除了学习理论知识，李时珍还跟着父亲进行了大量的实践活动。
李言闻每天出去给老百姓看病，李时珍就跟随父亲走街串巷，父亲给人看病时，他就在一旁自己观看，看父亲怎样望、闻、问、切。
李时珍往往一边听、一边记，最后还为父亲代笔书写药方，有什么疑问就向父亲讨教。
慢慢的，李时珍入了点门，父亲就让他先开出药方，然后进行纠正，最后，由李时珍书写药方交给病人。
李时珍就这样随父学医，长进很快。
李言闻还常常结合过去治病时发生的情况，给李时珍讲一些治病救人的道理。
有一天，天昏地暗，电闪雷鸣，一场偏东雨下起来。一个汉子全身湿透，抱着一个六七岁的小孩子冲进玄妙观来。小儿双目紧闭，已经昏迷过去。
那汉子惊慌地告诉李言闻，他的孩子最怕雷，一打雷就不省人事，请郎中相救。
父亲赶紧叫李时珍取出一瓶高粱酒，倒了一小杯，灌进小儿口中。那孩子顿时苏醒过来，哇哇地哭。
父亲对李时珍说，这个小孩是受惊恐而昏迷，醇酒是治惊恐而昏厥的良药，这个小孩如此怕雷鸣，只因气虚。要是能治好气虚，今后就不会再怕雷鸣。
那汉子听说郎中能治儿子闻雷即昏的怪症，忙求郎中赐药。父亲一面口述药方叫李时珍开药，一面向他讲述配方的道理。
这个小儿气虚兼血虚，应以人参为君，作主药以补气虚，安魂魄，止惊悸，除邪气。
以当归为臣，辅助人参补血虚，以麦门冬、五味子为住，麦门冬可以辅佐当归防止补后血热侵肺，五味子可以辅佐人参镇心润五脏。
李时珍开好药方，用心记住父亲的话，抓好药。于是那汉子抱着又活泼起来的儿子走了。
后来，那汉子又来抓了几服药，并告诉时珍父子，儿子的病好了，再也不怕打雷了。
父亲通过这个事例，向李时珍讲起了祖国医学中辨证施治的道理。所谓“辨证”，就是综合病人所出现的各种症状，以及一切与疾病有关的因素加以分析，来探求病变的性质和机转，从而了解疾病的本质，作为施治的准则。
李言闻看病开药，都是自己采制中草药，以防伪冒、假劣，贻误病人。所以，李时珍也经常随父上山去采药，回来加工炮制。这样，李时珍学到了不少关于中草药的知识。
为了采药，李时珍随父亲走遍了家乡的山山水水。他发现家乡真是风景秀丽，到处草木茂盛，如花似锦。
李时珍对中草药的兴趣越来越浓。每次随父上山采药，对每种草药的名称、功能、药性总要刨根问底，问个一清二楚。父亲也总是耐心解答，详细解释。
有一次，李时珍为一位重伤风病人开药方，因为考虑不周，差一点出了人命，对他震动很大。
这天，李言闻上山采药，一位年轻人来求医，说他父亲得了急病，李时珍连忙背上药箱跟着年轻人走了。
到了病人家里，病人正躺在床上。李时珍一看，病人面红耳赤，额头发烫，当即断定是重伤风，就要病人的妻子煎生姜水服用。
病人妻子问，重伤风能不能吃鱼，李时珍进门时看到病人家里有一条乌鳢鱼，随口说：“用生姜煮乌鳢鱼吃没事，只要出汗就好了。”
没想到，病人喝汤吃鱼之后，不见出汗，反而脸色变白，舌头打结，翻白眼，出粗气，全家人吓得慌了手脚。
病人的儿子急急忙忙来找李时珍，李时珍惊出一身冷汗，不知是怎么回事。
正好，李言闻采药回来，问清了情况，连忙开了几种草药解毒，很快治好了病。
李时珍几夜没睡好觉，反复琢磨，用生姜煮乌鳢鱼，从来没发生过中毒的事，为什么伤风病人吃了会中毒呢？这使李时珍研究中草药的兴趣更浓了。
李时珍随父学医三年，到26岁时，已经有了比较丰富的经验，再加上他刻苦好学，已经基本能够独立看病了，而且，医德高尚，很受欢迎。