印度和巴基斯坦是南亚地区的两个重要邻国。但长期以来，两国关系紧张。民族宗教矛盾与领土争端、边界纠纷和克什米尔问题纠合在一起，困扰着两国关系的正常发展。但近年来，阿塔尔·瓦杰帕伊对印巴关系进行了大调整，他认为印巴两国都应捐弃前嫌，忘记过去，一切从头开始，共同创造印巴关系的美好未来。瓦杰帕伊作为印度的重要领导人对此进行了许多谋划，并亲自作了不懈努力。
1999年2月20日，瓦杰帕伊乘坐长途汽车访问巴基斯坦。瓦杰帕伊在访问中呼吁印巴两国结束过去50年痛苦的关系史，揭开新的篇章。两国总理在这里举行了为期两天的会谈，签署了《拉合尔宣言》。这是双方建立信任和谅解的宣言，也是个和平的宣言。世界各国对此纷纷表示高度赞赏。会谈结束后，谢里夫暗示他和印度总理瓦杰帕伊之间的私人关系密切，他说在他们以前的两次会晤中，他发现瓦杰帕伊是“一个好人”。和平的宣言虽然签订了，然而要实现和平还要走漫长的路，和平之路并非一帆风顺，还会出现多次反复。在2003年新年献词中，瓦杰帕伊再次呼吁巴基斯坦不要把主要注意力放在克什米尔争端问题上，而是通过促进与印度的经济和文化联系，帮助消除两国间的长期敌对状态。2003年4月，瓦杰帕伊多次表示印度方面愿意再次伸出友谊之手，与巴基斯坦就包括克什米尔未来地位的所有问题进行对话，称两国之间的“兄弟情谊”能够解决彼此间所有悬而未决的问题。呼吁双方尽快恢复对话，共同开创印巴关系的“新时期”。
实现印巴关系正常化，是瓦杰帕伊的重要外交谋略。他认为，印巴两国和解对两国的安全利益至关重要。印巴都是有核国家，都拥有将核弹头投射到对方全境的能力。对两个同样握有核武器的国家而言，轻言战事绝非儿戏。战火一旦点燃，后果不堪设想。而且，如果印巴关系恶化，致使美国及其盟国把克什米尔问题当作其日后的“干预”焦点，从而插手南亚事务，这将会给印巴两国都会带来“灾难性”的后果。为了避免南亚次大陆旷日持久的紧张局势给外来因素介入地区冲突带来借口，惟一正确而可行的途径就是依靠印巴两国政治家的智慧，展示更大的诚意、采取更多实际步骤。瓦杰帕伊深知，印巴关系的改善，对于两国自身的安全稳定至关重要。
中国与印度是友好邻邦，两国都是人口大国。在历史上两国间曾发生不愉快的事，两国之间也存在这样那样的分歧和问题，但这并不妨碍两国人民的友好相处。在任何时候，两国人民的谋求友好交往都是主流。1979年2月，他作为印度外交部长正式访问中国，受到邓小平同志的会见。那一次的访问意义重大，打破了中印两国关系自20世纪50年代末以后近20年的僵局。访华期间，瓦杰帕伊在北京、上海、杭州和广州等地进行参观访问。几十年来，瓦杰帕伊数度连任印度总理，对中国有了更多的了解。而今，瓦杰帕伊政府做出了深谋远虑的权衡，大力调整印度对外政策，加强印中合作关系。2003年6月22日至27日，印度总理瓦杰帕伊对中国进行了为期6天的正式访问。瓦杰帕伊率大型官方和企业代表团访问中国，这是近十年来印度总理首次访华。访问期间，两国总理在北京签署了确立中印关系目标和指导原则的纲领性文件《中华人民共和国和印度共和国关系原则和全面合作的宣言》，中印双方将致力于在和平共处五项原则基础上进一步推动长期建设性合作伙伴关系的发展，并在此基础上建立新型关系。2003年，瓦杰帕伊还与胡锦涛主席在圣彼得堡会晤，更为两国保持持续接触和交流营造了良好的氛围，瓦杰帕伊曾评论说，与胡锦涛主席的会晤是一次预示着“一个亚洲世纪”开始的中印对话。瓦杰帕伊主张进一步调整双边关系的定位，以“向前看”的态度处理印中关系。并表示，两国是“和平竞争”的关系，欢迎中国与印度进行和平竞争，并称这种竞争而非冲突的思路最符合两国的利益。他重申印度希望在和平共处五项原则、对相互关切保持敏感和平等的基础上发展印中关系。瓦杰帕伊还主张大力发展两国经贸合作。在他的推动下，两国经贸关系有长足发展。在解决领土争端问题上采取了具体步骤。在解决边界问题上，瓦杰帕伊也主张继续进行和平谈判。他在2003年访华期间，与中方达成协议，同意任命特别政治代表继续边界问题的谈判，从两国关系大局的政治角度出发，探讨解决边界问题的框架，通过平等协商，寻求公正合理以及双方都能接受的边界问题解决方案。印度已指定国家安全顾问布拉吉什·米什拉作为解决边界争端的特别代表。瓦杰帕伊表示，将“很快”同中国举行会谈，以解决两国之间长期以来悬而未决的边界争端。他说，“情况不会再这样继续下去，两国的代表将解决这个问题”，“目的是要结束争端”。
瓦杰帕伊还认为，中印加强经济合作，可减少对发达国家的技术依赖，有助于促进两国关系走向成熟。中印两国经济上各有优势，互补性较强，市场潜力巨大，中印经贸合作现已发展成为广泛的经济技术合作，双方在电力、家电、信息技术等领域的交流与合作正在不断扩大。2002年双边贸易额近50亿美元，是1991年2．6亿美元的近19倍。2003年6月，瓦杰帕伊访华期间，印度信息产业核心组织——印度全国软件和服务公司协会组织中印汀领域巨头在上海举行研讨会，研讨如何加强中印两国在电信、软件、银行和金融服务和IT教育领域的合作，进一步加强中印经济和科技合作。由于印度的IT产业和中国低端产品制造业之间经济互补性强，未来3年内中印双边贸易额可望再增加一倍，从现有的50亿美元增至100亿美元。