身为校长的梅贻琦，对清华的一草一木寄有深情。对“清华基金”，他更视为命根子。1949年后他在美负责管理这笔基金。叶公超每到纽约都去看他，劝他回台，把清华的这笔钱用到台湾。他每次都说：“我一定来，不过我对清华的钱，总要想出更好的用法来我才回去。”因他不愿用这笔钱拿到台湾盖大楼、装潢门面，他想用在科学研究上。因此，台湾有人骂他“守财奴”，他也不在乎。1955年他终于找到“更好的用法”，他到台后，把这笔款子用在筹建清华原子科学研究所和新竹清华大学上。
晚年的梅贻琦患病住院，无力支付医药费。而在他病桌旁始终有只从不离身的手提包。在梅贻琦去世后，夫人韩咏华打开包一看，竟是清华基金的历年账目，一笔一笔，清清楚楚，在场者无不动容。
梅贻琦爱庐，亦爱庐内的同仁、朋友。
闻一多被害，令他悲愤欲绝。“日间披阅两校公事颇忙。夕五点余潘太太跑入告一多被枪杀，其子重伤消息，惊愕不知所谓。盖日来情形极不佳，此类事可能继李后再出现，而一多近来之行动又最有招致之可能，但一旦可竟实现；而察其当时情形，以多人围击，必欲致之于死，此何其仇恨，何等阴谋，殊使人痛惜而更为来日惧尔。急寻世昌使往闻家照料，请勉仲往警备司令部，要其注意其他同仁安全……”
梅贻琦为防止类似惨案发生，旋将潘光旦夫妇、费孝通一家和张奚若安排到美驻昆明领事馆避险。他一面妥善安排闻一多的善后，一面向当局交涉追查凶手，向报界发表谈话，揭露特务的罪行。
潘光旦是清华的教务长，梅贻琦的老同事、老朋友。1936年2月29日，警察局到清华大搜捕，逮捕数十位无辜的同学。学生们误认为是潘光旦向当局提供的名单，围攻潘。潘是残疾人，一只腿，双拐被丢在地，只能用一只腿保持身体平衡。梅贻琦觉得他是一校之长，不能让朋友代己受过。他挺身说：“你们要打人，来打我好啦。你们如果认为学校把名单交给外面的人，那是由我负责。”他对情绪激动的同学们说：“晚上，来势太大，你们领头的人出了事可以规避，我做校长的是不能退避的。人家逼着要学生住宿的名单，我能不给吗？我只好抱歉地给了他们一份去年的名单，我告诉他们可能名字和住处是不大准确的。……你们还要逞强逞英雄的话，我很难了。不过今后如果你们信任学校的措施与领导，我当然负责保释所有被捕的同学，维护学术上的独立。”
吴晗教授思想活跃，当局曾令清华解聘吴晗。梅贻琦一面拒绝，一面悄悄地通知吴晗离去。
梅贻琦爱生如子。他说：“学生没有坏的，坏学生都是教坏的。”
国难当头，学生运动迭起。梅贻琦完全理解、同情学生的爱国热忱。他以超人的冷静维持稳定局面。学生进城游行后，梅贻琦派卡车把同学接回。对当局逮捕、开除学生，他总想方设法予以保护。或通知可能要遭逮捕的学生立即离校。一次为掩护郭德远同学脱险，甚至同意把他藏在自己的汽车里偷运出去(未实施)。有学生被逮捕，他总费尽周折去保释。学生们也很体谅梅贻琦，每要闹学潮时，又怕影响梅校长的地位，总要先贴出拥戴梅校长的大标语。对梅贻琦与警察局周旋呵护学生的行迹，学生们模仿梅校长的口吻，编了一首顺口溜：
大概或者也许是，不过我们不敢说。
传闻可能有什么，恐怕仿佛不见得。
尽管他自己很节俭，但对穷困、病难的学生，梅贻琦总是慷慨解囊，予以济助。学生林公侠在香港中风，贫病交加，梅贻琦闻讯，从美国汇一笔“数目巨大”的款子，帮他渡过了难关，并勉励他：“好好养病，保留此身，将来为国家出力。”
梅贻琦在1941年曾说：“在这风雨飘摇之秋，清华正好像是一条船，漂流在惊涛骇浪之中，有人正赶上负驾驶它的责任。此人必不应退却，必不应畏缩，只有鼓起勇气，坚忍前进。虽然此时使人有长夜漫漫之感，但吾们相信，不久就要天明风定，到那时我们把这条船好好开回清华园，到那时他才能向清华的同仁校友敢说一句‘幸告无罪’。”梅贻琦以他的智慧、务实精神和果断的态度，在那非常的岁月，保存了清华的元气，实现了他的理想。
梅贻琦在学术界享有崇高的声誉，除了他的“勤政”之外，“廉政”也是一个重要因素。其俭德的口碑极隆。
他在《就职演说》中第一个便谈经济问题。“力图撙节与经济”是他用公家钱奉行的原则。他长清华后“删繁就简”，尽量减少办事机构，裁减冗杂人员，多次表示：“当此国难严重时期，各事更应力求节省，期以最廉之代价，求得最高之效率。”
最可贵的是身教。梅贻琦一到任，住进清华园甲所(校长宅)，便放弃传统的校长特权：家里用工的薪金、电话费，以及学校免费提供的两吨煤，全部自付。他认为：“虽是款项有限，但这是个观念和制度的问题。”
西南联大岁月，他与普通教授一样租用的是民房，窄小，两把硬椅子放在阶台上算是客厅。学校配给他一部小车，当物价飞涨时，他毅然封存了汽车，辞退了司机，安步当车。外出应酬，则以人力车代步。
