朱元璋在郭子兴手下讨生活时，无论受到怎样的待遇，都坚持要把自己接到的任务完成得尽善尽美。也正是这样的性格特点，不但促成了他成就大业，也清清楚楚地表现在了他的治国方面：水必要至清，人必须克己。他自己是这么办的，也要求别人这么办，而且不许违反。然而如大家所知，一样米养百样人，世界上的事情一旦到了极端的地步，即使出于好意，麻烦也就要大了。
朱元璋出身赤寒，因此对底层小民百姓感情很深，对官吏士绅文人却似乎有一种本能的厌恶。做贫农和造反的经历，更使他明白了一个道理：官吏欺压百姓是倾覆王朝的直接导火线。因此，为了避免百姓遭殃更为了巩固政权，他对官吏采取了严格的管治，对农民却颇为慈和。最典型的事例莫过于他大力支持“民告官”，官吏若到乡间骚扰被百姓抓住控告并有据可查的话，他绝对是一面倒地支持，非但重处被抓官吏，还要重奖告官的乡民。他还编制了《明大诰》，专用酷刑重处官吏。只是此法实在残虐，动辄为几十两银子就将官吏剥皮楦草，或者并未贪污虐民也照样连坐，甚至砍头凌迟。因此《明大诰》及相关法令在朱元璋死后就被立即废止了。--事实上，百姓们虽然痛恨官吏欺压，恐怕也没有几个人真愿意为几句闲话几两银子就把他们处死，何况吏员们多是百姓邻舍出身，祖辈相交，就更没有谁愿意造成如此后果。
朱元璋的人生经历不但使他厌恶官绅文人，也使他不信任异姓功勋。对于这些引起他疑心的人，他也像严治贪官那样用最极端的手段去解决。对于明王朝开国元勋们的死，史料和传说都找出了若干理由。但在事实上，猜忌并计划杀戮功臣的事情，恐怕早在登基称帝之前，在带着儿子朱标过那几天农家生活的时候，就已经在朱元璋的脑子里成形了。
洪武三年，元顺帝北逃，朱元璋真正成了中原之主。就在这一年他大封诸子及开国元勋。受封的皇子皇侄孙共计十人，元勋三十五人。就在这一次封赏中，刚得天下的朱元璋就毫不客气地显露出了他对功勋们的忌惮。按照朱元璋的意旨，开国元勋的功绩再大，也只能被封为公爵，所得的俸禄是每年三千至五千石，次一等的元勋封侯爵，每年九百至一千五百石。然而对待儿女们，朱元璋可就不一样了。他公开对元勋们宣称：“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民。今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国。朕非私其亲，乃遵古先哲王之制，为久安长治之计。”对于皇帝这样的主张，群臣哪敢有意见？只得稽首对曰：“陛下分封诸王以卫宗社，天下万世之公议。”既是“天下万世之公议”，皇帝也就不客气了。于是：皇帝的儿子们封亲王，岁俸五万石，钞二万五千贯，锦四十匹，纻丝三百匹，纱罗各一百匹，绢五百匹，冬夏布各一千匹，绵二千两，盐二百引，茶一千斤，马匹草料月支五十匹；皇帝的孙子们岁俸六千石，钞二千八百贯，皇帝的孙女们岁俸一千石，钞一千四百贯……侄孙朱守谦封靖江郡王，亦有岁俸二万石，钞一万贯，余物比亲王减半，马匹草料月支二十匹。公主受封后岁俸一千五百石，钞二千贯。--直到洪武二十八年，由于皇子凤孙实在太多，不得己减少了俸禄，也达到亲王一万石、郡王公主二千石，郡主八百石的程度。除此之外，朱元璋还特命诸皇子亲王在自己的藩国内豢养甲士，少则三千，多则一万九千，并且要“常岁训将练兵，临视周回险易，造军器务精坚堪用。”既然藩王们都有自己的甲士，当然就要应征出战。于是在战功封赏方面，朱姓诸王所行也格外不同。
洪武年间，秦晋燕楚湘等亲王都曾经数次领兵出征，朱元璋据此给了晋王燕王各一百万锭重赏，楚王所得最次，也达马三千匹牛二千头牦牛一千头羊九千只。与之相比，攻取元都定理中原的徐达只得了白金五百两，文币十表里；常遇春只得了文币一百表里。对于这样天差地别的赏格，就连后世记载此事的书生，都不禁要发出叹息：“难道说攻取元都所得的府藏不够丰富，所以赏得这么少吗？”如果光是封赏少还好说，最大的问题是，就连这么些儿俸禄封赏，开国元勋们都不能保自己一生安享。
屡兴大狱
