正常新生儿在出生后24小时内应排出黏稠无臭味的胎粪，2～3天内经哺乳逐渐转变为黄色质软带酸臭味的婴儿粪便。如果婴儿出生后10小时不排胎粪，即应引起注意，若24小时无粪便排出则应认真检查原因，若2天无粪便排出，称新生儿大便不通。若新生儿出生后即大便干燥，称新生儿便秘。新生儿大便不通或便秘主要原因如下。
（1）新生儿大便不通者：①见于先天性单纯性肛门闭锁或直肠闭锁。该病症是由于胎儿发育过程形成的先天性畸形，在肛门口覆盖一层透明薄膜。当小儿哭啼时，此膜由于腹压升高即向外突出并冲动，用手指触及肛门凹陷处时有冲击感，有时也可以看到，从而被发现；有些则是当婴儿发生呕吐、腹胀等明显症状时，才引起父母注意，经检查而发现。本病发病率约为1／5000，一经确诊可采用外科治疗。②见于先天性小肠闭锁及小肠狭窄。该病患儿的症状表现为哭闹不宁（腹痛）、呕吐及不排胎粪；同时腹胀、腹壁出现肠形和肠蠕动波，并出现脱水及休克危象。属于急危症，预后不好。一经诊断应立即外科手术治疗。
（2）新生儿便秘者：①可见于先天性肛门闭锁或直肠闭锁伴发直肠阴道瘘、直肠膀胱瘘、直肠会阴瘘等先天性畸形者。如果其瘘口狭小，能造成患儿慢性便秘。②可见于先天性肥厚性幽门狭窄症。其症状表现为持续性喷射状呕吐、顽固性便秘、腹部可见胃蠕动波（胃蠕动增强）、在幽门部可触到痞块以及因营养不良导致体重锐减、显著消瘦，面容憔悴、皮肤枯干、皮下脂肪消失、皮肤无弹性等。病情进展极为严重，一经诊断应尽早施行手术。本病在胃肠先天性畸形中，是较常见的一种先天性畸形，男婴多于女婴，两者相比约为4～7∶1，且多发生于头胎。③可见于先天性巨结肠症。④呆小病（也称克汀病），即新生儿甲状腺功能减退症，生后即发生便秘。患儿表现为体温偏低，少活动，少哭笑，反应迟钝，呆滞，昏沉欲睡，食欲不振，经常性便秘等。随着幼儿的长大，患儿体格和智力发育均出现明显障碍，如四肢短粗，行走呈鸭步状态，后囟门大，颜面水肿，鼻梁扁塌，口唇厚，舌头大而外伸，流涎，表情呆滞，经常便秘等。