4月28日，中央军委命令，萧克任第四野战军参谋长，聂鹤亭任副参谋长，同时成立了第13、第14兵团部。并对第12、第13兵团及各军的领导人作了适当调整。其序列是：第12兵团，司令员兼政治委员萧劲光，第一副司令员陈伯钧、第二副司令员韩先楚，副政治委员兼政治部主任唐天际，参谋长解方，辖第40军，军长罗舜初，政治委员卓雄；第45军，军长陈伯钧（兼），政治委员邱会作；第46军，领导人不变。第13兵团，司令员程子华，政治委员萧华，第一副司令员李天佑，第二副司令员兼参谋长彭明治，政治部主任刘道生，辖第38军，军长梁兴初，政治委员梁必业；第47军，军长曹里怀，政治委员周赤萍；第49军，军长钟伟，政治委员徐斌洲。第14兵团，司令员刘亚楼，政治委员莫文骅，第一副司令员黄永胜，第二副司令员刘震，副政治委员兼政治部主任吴法宪，辖第39军，军长刘震（兼），政治委员吴信泉；第41军，军长吴克华，政治委员欧阳文；第42军，军长吴瑞林，政治委员刘兴元。第15兵团，司令员邓华，政治委员赖传珠，第一副司令员兼参谋长洪学智，第二副司令员贺晋年，政治部主任萧向荣，辖第43军，军长李作鹏，政治委员张池明；第44军，军长方强，政治委员吴富善；第48军，领导人不变；两广纵队（由第三野战军拨归），司令员曾生，政治委员雷经天，辖第1、第2师。特种兵司令部由万毅任司令员，其余领导人不变。
华北军区第1、第2、第3兵团分别改称第18、第19、第20兵团。第18兵团司令员兼政治委员徐向前，副司令员兼副政治委员周士第，参谋长陈漫远，政治部主任胡耀邦，辖俘训第1、第2旅；第60军（由第1兵团第8纵队改称），军长兼政治委员王新亭，辖第178、第179、第180师；第61军（由第13纵队改称），军长韦杰，政治委员徐子荣，辖第181、第182、第183师；第62军（由第15纵队改称），军长刘忠，政治委员袁子钦，辖第184、第185、第186师。第19兵团，司令员杨得志，政治委员罗瑞卿，副司令员葛晏春，参谋长耿飚，政治部主任潘自力，辖俘训第1、第2旅；第63军（由第3纵队改称），军长郑维山，政治委员王宗槐，辖第187、第188、第189师；第64军（由第4纵队改称），军长曾思玉，政治委员王昭，辖第190、第191、第192师；
第65军（由第2兵团第8纵队改称），军长邱尉，政治委员王道邦，辖第193、第194、第195师。第20兵团，司令员杨成武，政治委员李井泉，副司令员兼参谋长唐延杰，副政治委员李天焕，政治部主任李志民，辖俘训旅；第66军（由第l纵队改称），军长萧新槐，政治委员王紫峰，辖第196、第198师；第67军（由第2纵队改称），军长韩伟，政治委员旷伏兆，辖第199、第200师；
第68军（由第6纵队改称），军长文年生，政治委员向仲华，辖第202、第203、第204师。3个兵团共23．8万余人。5月3日中央军委决定周士第接替徐向前任第18兵团司令员兼政治委员，王新亭任副司令员兼副政治委员，张祖谅任第60军军长。6月初，李志民接替罗瑞卿任第19兵团政治委员。
此外，中央军委将第四野战军铁道纵队拨归军委直辖，并改称铁道兵团，司令员滕代远，副司令员吕正操，副政委兼政治部主任何伟，参谋长李寿轩，下辖第1、第2、第3、第4支队。
1949年2月，陕甘宁晋绥联防军区改称西北军区，司令员贺龙，政治委员习仲勋，副司令员王维舟，参谋长张经武，政治部主任李卓然，后勤部部长陈希云，后勤部政治委员刘海滨。下辖：
