一、合格动物产品的检疫处理
经检疫合格的胴体或肉品应加盖统一的检疫验讫印章（禽类产品应佩戴检疫合格标识），出具产品检疫合格证明；如产品经分割包装，则外包装上也应加盖检疫验讫标识。对监督环节中补检、重检合格的动物产品，重新为其出具检疫合格证明，准予货主继续运输、销售、贮藏、加工；如果货主持有的检疫证明仍然有效，则应加盖动物卫生监督机构的监督验讫印章。
对于皮、毛、蹄、骨、角以及精液、胚胎、种蛋等动物产品，按照规定的方法进行消毒或实验室检验（如皮、毛的炭疽检验）结果阴性，符合检疫出证条件的，出具《出县境动物产品检疫合格证明》，对运载工具消毒后出具《动物及其产品运载工具消毒证明》。
二、染疫动物产品的检疫处理
1.疑似染疫的动物产品，在感观检疫的基础上，辅以必要的试验室检验手段予以确诊。排除染疫可能者，按合格产品处理；确诊染疫者，根据疫病类别及严重程度按相应规定处理。
2.宰后检疫时，对需要进行无害化处理或销毁的胴体，应在胴体上加盖与处理意见一致的统一印章（如高温、销毁等），并在动物卫生监督机构的监督下，在屠宰场的无害化处理场所内处理。如场内无相应处理设施，则应用密闭的运载工具运到指定地点进行处理。
在运输、市场、贮藏等环节发现疑似染疫动物产品时，应封存留验。排除染疫可能者，按合格产品处理；确诊染疫者，根据疫病类别及严重程度按相应规定处理。如发现有依法应当检疫而未经检疫的动物产品，具备补检条件的实施补检，不具备补检条件的予以没收销毁。
3.检疫不合格的动物产品，应根据染疫种类、病变程度及范围等采取相应的处理措施。
（1）宰后发现属于禁宰之列的动物疫病时，应立即停止屠宰加工，胴体、内脏、副产品全部化制或销毁。对于同批产品（以猪为例），应以发现的染疫动物为起点，对在此之前屠宰的若干动物和与染疫动物入池后到发现之时这段时间内在同一池内烫过毛的猪全部化制或销毁，对车间及患病动物宰前可能污染的场所、用具等彻底清洗和严格消毒。处理完后经所在地兽医主管部门检查验收合格后方可恢复屠宰加工。
（2）宰后发现属于急宰之列的动物疫病时，染疫动物胴体、内脏、副产品和屠宰加工场所的处理同前一条的规定，但只对同批次中与染疫病畜禽相邻的部分畜禽（家畜为前3后5，猪还应包括染疫猪入池后到发现时这段时间内全部同池烫毛的猪，家禽为前8后10）进行高温处理，其余则不受限制出场（厂）。
（3）宰后检疫发现禁宰、急宰之列之外的的疫病时，病变组织、器官剔除下来集中销毁，其余部分高温处理后出场（厂）。如果多处组织器官有病变，则胴体、内脏全部销毁。
（4）发现旋毛虫时，24个标本内包囊或钙化包囊在5个以内者，头、胴体、心脏高温处理后出场。超过5个者，全尸化制或销毁。
（5）发现囊虫时，检验部位40平方厘米内在3个以下者，胴体产酸或腌制处理；4～5个者，胴体高温处理后出场（厂）；6个以上者胴体化制或销毁。
（6）发现肝片吸虫病、肉孢子虫病、棘球蚴病、肺吸虫病以及其他寄生虫病，病变严重且肌肉有萎缩性变化时，胴体、内脏化制或销毁；肌肉无变化者剔除病变部分化制或销毁，其余部分高温处理后出场（厂）；病变轻微且为局限性者，剔除病变部分化制或销毁，其余部分不受限制出场（厂）。病变虽然轻微但寄生虫可在多个部位寄生（如猪住肉孢子虫病）的，胴体应高温处理后出场（厂）。
