第三阶段共同体着眼于环境保护，采取更为系统的预防措施控制化学物品。自1982年所谓的塞韦索（Seveso）指令（有关特定工业活动大型事故灾害的第82/501号指令）之后，化学物品立法进入了第三个阶段。塞韦索指令的目的是预防工业活动可能产生的重大事故，为此建立危险活动和大型事故申报制度。有关使用转基因生物的第90/219号指令的目的是对实验室和工业中转基因有机物（GMOs）适用国际认可的标准，为此建立转基因有机物申报制度。有关向环境中慎重扩散转基因有机物的第90/220号指令，规定对所有的转基因有机物、植物和动物进入环境的全部过程实行申报。1993年第793/93号条例规定对现有的化学物品进行风险评估。
第四个阶段着眼于国际贸易，共同体将有关化学物品控制的环境政策扩展到化学物品的国际贸易方面。①有关特定化学物品出口的第428/89号条例，要求8种用于开发和制造化学武器的化学产品应当事先获得出口许可；②有关特定危险化学物品进出口的第2455/92号条例。该条例取代了第1843/88号条例，对可能影响人类健康和环境的化学物品的进出口，在共同体内部建立事先许可（priority informed consent，PIC）制度，适用于条例所列举的24种化学物品和制剂。
如果要举出一个比较典型的化学物品法，上述第67/548号指令就很有代表性，长期发挥作用。它对成员国化学品的分类、包装和标签做出了规定。在已有危险物品的制造和进口方面，依照第67/548号指令，应根据它们的潜在危险予以分类、包装和标签，然后才可以在共同体内自由流动。在该指令的附录1中，列出了一些危险物质的名称、危险类别和标签，且标明了这些物质的危险期，以便人们采取安全防范措施。对于新生产的化学物质，不管在共同体内或共同体外生产，在投放市场前60天，应通报有关成员国主管机关。这个通报必须附有技术记录、化学物质的分类和标签申请表，以及安全日期申报单。技术记录必须包括这种物质的检测结果，至于检测次数和频率则要根据这种物质投放市场的数量而定。检测程序则已在第67/548号指令的附录5中予以规定。附录5列出了17种检测物理化学特性的方法，38种检测对人体的毒性的方法和12种检测（流体）生态毒性的方法。在申报之后，如果准备投放市场的物质又被发现对人体和环境有新的影响，那么报告人必须主动告知主管机关。第67/548号指令在所有成员国得到了执行。以后不同的二级指令对它的修改主要是为了在第67/548号指令的附录1的清单中添加新的物质，或者是一些由于技术进步而带来的必要调整。该指令至1998年共调整了25次，至今仍在欧盟的环境保护中发挥作用。
六、自然保护法
自然保护，特别是动植物种群保护，是欧洲环境法的重要方面，但与水法和空气法相比较，自然保护法的起步要晚一些。原因是在许多成员国的认识中，自然保护措施与经济目标没有什么直接联系。直到1979年，共同体才制定了一个有关野生物保护的指令（有关野生鸟类保护的第79/409号指令）。
欧洲共同体采取的自然保护措施主要涉及两个方面：
有关控制濒危物种的国际贸易，包括有关进口鲸鱼和其他鲸类产品共同规则的第348/81号条例；有关欧洲共同体执行1973年濒危野生动植物国际贸易公约（CITES）的第3626/82号条例；签署有关大西洋生物保护公约的第81/691号决定；有关禁止使用腿铗、向共同体进口腿铗和使用不符合国际人道猎获标准的腿铗方法猎捕的动物皮革及其制品的第3254/91号条例；有关成员国进口特定海洋动物皮革及其制品的第83/129号指令。
保护特定动植物和栖息地，包括：有关保护野生鸟类的第79/409号指令；有关保护森林不受空气污染破坏的第3528/86号条例；有关试验及用于其他目的动物法律的第86/609号指令；签署有关保护欧洲野生物和自然栖息地公约的第82/72号决定；有关自然和半自然栖息地和野生动植物种群的第92/43号指令，为保护、恢复指令附件列举的和属于欧洲专门保护区生态网络的自然栖息地动植物种群，指令规定了一系列措施，要求在2000年以前建立综合性的区域和保护制度，总称为“自然2000”（Natura 2000）。指令制定的原因是共同体成员国没有有效执行有关的国际条约，导致西欧的物种逐步灭绝。按照指令规定，成员国出于重要的经济原因，可以在栖息地采取经济措施。
七、公众保护和环境事故
该领域的法令目的是保护人体健康，使人、环境、财产在环境和技术灾难中得到更好的保护。达成这些目的则必须采取综合性的措施，因此其法令的内容也包括了各种手段，整合了其他部门法令。
1.公众保护机制
2001年10月立法建立的共同体公众保护机制包括援助干预机制和紧急事件预警。该机制支持和促进突发事件服务的流动性，以满足遭受灾害的国家的紧急需要。它通过规定成员国和委员会的义务并通过建立某些诸如监控和信息中心之类的实体及程序，推动援助干预系统的协调。覆盖的紧急情况包括：自然的、技术的、放射性的或海洋污染突发事件之类的环境灾害等，不管这些发生在欧盟境内还是境外。这个机制基于以下一系列目标与行动：
编制一个在成员国可行的援助和干预工作队的清单；
建立一个针对这些工作队的培训计划；
针对干预介入的一些重要方面，创设专题研讨会、讲习班和示范项目；
建立评价和协调小组；
建立一个监控和信息中心及一个共同的沟通与信息系统。
本机制将形成紧急事件预警：预防化学品、核武器或生物袭击；整合应付不同领域紧急事件的各种资源，如公众保护、健康保护和科研方面的资源，以应对任何紧急事件。在人体健康保护方面，欧盟建立了流行病的监控和控制网络，包括了危险物质的重大事故。为此，欧盟在1996年修改了Seveso指令，标准更加严格。
欧盟委员会现任环境委员斯塔夫洛斯·迪马斯（Stavros Dimas）兼任这个机制的负责人。该机制由30个欧洲国家组成，帮助受害国。它的重要特征是预防。它预防设想可能出现的所有情形，并以欧盟规则为基础，举行国际范围的演练，以提升成员国现行的内部合作能力。例如，2005年10月的一个星期天，来自意大利、法国、希腊、瑞典和英国的公众保护工作队在西西里举行了一次模拟地震灾害反应的公众保护演习，参与人员包括了来自科研、营救队及灾害管理的其他专家。这是欧盟公众保护机制在2005年第四次组织这样的国际范围的演习，目的是促进来自不同国家的公众保护工作队在真正的灾害发生时能更有效地一起开展工作。这种演练有时针对飓风、地震、洪水等。果真，这个机制在2005年克什米尔大地震中，在受灾国巴基斯坦派上了用场，欧盟根据巴方的要求及时提供了居民住房、水和食品。2005年夏季，该机制还干预了发生在罗马尼亚、保加利亚的洪水以及葡萄牙的森林火灾。
2.自然和技术危害