陇东、黄龙、西府、绥德、关中、三边、延属、榆林等军分区；
晋绥军区，司令员贺龙（兼），政治委员李井泉（兼），辖五寨、离石、雁北、雁南等军分区。
中原军区，司令员刘伯承，政治委员邓小平，第一副司令员陈毅，第二副司令员李先念，第一副政治委员邓子恢，第二副政治委员兼政治部主任张际春，参谋长李达。下辖：第58军（由桐柏军区部队编成）军长孔庆德，政治委员方正平，辖第172、第173、第174师；鄂豫军区，司令员王树声，辖独立师（由独立第1、第3旅合编组成），第l、第2、第3、第4、第5军分区；桐柏军区，司令员王宏坤，辖第1、第2、第3、第4军分区；江汉军区，司令员张才千，政治委员刘建勋，辖独立第1、第2旅，第1、第2、第3、第4军分区；陕南军区，司令员刘金轩，政治委员汪锋，辖第12旅、第17师，第2、第4军分区（5月，陕南军区划归西北军区建制，第12旅、第17师组成第19军，改称第55、第57师，归第一野战军指挥）；河南军区（3月由豫西军区及豫皖苏军区一部合并组成），司令员陈再道，政治委员李雪峰，辖南阳、确山、许昌、潢川、淮阳、陈留、商丘、郑州、洛阳、陕州等军分区。
华东军区，司令员陈毅，政治委员饶漱石，副司令员张云逸，政治部主任舒同，副参谋长周骏鸣，政治部副主任唐亮。下辖：华东军政大学，校长张云逸（兼），副校长余立金、刘清明；警备旅；
后备兵团，司令员林维先，副司令员戴心宽、王彬，副政治委员龙潜，参谋长李学勤，政治部主任汪少川，辖第1、第2、第3、第4师。山东军区，司令员张云逸（兼），政治委员康生，第一副司令员许世友、第二副司令员兼参谋长袁也烈，第一副政治委员傅秋涛，第二副政治委员向明，政治部主任王集成，辖第32军（由胶东军区部队组成），军长谭希林，政治委员彭林，辖第94、第95师；昌潍特区，司令员刘德胜，政治委员王众音；济南警备区，司令员廖谷标，政治委员刘顺元；徐州警备区，司令员张光中，政治委员张北华；
胶东军区，司令员贾若瑜，政治委员赖可可，辖警备第4、第5旅，东海、西海、北海、南海、滨北等军分区；渤海军区，司令员覃士冕，政治委员张晔，辖沧南、泺北、清河、垦利等军分区；鲁中南军区，司令员钱钧，政治委员高克亭，辖泰山、沂蒙、沂山、尼山、台枣、滨海、泰西等军分区。苏北军区，司令员张震东，政治委员肖望东，辖警备第9旅，泰州、扬州、南通、盐城、淮阴等军分区。苏南军区，司令员管文蔚，政治委员陈丕显，辖警备第6、第7、第8旅。皖北军区，司令员兼政治委员曾希圣，辖警备第1、第2旅，滁县、宿县、巢湖、安庆、六安、阜阳等军分区。
东北军区，司令员兼政治委员林彪，第一副司令员兼副政治委员高岗，副司令员吕正操、周保中、萧劲光，第一副政治委员罗荣桓，副政治委员陈云、李富春，参谋长刘亚楼、伍修权、陈奇涵，政治部主任谭政，政治部副主任周桓。下辖：军政大学，副校长倪志亮，副政治委员吴溉之；航空学校，校长刘亚楼（兼），政治委员吴溉之（兼）；工兵学校，校长冯志湘，政治委员李雪炎；
朱瑞炮校，校长贾陶；第50军（由辽沈战役起义的曾泽生部改编），军长曾泽生，政治委员徐文烈，辖第148、第149、第150、第167师；辽宁军区，司令员边章伍，政治委员张秀山；辽北军区，司令员彭嘉庆，政治委员郭峰；安东军区，司令员程世才，政治委员江华；热河军区，副司令员舒行；锦州军区，副司令员朱军；内蒙古军区，司令员兼政治委员云泽（乌兰夫），辖骑兵第1、第2、第10、第11、第16师；合江、吉林、嫩江、龙江等军事部；
