《纲要》强调指出：“只要我军渡江成功，无论敌人采取何种处置，战局的发展均将发生于我有利之变化，并可能演成敌人全部混乱的局面。”据此，《纲要》规定，如汤恩伯集团实行第1方案，则应集结第三野战军4个兵团的主力，甚至全力于宁沪线上的决战方面，而以第二野战军之1个兵团进至衢州及其以北以西地区，截断浙赣线。第二野战军主力应沿江东下担任攻占芜湖及准备攻取南京之任务。如汤恩伯集团实行第2方案，则可改以第二野战军主力出浙赣线，其余同第1方案。如汤恩伯集团实行第3方案，则以第二野战军一部接替南京警备，主力解决浙赣线之国民党军，第三野战军全力负责解决上海、杭州、无锡地带之国民党军。如汤恩伯集团实行第4方案，则以第二野战军解决南京，第三野战军解决上海、杭州。在整个作战步骤上，宜将上海放在最后解决较为有利；如国民党军完全混乱，则依实际情况临机处置。
《纲要》着重指出，战役的准备，应以能够应付上述第1、第2两种情况为出发点，要充分估计到东线集团渡江成功后，可能遇到严重的战斗，因此，西线集团应给以及时有力的支援。“无论敌人采取何种处置，情况发生何种变化，西线之三野第七、第九两个兵团，除留必需兵力协同二野歼灭当面之敌外，主力应与东线三野之第八、第十两兵团实行东西对进，力求迅速会合。此着成功，既可使东线兵团不致孤立，使东线主力作战有必胜之把握，又可做到打乱敌人作战体系，达成割裂包围敌人之目的。故此着实为全战役之关键。”
《纲要》预定将战役分为3个阶段进行。第1阶段，达成渡江任务，实行战役展开；第2阶段，达成割裂和包围国民党军之任务，并确实控制浙赣线一段，切断国民党军的退路；第3阶段，分别歼灭包围的国民党军，完成全战役。
《纲要》确定第1阶段的作战部署是：以第三野战军第8、第10兵团共8个军、3个独立旅35万人，由野战军副司令员兼第副政治委员粟裕、参谋长张震指挥，组成东突击集团。其中以第8兵团指挥之第34、第35军以积极佯攻的手段，吸引和牵制浦口、浦镇地区的国民党军，并伺机渡江。主力6个军由三江营、口岸、京口段及张黄港至龙稍港段渡江。成功后，以一部兵力歼灭当面守军，主力迅速向宁沪铁路挺进，控制该路一段，力求先立稳脚跟，调整态势，巩固阵地，巩固后方联络线。然后扩张战果、对国民党军作有后方的，有秩序的进攻。如条件许可，应派部队向西发展，截断宁杭公路，如国民党军进攻，则求得在野战中逐予以歼灭。如力量不足，则继续巩固阵地，以待中突击集团赶到后歼灭之。
以第三野战军第7、第9兵团7个军共30万人，组成中突破集团，由野战军第1副政治委员谭震林指挥，由裕溪口至姚沟至由姚沟至枞阳镇（不含）段渡江。成功后，以足够兵力歼灭当面守军，并监视芜湖守军，主力迅速东进，与东集团会合，截断宁杭公路，完成对宁、沪、杭地区国民党军的割裂包围，尔后会同东集团歼灭宁、镇地区之国民党军。
为求得中、东集团行动上的协调，迅速合围宁、镇地区守军，中、东集团归粟裕、张震统一指挥。
以第二野战军第3、第4、第5兵团9个军及地方部队共35万人，组成西突击集团，由野战军司令员刘伯承、副政治委员张际春、参谋长李达指挥，由枞阳镇（含）至望江段渡江。成功后，以一部歼灭当面守军外，以1个兵团以最快速度迅速挺进至浙赣线衢州及其以西、以北地区，确实控制浙赣铁路一段及屯溪南北公路，切断国民党军退路。主力则应迅速东进接替第三野战军留置部队的任务，歼灭芜湖地区守军，并准备参加攻取南京的作战。
《纲要》最后要求：各部队于渡江成功后，应派队接引左右友邻兵团渡江，各部队应与友邻部队切取联络，互通情报，密切配合，并积极主动地支援友邻作战。为将国民党军的注意力吸引到芜湖地区，有利于东、西集团渡江，以及估计到东集团在渡江后可能遇到严重的战斗，总前委随后又决定中集团较东、西集团提前一天渡江，以便能尽快有力地支援东集团作战。
4月1日，总前委书记邓小平和陈毅率新组成的精干指挥部去合肥东南的瑶岗村，统筹全局，指挥整个渡江作战。4月3日，中央军委复电，同意《京沪杭战役实施纲要》。
4月17日，总前委根据皖南地区的道路和粮食情况，为便于部队展开就粮和避免过分拥挤，对第二野战军渡江后的部署作了一些调整，以2个兵团并肩直出浙赣线，1个兵团沿江东进，首先接替第三野战军一部监视包围芜湖地区的任务，尔后准备参加攻取南京的作战。18日，中央军委同意上述调整。根据总前委总的部署，第二、第三野战军结合自己和当面守军的情况，进行了认真的研究，制定了具体的作战计划。
