三、光明与黑暗
武士们习惯于一种十分古老的作战方式：一支响箭放出，宣告战斗开始。然后，武士们一个接一个纵马向前，挑战对方级别相当的将领。从传统上讲，要找出相应的对手，一个武士应该高声喊出自己的家世和经历，并在挑战宣言结束时说几句言不由衷的谦虚话。在对方有人应战之后，这位武士挥舞长剑，希望把敌手击下马来。要想在运动中将马背上的敌人致死是非常困难的，如果他的这种努力成功，他自己也跳下马来，以挂在腰间的短刀将对手杀死，并割取头颅。战斗之后武士会清点敌人首级，献给领主作为杀敌的证据和请赏的资本。
但是，信奉正大光明作战的武士遇到神出鬼没的忍者时，往往便防不胜防。武士在明处，忍者在暗处，所以武士最憎恨忍者。忍者一旦被武士捕获，必然受到最残酷的刑罚并被处死。比如“活剥皮”就是忍者所受酷刑的一种，皮肤被一片片剥下来，而又不能立即死掉，极其痛苦。所以忍者是绝对不会让武士活捉的。
这里以一位最富有传奇色彩的忍者的遭遇为例。这位忍者名叫猿飞，因为他有像猿猴一样在树上攀缘飞跃的本领，来去无踪，同时他的武艺也很好，所以武士们根本无法捉到他。有一次他被派去侦察住在某城堡中的一个将军，偷听到将军和一位大臣的密谈。可当他离开城堡时被守卫发现，他立即跃上城墙，巧妙地避开了追赶的人。但当他落地时踩上了一只暗设的捕熊钢夹，将他的腿紧紧夹住。这时将军手下的武士围了上来，猿飞见状，一刀将被夹住的腿砍断，单脚逃了很长一段距离。可终因失血过多，难以支持。猿飞见武士越来越近，知道自己没有希望逃脱，便索性站定，大声辱骂追赶他的武士，用剑毁掉自己的面容，使人无法辨认，然后挥剑砍断自己的脖子。一个高级忍者就这样可悲地结束了自己的生命。
那些幸存下来的忍者也往往很寂寞地了结残生。侍奉德川家康多年的“鬼半藏”可谓最有名的忍者，他深得德川家康信任，无数次拯救德川家康的性命，还多次挥戈上阵参加三河军团的征战，他的一生可谓是忍者最辉煌的典型了，但临死时的俸禄也只有八千石而已，只是同等功勋武士将领待遇的零头……
§§§第五节伊贺与甲贺
关于忍者，还有另外一种说法：中国魏晋南北朝时有位阴阳五行家，精通奇门遁甲术，却不愿出仕，就躲到东瀛扶桑国，在本州的伊贺山峰隐居。当时山下村人常被盗贼骚扰，这位奇人便施术相救。村人感其神通，多拜他为师。
这个人后来出家，法名法起，修持密教，再将原本所学的阴阳五行、奇门遁甲术融入密教之中，结合东瀛特殊武技——武士刀、镰刀、双拐等特殊兵器，创出九字箴言（临、兵、斗、者、皆、阵、列、在、前）修持强身法。
后来，日本人只要是修持兵法、阴阳五行、奇门遁甲术、轻功及隐身术者，均称为“忍者”。而这一宗，也就是伊贺流。
一、伊贺与甲贺的分流
法起的忍术传了数代，有一次由于同门互相争斗，有两位弟子的忍术无法分出高下，其中一位便远离伊贺峰，到甲贺峰开创另一忍术宗派——甲贺流。伊贺忍者注重十八般武技及个人独立作战训练，而甲贺忍者注重剑道及团体作战训练，一般甲贺忍者的手臂较粗，这是常年挥剑的结果。
其实，伊贺与甲贺之所以忍术盛行，并不一定因为是法起的后代弟子的缘故。伊贺和甲贺这两个地方都在群山之中，生活十分艰辛，所以本地人都能吃苦，同时又没有田地，因此长期存在培训侦察兵的专业人士。这就像尼泊尔出产“廓尔喀雇佣军”一样，恶劣的地理条件往往造就特别能吃苦的精兵。
伊贺与甲贺离京都很近，地势都属于重山险阻围绕的封闭小盆地。虽然贫瘠，但是在战略上的位置却是十分的优越——它们靠近日本的中央近畿地带。在战国时代，伊贺与甲贺的弹丸之地上先后崛起了60多家土豪（每家的最大兵力不超过50个人，充其量就是小股的土匪武装而已）。地盘虽小，这里的竞争却是是超乎外人想象的激烈。土豪们彼此虚情假意地结盟，暗中互相刺探，一旦抓住机会就予以对手无情的打击。这两块充满了残忍、狡诈和血腥的山地逐渐演化成忍术发展的大本营。
伊贺和甲贺对忍者事业的最大贡献就是对忍术的理论基础和技能作出了系统化的阐述，编出了一本忍者的修炼宝典——《万川集海》。虽然流派不同，但忍者修炼的经典都是源自《万川集海》，这本书就是教导忍者如何施行忍术的一切理论基础与技能指导。
