一、《金匮要略》与《伤寒论》会通
伤寒是从六经病机进行证候分类；杂病是以脏腑经络病机指导辨证。《金匮要略》与《伤寒论》相同条文占42条，其中方剂有36首，除用作证候鉴别及与本病有关作为充实内容外，主要是脏腑病机有其相同之处。如病在阳明多属实证、热证；病在太阴多属虚证、寒证。故在《金匮要略》中的《腹满寒疝宿食病脉证治》、《消渴小便不利淋病脉证并治》、《黄疸病脉证并治》和《呕吐哕下利病脉证治》诸篇，皆说明在病机上有共通之点，治法与方剂是可以相互通用的。至于证候叙述和治疗法则，有些是《伤寒论》较详细，如腹满、小便不利等证；有些以《金匮要略》较详细，如痰饮、黄疸、水气病等。必须取长补短，两相印证，以收融会贯通之效。据此，有些条文必须结合起来阅读，文义才易理解。如《消渴小便不利淋病脉证并治》篇说：“脉浮，小便不利，微热消渴者，宜利小便发汗，五苓散主之。”（4）“脉浮，发热，渴欲饮水，小便不利者，猪苓汤主之。”（13）这两条文字虽有不同，所述均为“脉浮”、“发热”、“口渴”、“小便不利”四症。然在治疗上，前者使用五苓散发汗利小便，后者用猪苓汤育阴利小便。这就要联系《伤寒论》中“太阳病篇”的五苓散证和“阳明病篇”的猪苓汤证，以区别两者在临床上的不同证候。可见，将两书结合起来学习，自能起到事半功倍的作用。
二、遵遣词古义诠释之
如“刚痉”本当有恶寒之表现，然《痉湿喝病脉证治》第1条称其证为“反恶寒”，若按“反”之今义则难以解释，但考汉·高诱疏注《吕氏春秋·察微》“吴人焉敢攻吾邑，举兵反攻之”一段时谓“反，更也”，由此便可引申为“又”解，循此而解上述条文中的“反”字，也就顺理成章了。
三、方证互测，前后联系
1.以方测证
以方测证即从方药推测证候、症状。原著中很多条文叙述的证候不详而包括在所用的方药中，这叫做“寓证于方”。例如《痰饮咳嗽病脉证并治》篇第17条说：“夫短气有微饮，当从小便去之，苓桂术甘汤主之，肾气丸亦主之。”同一短气有微饮而方治何以有二？这又必须从方药中找出两方的主治病证：苓桂术甘汤为温运脾阳而利小便之剂，以治脾阳不振，痰饮停留，上凌心肺，因而气机升降不利，症状除短气外，又有心悸、目眩、胸胁支满、小便不利；肾气丸为补益肾气而利小便之剂，以治肾气衰微不能化水者，除短气外，尚有少腹不仁、腰痛、小便不利之症。
2.以证测方
以证测方即从病证推断其治疗方药。原书中也有很多叙述病证较详细而未出方治的，这必须从病证推测其方治。因为方治是包括在病证之中的，这叫做“寓方于证”，如《水气病脉证并治》篇第11条说：“……病水腹大，小便不利，其脉沉绝者，有水，可下之。”知其可用十枣汤类下其水。
3.前后联系
对原书条文中的理解达到一定程度时，应以各篇的病证为单位，进行系统分析。对每一病证，找出病因、证候、治疗、预后等，这样才能对原文内容掌握得更完全，理解得更深刻。例如，《痰饮咳嗽病脉证并治》篇说：“脉沉而弦者，悬饮内痛。”（21）“病悬饮者，十枣汤主之。”（22）须与该篇“饮后水流在胁下，咳唾引痛，谓之悬饮”（2）这一条同读，才能更好地确定十枣汤之治悬饮的具体适应证。该篇小青龙汤治支饮后药随证转的5条原文，更可作一医案阅读。
4.各篇对照
有关篇与篇的内容，常有连贯性和共同性，必须两相对照，方可得出辨证真义。如《水气病脉证并治》篇的五脏之水，应与《痰饮咳嗽病脉证并治》篇的水在五脏联合参看，可知此为水气，彼为痰饮，两者皆同类而异名。若水饮停留于局部致病者，称为痰饮；泛溢于全身，引起浮肿病变者，称为水气。但两者都是水，故有些治疗方剂亦可通用。
四、广采诸说，择善而从
“心气不足，吐血、衄血，泻心汤主之”。诸注家对本条文持歧见焦点又主要在于“心气不足”，第一类意见认为此句有误，当予勘正，其中吴谦等从“气有余便是火”之说，主张改此句为“心气有余”，取实火说，宜从之；孙思邈《备急千金要方·心脏》则改此句为“心气不定”，使其意义由言病机而变成言症状，可兼采之。第二类意见认为此句无误，无需勘正，只是另行释解其内涵而已，其中程林《金匮要略直解》释此句为“心气不足而邪热乘之，则迫血妄行”，取正虚邪实之说，使之所出方治成为“急则治标”的应变措施，不悖临床实际，也可兼采之；尤怡却释此句为“心气不足者，心中之阴气不足也，阴不足则阳独盛，血为热迫妄行不止矣”，取虚火说，虽与该条文所述症状无抵触，但与所出方治大相径庭，不可取。
五、理论联系临床实践
原书是一部临床实践性较强的医学专著，自问世以来，便有效地指导着医疗、实践，历代医家对其疗效都作了充分的肯定，近人曹颖甫的《经方实验录》，以及现代研讨仲景方药的书刊均载有不少疑难病案，印证了本书的临床效果。在观察、思考与实践运用中加深对原书的理解，是十分重要的。
张仲景以实事求是的精神，从整体观念出发，根据脏腑经络学说，对疾病的病因、发病和每一种病的理法方药都有详略不同论述，为中医学奠定了治疗杂病的基础。但由于历史条件的限制，原书毕竟是1800多年前的医著，错误脱简在所难免。故在学习和研究原书时，应重点掌握杂病诊治规律及有理论指导和临床实用价值的条文，并了解运用原书理论和方药所取得的研究成果，以拓宽临床思路和知识面，才能提高综合分析和诊治疑难病症的能力。