明末清初，随着中外交流的增多，一些重要的粮食作物和经济作物开始传入我国。在这之后植物的种类也在增《植物名实图考》中的甘薯图多。整个明清时期传入的重要粮食作物主要有甘薯、玉米、马铃薯；蔬菜作物有西红柿、辣椒、菊芋、甘蓝、花椰菜等；经济作物有烟草、花生、向日葵等；花卉有大丽花等。其中甘薯、玉米、烟草的引入，对我国人民的生产和生活影响很大。
明清时期是我国人口增殖较快而又灾荒频繁的时代。以朱为代表的一些学者曾在有明一代写下不少植物专著帮助救荒。但是煮食野菜的方法只是杯水车薪，对于大规模的饥荒而言，其作用毕竟非常有限，而且这类植物从味道、营养和毒性等方面考虑，局限性也很大。显然，寻找新的适应性广、抗逆性强、产量高的粮食作物是摆在当时社会面前的重要问题。
明朝万历年间，福建华侨陈振龙从吕宋（今菲律宾）带回几尺甘薯藤到福建，试种成功，1594年，福建闹饥荒，陈振龙之子陈经纶向当时的地方官金学曾推荐这种适当性很强，不与稻麦争地，耐旱，耐瘠薄的高产粮食作物。金听取了陈的建议，颁发了“海外新传七则”，宣传甘薯好种、易活、高产的优点，并传授种植方法。在金的鼓动下，各县如法推广。种甘薯的地方，灾害威胁都大为减轻。后来，这种作物渐渐地在各省扩展。特别值得指出的是，明代著名学者、农学家徐光启为甘薯在全国推广不遗余力的工作。他把甘薯的优点归纳为“十三胜”，自己亲自动手进行引种试验，努力研究解决薯种的收藏越冬问题。他先用木桶莳藤运到北方，然后又提出利用窖藏的方法，解决薯种在北方的越冬问题。经过各地农民的辛勤实践，终于较好地解决了北方第二代薯种的问题。甘薯《本草纲目》中的玉蜀黍图很快在大江南北广泛种植，成为我国重要的粮食作物。徐光启还总结编写了《甘薯疏》一书，对甘薯的宣传推广、生物学特性的认识和种植技术改进提高起子良好作用。
玉米的传入也在明末时期。明代嘉靖年间田艺衡的《留青日札》中将玉米称为御麦。书中写道：“御麦出西蕃，旧名蕃麦，以其曾经进御，故名御麦。”李时珍的《本草纲目》也记载有玉米，并附有一幅不太准确，但大体反映出玉米特征的写生图。徐光启的《农政全书》也有记述。一般认为玉米传入我国的途径有三条：一条是东南亚经闽广传入内地；一条是从印度、缅甸入云南；一条是经波斯、中亚到甘肃的西北路线。在18世纪中叶和19世纪初，玉米已在我国大规模推广，这与玉米适应性广，耐瘠薄，产量有保障，适于在当时许多新开垦的山地上推广有关。另外，育种可能也有重要突破。上述原因使玉米成为我国仅次于稻麦的重要粮食作物。
烟草也是明末传入我国的。据《景岳全书》记载，烟草在明万历年间传到东南沿海的福建、广东，随后江南各省都有载种。烟草在引入我国后，由于其本身具有可用为嗜好品的特点，很快就在全国各地推广。清代一些医药书籍渲染它有驱寒辟瘴的作用，对种烟、吸烟的发展起了推波助澜的作用。随着吸者日众，商品化的程度也日益提高。在烟草的引进和发展过程中，人们对其利害关系就聚讼纷纭，不一而足。从明崇祯年间就开始有烟草的禁令，但由于各种原因，一直禁而不止。时至今日，还大有发展之势。一方面，烟草给人类的身体健康造成巨大危害；另一方面，它又确有点祛寒去湿的作用。在生物学中，它是遗传学的良好的实验材料。