书院是我国古代所特有的一种非正式的教育机构。由私人、官吏或宗教寺观创办、管理。一般选址在山林名胜之地，请名流学者、地方官吏讲学。我国著名的古书院有湖南长沙岳麓书院、江西庐山白鹿洞书院、河南登封嵩阳书院、河南商丘睢阳书院、湖南衡阳石鼓书院等。书院采用自习、相互讨论、聘师讲解相结合等较自由的学习方法，以研习儒家经籍为主，间亦议论政治、时事。对学术思想发展有一定的影响。山长或由地方官礼聘，也有由地方公众推举的，往往要求有较高的学识和较好的德行，其待遇一般也很高。
卦山书院重建于清康熙四十五年（1706年），但早在明代时已有书院活动的事迹。它建在天宁寺前的卧龙岗上，四周翠柏环绕，十分幽静。晚唐时期，这里曾是李商隐岳父、忠武军节度使王茂元的别墅。院落略向西南，院分三进。院前有二柱一楼式牌楼，建于清嘉庆十八年（1813年），上书“卦山书院”四个金色大字，字迹端庄，系清嘉庆间交城知县岭南王鸿文所书。牌楼前为“回音阶”37步，游人拾级而上，则步履铿锵，宛作金玉之声。前院作庭园式格局，三面花栏短墙，右有月门、左有六角攒尖碑亭，亭柱各用整块巨石凿就，十分古朴。亭内立《卦山书院记》碑，碑石晶莹光润，选材精良。碑建于清康熙四十七年（1708年），由“提督山西等处学政，翰林院侍读，西陵邹士璁”撰文，邑人白振新书丹，碑文大意讲书院创建始末及知县洪璟治交德政。
中院前有门楼，有清代文人李配兰题额“浮岚”。中院两翼为斋舍，旧时是学员自习场所，也作食宿、生活用房。左右各三间，硬山顶。讲堂是整个书院的中心建筑，处于中后院之间的中轴线上，面阔五间，歇山顶，正面檐下悬“圣协时中”横匾，是道光皇帝于道光元年（1821年）御笔题书。语出《中庸》：“君子之中庸也，君子而时中。”意为孔子的“中庸之道”，学术思想协和万邦，凡事处置得体，恰如其分。
讲堂明间前后开门，做成“过厅”式样，直通后院藏书室。
1938年2月26日，日本侵略军对卦山名胜古迹进行疯狂“扫荡”，卦山书院后院部分被纵火焚毁。1989年后陆续重建，恢复清代古建原状，至2000年全部完工。
清咸丰七年（1857年）左右，山西定襄人梁述孔担任卦山书院院长（乾隆三十年前称山长）。梁述孔，字彭孙，道光十六年（1836年）中进士，以分发贵州即用知县改任蒲州府教授，其后受聘卦山书院多年，作品有《如婴斋文抄》一卷。梁述孔任院长其间，当时主讲平遥超山书院的我国近代著名地理学家、鸦片战争中爱国主义者徐继畲来游卦山，造访乡亲梁述孔，宿卦山书院，并留下珍贵诗篇。
徐继畲（1795—1873年），字健男，号松龛，山西五台县东冶镇人，清嘉庆十八年（1813年）乡试第四名举人，道光六年（1826年）进士及第，朝考第一名。历官翰林院编修、陕西道监察御史、福建汀漳龙道台、广东按察使、福建布政使、福建巡抚等职。咸丰六年（1856年），应聘在山西平遥超山书院主讲，时间长达10年。此间，他游历卦山，并与梁述孔有唱和诗作。他的巨著《瀛环志略》，介绍了世界各国的历史、地理状况，较客观地评介外部世界，因而在晚清社会中影响较广，国内多次重版，日本国也再三翻印，对中日近代维新思想有重要的启蒙作用。
魏晋南北朝，读书山林的风气很浓，“竹林七贤”便是典型。嵇康、阮籍、山涛、向秀、刘伶、阮咸、王戎，常在山中徜徉、宴集、咏唱，“或闭门读书，累月不出；或登山临水，终日忘归”（《晋书·阮籍传》）。唐人读书山林的风气更盛。唐耕望先生曾详细考证了终南山、华山、嵩山、中条山、太行山、泰山、庐山、衡山、罗浮山、九华山、慧山及长安、蜀中、淮南、浙东、浙西、会稽、敦煌等地读书山林的状况，论证了“书院制度乃由士人读书山林之风尚演进而来”（《唐人习业山林寺院之风尚》）的观点。
山林的优美宁静还有利于净化心灵，陶冶情操。“立朝为讲官谏臣，退处则乡党自好”，这是古代大多数士人的理想，理想于功成身退，退隐山林。古代士人酷爱山水，追求人性与自然的统一，对山水美的感受与愉悦常表现在精神上的感应与共鸣。在卦山天宁寺，为明代官吏胡体乾的读书处；在离石安国寺，有清朝名臣于成龙的“读书楼”等。交城知县赵吉士曾在《卢川书院记》中说：交城县“地僻而俗朴，士子徒守经书章句，少见闻讲习”。他每年都要带领县学诸生到玄中寺、天宁寺等佛教圣地、名胜古迹“课艺讲学”，强调学习课外知识。