1365年，经奥地利哈布斯堡公爵鲁道夫四世特许，以巴黎大学的模式在维也纳创办了该大学，用以和德国国王查理四世于1347年建立的布拉大学相抗衡。1383年，鲁道夫之弟及其继承人阿尔贝特三世对这所濒于瘫痪的大学进行了改组，给予大笔捐款，增加许多课程，扩大招生地区，从而使这所德语国家中历史最久的大学焕发了活力，成为该地区的第一流学校，尤以医学、法律和神学享有盛名。1848年该大学成为革命的中心。1850年进行了全面改革，扩大了教师和学生的自由权利，采用了灵活的教学方法，开设了大量选修课程。1878年，文学院开始有限制地招收女生，1889年后又放宽了限制。1890年，医学院采用男女合校制，19年后法学院也改为男女合校。现在该校设置药学、天主教神学和新教神学、社会科学和经济学、哲学、自然科学、法律和政治学、人文科学和医学等多科院系，是维也纳的一所国家拔款、男女合校的高等学府。