第二野战军的作战计划第二野战军首长认为，该野战军渡江地段为汤恩伯集团和白崇禧集团的结合部，当面守军第8兵团刘汝明部仅3个军7个师4万余人，战斗力较弱，因此决定以3个兵团并列在贵池至马当间宽约100公里的正面，同时实施渡江，将重点置于安庆东西地区，并于4月8日和4月17日相继向中央军委和总前委报告了实施渡江作战的具体安排：
以第3兵团司令员陈锡联、政治委员谢富治指挥第10、第11、第12军。除以第10军以佯攻手段包围安庆守军，并封锁安庆及其东西江面，掩护主力渡江外，主力第11、第12军由安庆以东至枞阳镇段渡江。登陆后以一部兵力巩固滩头阵地，第11军向殷家汇、灌口、吴田铺地区攻击前进，攻占该地区，并以一部经唐田镇出张溪接应第5兵团渡江；第12军向贵池以南前进，接替第7兵团监视并歼灭贵池地区守军的任务。尔后第11军经钓鱼台、黟县、休宁向屯溪攻击前进，割裂、包围并伺机歼灭歙县、屯溪守军。第12军经青阳、石埭、太平向歙县攻击前进，并以一部进击绩溪县城，截断徽杭公路。
第4兵团司令员兼政治委员陈赓指挥第13、第14、第15军，由望江至马当段渡江。其中第13军附第14军第41师和第15军为第一梯队，第14军主力为第二梯队。登陆后沿江东进，接替第9兵团监视芜湖守军任务，并准备参加夺取南京的作战。
第5兵团司令员杨勇、政治委员苏振华指挥第16、第17、第18军，由安庆以西至望江段渡江。其中第16军为第一梯队，第17、第18军为第二梯队。突击登陆后，以一部兵力控制滩头阵地，主力包围并相机歼灭东流、至德两地守军，接应第4兵团渡江。尔后沿浮梁、婺源、景德镇向浙赣线攻击前进，控制衢县、江山段铁路和衢县、歙县段公路，切断守军退路。
第四野战军先遣兵团第40、第43军和江汉、桐柏、鄂豫军区部队，共20万人，由萧劲光统一指挥，第一步先遣兵团进至广水、河口、黄安、中馆驿一线及其以北地区集结待机；江汉、桐柏、鄂豫军区部队进至应城地区集结待机。第二步在第二、第三野战军渡江时，分别进至武汉以东、以北地区积极活动，牵制白崇禧集团，策应第二野战军渡江。
三、渡江作战的准备
渡江作战前，总的形势对人民解放军已十分有利，但要突破有几十万国民党军防守的长江天险，还存在着很大的困难。不仅没有现代化的航渡工具，就连木船也极端缺乏，更缺乏熟悉长江风浪、善于掌帆把舵的船工和水手；北方籍战士不懂水性，缺少水上作战的经历；领导干部缺乏组织指挥大兵团大规模强渡江河的经验；没有海空军的掩护；部队中还存在着一些不正确的思想和顾虑，对渡江作战缺乏足够的决心和信心；长江北岸地区大多是新解放区，群众尚未充分发动，后方补给线长，船只、船工的征集均有很大困难。这些困难和思想问题不解决，将无法完成渡江作战的任务。因此，中央军委和总前委一再要求参战各部队，要认真做好渡江作战的准备工作，解决和克服存在的各种困难，消除干部战士的思想顾虑，夺取渡江作战的胜利。参战各部队在总前委和第二、第三野战军前委的统一部署下，认真进行了渡江作战的各项准备。
1948年初，为了执行中央军委关于由粟裕率3个纵队渡江南进的任务，华东野战军派出1个加强营和200余名干部前往皖南，中原局也派出一批干部到安徽的含山、和县、巢湖地区开展工作。
5月，华东野战军又派出由10个营组成的先遣纵队和部分地方干部南下，在长江边发动群众，进行调查研究，详细调查长江的渡口、水文以及相连的湖河港汊情况，绘制了地图。与此同时，还请东北军区代购了一些引擎，将木船改装成机帆船。上述工作，为做好大规模渡江作战的准备工作打下了初步的基础，提供了经验。
淮海战役结束后，参战各部队正式开始进行渡江作战的全面准备。
1949年2月底3月初，第二、第三野战军休整结束，先后由河南的漯河、沈丘，安徽的阜阳和江苏的徐州、海州地区南下。第二野战军领导机关进至安徽舒城，尔后又进至桐城；第3兵团进至安庆、望江地区；第4兵团进至太湖、宿松地区；第5兵团进至桐城地区。第三野战军领导机关进至江苏泰州以南的白马庙；第7兵团进至安徽的庐江地区；第9兵团进至无为、含山地区；第8兵团进至江苏扬州、仪征地区；第10兵团进至泰兴、靖江地区。
各部队进至长江边后，除以少数兵力监视当面守军外，集中力量从各方面全面地进行渡江作战的直接准备。
