在众多的自然之谜中，不明飞行物是一个最大的谜，它最使人感到神秘莫测，因而亿万人对它产生了浓厚的兴趣。可是，30多年来，飞碟问题不仅没有明朗化，反而被搞得混乱不堪。虽然越来越多的人相信部分飞碟是外星人的飞碟，但正统的科学界(包括绝大多数科学家)和各国政府(法国等除外)却否认飞碟的存在，认为飞碟无非是一些探空气球、流星、虚无缥缈的幻影或未知大气物理现象。的确，限于目击者的知识水平，大部分目击事件是把飞机、气球等当成了飞碟，有些确实是一些未知的大气物理现象，如地光等。1997年的8月初，美国的一家报纸曾发表文章称：在50年代出现的大量飞碟现象，其实是美国军方进行的秘密实验。此话一出，引起世界的一阵哗然。虽然如此，但美国军方并没站出来证实这一点。除此之外，也确有相当一部分飞碟是无法解释的，其中不少是科学家和飞行员目击的，难道一个天文学家能把一颗流星当作飞碟？难道飞机上所有人员都同时产生幻影吗？
飞碟的一个特点是无法在实验室研究，也无任何公式可用，连确切的证据都没有。这正是它不为正统科学界承认的一个重要原因。人们习惯于借助电子和光学等等仪器提供数据，用公式演算分析去验证一个发现。但研究飞碟，却无任何仪器可用，也无法演算，因而它很难让人接受。一架飞机在我们头顶飞过后，我们可以继续知道它在哪里，在它飞行方向的下一个地方，人们也会看到飞机。但曾经是一个固态和有形的飞碟，昨晚干扰了汽车、飞机以后，现在却不知去向。在它消失的方向上可能再也没有人看到它，监视整个地区的雷达、红外探测器也没有发现它。事实上，它从现实中消失了。可见，对飞碟的研究，同目前的传统科学有很大的差别。同时，由于一批狂热的飞碟主义者常常夸大其词，甚至弄虚作假，凭空杜撰与不明飞行物接触的事件，伪造飞碟照片，结果使飞碟研究声誉大跌，使大部分科学家对飞碟现象产生反感，他们既无兴趣也无时间去进行研究。在这种情况下，就很容易得出飞碟根本不存在的结论。
飞碟否定论者往往是用现有的科学法则来否定飞碟现象的。如“大气中不可能有飞碟那样高的速度，否则就要产生冲击波”、“这么大的加速度会把任何东西压碎”、“飞碟那么小，若是从别的星系飞来的，它的燃料放在什么地方？”等等。他们还往往把爱因斯坦的相对论搬出来，指责不明飞行物不按科学规律行事。如果笼统地问，爱因斯坦的相对论绝对正确吗？可能人人都会持否定态度，但在具体问题上他们又不那样认为了。现在人们正在努力研究统一场理论和白洞问题，也有越来越多的人倾向于可瞬时完成宇宙航行的理论，起码不需要原来认为的那么多时间。飞碟否定论者曾嘲笑说：“对于飞碟研究者来说，只要有解决不了的问题存在，那就需要修改现代科学的理论。”
英国“飞碟”研究协会曾就这个问题对所收集的“飞碟”资料中有关“飞碟”的特征加以分类、比较和研究，结果认为传说中那种神话般的“飞碟”现象是不存在的。现在看来“飞碟”不是什么“天外技术”的具体表现形式，可能是发生在地球上的一种自然现象。它的出现与地理条件关系密切，有可能是一种不明大气现象。例如，某些材料中谈到的一种“飞碟”呈卵形，直径1～3米，绕主轴旋转，接近地面并发出大面积电磁辐射，就属于这一类。现在科学家利用一定手段已能证实它的存在。并把它命名为“不明大气现象”，以便与可能存在的“飞碟”相区别。
总之，“飞碟”现象是值得探讨的，它是一门值得研究的科学。
当然，科学界仍对飞碟的存在产生怀疑。但“观察事实”却引出了“地外宇宙飞船”的假说。美国声望很高的飞碟学者J·哈依内克博士曾是一位有力的否定论者，但他接触了大量的目击报告和目击者后改变了态度。他曾担任过从大学天文系教授到天文台台长等一系列科学职务。1976年他在伊利诺州飞碟研究中心对采访记者说：“对这样的资料假装不知，甚至否定目击者的人格，这是科学家的良心所不允许的。轻视与无视决不是科学方法的一部分。”
飞碟存在与否，在科学界还会有长期的争论。