土木战败、英宗被俘的消息传入北京后，言官群情激愤，请族诛王振。此时王振的余党锦衣卫指挥马顺，上前叱骂驱逐朝臣。大家对马顺平日里倚仗王振而狐假虎威的作为早已看不顺眼，现在见他仍旧气焰嚣张，丧师辱国的怨气统统指向了马顺。群臣义愤冲天，不顾大臣的体面，一拥而上，拳打脚踢，竟然在左顺门将马顺活活打死。随后，众人又将王振余党宦官毛贵、王长随从内宫中要出，乱拳打死，悬尸于东安门外示众。监国的郕王哪里见过这样的场面，惊慌失措，想要退走。这时于谦上前拦住郕王，请求他宣布马顺等人论罪当死，参与殴杀的众大臣无罪。情势这才稳定下来。大家退出左顺门时，吏部尚书王直用力握住于谦的手，感叹地说：“国家正要靠先生您了。今天的情势，即使有一百个王直也处理不好。”正是在国难当头之际，于谦挺身而出，以社稷安危为己任，为百官所倚重。
第三，拥立明景帝。大敌当前，国无君主，而太子朱见深年仅三岁，无法承担起匡复国家的重任。于谦及众大臣请皇太后立郕王朱祁钰为帝。郕王朱祁钰是英宗的亲弟弟，英宗在亲征之前曾命他监国，此时他22岁，仅比英宗小一岁，年富力强。明朝实行嫡长子继承制，目前英宗有太子在，郕王朱祁钰是没有资格继承皇位的。但在当时特殊的情况下，新皇帝最重要的不是有名分，而是要有领导百官、消除祸乱的能力，因此郕王朱祁钰就要比太子朱见深更为合适。当郕王朱祁钰得知群臣请立自己为帝的消息后，惊谢至再，甚至退居王府，表示不愿即皇帝位。这是因为他担心自己名分不正，而且英宗尚在人世，太子朱见深亦将长大成人，不免有顾虑，另外蒙古铁骑兵临城下，可谓吉凶未料。在这种情况下，于谦起到了关键作用。他向郕王朱祁钰指出：“我们做臣子的拥立您，是为国家着想，并不是为了个人的私利。”这番话使年轻的朱祁钰意识到了自己身上所承担的重大责任，于是他不再避让，在群臣的簇拥下登基即位，年号景泰，史称景帝。他很快投入到新的角色中，力主抗战，反对南迁，任命于谦负责指挥北京保卫战，这些措施为最后的胜利奠定了基础。谈迁在《国榷》中充分肯定了景帝的功绩：“太祖之后，有功劳的皇帝，谁不知道是成祖？有德行的皇帝，谁不知道是孝宗？然而，还有一个景帝。土木之变发生后，如果没有景帝，我们都会沦为异族统治下的奴仆了。景帝的德行有哪些？一个是他善于知人，一个是他懂得安民。”所谓“知人”，主要指的就是重用于谦，任命他为兵部尚书，打赢了北京保卫战。
第四，保卫北京城。北京保卫战是艰苦而惨烈的。于谦在受命的第二天，立即奏请调南北两京及河南备操军、山东及南京沿海备倭军及运粮军入卫京师，于是人心渐趋稳定。此时，粮食问题又浮出水面。通州为北京的屏障，同时又是京城粮食的储存地。在敌人的进逼下，通州城势难保全，粮食落入敌手，将会为敌所用。但是，短期内明廷难以集中大量人力、物力将粮食搬运入京。为了不让通州的粮食落入也先手中，于谦想了一个绝妙的主意。他奏请皇帝准许官军预支通州仓粮，令人自取，能多运者还有物质奖励。如此一来，通州的粮食很快就运入北京城内了。
救时宰相
如何守卫北京，是固守还是主动出击。在战守的策略上出现了不同的意见。成山侯王通建议挖城濠以拒蒙古骑兵；总兵官、武清伯石亨主张固守不出；于谦则认为坚守不出会示弱于人。在景帝的支持下，他分遣诸将率兵二十二万分列于京师九门之外，自己则身披甲胄亲赴石亨军中督战。石亨列阵于德胜门，都督陶瑾列阵于安定门，广宁伯刘安列阵于东直门，武进伯朱瑛列阵于朝阳门，都督刘聚列阵于西直门，副总兵顾兴祖列阵于阜成门，都指挥李端列阵于正阳门，都督刘得新列阵于崇文门，都指挥汤节列阵于宣武门。随后于谦将兵部事务托付给侍郎吴宁，下令关闭九门，以示有进无退、背水一战的决心。也先挟英宗直抵北京城下后惊异地发现，眼前的明军与在土木堡被自己轻易击溃的明军迥然不同。他原本以为明军不堪一击，北京朝夕可下，现在见明军严阵以待，军纪严明，锐气大为受挫。