三、普通病变组织器官的检疫处理
宰后检验发现一、二、三类疫病之外的疫病、普通病、中毒、肿瘤和局部组织器官的病理变化时，按以下方式处理：
（一）重度全身性病变的检疫处理
脓毒症、尿毒症、败血症、黄疸、极度消瘦、大面积坏疽、急性中毒、全身肌肉和脂肪变性、全身性出血的畜禽，全尸化制或销毁。
（二）其他病变的检疫处理
组织、器官发现创伤、化脓、炎症、硬变、坏死、寄生虫损害、严重淤血、出血、病理性肥大或萎缩、肿瘤、色泽异常以及消瘦、羸瘦等有碍卫生的，根据病变性质、程度和范围进行处理。
1.出血组织器官的检疫处理 发现组织或器官内出血时，应根据出血颜色、范围、程度判定出血的性质，是否伴有其他病理变化等。创伤性原因引起的出血，将全部血液浸润组织切除后，其余不受限制出场（厂）。多处组织器官出血且伴有出血性炎症（特别是淋巴结）、坠积性淤血时，如为中毒性因素所致，则全部销毁；如为染疫，则按相应的疫病处理；如为非传染性因素所致，应进行沙门氏菌属的检查，阴性时，出血严重部位剔除后其余部分不受限制出场；阳性时则须经有效高温处理后出场。
麻电、窒息及一般性皮肤出血（如运输斑、烫毛过早等）引起的出血，在排除感染性因素时，肉尸和内脏可不受限制出场。
2.脓肿的检疫处理 有完整包囊且未破溃的脓肿，切除脓肿，其余部分不受限制出场（厂）；单个器官内脓肿体积较大或数量较多时，在无脓毒血症可疑时，则将整个器官废弃销毁，其余部分不受限制出场（厂）；当多处组织器官内发现多发性新鲜脓肿时，胴体化制或销毁；如果与脓肿相连的部分组织器官污染有脓液的气味、或修割时不小心割破脓肿，脓液污染了肉尸的其他部分时，应将这些部位进行彻底清洗，通风散味12hs，气味消失者高温处理出场，气味不消失者化制或销毁。
3.蜂窝织炎的检疫处理 根据全身组织器官的病变程度判断蜂窝织炎是否全身化。如全身化且肌肉有病变时，则胴体、内脏及其他副产品全部化制或销毁；若肌肉、内脏感观性状正常，则进行细菌学检查，阴性结果时病变部分切除销毁，其余可无条件利用；阳性结果时胴体高温处理。
4.坏疽的检疫处理 坏疽时，病变部位的组织因强烈腐败分解，可产生大量的毒素，有引起毒血症的可能，所以对坏疽的处理要慎重。当坏疽较轻微时，病变及周围组织修割后销毁，其余部分高温处理后出场；病变较严重且有伴发毒血症可疑时，则全尸及内脏化制或销毁。
5.纤维素性炎症的处理 应注意区分是局部性还是全身性、感染性还是非感染性因素所致。对感染性的，应按相应疫病进行处理。对非感染性的，如病变为局部性者，病变修割后其余部分可正常出场；对多处组织器官有病变的，胴体高温处理后出场；对于创伤性网胃心包炎的处理应慎重一些，凡宰前检查正常、宰后检查除心脏和网胃外其余组织器官均正常者，心脏、网胃及周围部分修割后其余部分正常出场；如宰前检查有异常或宰后检查其他组织器官也有变化者，应进行沙门氏菌的检查，阴性时，胴体可正常出场，阳性时，则必须全部进行高温处理。因为有文献报道，食用创伤性网胃心包炎的牛肉曾引起过大量的沙门氏菌中毒。