民间有个“火烧庆功楼”的传说，讲的是朱元璋在登基后曾经大宴功臣，却在宴中借故走开，并下令火烧宴席现场，将所有功臣全部烧死。这个传说实在有些荒诞不经，不过事实上朱元璋的许多开国元勋们结局并不比烧死好多少。一般认为朱元璋杀功臣是由于忌惮他们日后扰乱朱家天下，是在为接班人“除去荆棘”。当然还有另一种观点，认为朱元璋要求苛刻，不但是眼里进不得沙子，根本几乎连灰尘也容不得，而且从不讲什么功过相抵，功臣们也就只得落得如此下场。
由于皇帝多是如此手段，因此民间也就有了各种传说。例如水军统帅俞通海，他本来是在攻张士诚时受伤，于朱元璋登基称大明皇帝前就病死了的（死于1367年四月初十），然而在民间传说中，却成了朱元璋派人在他家所住的街道上修了一座“百猫坊”（据说俞宅就在今天的南京彩霞街菜场一带），把附近一条巷起名为“赶鱼巷”（今甘雨巷），又派侍卫每天在秦淮河上钓鱼，还将钓上的鱼活活晒死。最终逼得俞通海只能寻了自尽，虽然这只是一个经不起推敲的传说，但百猫坊确有，位置也确在俞府附近，有可能遭殃的是俞通海的后人或亲信吧。由此已足见朱元璋杀功臣事迹之一斑。
在打击官吏的时候，朱元璋更是毫不手软，宁肯杀错也不放过。真正的贪官污吏当然死路难逃，可是清正廉明的官员也像割草一样地被他一批批除掉。加上朱元璋并非什么政经全才，很多时候他对很多事情也弄不清楚，可是即使如此，他在一头雾水中也照样喊打喊杀不误。算起来，被酷刑杀掉的父母官恐怕比贪官污吏还多。多少出身寒苦农家一心想要利民报国又维系着全家希望的读书人，在十年寒窗苦读后，才刚刚进入仕途，只为真正是一点鸡毛蒜皮的小事，就成了冤魂。其中最具代表性的人物，莫过于当时的济宁知府方克勤。他虽然当上知府，仍然是一件布衣穿十几年，一日两餐素食粗粮，治下百姓则富足安乐。当他要调离时，百姓甚至做歌谣挽留道：“使君勿去，我民父母。”就是这样一个好官，在洪武八年（1375年）的泼天冤案“空印案”中，也被毫无理由地处死。这个方克勤，就是后来著名的建文忠臣方孝儒的父亲。“空印案”说来其实很简单。按规矩，各司府州县都要将地方财政状况上报户部，由于财务表是人工核计，各地距京城路途遥远，为防有何差错跑冤枉路，官吏们都会带上一些备用的空白盖印文书，方便随时修改。然而无论别人怎样解释，毫无会计知识的朱元璋偏要认定这是在贪污，不管三七二十一，也不做任何调查研究，就下令自户部尚书起，到各布政司、府、州、县，所有管官印的地方一把手都统统砍头，副手杖一百充军。上书辨冤的郑士利则被罚做苦工。更糟糕的是，朱元璋猜忌并报复强烈的脾性并不完全是针对元勋和官吏们的。
当年攻打张士诚的“东吴”政权时，朱元璋的“西吴”军曾经遇到过苏杭百姓的强烈反抗，以致于苏州一座孤城竟能在围困下坚持九个多月，战死了不少将士。张士诚死后，朱元璋决意报复民间对张士诚的支持，他决定“死罪可免活罪难逃”，大幅度提高当地的赋税。于是，在皇帝的亲自过问下，苏州松江地区的税赋一古脑儿涨到了元朝的三倍、更超过了宋朝的五倍。一亩地的税粮竟超过七斗。苏州一府所要交纳的税赋，竟达到全国税赋总量的10%。除此之外，松江农民的活动范围也被严格控制，总括言之，就是“不出一里之间，朝出暮入。作息之道，互相知晓”。由于朱元璋本人家族就是“逃税流民”出身，外祖父又曾经是个打着算命先生招牌反朝廷的人物，因此为了以防万一，他还规定百姓们必须彼此互通邻里信息，对别人的家庭内务乃至活动场合都必须了解，谁要是想保留隐私瞒哄大众，即可捉拿送官。行医卖卜的人也只允许在本乡活动，若敢远游就要重治。
这些规矩对民众的约束，已经超过了以往任何一个皇朝，充满戾虐气息。而要求世人窥伺告发自己邻里亲朋的规矩，更成为流祸久远的重弊。
朱元璋还有一个最大的缺陷，就是刚愎自用，完全不把人命当一回事。无论什么事，不用调查也不用研究，只凭一时情绪，就“挥洒自如”地把好人或者轻罪之人统统杀了。如空印案就使人领略到了他的这一“特色”。说到这个，蒙古族官员道同的冤案就不能不提。
