接着，李鸿章的身体状况虽然有所好转，但仍然十分虚弱，他将他所有的儿子召集到自己身边。据说，在李鸿章签署条约的两天之后，将机要秘书派往俄国公使处告诉俄国公使作为全权代表的他已收到来自西安府的指示，要求他们撤离满洲，因为条约签署之后，大清和其他西方列强间的和平得到了保证。俄国公使回复道：“我只是被委派来京的公使而已，对当地事宜才有决定权。很遗憾，我无权对撤离满洲如此重大的事宜作出决定。你们最好派出全权大臣到圣彼得堡与外交部长进行交涉，只有他才可以决定如此重大的事宜。”
接着，以冷酷无情闻名的俄国公使萨尔抵达北京，这时李鸿章的身体还未完全恢复，但他在10月初时仍带病坚持与其进行了一次长谈。据一份中国报纸报道，在10月7日时，他们又进行了一次长达三小时的会谈。10月8日，回到天津他的临时衙门住下，接着，他将要乘火车去觐见慈禧太后和光绪帝。
面对风雨飘摇的大清，作为半截身子已经入土的人，李鸿章十分不安，11月1日，李鸿章身体突然严重不适，但24小时之后，症状有所缓解，尽管如此，遭受重创的他已变得更为虚弱。据说引起他重病的原因主要是长期的沮丧和不满，尤其是在近来的一些政治事件中。庆亲王在与他就满族问题协商时，强烈反对他在一些重点问题上的处理办法，最后，庆亲王退出，放弃所有权利，不再管这件事。
俄国公司萨尔一直在催促李鸿章签署《满洲条约》，然而十一月以来，李鸿章的身体越发的虚弱，似乎已经康复无望了。据说，他已经虚弱得无法起床了，只能邀请俄国公使来到他的榻前，告诉他朝廷采取了刘坤一和张之洞总督的意见，拒绝批准《满洲条约》的新增条款；与此同时，朝廷还要求李鸿章恳求俄国，希望对于条约的签订能够放宽要求。
也许俄国公使此时的感受十分复杂，他想通过逼迫李鸿章签订条约，让俄国取得满洲的主权而使自己政绩斐然的愿望破灭了。据说在李鸿章和俄国公使就满洲之事密谈期间，日本公使也拜访了李鸿章，强烈建议在条约中要求俄国在条约签订后的十二个月内彻底撤离满洲。因此，李鸿章在条约中增加了一个条款，即：俄国人在1903年春天之前撤出满洲，“这稍稍多于十二个月，这与日本政府提议的十二个月相差并不太远。”
11月6日，李鸿章要求清政府召庆亲王回北京，而他自己也立即向庆亲王发了关于回京的电报，因为他很有可能随时咽气。据说不服气的俄国公使每天清早都要到李鸿章府上，试图得到李鸿章的印章来盖在《满洲条约》之上，当然，这是不可能的。李鸿章的最后时刻是在哭泣中度过，最后，他彻底陷入昏迷之中。值得注意的是，李鸿章去世前最后的一项举措是推荐马丁博士翻译的最新《国际公法》。到了生命的最后一刻，李鸿章仍然在工作，1901年11月7日，78岁零六个月的李鸿章与世长辞，根据中国传统说法，李鸿章卒时的年龄应为79岁。
慈禧太后听闻李鸿章死讯后，立即写道：“内阁大学士、直隶总督因学而优则仕，他颇有军事才华，在军事上创下了许多辉煌战绩，他镇压叛乱，为大清江山的稳固做出巨大贡献，这使得他在朝中名声大噪。在他最后的三十年中，他全面掌管大清的外交事宜。自从去年春天，北京卷入国际纷争以来，形势异常严峻，而内阁大学士李鸿章出于对大清的忠诚，毅然决然扛起了所有的重担。如今，大清江山得到保全，人们又生活在和平之中。在他患病期间，我常常向他发信，由于所有事端才刚刚得到解决，我希望他能够早日养好身体，继续为大清效力，然而，他却突然开始吐血，身体状况每况愈下，再也没有醒来过。在如此紧要的关头，我失去了一个不可或缺的帮手！这是多么的不幸！……”
在李鸿章死后，为表彰他对大清做出的巨大贡献，被慈禧太后封为太傅，晋一等肃毅侯，并为其举行葬礼；接着，慈禧太后命恭亲王从皇家护卫队中挑选十人护送李鸿章灵柩，并让其代表自己为李鸿章穿上寿衣。恭亲王还被要求以皇上和皇太后的名义为其祭酒，以告慰其在天之灵，最后，刻有李鸿章名字的牌匾在京师祠中，与为大清做出巨大贡献的先人一起，留给后人祭拜。
李鸿章的私人秘书、翻译和顾问毕德格回京晚了一步，没能见到李鸿章最后一面。1900年，他率领一行人到南堂（译者注：宣武门教堂）解救基督教徒时，不幸身负重伤，身体状况直转急下。在李鸿章去世后不久，他也驾鹤西去了，而他与李鸿章之间的秘密也随之永远带入坟墓里。
随后光绪帝和慈禧太后回京，《泰晤士报》对其回京的情形进行了生动详细地记载，慈禧太后打扮成普通妇人的样子，照料着她的行李，她还一改往日威严，与身边的人谈笑风生，在进入城门之前还与站在城门之上的外国女士点头示意，甚至还呼喊她们的名字；而光绪帝则一直沉默不语，一副愁眉苦脸的样子。当然，李鸿章不可能出现在欢迎的队列中。
