1884年李鸿章取代左宗棠被任命为军机大臣，1885年他与醇亲王和外交顾问一起商讨如何确保中国的领海不被侵犯。李鸿章被任命为海军衙门的副总督，醇亲王为海军衙门的总督。他们决定建立一支训练有素的海军，醇亲王负责管理。李鸿章像往常一样负责筹款。
1882年李鸿章从英国完好无损的购回军舰，为此他得到朝廷很高的褒奖。他说：“迄今，靠征重税来保证军队的供给已经成为一种传统，目前的状况是，罗伯特·赫德爵士提出一个特殊的请求，就是利用一些外事机关来保证军队供给。但是他提倡进一步节省一些毫无意义的花销，他进一步解释声称这不仅是为了确保正常的军队供给，更是为了进一步打造军队的纪律。”他补充到：“外国人都觉得这个政策很鲁莽。尽管这样，船还是在没有保障的情况下安全的买回来了，这些官员们遇到的困难要比外交官们大的多，外交官们只是动动嘴和笔。”李鸿章还创办了一所海军学校，从那时候起，提倡通过平等竞争考试产生候选人和录取学生。为了使醇亲王对他的海军计划感兴趣，李鸿章说服他去旅顺港进行旅行。在那儿，英国的一位海军上校带着仪仗队隆重的接待了他们。起初，醇亲王为之一震，因为他觉得自己好像是被骗到这里参观外国的军事实力似的。但在随后的实际游玩中这种疑虑逐渐消除，而且看起来他似乎对那位曾在天津见过的外国人留下了深刻印象。
关于醇亲王几乎没有什么有趣的轶事流传下来。当时醇亲王好奇地绕着汽轮察看，当他到第二操作室时，看见门开着就进去了。他随手捡起一把门口扔着的扇子并带回到自己的房间，亲笔在上面用蒙古文写下了自己的箴言，李鸿章在扇子的背面把它译成了汉语，然后醇亲王差他的翻译官把它送回到了操作室。那个翻译官说，对一个中国的官员来说，那把扇子值好几千两白银，因为中国人给皇族的亲笔字迹赋予很高的价值。他还把美酒、蛋糕赏赐给一些官员，因为之前这些官员感恩戴德的用唱歌和表演来迎接他。众所周知，在他回去的途中，他还写了一系列游记类的诗歌。这些诗点燃了慈禧太后也要航海旅行的欲望，她着手全力准备旅行，直到义和团突然在北京爆发才粉碎了这项计划。
在那期间，李鸿章的北洋舰队遇到很多棘手的问题。他不得不向朝廷上报两名贪官，其中一位贪污白银达62000两，另一个3万两。后来掌管财政的大臣报告赤字20万两银子，而战舰的购买数量还在不断增加。当李鸿章邀请人们讨论从开平煤矿到天津铁路局出售股份时，没有人敢支持这个计划，因为铁路和煤矿的归属权一向是归朝廷管理的。正因为李鸿章极力阻止其他一些官员的船只在扬子江上通商，才成功地保住了轮船招商局在北部地区的贸易权，否则情况会更加糟糕。
之前我们已经了解到李鸿章坚决维护上海织布局的所有权，甚至当他拜访天津印刷厂的负责人时也是那样做的，像个商人一样给那些主管提出建议，指出其中的一些不足之处等等。除此之外，他还给东北的金矿提出极为复杂的创办计划。再聪明的人也不可能顾及这么多的项目，作为一位穷酸的中国总督，在后来形势复杂的日子里他还是难以做到时时洞悉一切。
这一时期《国际电报公约》签订。该公约规定从彼得堡到海参崴的电报每字不得低于六便士。如果电报能跨界发到中国，这对商人和远东居民将会十分便利。但是大东电报公司和北方电报公司为了自身的利益，不允许这样做。所以一直保持到欧洲一个字的价钱不低于一先令六便士，这样中国相关机构每年便可以从中收取10万两白银的收益。如此一来，中国政府看在每年10万两银子的份上才与其他两家私人公司合作。说来也怪，不光英国领事同意这样做，我也回想起亚洲的一家大商会代表也认为电报的价格应该保持在一定水平，另外那些拥有很少资金的欧洲人也被吸引进入中国商界。
1885年李鸿章回到北京后，开始着手处理北方大教堂的问题。慈禧太后觊觎得到教堂的所有权已经很久了。由于教堂高耸的塔顶远远俯瞰皇宫，虽然神父答应未经政府许可永不会增加塔的高度，但这不是个令人满意的结果。我们会自然而然想到，即使是英国的君主也不会喜欢在皇宫的旁边建一个高高的清真寺来俯视自己。
李鸿章派去一位名叫做“神秘人邓恩”的英国人到罗马见教皇，讨论关于放弃大教堂和往中国委派全权代表负责罗马教会使命的人，如此一来他们就可以迁出法国租界内，这些人经常利用传教士的问题来谋求自己的政治利益。李鸿章几乎没有意识到后者的重要性，当邓恩先生开始发电报探讨这个问题时，他开始恼怒，根本没有意识到这些事情是关乎什么的。
但邓恩先生开始着手这件事时遇到了很多困难。据说慈禧太后已经深知教堂在中国的重要性，慈禧太后认为如果教堂里有一个掌管教堂事务的教皇代表，那里不会有军队的威胁或袭击。当得知阿里亚尔迪阁下接受皇家的正式邀请前来中国任职时，慈禧太后发了一封加急信件给衙门：“立即带那个人来见我。”但法国政府以要撤销法国教堂的补助金、并且扣押罗马的大臣来威胁，教皇也立即宣称：“谴责中国政府以如此野蛮的态度邀请他法国的孩子。”
在中国媒体报道中我们发现这样一段陈述：“法国政府一向视基督教为最大的敌人，还时时迫害主教甚至没收他们的财产，而在中国这块不需要他们保护的地方却反而一反常态大力保护他们，这太令人怀疑了。在过去的一百年里，俄国数次对土耳其发动战争，也托词谎称要保护基督教徒，他们就是这样才迅速的瓦解了土耳其帝国。法国和俄国在这件事上采取同样的手段，这真是一件有意思的发现。”但是很显然，李鸿章一点都没有领会到这个问题的重要性。
1887年4月28日，在天津的海事大楼上中国与葡萄牙签订了《中葡友好通商条约》，李鸿章代表中国皇帝，罗沙代表葡萄牙国王。仪式结束后李鸿章为葡萄牙的总理设告别宴，一些外国领事和地方官员参加了这次宴会。宴会上，乐声四起，李鸿章与罗沙互相慰问并祝愿两国皇帝的健康。这一天，罗沙和他的翻译离开天津前往上海。
我依稀记得他们将要离开，葡萄牙的秘书长先回葡萄牙，罗沙鞠躬道别，凝望他已经离开的朋友，不停的挥手，直到看不见踪影，我看到他的眼睛都是湿润的。罗沙是一个十分帅气的人，总是很和蔼、优雅。他谦逊地说：“两个人交往过很长时间，我们为谈判一起努力，当支持你的这个人要离开的时候，感想真的很多。”在北京谈判的时候我碰到过他很多次，不知道他们是如此的信任对方。但他们有很多理由为这个结果感到满足，因为中国让出了澳门的主权，葡萄牙永驻和管理澳门及其所属之地。对任何一个知道澳门潜力的政权来说，可爱迷人的它就像一颗璀璨的宝石。不幸的是，葡萄牙并没有认识到澳门的价值，葡萄牙为寻欢作乐而建立在广场上的三层楼房几乎被中国人推翻，中国人在这里经商、繁荣发达，而葡萄牙人却很难在那里谋生。