4月1日，国共两党和平谈判正式开始，双方代表进行了广泛的商谈，主要就战犯问题和解放军渡江交换意见，中共代表明确表示，在和谈期间，人民解放军暂不渡江，但和谈后，谈成，解放军要渡江，谈不成，也要渡江，长江在历史上也从来没有阻止过中国的统一。
4月4日，毛泽东为新华社撰写了《南京政府向何处去》的评论，指出：“两条路摆在南京国民党政府及其军政人员的面前：
一条是向蒋介石战犯集团及其主人美国帝国主义靠拢，这就是继续与人民为敌，而在人民解放战争中和蒋介石战犯集团同归于尽；
一条是向人民靠拢，这就是与蒋介石战犯集团和美国帝国主义决裂，而在人民解放战争中立功赎罪，以求得人民的宽恕和谅解。第三条路是没有的。”
如果南京政府真有愿意接受中国共产党的八项条件以为谈判的基础的诚意，“就应当以处理南京惨案为起点，逮捕并严惩主凶蒋介石、汤恩伯、张耀明，逮捕并严惩在南京上海的特务暴徒，逮捕并严惩那些坚决反对和平、积极破坏和谈、积极准备抵抗人民解放军向长江以南推进的反革命首要。”评论正告南京政府，不要失掉这个机会，因为无论南京政府签订接受八项条件的协定也好，不签订这个协定也好，人民解放军总是要前进的，人民解放军就要向江南进军了。
国共双方和谈代表团经过半个月的协商，4月15日，中共代表团在尽可能地采纳南京政府代表团提出的意见之后，提出8条24款的《国内和平协定（最后修正案）》，并宣布4月20日为最后签字日。在此期间，中央军委要求人民解放军要提高警惕，做好战斗准备，一旦谈判破裂，立即实行战斗渡江，向全国进军。4月20日，南京国民党政府最后拒绝在协定上签字，21日，中国人民革命军事委员会主席毛泽东、中国人民解放军总司令朱德发布《向全国进军的命令》，指出：由中国共产党的代表团和国民党政府的代表团经过长时间的谈判所拟定的国内和平协定，已被南京国民党政府所拒绝。南京国民党政府的负责人之所以拒绝这个国内和平协定，是因为他们仍然服从美国帝国主义和蒋介石的命令，企图阻止中国人民解放事业，阻止用和平方法解决国内问题。在这种情况下，我们命令人民解放军：
奋勇前进，坚决、彻底、干净、全部地歼灭一切敢于抵抗的国民党反动派，解放全国人民，保卫中国领土主权的独立和完整。
奋勇前进，逮捕一切怙恶不悛的战争罪犯。不管他们逃到何处，均须缉拿归案依法惩办。
向任何国民党地方政府和地方军事集团宣布国内和平协定的最后修正案。对于凡愿停止战争、用和平方法解决问题者，你们即可照此最后修正案的大意和他们签订地方性的协定。
在人民解放军包围南京之后，如果南京李宗仁政府尚未逃散，并愿意于国内和平协定上签字，我们愿意再给该政府以签字的机会。
遵照上述命令，人民解放军开始向江南广大地区和西北的伟大进军。美国政府和国民党的“划江而治”，阻止中国革命前进的企图终于破产。
人民解放军向全国进军的任务、部署和方针根据战争形势的发展，中共中央和中央军委规定了1949年人民解放军的任务。首先，要树立永远是战斗队的思想，解放全中国。毛泽东指出：“人民解放军永远是一个战斗队。就是在全国胜利以后，在国内没有消灭阶级和世界上存在着帝国主义制度的历史时期内，我们的军队还是一个战斗队。对于这一点不能有任何的误解和动摇。”要求人民解放军在“平津、淮海、太原、大同诸役以后，几个大的野战军必须休整至少两个月，完成渡江南进的诸项准备工作。然后，有步骤地稳健地向南方进军。”“一九四九年夏秋冬三季，我们应当争取占领湘、鄂、赣、苏、皖、浙、闽、陕、甘等省的大部，其中有些省则是全部。”
其次，人民解放军在向全国进军过程中，要执行工作队的任务，建设新区。毛泽东指出：人民解放军“不但是一个战斗队，而且主要地是一个工作队，”“随着战斗的逐步地减少，工作队的作用就增加了，”将“军队变为工作队，现在已经要求我们这样提出任务了。如果现在我们还不提出此种任务，并下决心去做，我们就会犯极大的错误。”因此，军队干部应当全体学会接收城市和管理城市，必须学会在城市中向帝国主义、国民党、资产阶级作政治斗争、经济斗争和文化斗争，并向帝国主义者作外交斗争，善于领导工人和组织工会，善于动员和组织青年，善于团结和训练新区的干部，善于管理工业和商业，善于管理学校、报纸、通讯社和广播电台，善于处理外交事务。
善于处理各民主党派、人民团体的问题，善于调剂和乡村的关系，解决粮食、煤炭和其他必需品的问题，善于处理金融和财政问题。总之，过去军队干部和战士们所不熟悉的一切城市问题，今后均应全部负担在自己身上。