进行政治思想动员，树立必胜信念经过休整期间的政治整训，广大指战员初步树立了将革命进行到底的思想。但是，由于时间短，工作繁多，教育还不够深入，渡江作战任务下达后，在干部战士中产生了一些错误的思想和顾虑。一方面，一部分人只看到渡江作战的有利条件，认为“长江很长，敌人兵力分散”，“各路一齐过，敌人防不胜防”，“我们一占领南京，蒋介石就完蛋了”。有的人存在着侥幸心理，说：“人家能过我也能过”，等等。国共两党开始和平谈判后，部队中又产生了“和平渡江”，“和平接收江南”的思想，因而产生了盲目乐观、麻痹松懈的情绪，缺乏克服困难、继续进行艰苦作战的思想准备。另一方面，一部分人过分强调和估计渡江作战的困难，担心过不了江，对渡江作战缺乏足够的信心。他们认为：“江南好打，长江难过”，“敌人有飞机、兵舰、水雷封锁”，“江宽不能搭浮桥，乘木船又上有飞机，下有敌人的军舰大炮”。广大北方籍战土对长江和渡江作战存有恐惧心理，怕渡江“途中晕船”，怕“迷失方向”，怕“船到江心被打中漏水沉掉”，“怕水上队伍混乱，掌握困难”，怕“船未靠岸敌人发觉突然开火”，怕“对岸沙滩陷脚”登不上岸，等等。有的甚至传说什么“江猪会吃人，能把船撞翻”，“兵舰能把长江划成一条深沟”。部队由休整地到达长江边后，在一部分干部战士中又产生了一些新的思想问题，有些家在北方的指战员感到渡江后，越走离家越远，担心回不了家，通信不方面，顾虑到江南后，“饭也吃不惯，话也听不懂”，“江南山多水多打仗不习惯”。有的甚至以讹传讹地渲染江南生活上的困难，如说南方“天气热得喘不过气”，“吃南方大米要拉肚子”，“江南蚊子大得能咬死人”，“三个蚊子可以炒一盘菜”，等等。有些人则认为，江南地方好，生活好，大城市多，到江南后可以逛大城市，住洋房。
有些家在江南的战士则认为，渡长江后离家近了，可以回家了，存在着急于渡江，准备还乡的情绪。上述思想问题，虽是一些干部战士不能正确对待个人利益的反映，但主要原因还是由于他们不了解敌我双方的情况，不了解长江水情和渡江作战存在的困难而引起的。针对上述思想问题，总前委和第二、第三野战军前委在具体解决渡江作战的困难的同时，从提高广大指战员的思想觉悟入手，围绕着增强和坚定夺取渡江作战胜利的决心和信心这个中心，开展强有力的政治思想工作。
首先，教育干部战士树立战斗渡江的思想，坚定夺取渡江作战胜利的决心。针对一部分干部战士中存在的“和平渡江”、“和平接收”的思想和盲目乐观、麻痹松懈，缺乏继续进行艰苦作战思想准备的情绪，中央军委和总前委一方面向部队指战员指明，在国共两党举行和平谈判的情况下，如果和谈成功，解放军即可实行和平渡江，用“北平方式”接管江南广大地区和南京、上海等城市。要求部队要有这方面的思想准备。另一方面又反复强调，如果和谈破裂，解放军将实行战斗渡江，用“天津方式”解决江南国民党军。全军指战员的立足点应放在这一点上，要有艰苦作战的思想准备，各项准备工作应立足于战斗渡江上。特别是在国共两党和谈开始后，解放军数度推迟发起渡江作战的时间，中央军委于4月11、16日先后指示总前委：“我方立脚点，必须放在对方反悔上面，必须假定对方签字后不公布，或公布后不执行。”
“你们的立脚点应放在谈判破裂用战斗方法渡江上面”。根据中央军委的指示，总前委于4月12日指示第二、第三野战军前委和各兵团党委：我军推迟渡江，完全是政治上和军事上所必须采取的部署，在此期间内，为了防止松懈战斗意志和迷失方向，必须在部队中进行充分教育，说明下列诸点：和平谈判颇有进展，有可能在最近签订协定，此种协定实际上就是国民党的投降，故于全局和人民有利；我们渡江，应站在政治上最有利地位的基础上进行渡江，就是说如果谈判破裂，责任在对方，如果协定签字后对方不实行或拖延执行时间，其责任亦在对方；我们在谈判结束之后渡江，则是理直气壮，而且当我们在政治上做到这一步时，敌人内部将更加瓦解混乱，好战分子将更加孤立，不仅争取了主和派，还可能分化一部分主战派；全国人民必更拥护我们，届时无论和平渡江或者战斗渡江都更有利；要估计到现在国民党军队大部分掌握在蒋介石死党手里，即使签字了协定，他们都还有继续抵抗的可能；所以我们一切应从战斗渡江出发，而且因为国民党必然利用此时间加强其沿江军事准备，故我们亦应利用此时间更充分地进行军事准备；如果放松了自己的战斗准备，那不仅是错误的，而且是危险的；在延长渡江的时间内，中心工作仍应放在加强战斗准备上。