也先派遣数骑窥视德胜门。于谦事先在路边空舍内设下伏兵，再派少量骑兵且战且退，诱敌深入。数万瓦剌骑兵追至，于谦命神机营火炮、火铳齐发，同时伏兵四起，前后夹击，大败瓦剌军。也先弟弟中炮而亡，瓦剌兵死伤惨重。接着，瓦剌军又在西直门和彰义门吃了败仗。经过五天的激战，瓦剌军多次被击败。这时明朝各路勤王兵将至，也先恐断其归路，连夜拔营北遁，于谦领导的北京保卫战取得胜利。确保了明朝京师北京的安全，避免了宋朝南渡悲剧的再次发生。它粉碎了也先图谋中原的企图，此后蒙古很难再次组织起大规模的武力入侵行动。同时，北京作为抵抗蒙古的最为重要的堡垒依然发挥着重要的作用，并形成了以北京为中心，以宣府、大同、居庸关为屏障的整体防御体系，有效地抵御了蒙古军队的侵扰，确保了内地人民正常的生产、生活。
于谦是明朝著名的民族英雄，他自小有远大的志向。小时候，他的祖父收藏了一幅文天祥的画像。于谦十分钦佩文天祥，把那幅画像挂在书桌边，并且题上词，表示一定要向文天祥学习。长大以后，他考中进士，做了几任地方官，严格执法，廉洁奉公；后来担任河南巡抚，奖励生产，救济灾荒，比较注意人民疾苦。王振专权的时候，贪污成风，地方官进京办事，总要先送白银贿赂上司，只有于谦从来不送礼品。有人劝他说：“您不肯送金银财宝，难道不能带点土产去？”于谦甩动他的两只袖子，笑着说：“只有清风。”他还写了一首诗，表明自己的态度，诗的后面两句是：“清风两袖朝天去，免得闾阎话短长。”后句的意思是免得被人说长道短，闾阎就是里巷。“两袖清风”的成语就是这样来的。
奇祸背后
正统年间，于谦以兵部右侍郎衔巡抚河南、山西。当时河南官吏入朝之时，必定携带大量的香帕、蘑菇等土特产，作为上下打点的礼物。于谦进京时，则是不带一丝一毫，空手而去，还特意作《进京诗》一首：“手帕蘑菇与线香，本资民用反为殃。清风两袖朝天去，免得闾阎话短长。”此诗一出，立刻成为佳话，到处传唱。而成语“两袖清风”，正是出于此处。
北京保卫战，论功于谦为第一功臣。景帝知其清廉，特命给双俸。于谦上书固辞，说自己阖家良贱（连仆人都算上了）只几口人，原来的俸禄就足够了，还有剩余呢。而且现在边境、京城用费浩大，百姓有输纳之苦，军队也需粮饷，所以还是请求只支一俸。景帝因其房舍简陋，又赐宅西华门。于谦仍不受，言：“国家多难，臣子何敢自安。”景帝不许，他没有办法，就将皇帝赏赐的盔甲、玉带、玺书之类放在那里，一年去探视一次而已，自己仍居住在原来的地方。等到蒙难抄家之时，家无余赀，只有这些赏赐的盔甲等物。接任兵部尚书的陈汝言，不及一年即败，收受的赃款巨万，与于谦形成了鲜明的对比。英宗面对此情此景，不禁想起了于谦说：“于谦被遇景泰朝，死无余赀，汝言抑何多也？”大臣皆不能回答。
于谦在北京保卫战中忧国忧民，以天下为己任。至天下承平，他又不贪恋手中的权力，多次请求解除权力。这样的风范，古今能有几人？于谦借副都御史罗通回京的机会，上疏请求专理兵部事务，令罗通总督军务，景帝不允。后来于谦得病，疏请石璞掌兵部事。景帝以兵部事务繁忙，石璞初任，仍令于谦执掌。景泰朝，曾有人说于谦权柄过重。太监兴安为之鸣不平：“日夜为国分忧，不要钱，不要官爵，不问家计，朝廷正要用这样的人，可寻一个来换于谦。”众大臣皆默然无言。
徐有贞是一个极具政治野心的人。虽然南迁之议使他受尽白眼，也影响到了他的仕途，但他没有灰心丧气，希望改名字能够让他的政治生命得以重新开始。恰好祭酒（国子监的主管官）职位出缺，时为翰林的徐有贞有意得到这个位置。他的学生杨宜是于谦的内亲，便由杨宜多次向于谦求请这个职位。于谦曲意答应了，通过宦官向景帝提及了这件事。景帝依稀还记得这个人就是当年提议南迁的徐珵，印象很不好，认为他会教坏学生，便没有同意。徐有贞并不知道整个事情的来龙去脉，以为是于谦从中作梗，遂衔恨在心。夺门之变后，徐有贞是最想除掉于谦的人，因而在英宗尚在犹豫时，极言于谦必须死，其中不乏私心。
