说：
阁下受事于糜烂之后，如大海巨飓橹倾楫摧，一理阴云解驳，稍睹畔岸，远近智愚，畴不怍慰！
皖南太平军为牵制左军东进，分两路由皖入赣，以拢左宗棠后方：一路由歙（shè）县、休宁准备越过婺源，直取江西的德县、乐平；一路由黔县准备越过祁门进取江西浮梁、景德镇。为巩固后方，左宗棠不得不将刘典一军8000余人调回建德（严州府治）转向皖南。这时由左宗棠直接指挥的兵力虽有3万余人，但相当分散，除刘典、王开琳两军一万余人（王开琳部3000余人）部署在皖南外，还有万人左右分守下游的新城、桐庐和上游的淳安、遂安以及衢州、金华、严州等地。进攻富阳的部队只有蒋益澧1万多人，加上军饷缺乏，瘟疫流行（左宗棠军前后病死4000多人），所以在富阳与太平军相持五个多月，毫无进展，左宗棠自己也得了疟疾，陷入一筹莫展的境地。最后他决计求助于法国人组织的洋枪队。同治二年七月二十六日（1863年9月8日），左宗棠将浙东德克碑的“常捷军”1500人调至，配合蒋益澧进攻富阳。八月初七日（9月19日），清军与“常捷军”联合攻破富阳城外卡垒，翌日占领富阳城，高连升部亦破新桥，并进而攻杭州。九月初六日（10月18日），太平军听王陈炳文、归王邓光明集中一万余人分四路反攻，被击败。十月十八日（11月28日）太平军再次从杭州反击，又被高连升与“常捷军”击退。十一月初十日（12月20日），左宗棠从富阳赶至余杭督师，双方在杭州、余杭展开了激烈的争夺战。
曾国藩为了迅速绞杀太平天国运动，在夺得安庆重镇之后，他进一步加强了进攻部署。早在同治元年三月（1862年4月），他派李鸿章率领淮军至上海，以上海为基地，全面进犯苏福省。同年四月又让其弟曾国荃率湘军东下，围攻天京。加上左宗棠率部进入浙东，攻陷富阳、扑犯杭州，太平天国处于三面夹击之下，完全陷入被动挨打、其防线逐步瓦解的局面。十月二十四日（12月15日）太平军的长江下游的主要城市苏州失守，守城将士也出现了变节投敌的情况：其守将郜永宽等八人刺杀了慕王谭绍光，向淮军投降。叛变事件也在浙江不断出现。从同治二年十一月初七日到同治三年正月初八日（1863年12月17日到1864年2月25日），由于平湖、乍浦、海盐、澉浦、嘉善、海宁、桐乡等地的守将纷纷投敌，杭州成了一座孤城。
同治三年正月初九日（1864年2月15日），左宗棠将提督黄少春一军从余杭调至严州，以遏阻从皖南援浙的太平军。这时，皖南太平军已由绩溪进入昌化（属杭州府），并南下淳安、遂安（严州府属），威胁左军后路。左宗棠做了严密的防务：命魏喻义自新城南屯严州，喻得成屯金华，戴奉聘屯衢州，并调王开琳部“老湘军”由屯溪下趋淳安。正月十五日，王开琳会合黄少春部击败太平军于遂安之昏口，太平军分走婺源（皖南）、玉山（赣东）。二月十八日（3月25日），进入浙江北部的淮军攻陷嘉兴，杭州太平军更失掎角之势。城内个别将领图谋通敌。二十一日（3月28日），蒋益澧、高连升等用大炮轰塌城垛三丈。二十三日后半夜，听王陈炳文弃城北走。二十五日清晨，左军攻陷杭州，蒋益澧、高连升等部及德克碑的中法混合军入城后即大肆抢劫。同一天，太平军康王汪海洋也弃余杭北走武康（属浙江湖州府），清军康国器等占领余杭城。三月初二日（4月7日），左宗棠进驻杭州，始申虏获之禁，妇女财物各从其主，有敢取自贼中者，罪之。禁军士入民居，招商开市。