道同先世蒙古，后改汉姓，是河间人。明朝建立后，他出任番禺知县，是一个出了名的孝子，也是一个诚意为民的好官。史书称，番禺守军蛮横，胡作非为，几任县令都不敢为民出头，直到道同莅任，才改变这一状况，“民赖以少安”。谁知不久永嘉侯朱亮祖到了番禺，这家伙在地方上作威作福欺压百姓，却几次三番被道同顶了回去。当地豪门大户知道朱亮祖与道同不“道同”，因此纷纷贿赂朱亮祖求他为自己出头，朱亮祖便请道同吃饭，要他释放被当街示众的富豪悍仆。道同立即厉声质问：“你也算是堂堂大臣，怎能与这些人为伍？！”朱亮祖哑口无言，宴席不欢而散。
朱亮祖回到家里，越想越是恼怒，立即派人强行打碎锁铐放了那帮地痞，又把前来论理的道同鞭打了一顿。此后番禺地方的恶霸们以为有了护庇，纷纷得意忘形。尤其是朱亮祖在当地所纳小妾罗氏的兄弟，更是在地方上横行霸道。道同为民出头，将罗氏兄弟抓了起来。谁知朱亮祖竟动用军队包围县衙，强行将人犯给抢了出来。而且还向皇帝上本，弹劾道同“傲慢无礼”。事情到了这一步，道同就是想忍让也不可能了，也随后向皇帝递送奏章。他原以为按常理，皇帝怎么也要派人调查核实，才会最后做出决定。可是朱元璋一看了朱亮祖的告状信，就立马派人去斩杀道同。杀手出发不久，道同的报告也到了。朱元璋这才明白自己做错了事，觉得道同鲠直为民，实在是难得，马上派飞骑去追赶杀手。然而由于道同得罪了广东布政使徐本雅，后一位使者虽与杀手同日抵达番禺，却被人有意拖延，直到杀手处死道同，赦使才被放进县衙。对于道同的冤死，番禺百姓都十分痛惜，纷纷在家中设立他的牌位祭祀。据说每有灵验，乡间从此传说，道同已经成了地方之神。直到今天，番禺地方仍在祭祀道同神。朱亮祖的行径引起了朱元璋的震怒，这个杀人只凭一时性起而不是按司法程序办理的皇帝在大怒下立即命人将朱亮祖父子锁拿进京。
洪武十三年（1380年）九月初三，朱亮祖与长子朱暹一起被朱元璋当廷鞭死。可惜的是，道同之死并没有警醒朱元璋，此后仍有数不清的人在这位皇帝的一时火性下无辜丧命，更糟的是他处死朱亮祖父子的方法：从此开了明王朝“廷杖”的先例。终明一朝，数不清的士大夫和清臣直士，都被这种极端的刑罚打掉了性命。
随着时间的推移，大开杀戒的朱元璋渐渐觉得法规碍事，终于在洪武十五年决定改革禁卫军为十二个亲军卫，其中最出名也最为其重用的，则是“锦衣卫”。这个锦衣卫有“掌直驾侍卫、巡查缉捕”的职能，处理皇帝钦定的案子，相当于皇帝的私人警察部队，下设南北两个镇抚司，五个卫所，拥有自己的监狱，在其中任职的校尉力士少则一千多则六万，被称为“缇骑”。他们有权自行逮捕刑讯乃至处决，锦衣卫将正常的司法机构视若无物。只要他们看不顺眼的，无论是宰相大臣还是平民百姓，都不需要任何真赃实罪，都可以在片刻间让人家破人亡。朱元璋的屡兴大狱在历史上也留下了重重的一笔。
洪武时期的功臣除了耿并文等少数几个外，其余全部被杀。胡惟庸一案，牵连被杀者达三万人，朱元璋晚年的蓝玉案又牵连了一万五千人。以至于到了靖难之役南京朝廷竟无将可派，可以说朱元璋的分封外藩和大杀功臣直接导致了靖难之役中建文帝的失败。重用藩王领兵，当初对于朱元璋来说，是一个非常出色的构想，既可避免外姓诸臣节制军事跋扈成灾，又能使诸王“外卫边陲，内资夹辅”，何况照他的预想，诸王“列爵而不临民，分藩而不锡土”，应该也不会有什么大麻烦。然而朱元璋怎么也没有想到，长子朱标竟早早地就在洪武二十五年去世了，晚年的朱元璋面对幼弱的皇太孙朱允炆，虽知重用藩王领兵可能会为这个文弱小儿埋下隐患，但他无论如何也不可能甩下自己的儿子去用那些令他一百个不放心的外姓大将，于是他始终还是没有把削藩提上议事日程。只是一再地寄希望于能在自己生前为太孙多聚些人脉众望，寄希望于朱家子孙都懂得尊老爱幼之理，体恤骨肉血缘之亲。大约也正是出于这层考虑，老皇帝先是应允孙儿修改了自己施行多年过于苛刻的刑律七十三条，为朱允炆赢得了“天下莫不颂德”的美名。在洪武二十九年的时候，他还特地重新制定了朝见太孙之礼，又规定叔父们在公开场合须向侄子行君臣之礼，回到后宫皇太孙才向叔父们行家礼。为了增进家人感情，第二年他又让其它的侄辈和叔辈们一起游历天下山川。