对乡村工作，也得从新学习，因为南方乡村完全是新区，和北方老区的工作根本不同。“我们必须把二百一十万野战军看成一个巨大的干部学校。”
第三，进一步加强军队建设。中共中央1月8日政治局会议的决议中指出：1949年必须使各野战军进一步地正规化，这主要地是加强炮兵和工兵，使用铁路、公路、和水路的近代运输工具，加强军队的组织性和纪律性，坚决克服现在还是相当严重地存在于军队中的某些无纪律的状态，并加强司令部的工作。必须使人民解放军的后方勤务工作的组织性和效率在可能和必需的基础上加强起来，调整或建立军火工业和其他军需工业，确立军械制度，统一规定各种供给标准，统一分配卫生和通讯器材，作好运输和仓库的前后分工，确定后方勤务组织与系统，以便有效地支援人民解放军向南方各省的大进军。必须使人民解放军的政治工作，在中央军委政治部的领导下，总结开展新式整军运动、建立和恢复党委制、革命军人委员会、连队党支部工作等方面的经验，并制订相应的条例或章程，成为一项制度，在全军普及。1949年及1950年，应当争取组成一支能够使用的空军，及一支保卫沿海沿江的海军。
中共中央在赋予人民解放军1949年任务的同时，还指出了到南方作战的有利条件和不利条件。有利条件是，国民党军队已经没有主力了，我们则有强大的军队；国民党的威信已经丧失，中国共产党则有极大威信；南方是曾经经过了1924年至1927年的革命和1927年以后数年的土地革命的区域；现在已经有了许多游击部队和游击队。不利条件是，最广大区域在国民党统治之下，中国共产党在那里的组织还不强大，那里的群众还没有发动，军队的给养在一个时期内将遇到许多困难，大城市夺取容易，但掌握它较北方诸城要困难得多。中共中央要求，必须将上述有利条件和不利条件向准备到南方去的全体干部和战士讲清楚，使他们有充分的精神准备，好好地利用有利条件去克服不利条件，争取全国的胜利。
中共中央、中央军委还提出了人民解放军在向全国进军过程中必须采取的方针。毛泽东在七届二中全会的报告中指出：今后解决100多万国民党军作战部队，不外天津、北平、绥远三种。但“用战斗去解决敌人，例如解决天津的敌人那样，仍然是我们首先必须注意和必须准备的。人民解放军的全体指挥员、战斗员，绝对不可以稍微松懈自己的战斗意志，任何松懈战斗意志的思想和轻敌的思想，都是错误的。”同时。也应该注意和学习运用北平方式和绥远方式去解决敌人。前者就是像对待北平傅作义部那样，迫使敌军用和平方法，迅速地彻底地按照人民解放军的制度改编为人民解放军。
后者就是像对待绥远的国民党军那样，有意地保存一部分国民党军队，让它原封不动，或者大体上不动，争取这部分军队在政治上站在我们方面，或者保持中立，以利我们集中力量首先解决国民党残余力量中的主要部分，在一个相当长的时间之后，再去按照人民解放军的制度将这部分军队改编为人民解放军。同时，根据中国共产党的工作重心由乡村移到了城市，开始由城市领导乡村的时期的情况，要求人民解放军在向南方进军过程中，先占城市，后占乡村。
中央军委还规定了人民解放军向全国进军过程中的政策，4月25日，毛泽东、朱德发布了《中国人民解放军布告》，提出了约法八章：保护全体人民的生命财产；保护民族工商农牧业；没收官僚资本；保护一切公私学校、医院、文化教育机关、体育场所，和其他一切公益事业；除怙恶不悛的战争罪犯和罪大恶极的反革命分子外，凡属国民党各级政府的大小官员，凡不持枪抵抗、不阴谋破坏者，人民解放军和人民政府一律不加俘虏，不加逮捕，不加侮辱；为着确保城乡治安、安定社会秩序的目的，一切散兵游勇，均应向当地人民解放军或人民政府投诚报到；有准备、有步骤地废除农村中的封建的土地所有权制度；保护外国侨民生命财产的安全。
中共中央、中央军委制定了向全国进军的部署。早在1948年12月中下旬，中央军委即开始酝酿研究这一问题。1948年12月12日，毛泽东在给刘伯承、陈毅、邓小平、粟裕、谭震林的电报中提出：在淮海战役结束后，华东野战军和中原野战军休整2个月（分为四期，每半月为一期），并大致准备好渡江作战所需诸件（雨衣、货币、炮弹、治疗药品、汽船）及初步完成政治动员。在江淮间现有诸敌未退至江南的条件下，两军协力以1个月至2个月时间举行江淮战役，歼灭江淮间诸敌，占领长江以北、淮河以南、平汉路以东、大海以西诸城镇，主要是安庆至南通一带诸城镇，控制长江北岸。