在杭州的争夺战中，太平军坚忍不拔，楚军屡攻不下，伤亡严重，几次遭溃败。直到1864年3月，由于嘉兴被楚军攻陷，杭州的粮道和交通线都被切断，无法据守，守将陈炳文动摇出走，钱桂仁率部千余人献城投降，杭州城才被拿下。左宗棠获加太子少保衔。8月，左宗棠主部攻陷湖州，受封为一等恪靖伯。
苏浙根据地瓦解，苏杭陷落。在太湖地区抗击中外反动武装的太平天国此后失去了回旋余地，不得不舍弃苏浙，“就食江西”。三月初四日（4月9日），左宗棠遣杨昌浚率军攻陷武康。初五日，太平军石门（属嘉兴府）守将邓光明投降。同日，李世贤、杨辅清、汪海洋退至昌化。以后，李世贤由皖南进入江西，汪海洋、陈炳文等转战浙皖；黄文金、杨辅清则留守湖州，与清军在湖州一带激战两个多月。
七月十二日（8月13日），干王洪仁玕亦至湖州。其时湘军、淮军已向胡州合击，二十五日（8月26日），湖州城南门守将陈学明向蒋益澧投降。二十六日，洪仁玕、黄文金等决定放弃湖州，西走江西。二十七日（8月28日），左军将领蒋益澧、高连升以及“常捷军”首领德克碑会同淮军将领郭松林、潘鼎新、张树声、刘秉璋等占领湖州府城。二十八日，由湖州西走的太平军被左军在梅溪击败。同日，杨昌浚经过月余的进围，占领湖州府西境的安吉县城，并追至孝平。
七月底八月初，黄文金与洪仁玕、黄文英、李继佑等，在皖南作战失利后东走浙江昌化。八月初五日（9月5日），黄文金病死，黄文英统率其军。初七日，在昌化白蛇岭被左军击败西走。初八日，左军在浙皖交界处之蜀口再败太平军。十八日，黄少春在遂安十六都迫使太平军两万余人投降。八月下旬，左军分别在常山、江山一带击败太平军。太平军在皖浙作战相继失利，纷纷转入江西，浙江境内的战事基本结束。同治三年九月六日，左宗棠上奏朝廷，称浙江太平军已全部肃清。这样，左宗棠又为清王朝建立了“规复浙江”的大功。
李世贤在江西听到天京已破的消息，与康王汪海洋率部转移到福建，相继攻克汀州、漳州等城，建立了根据地。清政府采取分进合击的方针，派左宗棠督楚军从江西、浙江分道攻入福建。
福建追击
早在同治二三年间，当左宗棠所部的蒋益澧一军，正以万人之众围攻杭州，李鸿章的淮军正由苏州进攻常州，曾国荃在南京城外包围圈逐步缩小，太平天国形势日趋险恶之时，左宗棠便预料到，清军各路人马只知集中全力进攻那些名城大邑，却忽略了防堵太平军可能突围退却的必经之路。于是他特上一折，提出了防堵太平军的意见。
金陵寇势已蹙（cù），句容、溧阳、广德均为贼据，其必由此逃窜，殆无可疑。臣三次函商曾国藩，远防不如近剿，请其注意广德。设寇由广德窜入皖南腹地，昼夜疾驰，不数日即可出险，恐宁城各将，来弗击，去弗追，终成不了之局也。曾国藩所虑，以无大支游击之师。臣窃以为贼势实穷，官军兵力亦未为薄，如权缓急应之，苏州既克，杭州之围正急，海宁、嘉兴之贼，不足为苏州之患也。常州陈坤书，李鸿章言其不甚耐战，暂舍不攻，金陵破，常州必应手而下。唯溧阳守贼李世贤狡悍著闻，贼窜必假道于此。李鸿章如暂缓嘉兴不攻，由无锡移军急攻宜兴、溧阳，西北与曾国藩溧水守军联络，纵未能即拔，较空此一路任贼窜过，自为腾之。曾国藩力持坚宁之议，见正布盖皖南、江西防兵，固为老成之见。然贼知我以坚守为主，必不攻，各将以坚守为事，必不战。倘贼舍城不攻，从间道疾驰而过，恐调拨尾追亦有所不及。何如厚集兵力，扼广德、建平、东坝，与李鸿章一军联络之为得乎？臣思虑所及，敢毕献其愚。