1902年6月1日，李鸿章的灵柩在军队和宗教队伍的陪伴之下，由64位轿夫抬出北京。在抵达通州之后，李鸿章的灵柩被放到船上，通过水路运达大沽口，在大沽口再换汽船，最终抵达安徽合肥，灵柩的运输路线是依照李鸿章最后的日子里所待过的地方而设计。在丧葬船靠岸的地方，许多中国人和外国人再次等候，向李鸿章作最后的告别。在不远处，还设置了一个祭坛，一整个早上，当地官员都在此为他焚香，以示尊重。
后来，他的儿子李经述，在他去世后的几个月里，因不堪丧父之痛，也随之而去了。李经述才华横溢，在文学方面造诣颇深，他曾被指派为李鸿章书写传记，为了写好传记，他花费了六年的时间阅读大量的书籍和材料。然而，随着李经述的去世，这项工作也无法完成了。李经述有一位夫人以及几个孩子，作为名门望族、朝廷高官，这种只有一个夫人的情况却不常见。
从中日之战中我们可以清楚地看到，备受慈禧太后信任的李鸿章在组织清军自卫反击中并没有取得很好的成效，甚至可以说是失败。李鸿章的主和思想让清军一而再，再而三地退避，然而却让大清陷入孤立无援的境地，让这片土地上的人民陷入苦难之中。面对这样的情况，广大人民首先会选择忍受，但当洋人强索赔款，清政府不得不从人民身上压榨、在人民身上的重担被加压到一定极限时，他们便会奋起抗争，反抗当地政府的活动以及针对洋人的暴乱便发生了，这种情绪以及反抗斗争，犹如星星之火可以燎原，迅速铺遍整个中国，然而，贪得无厌的西方列强又会以此为借口向清政府索取更多的东西。
和朝中其他位高权重的官员一样，李鸿章也是一个机会主义者，而人们对他这一政策极为担心，害怕终有一日会因此而吃到“苦果”。在李鸿章的一生中，他坚定地支持着慈禧太后，同样地，慈禧太后也力挺李鸿章。从这一层面看，这里并不存在机会主义的影子。
如果没有李鸿章和戈登，清朝很有可能被太平天国推翻，新的王朝很可能随时拔地而起。实际上，这时的清朝腐败、堕落，她是通过牺牲国家利益、人民利益才得以苟延残喘，而西方列强已将长矛直指中央政府，然而，各省总督为早日击退洋人，正埋头努力发展所管地区的军事和经济。这时，李鸿章被比作黎恩济而非俾斯麦，但这并不意味着此时的清政府还大有希望。因为后者促成了德国的统一，而前者则造就了意大利的分裂。
通过前文的描述，我们可以知道李鸿章在恶劣的情况之下是怎样处理问题的。毫无疑问，李鸿章是一个非常机敏的人。但是，像他这样的人犯下极大的错误并不罕见，当他面对至关重要的问题时，总会存在一定程度的唯心主义。
但我们有证据显示，李鸿章是一个十分讨人喜欢的人。他非常忠于朋友，甚至当他们背叛他时，他仍然能够和善地对待他们。也许这并不能够说明什么，顶多只能说明他的好脾气。但是李鸿章一直以来都对自己严格要求，从未非难过任何人，而对于那些非难他的人，他也从未心怀仇恨之心，从这里便可以看出李鸿章过人的度量了。还有人告诉过我，李鸿章在记人方面有着过目不忘的天赋，不管是外国人还是本国人，只要他见过，他都会记得，并且知道谁将会跟他见第二次面。
在家庭生活中，我们也能够看到他独特的人格魅力，他是一个饱含深情的丈夫、一个和善却又带有一点严厉的父亲，他还是一个慈爱的祖父。从未有人抱怨过他有一丝恶习。李鸿章喜好交际，一个熟知他的英国人说，在他们的交际圈中，他以适可而止、中庸克己而出名。对于他身边的人想要进行的活动，即使他不太感兴趣，也会鼓励他们进行。
在时局还不太紧张的时候，李鸿章虽然外表威严，但只要他在，都会给人们带来欢乐。当中国被外国人瓜分得四分五裂，西方列强纷纷伸出贪婪之手，企图将中国变为另一个印度的时候，老天将他带到了这个世界上，他身上注定要身负重任；但年迈的李鸿章面对如此状况，也无法找出打破僵局，走出死胡同的方法。也许这世界上也没有人能够做到。
李鸿章政治生涯中最大的污点就是借权敛财。李鸿章爱财是毫无疑问的。在他一生中到底收敛了多少财富我们不得而知。但他并没有过上骄奢淫逸的生活，因此，我们很有可能高估了他手中所积累的财富。事实是，虽然最终没能完成，但他仍为提高大清的防御能力花费了大量的金钱。当日本入侵中国时，举朝上下严重的贪污腐败情况让大清不堪一击，李鸿章的防御工程也未能为大清挽回颜面，正是因为严重的贪污腐败问题，才使得各国有机可趁，掀起瓜分中国的狂潮。作为百官之首，李鸿章自然要为此负责。
虽然李鸿章已经驾鹤西去，但是他的音容笑貌犹在，我们一直会记得他开怀大笑的样子，而其他已经去世的、曾为大清做出贡献的大臣们，同样也会永远活在我们心中。