然后再以相当时间最后地完成渡江的诸项准备工作，大约在明年5月或6月举行渡江作战。华东、中原野战军协力经营东南，包括皖南、苏南、浙江、福建两省，江西省一部，并夺取芜湖、杭州、镇江、苏州、南京、上海、福州诸城。东北野战军在平津战役结束后，休整2个月，然后于5月沿平汉路南下，6、7月举行江汉战役，并完成渡江准备工作，8月渡江，第一步经营湖北南部、湖南全省及江西省一部，夺取武汉、岳阳、长沙、常德、宝庆、衡阳、郴州、九江、南昌、吉安、赣州；第二步夺取两广。
华北军区3个兵团在平津战役结束后，协力夺取太原，然后以第2、第3兵团夺取绥远、宁夏，与西北野战军会合；
第1兵团则早日与西北野战军会合，先肃清兰州、潼关线上及其以南、以北之国民党军，夺取潼关、西安、天水、汉中诸城，然后入川。毛泽东指出：上述计划是从军事上、政治上和经济上的许多考虑出发，采取稳扎稳打方针。24日，毛泽东又将上述电文发给林彪、罗荣桓，并明确指出：淮海、平津战役结束后，全军休整2至3个月，然后以中原、华东野战军出江南，东北野战军出湘鄂赣，西北野战军和华北军区3个兵团出陕甘川。或可考虑以华北军区3个兵团都出陕甘川，抑或以2个兵团出陕甘川，以1个兵团随东北野战军第一步出湘鄂赣，第二步出两广。
淮海战役结束后，中央军委于1月12日致电粟裕、陈土榘和邓小平、张际春，指出：华野、中野休整时间现定2个半月，由1月15日起至3月31日止，“每半月为一期，共为五期。望按此部署休整，并完成渡江作战诸项准备工作，待命出动。”1月31日，平津战役结束。2月12日、15日，中央军委致电彭德怀、贺龙、习仲勋和杨得志、罗瑞卿、杨成武、李井泉：华北军区3个兵团应争取于3月中旬解决太原、大同问题，然后休整1个月至1个半月，再以3个兵团或2个兵团向西安出动，会同西北野战军彻底解决胡宗南、马步芳、马鸿逵集团。3月17日，中央军委又发出指示，华东、中原野战军决于4月10日在湖口、芜湖、南京、镇江、上海之线及其以南地区发起渡江战役；东北野战军“所负攻击武汉及湘鄂赣三省国民党军之任务业已确定”，该野战军先头2个军应于2月25日以前出发，主力应于4月1日以前完成出发准备，4月1日至15日的半个月内，全军出发完毕，争取于5月31日全军到达南阳、信阳、固始之线及其以南地区，完成兵力展开。
5月23日，依据渡江战役的发展情况，中央军委确定了向全国进军的具体部署：第一野战军（原西北野战军）向西北进军，负责歼灭马步芳、马鸿逵等及胡宗南集团一部，解放并经营陕西、甘肃、宁夏、青海、新疆，争取在年底前占领兰州、宁夏、青海，年底或明年初准备分兵两路，一路由彭德怀率领位于西北，并于明春开始经营新疆，一路由贺龙率领入川，以便与二野协作解决贵州、四川、西康三省；第二野战军（原中原野战军）主力集结于皖南、赣东、浙西地区，待帝国主义武装干涉的可能性减少后，向西南进军，歼灭由秦岭退入四川的胡宗南集团主力及西南地方军阀部队，解放并经营四川、贵州、西康3省（后又加上云南共4省），争取在年底或年底前占领贵阳、重庆及长江上游一带；第三野战军（原华东野战军）向福建、浙江进军，负责经营山东、江苏、安徽、浙江、福建诸省，并且准备解放台湾；第四野战军（原东北野战军）向中南进军，歼灭白崇禧集团和余汉谋集团，解放并经营河南、湖北、湖南、江西、广东、广西等省，争取11月或12月底前占领两广。4月25日，中央军委决定：第18、第19兵团（原华北军区第1、第2兵团）改隶第一野战军建制，参加解放大西北的作战。
为了预防帝国主义可能的武装干涉，中央军委于5月28日发出指示：近日各帝国主义国家有联合干涉革命的某些象征，因此，“我们应当预筹对策，以期有备无患”。“对策的主要方面是，我各路野战军按照预定计划前进，歼灭国民党残余力量，使各国帝国主义在中国大陆上完全丧失他们的走狗。第二方面是，力求经济上的自足自给，准备着海上被封锁时，我们仍然有办法。在这方面，团结民族资产阶级及知识分子，站在我们方面极为重要。第三方面是，在华北、华东部署充分兵力，以防美国海军协同国民党海陆军向我后方的袭击和扰乱。”为此，除以第二野战军位浙赣路沿线休整，准备协同第三野战军对付可能对宁、沪进犯的帝国主义武装；以第20兵团（原华北军区第3兵团）及第四野战军炮兵主力，在秦皇岛、塘沽布防，第19兵团在会合第18兵团和第一野战军主力歼灭胡宗南、马步芳集团在陕甘边境的主力后，留在宝鸡、凤翔地区待机，准备增援华北；第三野战军以1个军附必要数量的炮兵开青岛附近，待命夺取青岛，尔后任青岛守卫，并应加强吴淞、江阴地区的炮台设施；第四野战军以1个军位于河南，平时担任剿匪，有事增援华北。