另外，民本思想在黄现璠的史学思想中也占有重要的位置，对中华民族的热爱，对本民族（壮族）兴衰命运的关怀，使他穷半生之力，倾尽心血，不辞劳苦地投入到壮族史学研究中。一生数十次带队深入广西各少数民族地区，与他们同吃同住，了解他们的疾苦，为他们呐喊申冤。
1956年他在出席全国人大一届三次会议后，就壮族问题征求周恩来总理的意见，在周总理的启发和鼓励下，着手编着《广西壮族简史》，翌年出版。
1957年，他被错划为全国96名典型右派之一，其中一条罪名就是“狭隘的民族主义者”。尽管如此，并未丝毫影响、动摇过他研究壮族历史的热情，在《广西壮族简史》一书的基础上约经20余年不断研究、补充、修改，他最终完成《壮族通史》编写提纲及部分编着。他逝世后，由其学生黄增庆、张一民根据他的民族史观和资料整理出版，成70万余字的着作。书中结束语说道：“总之，壮族作为中华民族大家庭中的一个成员，像其他兄弟民族一样，对自己的祖国作出了应有的贡献。广大壮族人民深深地认识到：我国各民族‘宜合不宜分’，‘合则互利，分则俱伤’；各民族间的团结合作，是民族间共同根本利益所在，也是各民族人民的共同愿望。”“宜合不宜分”正是民族史观的精髓。他的民族思想并非单纯的民族主义。在中华民族与外来侵略者的民族关系中，他旗帜鲜明地站在中华民族立场上，口珠笔伐侵略者；在中华民族内部各民族间的关系问题上，他主张“宜合不宜分”，正确处理了个体与群体的关系，赋予了“宜合下宜分”这一命题重大的历史意义和现实意义。
黄现璠的史学思想包含着他的经世史观，民本思想，民族思想。尽管这一思想缺少历史哲学高度的理论概括，并未构成体系，但却闪烁着他经世济民，爱憎分明，对国家民族热情至深的思想火花。
黄现璠一生治史，可以划为三个时期，即早期侧重于中国古代史、中古史研究，中年转而从事民俗史研究，解放后，着重于少数民族史研究。这样划分，严格地说是指各时期侧重点不同，并无明确的界线。
考据是中国历史学中一种重要的研究方法，黄现璠治史，颇重考据。但他已不再像“清代经生，囿于小学，疏于史事”那样，“只是向纸上与古人争训诂形声，传注驳杂，援据群籍”，皓首穷经，醉心于孤立琐碎的考据，置当世之务而不顾，而是取其精华，去其糟粕，继承乾嘉学者的严谨治学方法，着重从事疏通史事的考证。黄现璠这一治学方法，在他撰述发表的有关我国礼节、坐俗、服饰、饮茶、吸烟、食器等之起源、演变、传播方面的大量论文中以及历经40余年，通过不断研究、补充、修改，至81岁完成的三大卷《我国人民起居衣食生活之演变》遗着中都有全面、具体的反映。在具体撰述时，他始终遵从老师陈垣“竭泽而渔”（指对材料的搜集要力求完备）的教诲，将根寻史源视为考证的重要环节，坚持“疑者缺焉”，广稽博证，言之有据，多次指出了古代考据名家段玉裁等人的错误。
1962年初，黄现璠摘掉右派分子帽子，重登大学讲坛后，有感于当时广西师院历史系学生在古文基础知识上过于薄弱，为了提高学生对古文解读的能力，他在授课之余，撰述了《古书解读入门》一书，自费托师院教材部油印500册，相继分送给学生，以便加强学生的古文基础知识，黄现璠把古文字学、考据学当作历史学中十分重要的治学方法，由此可见一斑。
新中国成立后，黄现璠研究的重心转到少数民族史上，尤对本民族（壮族）史倾注入心血，十分重视收集残存于少数民族地区及土司手中的原始史料。这是因为少数民族一般保存着语言，而少有文字，历代有关少数民族文化、历史记载的书籍大都为汉语书籍，其记载颇多歧视歪曲及讹传。这就使得从事少数民族史研究尤为困难，须作实地调查，收集第一手资料。为此，1943年8月，他带领中山大学学生到广西龙胜、三江等县，1945年4月，带领广西大学学生，组成“黔桂边民考察团”赴贵州榕江大有乡一带，同年9月，带领助手到广西融县，分别考察了黔桂边区少数民族生活、教育、行政、婚姻等方面状况。