6.水肿的检疫处理 宰后检疫中发现水肿时，首先应注意有无炭疽的可能。创伤性等因素引起的局限性水肿，局部修割掉后其余不受限制出场（厂）。单纯的肾源性、心源性水肿，如果肾、心疫病为非感染性因素所致，水肿部位修割掉后其余部分可正常利用；全身多处组织水肿并伴有脂肪萎缩、变性、胶样浸润以及淋巴结肿大、水肿，肉尸放血不良、肌肉松软无弹性等变化时，是败血性疾病或恶病质的特征，此时如果肌肉组织病变严重者，则全尸化制或销毁；如果肌肉感观上变化不大，则应进行高温处理。
7.气味异常肉的检疫处理 有异常气味的肉，在排除其他感染性因素（如脓肿、坏疽等）的情况下，首先使肉品通风散味，然后进行煮沸、烧灼试验。因为有些异味可因通风或冷却而逐渐减轻或消失（如污染的周围环境的异味），但有些异味可在煮沸、烧灼时重新出现甚至变得更为强烈（如种用动物的性气味、泔水猪的异味等）。如经12hs通风后，肉样煮沸或烧灼时仍然有异味时，应化制或销毁。如仅肉尸的个别部分或脏器保留有气味时，则局部或整个脏器销毁，其余部分可正常利用。有酸败味的肉，如系单纯的酸性酵解所致，经过检验排除腐败可能时，可以食用。已有腐败迹象者，应进行高温处理。
8.色泽异常肉的检疫处理 对于生理性因素或非感染性因素引起的色泽异常肉，一般不受限制出场（如白肌肉、白肌病、DFD肉、晚阉畜肉等），其余的按下以规定处理：
（1）放血不良的肉。有感染性或中毒性因素时，应化制或销毁；如因放血技术不当、宰前过于疲劳等因素所致，则进行高温处理。
（2）红膘肉。非感染性因素引起的红膘肉，发红较轻微的，胴体、内脏可正常食用，发红较严重的，胴体、内脏高温处理；感染性因素引起（或不能判断是否为感染性因素所致）的，则以化制处理为宜；如为规定的疫病所致，则按相应疫病进行处理。
（3）黄脂黄疸肉。饲料因素引起的黄脂肉，如伴有异常不良气味且通风散味仍不能除去的，应高温处理。确诊为黄疸的，应查明其性质，特别注意有无钩端螺旋体病。传染性的可按相应疫病处理，非感染性的进行高温处理。
（4）自溶变黑肉。自溶严重，显著变黑的肉化制或销毁。轻微变黑的肉通风散味并修割后可供食用。变黑轻但范围较大难以修割的，进行高温处理。
（5）发霉肉。贮藏不当而发霉的肉，霉层清除后肉品无明显变化者，高温处理后食用，反之则化制或销毁。
（6）光泽异常肉。冷藏时间较久的肉，有时会有发光、发蓝、发绿现象，一般对人体无害。但如伴有其他微生物污染或有腐败过程，轻者高温处理，严重者化制或销毁。
9.羸瘦肉和消瘦肉 如因饥饿和年老等生理性因素所致的羸瘦肉，不伴有其他疾病过程时可直接出场（厂）。严重羸瘦近似消瘦的肉品，或羸瘦程度较轻但组织器官有明显病理变化时，应高温处理。消瘦肉一般进行高温处理，严重者须化制或销毁。
10.肿瘤的检疫处理 在组织器官内发现一至两个良性肿瘤时，肿瘤剔除后销毁，胴体不受限制出场（厂）；发现恶性肿瘤、两个以上器官或多处组织发现良性肿瘤，或肿瘤虽少但胴体有明显变化者，则全部化制或销毁。
11.肝脏病变的检疫处理 单纯性饥饿肝、脂肪肝、轻度的肝硬变可以食用；较小的局限性肝脓肿、肝坏死或肝血管瘤，在排除感染性因素或全身性病变时，病变部位修割掉废弃，其余部分可正常食用；脂肪变性的肝、严重的肝脓肿、肝坏死、传染病或寄生虫病引起的肝硬变（或非感染性因素引起的重度肝硬变）、高度黑色素沉着的肝以及有肿瘤的肝化制或销毁。