到了战国时代，德川家康聘请伊贺忍者为暗杀、情报人员，丰臣家则聘甲贺忍者相助。当然，当时形势复杂，也有“单人秀”忍者，如善于相面的百地三太夫、甲贺高手户泽白云斋。另外还有流云、风魔等流派的出现。更令人吃惊的是“女忍者”的出现，在暗杀、色诱、下毒、陷阱中担当了非常重要的角色。在三百多年前，日本政治屡屡出现暗杀，忍术确实威震东瀛。
德川幕府统一天下之后，伊贺忍者取得权势，甲贺忍者则大败，几乎销声匿迹。从此，伊贺忍术成为幕府正统。当时天下六十四州均纳入伊贺范围，当然，随着社会的进步，伊贺忍术也逐渐被社会淘汰了，但却有一支延续到了柳生宗矩身上。这位将军家的剑术指导，掌管着天下六十四州的“草”（忍者的生命如草一般，附生于大地，不惹人眼，却布满天下，故称之为“草”）。
二、掌控忍者的柳生家族
柳生宗矩的父亲是后人尊崇的“剑圣”，也是“新阴流”剑术唯一继承人石舟斋宗严。在某次战争里，主君战败，剑圣也只得无奈地沦落为无所属的失业武士“浪人”。后来他剑术高超的名声传到德川家康耳里，家康亲自写信给石舟斋宗严，并与他交刃比武，领教了名不虚传的武功，于是将他纳为门下家臣。
日后，德川家康所率领的东军与石田三成统率的西军展开夺取天下的“关之原大战”（1600年），石舟斋奉德川家康密令，专门负责搅乱西军后方，立下大功；宗矩在这一场大战中，也为德川家康传递秘密书函，召集各地豪族协助东军，不无汗马功劳。但是此时，在德川家康眼里，柳生一族还只是无名小卒。他所看重的是柳生父子俩超群出众的剑术，所以提拔柳生宗矩当上了将军家的兵法老师。
柳生宗矩的第二次立功是在“大阪夏之阵”（1615年）时。日本战国时代有三位统一天下的英雄，依次是织田信长、丰臣秀吉、德川家康。第二位的丰臣秀吉过世后留下一嗣子丰臣秀赖（toyotomihideyori），与生母淀君（yodogimi）一直住在大阪。淀君一直想让儿子当上天下君主，全国各地残留的丰臣家的忠臣也蠢蠢欲动。为了断绝后患，德川家康曾于1614年冬天发动“大阪冬之阵”，并无心赶尽杀绝。没想到淀君野心太大，不甘臣服为区区小诸侯，拼命招兵买马，企图反“德川”复“丰臣”。德川家康只好在翌年再度攻击大阪，逼使秀赖与淀君走投无路，最后切腹自杀。
“大阪夏之阵”时，柳生宗矩的身份是德川家康的三子德川秀忠（第二代将军）的兵法老师，实际作战时，理所当然也成为未来将军的贴身守卫。当时敌方有数十名武将打扮成平民，突袭秀忠主将的阵营。宗矩拼死守护主将，独力砍死了七名武将。这是他在史实上留下的唯一武功事迹。以后，他就不再污染双手，改为退居幕后，通过控制忍者来操纵一切了。他从小亲眼目睹父亲在众豪族之间翻腾辗转，领悟出若是不善于处世，空有一身无敌剑术也是徒然的。因而便专注于拓展人际关系，并钻研兵法战略。
第三代将军家光（iemitu）18岁时，柳生宗矩正式成为家光的兵法师傅。当时家光还有另一位“一刀流”剑术师傅，只是这位师傅与家光练习剑术时，一点儿都不客气，下手严厉得很。宗矩则恰恰相反，他总是拿自己的长子三严（mituyosi，小名“十兵卫”，也是一位非常著名的剑客）做靶子，示范给家光看，很少与家光直接交手。因为他认为家光生来就是当将军的命，没有必要在剑术上深造求精，所以传授剑术时，重心便放在“身为武士的心得”之上。
除了传授家光剑术以外，宗矩也时常陪同家光放鹰捕鸟，更是家光欣赏能剧、参加茶会时的谈话对象。换句话说，他的职务，不仅是兵法师傅，也相当于家光的养父。因此家光于20岁登上将军宝座时，立即任命柳生宗矩为“大目付”之一，主要职责是监视诸国大名与幕府大臣的一举一动。此时，柳生宗矩62岁，是四位“大目付”之中最年长的。
第三代将军家光设定了许多新纲领，例如命令诸国大名每隔一年必须到江户赴任的“参勤交代”，不准三位主要执政者“老中”们独断批准政务，设置监视官“大目付”等。并同时派出众多忍者收集全江户的情报，而领导掌管这些忍者的正是柳生宗矩。所以即便是将军底下的执政者“老中”们，也非常惧怕“大目付”。
柳生宗矩为了监视各藩国的举动，派出许多门徒担任大名的兵法师傅。因为家光非常信任柳生宗矩，所以大名们也只得唯命是从。由此可见宗矩当时的权力有多大。且直到幕府末期，柳生家族十四代，始终维持着将军家兵法师傅的地位。