1441年法王查理七世统治时期，经教皇训令批准，于波尔多创办该大学。大学对当时的政治和宗教事务发挥了极大的作用，甚至享有参加高级宗教会议的权利。该校的神学院、宗教法规与民法学院、医学院和艺术学院，都带有欧洲文艺复兴时期的大学风格与规范。该校曾培养了不少著名学者和政界人士，如法国文艺复兴时期的散文作家、波尔多市市长蒙田和法官、政治哲学家孟德斯鸠等。法国大革命期间，波尔多大学被关闭。1896年重新恢复，并享有自治权利。现在已分为波尔多为第一、第二、第三大学，均设有教学和科学研究机构，并享有教学和行政管理的自主权。学校设置有法律、经济、医学、人文科学、文学艺术、语言等教学和研究单位。
这是由国家资助的男女合校自治的高等学府。