第163、第164、第165、第166师；整训第1、第2、第3、第4、第5、第6师；警卫师。
华北军区，司令员聂荣臻，政治委员薄一波，副司令员徐向前、滕代远、萧克，参谋长赵尔陆（4月，萧克、赵尔陆调离华北军区到第四野战军工作，由唐延杰接任参谋长），政治部主任罗瑞卿，副参谋长王世英，政治部副主任蔡树藩。下辖：军政大学，校长兼政治委员叶剑英，副校长萧克，副政治委员朱良才；炮兵第3、第4师；补训兵团，司令员兼政治委员曾涌泉，副司令员兼参谋长叶楚平，辖第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9旅；第69军（由第7纵队改称）军长周彪，政治委员漆远渥，辖第205、第206、第207师；第70军（由第14纵队改称），政治委员甘渭汉，辖第209、第210师；晋中军区，司令员兼政治委员罗贵波，辖独立第4、第5、第6旅，五台、交城、太谷等军分区；
冀中军区，司令员孙毅，政治委员林铁，辖俘训旅，津南、保定、平南等军分区；
冀东军区，司令员潘峰，政治委员吴德，辖第12军分区；
冀南军区，司令员王光华，政治委员马国瑞，辖临清、夏津、邯郸、南宫、衡水等军分区；
太行军区，副司令员赵辉楼，副政治委员冷楚，辖独立第7旅，邢台、左权、长治、焦作、漳卫、武安等军分区；
冀鲁豫军区，司令员赵健民，政治委员潘复生，辖独立第2旅，临河、湖西、豫北、鲁西南、运东、运西、直南、濮范等军分区；
太岳军区，司令员曹普，政治委员顾大川，辖岳南、王屋等军分区；
察哈尔军区，司令员王平，政治委员杨耕田，辖俘训旅，雁北、平西、建平、易水、察南、察北、冀察等军分区。
在整编中，全军统一了编制，调整了武器装备，充实了各级领导干部，补充了大量兵员，全军总兵力达400万人，使人民解放军的正规化建设向前迈进了一大步，为向全国进军做好了组织上的准备，创造了有利条件。
活动于南方各省几支较大的游击武装也遵照中央军委的命令，于1949年1月先后进行了整编，组成中国人民解放军游击纵队，即：琼崖纵队，司令员兼政治委员冯白驹，下辖第1、第3、第5总队和独立总队；粤赣湘边纵队，司令员兼政治委员林平，下辖东江第1、笫2、第3支队，北江第1、第2支队，湘南支队，赣南支队；闽粤赣边纵队，司令员刘永生，政治委员魏金水，下辖第1、第2、第4、第7、第8支队；桂滇黔边纵队，司令员庄田，政治委员周楠，下辖第1、第2、第3支队，罗盘、滇东南、左江等指挥部；闽浙赣边纵队，司令员兼政治委员曾生，下辖第1、第2、第3支队、闽中支队、浙南第3支队，闽北、闽西北、闽浙边、浙南游击部队等。
进行政治整训，做好进军的思想准备战略决战胜利后，全军大部分指战员已认识到国民党政权的覆殁已为期不远，中国革命即将取得全国的胜利。因而对革命前途充满了必胜的信心，士气更加高涨，保持了高昂的战斗意志；对国民党统治集团所玩弄的“和平”伎俩，由于大多数指战员，尤其是各级指挥员经历了抗战胜利后的第一次和谈，认清了国民党统治集团的真面目，不相信他们会放下屠刀，立地成佛，因而保持着高度的革命警惕，抗战胜利后及全面内战爆发初期存在的和平幻想和对胜利缺乏信心的情况，已经不存在了。
广大指战员纷纷表示，一定要为解放全中国继续战斗，为人民再立新功。但是，在急剧变化的形势面前，特别是在整编过程中部队补充了大量的解放战士和翻身农民，部队成分发生了较大的变化，使得部队中也出现了与形势发展不相适应的思想倾向。