那时，他是知名大学校长，官场应酬多，对某些奢华的宴请之感慨，在日记中多有流露：“座中有何本初县长及吕专员、黄参谋主任。菜颇好，但馕肉馅者太多，未免太靡费尔。”(1941.6.11)
“晚，×请客，在其办公处，菜味有烤乳猪、海参、鱼翅……饮食之余，不觉内愧。”(1941.10.13)
在现存的清华档案中，还存有梅贻琦当年用废纸头起草的公函、报告提纲等原稿。
某年，他与罗常培、郑天挺到成都办事，准备由昆明回重庆。学校本为他买好机票，后他见有邮政汽车可乘，立即退了机票，改乘邮车。虽在途中多遭了一天的罪，但为公家节省了二百多元。
1943年当他获知老母去世后十分悲痛。原定当天下午由他主持联大常委会，同人建议暂不开，他仍坚持照常：“不敢以吾之戚戚，影响众人问题也。”(1943.3.4)并在当天的日记中写道：“盖当兹乱离之世，人多救生之不暇，何暇哀死者，故近亲至友之外，皆不必通知。……故吾于校事亦不拟请假，惟冀以工作之努力邀吾亲之灵鉴，而以告慰耳。”
西南联大有时为职工谋一点福利，由他主持制定的校规却明令“没有三位常委的份”(其时，蒋梦麟、张伯苓另有兼职)。“还有一次，教育部给了些补助金，补助联大的学生，我们当时有四个子女在联大读书，月涵都不让领取补助金。”他们家的生活极为艰苦，“经常吃的是白饭拌辣椒，没有青菜，有时吃点菠菜豆腐汤，大家就很高兴了。”为了补贴家用，夫人韩咏华与教授夫人们一道绣围巾、做帽子上街去卖。后来与潘光旦、袁复礼夫人组成“互助组”，自制一种上海点心，取名“定胜糕”(抗战一定胜利)，由韩咏华跑到很远的冠生园食品店寄售，来回要一个半小时。夫人又舍不得穿袜子，光着脚穿皮鞋，把脚都磨破了。
夫人韩咏华参加昆明女青年会活动，与名流龙云夫人、缪云台夫人在一起。活动时大家轮流备饭。一次轮到梅家，家里没有钱，夫人就上街摆个小地摊，出卖子女们小时候的衣服、毛线编结物，卖了10元钱待客……校长夫人摆地摊卖糕被人认了出来，一时成为美谈。
固穷守节。1951年，梅贻琦主持清华纽约办事处，只有一间办公室，只聘一位半时助理，自己给自己定薪每月300元。后台湾当局有令，要他把薪水改为1500元。梅贻琦不肯，“以前的薪水是我自己定的，我不情愿改。”他原住一通常公寓，为了给公家省钱“搬进一个很不像样的住处”，“小得连一间单独的卧室都没有。”
1955年，梅贻琦到台，却把夫人留在美国。他在台挣的台币，根本无法照顾夫人生活，夫人不得不自谋生计，在衣帽厂做工，到首饰店站柜台，去医院做护理照料盲童，从62岁一直干到66岁。生活拮据，有时靠在洛杉矶的大女儿梅祖彬业余帮研究生打论文稿赚五块十块贴补家用。而某年，梅贻琦回台参加一次国民党的“国民大会”，会议给他一笔津贴，他却将钱全部为“清华驻美办事处”买了书。真是君子忧道不忧贫。
梅贻琦做人外圆内方。
圆，对人谦冲、诚笃、公正。他有浓厚的民主作风，有对事不对人的雅量。叶公超评价他：“慢、稳、刚”。该刚的时候，他则刚。他与秘书有约定，凡是求情的信件，不必呈阅，不必答复，“专档收藏了事”。抗战前的清华总务长，是梅贻琦的好友。他是位有声望而干练的“回国学人”。一次，那位总务长要求梅贻琦聘他为教授，以“重”视听。梅认为行政人员与教授职司不同，不可混为一谈。他不同意，结果那位总务长拂袖而去。梅终不为友情所动，显示他择善固执，“刚”的一面。
有一则趣事。据清华毕业生孔令仁回忆：西南联大办了一个附中，由于教学质量高，昆明市民都想把自己的子弟送到这所学校去读书。云南省主席龙云的女儿龙国璧，梅贻琦的小女儿梅祖芬都想转到附中，同时报考了这所学校。龙国璧没有考上。联大创立时，龙云曾给予许多支持，这次他的女儿没被录取，十分生气，认为梅贻琦太不给面子，就派他的秘书长到梅贻琦处疏通。但秘书长踌躇不动，龙云生气地问他：“你还站着干什么？”秘书长说：“我打听过了，梅校长的女儿梅祖芬也未被录取。”龙云这才不气了，对梅更加敬佩。
梅贻琦生病住院，台湾当局不予开支各项费用。“其间医药丧葬，都承若干若干知不详说不尽的先生们、朋友们关怀维护。”人们之所以如此厚爱他，不止是他潇洒的“两袖清风”，还有那铮铮的“一身正气”。
清华校史研究专家黄延复说：“他长母校几十年，虽然清华基金雄厚，竟不苟取分文。在贪污成风的社会，竟能高洁、清廉到这样地步，真是圣人的行为。只这一点，已足可为万世师表。”
梅贻琦曾亲自为清华校刊题写校训：“自强不息，厚德载物”。
他以毕生的实践，躬行了清华的校训，弘扬了清华精神。
——梅贻琦，清华的名片。