石亨，曾守卫大同。也先攻大同时，他打了败仗，一个人跑回来，受到处分，后来还是于谦推荐他掌管五军大营。北京保卫战期间，他是于谦的副手，为击退也先立下军功，进武清侯爵。石亨为表示对于谦的感谢，再加上他功不及于谦但所受封赏却超过了于谦，心中惭愧，于是荐举于谦的儿子于冕，景帝召于冕赴北京。于谦辞让，景帝不允。于冕到北京后，于谦不但不领情，还上疏景帝，言辞恳切，指责石亨徇私：“国家多事，臣子义不得顾私恩。且亨位大将，不闻举一幽隐，拔一行伍微贱，以裨军国，而独荐臣子，于公议得乎？臣于军功，力杜侥倖，决不敢以子滥功。”于是，石亨由恩生怨。当然，于谦之死，也不能从徐有贞、石亨等辈构陷这样简单来看。
古语有云：“水至清则无鱼，人至察则无徒。”水不能清，人不能察，这种情况虽然与官僚士大夫长期接受的儒家正统教育相背离，却深刻地表明了古代官场的潜规则。于谦是在传统思想文化熏陶下的官僚士大夫，性格刚正不阿、洁身自爱，不会接纳也不会融入官场的人情世故中。而以徐有贞和石亨为代表的另一种官僚集团，抱着强烈的政治动机，到处投机钻营。他们为人处世的准则不讲究忧国忧民的情怀，而是一切从个人私利出发，树党营私。以于谦的操守和性情，被传统社会的官场所边缘化，为同僚大臣所孤立，是很自然的情形。在国难当头的危急时刻，官僚集团或许还能容忍于谦的存在；一旦天下无事，于谦必然会被排挤，甚至遭到杀害这样的奇祸。在北京保卫战之后，即使于谦多次请辞避让，极力想逃离政治斗争的漩涡，但悲剧似乎是不可避免的。于谦至死都不明白，他那样身体力行地按照儒家规范来严格要求自己的一言一行，为什么反而还会招来祸端。
从土木之变到夺门之变，从更立太子到复储风波，短短数年之间，明朝发生了那么多的事件。这些事件中，有的豪壮，让人激情澎湃，让人热血沸腾，如于谦主持的北京保卫战；有的沉重，让人窒息，让人绝望，如功臣于谦的冤杀。在金戈铁马、刀光剑影中，在宫廷政变、政治权术中，不乏形形色色的人物，也总能见到光怪陆离的事情，而这些事情无时无刻不在考验着每个人的操守。也许随着时间飞逝，有些事不再清晰，有些人不再被记起，但是，在历史的长河中，总会有些事情让人记起，有些人值得牵挂。于谦正是这样的人，他也做过这样的事。北京保卫战是一次壮举，是于谦人生中的最亮点。因此，于谦成为中国历史上最为著名的民族英雄之一。虽然有拥立新君、保卫社稷的贡献，但于谦此后绝无居功自傲、把持朝政的行径。然而有谁能想到，在北京保卫战八年之后，即景泰八年（1457年），这样一位品行卓然的功臣竟然被押赴刑场，以莫须有的罪名被砍头。这一切都源于明朝历史上一次有名的宫廷政变--“夺门之变”。
复辟当日，英宗就将于谦、王文等人逮捕入狱。但是想要杀掉于谦这样一位有功于社稷、为官清廉的大臣并不容易，必须要找一个听起来可以服众的借口。英宗在徐有贞等人的策划下，用历史上惯用的“莫须有”手法，以“谋逆”的罪名将于谦处以极刑。所谓“谋逆”，是指于谦勾结黄竑更立太子和欲迎立襄王子。事实上，这些都是牵强附会和捕风捉影的事。当王文在狱中力辩无罪之时，早对情势了然于胸的于谦苦笑着对他说：“这是石亨等人的意思，分辩有什么益处？”其实，英宗心中也知道于谦是冤枉的，十分犹豫，知道“于谦实有功”于朝廷。徐有贞进言：“不杀于谦，夺门就没有正当的名义。”英宗这才下定决心。有个叫朶儿的指挥，本是曹吉祥部下，在于谦行刑的地方以酒来祭奠他，痛哭不已。曹吉祥非常生气，用皮鞭痛打他。第二天，他仍然祭拜如故。都督同知陈逵深感于谦忠义，收遗骸葬在北京城西。后来，于谦的养子于康将其归葬于杭州西湖南面的三台山麓。明末董其昌书于少保祠柱铭有云：赖社稷之灵，国已有君，自分一腔抛热血。竭股肱之力，继之以死，独留清白在人间。
北京的百姓听到于谦受冤被害，不论男女老少，个个伤心痛哭。人们传诵着于谦年轻时候写的一首《咏石灰》的诗：“千锤万凿出深山，烈火焚烧若等闲。粉骨碎身浑不怕，要留清白在人间！”人们认为，这正是于谦一生的写照。
成化二年（1466年），英宗的儿子宪宗朱见深为于谦平反，诏复原官，追赠太傅。弘治七年（1494年），赐谥曰“肃愍”，建祠，匾额书“旌功”。万历十八年（1590年），改谥为“忠肃”。乾隆十六年（1751年），乾隆帝南巡，题写匾额“丹心抗节”。