一是有相当一部分干部和老战士存在轻视国民党军的思想，认为在敌强我弱的形势下，解放军都能不断取得胜利，现在解放军无论在质量上和数量上都比国民党军占有明显优势，国民党军的主力已经被消灭，剩下的残兵败将不堪一击，只要解放军一过江，国民党军就会不打自垮，只有举手投降。因此，对领导上关于做好充分准备，抓好练兵工作的指示漠然处之，说：“这是什么时候，还要练兵？”“我们在整训，敌人在加强工事，这样真不合算”，缺乏继续进行艰苦作战的思想准备。
二是有些人特别是解放战士和新入伍的新战士，对进军的困难和美帝国主义进行武装干涉的可能性估计过高，觉得国民党军还有海空军，还有美国的支持，到南方作战人生地不熟，生活不习惯，甚至认为，解放军一过江，与美国的矛盾一定激化，美国会出兵帮助国民党政府，直接同解放军作战，或在华北、东北沿海登陆，进攻解放区，甚至会扔原子弹，爆发第三次世界大战等。
三是有少数人对和平谈判抱有不切实际的幻想，认为国民党政府被解放军打痛了，它们真的要和平了；有人还说，不管怎样，和了就好，和平了可以回家，从而产生了松一口气的思想。
四是有少数人产生了右倾情绪，他们眼看解放战争就要在全国胜利了，害怕在这时牺牲了太可惜，过不上幸福生活，因而希望在作战中担任第二梯队，缺乏争当突击队的精神。
五是相当一部分人的家乡地域观念又有所滋长，不愿离开家乡到南方作战和工作，有的人说“过江虽好，但离家太远了，不能回家”，“在江北怎样都行，我就不订过江的计划”；有的江南籍的指战员，虽然希望早日过江，但也只是认为过江后可以回家。
六是在少数人中开始滋长居功骄傲、不思进取，贪图享受、不愿再过艰苦生活的情绪，有的开始争地位、要待遇、闹离婚；还有的要求转业地方，调到军管会等条件好的单位工作，不愿继续留在作战部队工作。在上述思想和情绪的支配下，部队中的不良风气有所抬头，以至发生离队逃亡现象。同时，由于长期以来各战略区、各部队多分散独立作战，使部队中存在着程度不同的游击习气和无政府主义，对上级的命令、指示执行不够坚决；管理松懈，违反纪律现象时有发生；特别是由于解放军长期战斗生活在农村，对城市不了解，不懂城市政策，缺乏城市工作的经验，对今后接收和管理城市存在不少模糊认识，只看到城市生活比农村好的一面，看不到城市工作的复杂性和艰巨性，等等。
上述思想和现象的产生和存在，既反映了一部分干部战士的思想还跟不上急剧变化的形势的发展，不能正确对待和处理革命利益和个人利益的关系的一面；也有对形势任务了解不够，对长江以南地区的情况不熟悉的一面。这些思想问题和不良倾向不解决，将严重影响和妨碍向全国进军任务的完成。为了纠正和克服不正确的思想和不良倾向，保证进军任务的胜利完成，三大战役结束后，各野战军结合整编，进行了以将革命进行到底为主要内容的政治教育。
各野战军、各大军区相继召开了中国共产党的代表会议、前委扩大会议和高级干部会议等，传达和学习1月8日中共中央政治局会议决议和毛泽东在中共中央七届二中全会上的讲话，以及《将革命进行到底》、《把军队变为工作队》等文章和指示，并结合各自的实际，作出了相应的决议，提出了今后的具体任务。第一野战军党代表会议决议中提出，今后必须继续坚持普及和发展新式整军方针，提高部队战斗力；
必须认真协助地方党政做好新区的群众工作，建设好新区的城市与乡村；
必须大量培养干部，加强营团以上干部的马列主义与毛泽东思想的学习，克服经验主义的思想方法与肃清官僚主义的领导作风；
必须确定健全党委制度，扩大与健全党内正常的民主生活；