肝脏的许多病变是全身性病理过程的一种局部表现，因此在对肝脏进行检疫处理时，也要注意对其他组织器官进行检查，做出综合判断和正确处理。
12.肺脏的检疫处理 除呛血、呛水肺实行局部切除外，其他所有形式的吸入肺、寄生虫肺一律废弃。如肺坏疽伴发有毒血症可疑时，则全尸、内脏化制或销毁。
13.胃肠的检疫处理 胃肠存在各种炎症、糜烂、溃疡、化脓、坏疽、粘连性腹膜炎及肠系膜淋巴结结核等时，应化制或销毁。
14.肾脏的检疫处理 肾结石、轻度肾囊肿和肾梗死时，将病变局部切除后可以食用，较严重时将肾脏废弃；肾脏的其他所有类型的炎症和病变，均应化制或销毁。两侧肾脏均有病变时，应注意检查整个肉尸，判断有尿毒症时，肉尸全部化制或销毁。
15.脾脏的检疫处理 屠宰脾可食用；西米脾、火腿脾、脾梗死、急性脾炎时可高温处理或废弃；败血脾应销毁。
16.心脏的检疫处理 心肌肥大、心肌脂肪浸润、慢性心肌炎时，如其它脏器无病变，心脏可正常食用。严重的心包炎、心内膜炎、急性心肌炎、心肌松软、坏死及色泽异常时，心脏均应化制或销毁。
17.异物沉着的检疫处理 黑色素对人体无害，但黑色素沉着会严重影响肉品外观。所以如果是局部性的，应将黑色素沉着部分修割掉；如果范围较大时，可化制处理。对于钙盐沉积（钙化），如果钙化灶小而且数量很少，则修割后出场（厂）；如果器官内有多发性钙化灶（如砂粒肝），则将器官化制或销毁。
18.脂肪坏死的处理 变化轻微且肉品外观正常者，可直接出场（厂）；病变部位感观有明显异常者，将病变部位切除化制或销毁，其余部分不受限制利用。
19.注水肉的处理 从食品安全的角度考虑，注水肉不能作为加工其他肉制品的原料，也不应长时间冷藏。如果还伴有气味、色泽异常时，应按性状异常肉进行处理。
20.冷冻肉的检疫处理 可参照执行新鲜肉的检疫处理。
四、蹄、骨、角、皮、毛、血液、精液、胚胎、种蛋等的检疫处理
（一）蹄、骨、角的消毒
如为来自染疫动物或受到染疫动物污染，则应进行高温处理，蒸煮至骨脱胶或脱脂时为止；如果来自其他动物，则进行化学消毒，即对待运的蹄、骨、角堆成20～30cm厚，用环氧乙烷、漂白粉或克辽林等消毒药喷雾消毒；如果产品堆放于可以密闭的仓库、房屋或帐篷内时，则可用环氧乙烷或甲醛溶液熏蒸消毒；也可采取0.3%过氧乙酸溶液浸泡30 min的方法消毒，溶液须高于物品面10cm。
（二）皮毛类的消毒
如果来自染疫动物或受到染疫动物污染，应采用盐酸食盐溶液、过氧乙酸溶液、碱盐液浸泡消毒。具体方法按照GB16548-1996或GB/T 16569-1996的规定处理。如来自其他动物，则进行环氧乙烷喷雾或熏蒸消毒。
（三）血液的消毒
对来自染疫动物的血液，可采用漂白粉消毒法和高温煮沸法消毒，具体方法按GB16548-1996的规定处理。
（四）精液、胚胎、种蛋的消毒
对于精液、胚胎一般只进行外包装喷雾消毒；对种蛋可采用喷雾、浸泡、熏蒸的方法消毒。常用的消毒药有0.1%的碘溶液、4%的新洁尔灭溶液、甲醛高锰酸钾混合液（2：1）等。
对以上动物产品及承运的工具消毒后，可出具动物产品检疫证明、运载工具消毒证明。产品检疫证明的有效期可根据产品种类、运输距离远近以及用途等的不同灵活掌握，但最长不得超过30天。