日本的屋久岛上，山连着山，在这山与山之间的茂密大杉树林中，经常有鹿群出没，这里真是打鹿的好地方。
这天，猎手吉助和伙伴次郎带着两条猎狗进山猎鹿了。走着走着，吉助发现了鹿的脚印，便轻轻地吹起口哨。听到口哨声，两条猎狗像一阵风似的冲向前面一片洼地，一会儿用鼻子使劲地嗅着地面，一会儿用爪子奋力地扒着沙土。突然，它们摇起了尾巴，争先恐后地狂奔起来，消失在对面的杉树林里。
猎狗“汪汪”地叫着，把鹿群从杉树林中赶了出来。领头的是只身材高大的大鹿，它只有一只耳朵。这只鹿无数次从猎人的眼皮底下死里逃生，它对猎人的行动了如指掌，常常溜到猎人背后，神不知鬼不觉地悄然漏网。没有一个猎人能抓到它。
吉助和次郎商量了一下，决定兵分两路夹击，决心要抓住这只独耳大鹿。
突然，远处传来了“轰隆”一声巨响，接着哗啦啦啦……下起了倾盆大雨。狂风宛如大海的巨浪不断地起伏着，咆哮着，摇撼着一望无边的杉树林。两条猎狗狂叫着，在风雨中把鹿群赶到了悬崖边上，被猎狗奋勇追赶的鹿群正在你挤我，我挤你地乱成一团。独耳大鹿被挤在中间。突然，它挺身而出，低着头不断地晃动着它那硕大的两只角吓唬着猎狗们。
一只猎狗猛扑上去，独耳大鹿头一低，用鹿角猛地一叉，一下把猎狗顶了起来。然后用力一甩，那条猎狗像一只棒球被独耳大鹿扔到了深深的谷底。吉助心痛极了，发誓要为心爱的猎狗报仇。
暴风雨越来越猛，狂风也跟着咆哮的越来越凶。吉助和次郎浑身上下被淋得透湿，冻得瑟瑟发抖。他们再也顾不上打鹿了，找到一个山洞口，突然感到丝丝暖意飘了过来，他们连滚带爬地钻进了洞里。
忽然，他们发现山洞里躺着一大群鹿。鹿群见了吉助和次郎，毫不惊慌。为了活命，吉助和次郎毫无顾忌地钻进了鹿群里，贴着它们的身上取暖。渐渐地，暖流传遍了他们全身，他们那僵硬的身体开始复苏。不久，他们都睡着了。
也不知睡了多少时间，当吉助和次郎醒来时，暴风雨停了，太阳也出来了。他们发现，鹿群安静地排成一行，在独耳大鹿的带领下，向洞外走去。吉助想起了惨死的猎狗，猛地举起枪，瞄准了独耳大鹿。
这时，次郎一下按下了吉助的枪，拍拍他的肩膀，深情地望了一眼走在前头的独耳大鹿。吉助脸红了，把枪放了下来。
吉助和次郎望着独耳大鹿带着它的队伍，越走越远，直到它们消失在杉树林里。