孕妇用药的主要顾虑是害怕药物对胚胎和胎儿造成不良影响，目前已知在妊娠期，绝大多数抗生素对胚胎及胎儿均有不良影响，所以孕妇在使用抗生素时要特别注意。
1.整个妊娠期禁用的抗生素：链霉素、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、万古霉素等，对胎儿的耳产生毒性作用；多粘菌素、黏杆菌素等，对肾脏和神经系统有毒性作用，并能通过胎盘影响胎儿；四环素能影响骨骼生长发育，在妊娠晚期孕妇大剂量使用四环素可引起肝脏脂肪变性和造成孕妇死亡；两性霉素Ｂ、灰黄霉素等，对神经系统、血液、肝脏和肾脏有较大的毒性；灰黄霉素对胎儿有致畸作用，也可能引起流产。
2.妊娠某阶段禁用的抗生素：妊娠早期即妊娠12周内禁用氯霉素、乙胺嘧啶、利福平、磺胺药等，妊娠28周后禁用氯霉素、乙胺嘧啶、磺胺药和呋喃旦啶等药物。因为氯霉素、利福平、乙胺嘧啶可致胎儿尿道和耳道畸形、耳聋、肢体畸形、脑积水、死胎及新生儿死亡。磺胺药可致新生儿黄疸及溶血性贫血，呋喃旦啶可致新生儿溶血。
3.整个妊娠期都可使用的抗生素：青霉素类、头孢菌素类、红霉素和洁霉素，这四类抗生素在妊娠期使用，对胎儿一般不会引起不良反应。青霉素类药物在使用之前必须做青霉素过敏试验，以免发生药物过敏反应。