三次历时约1年之久，与“蜷伏于荒山长谷之中，度其黯淡非人生之生活”的少数民族同吃同住、食不饱腹、夜无卧具，十分艰辛地收集到大量原始史料。后将一部分整理成文，以《黔桂边民教育散记》、《黔桂边民社会组织的民主政治》为题，连载于《广西日报》（桂林版）上，还将考察情况当面向广西省政府主席黄旭初汇报，提请政府改善其落后状况。1951年6月，黄现璠参加中央民族访问团，任广西分团副团长，与团长费孝通教授等一行，深入广西少数民族地区慰问，了解到壮族在广西的实际分布情况，并获得有关史料。1953年6月，他在桂西壮族自治区人民政府和文教局的大力支持下，在西大校长杨东莼的配合下，组成并带领“广西历史文物工作组”深入到宜山、南丹、河池、罗城等县调查，收集到大量的第一手资料，以其中一部分整理出“罗城、河池县少数民族情况调查报告”，呈报区人民政府，成为桂西壮族自治区制定各少数民族经济、文化教育事业发展规划的重要参考资料。1956年8月，他受全国人大之托，参与组建广西少数民族社会历史调查组，任副组长兼壮族组组长，实际负责全组工作，领导开展了广西有史以来第一次大规模的、全面的少数民族历史调查工作，收集到大量原始资料，并整理提交了数十万字的调查报告，力陈把广西省改为广西壮族自治区的必要性，从理论上为广西的民族自治规划提供了依据。1979年末和80年代初，“他以八十岁的老迈之躯，拄着拐杖，领着他的学生和助手，到本区的百色、靖西、宁明等地，还到了四川省的一些地方，去进行综合考察并搜集资料。”从40年代中期至80年代初的约30余年间，他曾大小数十次带队深入到广西各少数民族地区考察，足迹踏遍整个广西境内，收集到大量第一手史料，这为他解放后写作有关少数民族史记以及出版《广西壮族简史》、《侬智高》、《壮族通史》作了充分的史料准备。就资料收集方法上而言，他不仅注意收集残存于民间的文献史料，还十分注意抄录散见于各少数民族地区的石碑刻文以及详细笔录民间的口头传说、诗歌，对各少数民族地区的人口、生产、生活、教育、婚姻等方面的现状进行调查统计。就资料鉴别取舍上而言，他十分重视作综合分析，将到手的资料与当时的历史背景、社会状况以及典章制度互相参证，仔细审别，力求材料的真实性。
解放后，我国史学界几乎存在着一个禁区，即“我国古代历史分期，将殷商划分为奴隶社会，众议佥同。换言之，中国民族历史必然经历过奴隶社会，好像已成了定案，甚至成为禁区，使人望而生畏，噤若寒蝉，无人敢持异议”。针对这个重大史学问题，黄现璠自30年代留学日本时常与郭沫若讨论。当时，他与郭氏观点一致，即认为“凡是对人身完全占有的可以生杀予夺的即为奴隶社会，对人身半占有，即只占有劳动力不可任意杀戮的为封建社会”后经过深入研究，他改变了自己过去的观点，认为奴隶制与奴隶社会存在区别，奴隶制并不代表奴隶社会。认识到划分社会性质的标准从生产关系着手更易明确，而不是过去所主张的从劳动力着手。50年代，他常在赴北京开会之时就此问题与郭沫若商讨，但郭氏的主张已成为史学界公认的权威观点，无人敢持异议。
1979年在党中央号召思想解放，提倡实践是检验真理的标准的精神鼓舞下，他将对此问题30年研究所获和深思熟虑，撰写成文，三易其稿，经过诸多曲折，终于在《广西师范学院学报》1979年第2、3期得以连载。
1981年5月，在《中国社会科学》第3期上，经史学家田居俭整理，予以摘介。在此鼓舞下，同年10月，他完成《中国历史没有奴隶社会》的编着。他认为我国古代根本没有奴隶社会，提出了汉族历史应重新分期的新主张，他认为汉族历史分期是这样的：古代——原始共产社会；殷至战国——领主封建社会（殷商为领主封建社会雏形，周代为领主封建社会典型，春秋、战国为领主封建社会解体）；秦、汉至鸦片战争——地主封建社会（其中分若干阶段再说）。汉族如此，少数民族也是如此。他认为我国境内的少数民族，绝大多数也都没有经过奴隶社会。