婴幼儿便秘是一种常见病症，其原因很多，概括起来可以分为两大类，一类属功能性便秘，这一类便秘经过调理可以痊愈；另一类为先天性肠道畸形导致的便秘，这种便秘通过一般的调理是不能痊愈的，必须经外科手术矫治。绝大多数的婴儿便秘都是功能性的。
婴幼儿一般每天排便1～2次，便质较软，若两到三天不排便，而其他情况良好，有可能是一般的便秘。但如果出现腹胀、腹痛、呕吐等情况，就不能认为是一般便秘，应及时送医院检查。幼儿每天1次排便属于正常，但有的小儿2～3天排1次大便，而且粪便质软量多，也属正常。小儿发生便秘以后，排出的粪便又干又硬，干硬的粪块刺激肛门产生疼痛和不适感，天长日久使小儿惧怕排便，而且不敢用力排便。这样就使肠子道内的粪便更加干燥，便秘症状更加严重。
目前由于营养不良导致的便秘已经不多了，主要是营养过剩和食物搭配不当导致的便秘。很多孩子的父母一味地增加孩子的营养，让食物中的蛋白质量很高，而蔬菜相对较少。许多高级的儿童食品都是些精细粮食制品，缺少渣滓，小儿很少吃粗纤维及含渣多的食物，容易导致便秘。婴幼儿进食太少时，经过消化后残渣亦少，粪便自然减少。奶中糖量不足，可使粪便干燥。
如果婴儿饮食太少，消化后的余渣就少，自然粪便也少。如长期饮食不足，则形成营养不良，腹肌和肠肌缺乏力量，不能解出粪便，可出现顽固性便秘。粪便的性质与食物成分有关，如果食物含有多量的蛋白质而缺少碳水化合物（糖和淀粉），则粪便干燥而且排便次数少；如果食物中含有较多的糖类（碳水化合物），则排便次数增加且粪便稀软；如果食物中含脂肪和糖类都高，则粪便润滑。某些精细食物缺乏渣滓，进食后容易引起便秘。有些小儿生活没有规律，没有按时排便的习惯，使排便的条件反射难以养成，导致肠管肌肉松驰无力而引起便秘。此外，患有某些疾病如营养不良、佝偻病等，可使肠管功能失调，腹肌软弱或麻痹，也可出现便秘症状。
大便的性质与食物的成分是相关的。如果食物含有多量蛋白质而糖类不足，则肠内分解蛋白质的细菌比发酵菌多，肠内容物发酵少，粪便易呈碱性且较干燥；如果食物含有较多的糖类，则发酵菌增多，产酸增加，粪便呈酸性且较弱；如果脂肪和糖类都高，则粪便润利。此外，进食大量钙化酪蛋白质后，粪便内含有多量不能溶解的钙皂，则粪便增多且易于便秘。食物中缺乏渣滓也容易便秘。
由于生活不规律而缺乏按时排便的习惯，以致未形成排便的条件反射，终至肠肌松弛而便秘；常用泻剂或灌肠；缺少体力活动或患慢性疾病，特别是营养不良、佝偻病、高钙血症及呆小症等，都能使肠壁肌肉松弛乏力，功能失常。
小儿环境和生活习惯的突然改变，突然的精神刺激等都可以引起轻重不等的短时间便秘。肛门裂时因排便疼痛明显，导致小儿不愿排便或惧怕排便，久而久之也可引起便秘。
腹壁及肠壁张力低下易便秘，如早产儿、营养不良体弱儿、佝偻病、呆小病（即先天性甲状腺功能低下症），这些小孩腹肌和肠肌松弛，张力减低，大肠的反应性差、功能失常、肠蠕动减少都可引起便秘。
肛门有病也会便秘，比如肛窦炎、肛裂、直肠有异物等等，由于排便时疼痛，小孩不敢排便，粪便在肠子里积滞时间过长，水分被过多地吸收掉了，导致粪便过于干燥坚硬，更加重排便困难。
肠道畸形，如先天性巨结肠及肛门狭窄可见便秘。
脊髓疾病排便困难，如横断性脊髓炎、脊髓肿瘤、硬脊膜外脓肿、脊髓损伤等，由于控制排便的神经受到损伤，所以排便困难。