巨细胞病毒感染不一定是在母体感染。巨细胞包涵体病是由巨细胞病毒（CMV）感染胎儿或新生儿引起的多脏器损伤。新生儿、婴儿时期CMV感染途径主要是经母婴传播，其中经过胎盘约占27010，经产道30%～50%、摄人带病毒的母乳约占23%，而经密切接触、医源性传播仅占约14%。CMV感染可导致新生儿多脏器损伤，主要表现为宫内发育迟滞，肝脏损害，肺炎、心肌炎、贫血、血小板降低、神经系统损害等，并与先天畸形有一定关系。更昔洛韦是目前抗CMV的首选药物，其在病毒感染细胞内浓度可高于非感染细胞100倍。用法包括诱导治疗期和维持治疗期，前者5毫克/千克·次，静脉滴注，每12小时1次，滴注时间≥1小时，连用7—14天；后者5毫克/千克·天，静脉滴注，每天1次，滴注时间≥1小时，维持2～3个月。更昔洛韦的最显著不良反应是骨髓抑制，其他包括外周血粒细胞、血小板减少，肝功能损害，恶心呕吐、头痛、皮疹、惊厥、肾功能不全以及注射部位肿痛等。
此外，还可选用干扰素，常用为α2b或α2a干扰素，100万单位/天，肌内注射，每日1次，10天一疗程。使用本品后少数病人可有发热、寒战、乏力、厌食等反应，多在注射48小时后消失，个别病人可能出现粒细胞减少、血小板减少等，停药后可恢复。干扰素可减低细胞色素酶P450的活性，使西咪替丁、华法林、氨茶碱、地西泮、普萘洛尔等药物代谢受到影响。